An easy-to-use, cell-free expression protocol for the residue-specific incorporation of noncanonical amino acid analogs into proteins, including downstream analysis, is presented for medical, pharmaceutic, structural and functional studies.
مجموعة الكنسي من الأحماض الأمينية يؤدي إلى مجموعة واسعة جدا من وظيفة البروتين. ومع ذلك، فإن مجموعة من بقايا ما زالت تفرض قيود على التطبيقات البروتين المحتملة. دمج الأحماض الأمينية noncanonical يمكن تكبير هذا المجال. هناك طريقتان التكميلية لدمج الأحماض الأمينية noncanonical. لإدراجها في مواقع محددة، بالإضافة إلى الذاتية والأجهزة متعدية الكنسي، ويجب أن تقدم الزوج أمينوأسيل-الحمض الريبي النووي النقال-مخلقة-الحمض الريبي النووي النقال متعامد أن لا يتفاعل مع تلك الكنسي. ونتيجة لذلك، كودون الذي لم يتم تعيينه إلى الأحماض الأمينية الكنسي، وعادة ما رامزة توقف، مطلوب أيضا. هذا التوسع الشفرة الوراثية يمكن إدراج حمض أميني noncanonical في واحد الموقع، تعطى في غضون البروتين. ويصف العمل هنا عرض التأسيس-بقايا محددة حيث يتم إعادة تعيين الشفرة الوراثية داخل منظومة متعدية الذاتية. آلية الترجمة لccepts الأحماض الأمينية noncanonical كبديل لدمجه في مواقع المنصوص عليها بشكل قانوني، أي يتم استبدال كافة تواجدات حمض أميني الكنسي في البروتين واحد noncanonical. دمج الأحماض الأمينية noncanonical يمكن تغيير بنية البروتين، مما تسبب في الخصائص الفيزيائية والكيميائية تعديل كبير. غالبا ما يتصرف النظير الأحماض الأمينية Noncanonical باسم مثبطات نمو الخلايا المضيفين التعبير لأنها تعديل البروتينات الذاتية، التي تحد من إنتاج البروتين في الجسم الحي. المجراة دمج الأحماض الأمينية noncanonical السامة في البروتينات لا يزال تحديا من نوع خاص. هنا، يتم تقديم مقاربة خالية من الخلايا لاستبدال كامل من L-أرجينين من قبل noncanonical الأحماض الأمينية L-canavanine. انها تلتف حول الصعوبات الكامنة في الجسم الحي التعبير. بالإضافة إلى ذلك، يتم تضمين بروتوكول لإعداد البروتينات المستهدفة للتحليل الطيفي الشامل. يظهر ويمكن الاستعاضة عنها أن L-ليسين التي كتبها L-هيدروكسي-ليسين،وإن كان ذلك مع انخفاض كفاءة. من حيث المبدأ، أي التناظرية الأحماض الأمينية noncanonical يمكن إدراجها باستخدام طريقة عرض طالما يعترف الذاتية في المختبر نظام الترجمة عليه.
الشفرة الوراثية هو عالمي في المجال الحيوي. رموز ذلك لمجموعة من 20 الأحماض الأمينية الكنسي، الذي مدد أحيانا selenocysteine 1 أو 2 pyrrolysine. ومن الريبوسوم أن يترجم الشفرة الوراثية مع مساعدة من tRNAs في سلاسل من الأحماض الأمينية التي أضعاف في البروتينات. المجموعات الوظيفية من الأحماض الأمينية الكنسي، إلى جانب التعديلات posttranslational، والمساهمة في مجموعة واسعة جدا من وظيفة البروتين 3،4. من حيث المبدأ، والقيود الوظيفية ويرجع ذلك إلى مجموعة محدودة من الأحماض الأمينية الكنسي يمكن التغلب عليها من خلال دمج أبعد من ذلك، الأحماض الأمينية noncanonical ([نكس]) التي تمكن كيمياء جديدة وظائف جديدة 3،4.
