genotypering van<em> Staphylococcus aureus</em> Door Ribosomaal Spacer PCR (RS-PCR)

Staphylococcus (S. aureus) is bekend als de voornaamste pathogeen wereldwijd verantwoordelijk voor intramammair infecties (IMI) bij runderen ^1. De studie van Fournier et al. ² aangetoond in Zwitserse koeien en de studies van Cosandey et al. ³ en Boss et al. ⁴ in koeien van de 12 Europese landen die S. aureus geïsoleerd van runderen IMI is een genetisch heterogene groep. Door PCR amplificatie van het 16S-23S rRNA spacergebied intergenische (RS-PCR), werden een totaal van 17 genotypen oorspronkelijk ontdekt in 101 epidemiologisch onafhankelijke isolaten ^2. Genotype B en C genotype (GTC) waren het meest voorkomende (80%), terwijl de andere 15 genotypes (GT), kwam zelden voor, elke maken van 1 tot 4% van alle isolaten. Op Europees niveau ^3, GTB, GTC, GTF, GTI, en GTR waren de belangrijkste genotypen bestaande uit 76% van alle geanalyseerde stammen (n = 456). GTB was gelegen in Midden-Europa WOverwegende dat de andere genotypen werden op grote schaal verspreid. De resterende 24% van de -stammen 41 genotypes, velen werden echter slechts eenmaal waargenomen.

De studies van Fournier et al. ^2, Cosandey et al. ³ en Graber et al. ⁵ verder aangetoond dat de genotypen sterk geassocieerd met virulentie gen patroon, evenals bij de Zwitserse als op Europees niveau. De studie wees verder uit enorme verschillen in de IMI-prevalentie onder S. aureus GTB, GTC en de andere genotypes ^2,5: overweegt GTB, tot 87% van de koeien in een kudde werden geïnfecteerd door deze genotype. Bij GTC en de andere genotypen echter IMI werd alleen gevonden in 1-2 koeien van een kudde.

IMI veroorzaakt door S. aureus, gewoonlijk leidt tot ontsteking van de overeenkomstige borstklieren en een toename van inflammatoire cellen in melk. Als gevolg daarvan, de somatische cel counts in melk (SCC), de belangrijkste indicator van de kwaliteit van de melk in de meeste landen, wordt verhoogd leidt tot een daling melkprijs of zelfs levering stop.

Naast de RS-PCR van Fournier et al. ^2, zijn andere typen werkwijzen beschreven voor subtypering runderen stammen van S. aureus ^8-11. Twee voorkomende zijn onder andere een spa typen ¹² en Multi Locus Sequence Typing (MLST) ^13. Eerstgenoemde is een basis van DNA sequentiebepaling de variabele spacergebied van Staphylococcus spa gen dat codeert voor proteïne A, terwijl de laatstgenoemde de sequentie van 7 housekeeping genen vereist. Dit betekent dat één en zeven ¹² PCR's ¹³ respectievelijk moeten worden uitgevoerd, gevolgd door amplicon zuivering sequentiereactie en analyse met gebruikmaking van specifieke apparatuur. Vergeleken met RS-PCR, deze methoden vereisen een aanzienlijke extra inspanning in het laboratorium als gevolg een lage monsterdoorvoer en hoge kosten. Dethroughput is bijzonder laag voor PFGE. Gezien de resolutie van deze methoden voor runderen stammen van S. aureus, RS-PCR minstens even goed als spa typen ⁴ en beter dan MLST ⁴ of ¹⁵ PFGE.

Al deze methoden, met inbegrip van binaire typering ¹³ demonstreerden hun effectiviteit bij het verkrijgen van meer inzicht in de pathogenese van runderen IMI veroorzaakt door S. aureus, maar vanwege de genoemde beperkingen zijn ze minder geschikt voor grote klinisch onderzoek. Bovendien, genotypering door RS-PCR zoals beschreven door Fournier et al. ² maakt betrouwbare voorspelling van de epidemiologische en potentieel pathogene S. aureus die betrokken zijn bij runderen IMI, twee belangrijke waarden in de klinische diergeneeskunde.