هناك نوعان من نهج تكميلية لإدماج نكس]: في الموقع- أو إدماج فضلات محددة. يستتبع الطريقة السابقة صعوبات فنية كبيرة، لأن مجموعة الكنسي أمينوأسيل-الحمض الريبي النووي النقال موالفةetases (AARS) وtRNAs لا بد من توسيع من قبل الزوج AARS-الحمض الريبي النووي النقال متعامد التي يجب أن لا تتفاعل مع آلية الترجمة الذاتية. على أساس الهندسة دقيق، يتضمن هذا النهج [نكس] كما الطفرات نقطة واحدة في مواقع البروتين المطلوب. يتم ترميز تأسيس الموقع المحدد للنكس] وراثيا من قبل كودون الذي لم يتم تعيينه إلى حمض أميني الكنسي (CAA)، وعادة ما توقف كودون 5-9. ينطوي هذا الأسلوب تغييرات في وظائف في موقع معين وليس عبر بروتين كامل 10-13.
في المقابل، يعتمد فضلات محددة التأسيس على الاعتراف الخاطئ من الأحماض الأمينية noncanonical به الآلية الترجمة الكنسي. يحدث التأسيس نظرا لعدم وجود خصوصية الركيزة لAARS. إدماج فضلات معينة من نكس]، بنيت على عمل كوهين وزملاء العمل 14، قد أدى إلى التطبيقات الهامة 3،10، من بينها وضع العلامات الحيوية متعامد 15-17 من البروتيناتأو توضيح بنية البروتينات في البلورات بالأشعة السينية (18).
كما يفضل AARS الطبيعية عموما الأحماض الأمينية وما شابه ذلك من أكثر من NCAA isostructural وفعال في الجسم الحي التأسيس-بقايا محددة وعادة ما يتطلب مضيف التعبير العوز الغذائي غير قادرة على تجميع التناظرية الكنسي من نكا. تزرع الخلايا المضيفة في متوسط النمو من شأنها أن توفر فقط على تركيز منخفض من الجهاز المركزي للمحاسبات مماثلة. الإرهاق في تركيبة مع مكملات التوالي مع الرابطة الوطنية لرياضة يجبر المضيف التعبير لدمج NCAA في البروتين نموذج في عدة مواقع، المنصوص عليها بشكل قانوني. وعلى النقيض من نهج في مواقع محددة، وهذا له بشكل عام لها تأثير عميق على هيكل بروتين كامل، مما يؤدي إلى تعديل كبير الخواص الفيزيائية والكيميائية للبروتينات 19،20. ومع ذلك، فإن معظم نكس] ومثبطات النمو للمضيف التعبير 3، وإدماجها في العديد من البروتوكول الاضافي الآخرينEINS إلى جانب تلك التي تهم خلال التعبير الجيني المؤتلف. وهذا يحد بوضوح النهج في الجسم الحي. إدراج في الجسم الحي من الأحماض الأمينية التي تكون سامة أو لها تأثير قوي على بنية البروتين يبقى تحديا من نوع خاص. ومع ذلك، فإن هذه الجزيئات هي من بين الأكثر واعدة لهندسة البروتينات مع وظائف غير عادية.
ومن الأمثلة على ذلك السامة، noncanonical، والتي تحدث بشكل طبيعي L-canavanine (يستطيع)، تناظرية من L-أرجينين (الارجنتين). أنه يؤثر على وكتل ARG المرتبطة مسارات رد فعل تنظيمية وتحفيزية، وجودها في الخلية الحية يمكن أن يؤدي إلى الموت الفوري 3،21-23. إدماجه في البروتينات في مواقع أرجينين يمكن أن تقلل من الاستقرار بروتين 21-23. نظرا لسمية الناتجة عن ذلك، لا يزال تعبير عن canavanine التي تحتوي على البروتينات في القولونية (إي كولاي) والمضيفين الآخرين التعبير الشائع تحديا. لهذه الأسباب، كاملة في الجسم الحي طتمت بشكل مناسب تأكدت ncorporation من يستطيع على جميع المناصب الارجنتين مرة واحدة فقط 24، وذلك باستخدام نظام إنتاج بروتين واحد من التفصيل. ومع ذلك، فقد اقترح هل يمكن كوكيل المضادة للسرطان 25-27، ونتيجة لمشجعا لأمراض المناعة الذاتية في الإنسان 28. بالإضافة إلى ذلك، لأنه يخضع لدراسات مختلفة عن سياستها المعادية للالأيض، مضاد للجراثيم، مضاد للفطريات وخصائص مضادة للفيروسات 25. هذه الخصائص تثير الطلب على كفاءة وسهلة لأداء وسائل للتعبير عن هل تحتوي على البروتينات عن الصيدلية والطبية والدراسات الفنية.
على الرغم من أن العديد من المشاكل التي ترتبط في الجسم الحي إنتاج يمكن التحايل باستخدام نظم التعبير خالية من الخلايا، في النهج بقايا محددة المختبر يكون فقط تم استكشافها بشكل سيئ. وقد تم الإبلاغ عن إدراج خالية من الخلايا فضلات معينة من التناظرية تريبتوفان 29 ومتعددة نكس] 30. وتستند هذه الأساليب على effic للغايةient T7 RNA البلمرة. يستتبع البلمرة T7 RNA مثل الجراثيم النسخ، مما يؤدي إلى خفض وظائف وراثية بالمقارنة مع النسخ الذاتية.
وذكرت والتأسيس-بقايا محددة كاملة من يمكن في بروتين نموذج في جميع المناصب الارجنتين مؤخرا 31، وذلك باستخدام نظام حرية التعبير خلية 32. وهناك تعديل طفيف في النظام نفسه تمكين دمج مواقع محددة النظير pyrrolysine المختلفة في البروتين نموذج عن طريق وقف كودون قمع 33. ويستند 33 على كل هاء – نظام خالية من الخلايا المستخدمة 31 القولونية نظام النسخ والترجمة. ومع ذلك، فإنه يمكن التعبير البروتين بكفاءة كما في أنظمة الجراثيم الحالية (0،5-1 ملغ / مل من البروتين المؤتلف) 32، مع الاحتفاظ بكثير من الأصلي نمطية النسخ والترجمة.
في هذا العمل، يتم توفير بروتوكول مفصلة عن كيفية RESIDالتأسيس-رق معين من نكس] لا يمكن أن تتحقق، وذلك باستخدام هذا كل E. القولونية نظام خالية من الخلايا 32. بالإضافة إلى ذلك، اقترح اتخاذ خطوات إضافية لإعداد البروتينات وأعرب عن تقييم مناسب عبر HPLC-ESI الطيفي الشامل. لتوسيع خصائص هذا النظام خالية من الخلايا، وهذا العمل لا يشير فقط إلى إدراج نشرت حول Can 31 ولكن أيضا يقدم بيانات جديدة تتعلق noncanonical-L يسين التناظرية L-هيدروكسي-ليسين.
بروتوكول التالية لدمج-بقايا محددة من نكس] هو التكيف لبروتوكول نشر مؤخرا في إن الرب 34. يصف بروتوكول الأخير كيفية تنفيذ كفاءة عالية التعبير خالية من الخلايا مع الأحماض الأمينية القياسية. وعلاوة على ذلك، فإنه يعرض إعداد المستخلص الخالي من الخلايا الخام، والحل الأحماض الأمينية، والحل الاسهم الطاقة وعازلة الطاقة المستخدمة في هذا النهج. يركز بروتوكول التالية على خطوات تعديل بالمقارنة مع ص السابقrotocol من أجل تمكين التأسيس-بقايا محددة من نكس]. ينصح pipets معايرة، وانخفاض ملزم نصائح ماصة وأنابيب الطرد المركزي الصغيرة لإعداد. في ما يلي، يتم استخدام الاختصارات IUPAC للأحماض الأمينية.
وسيلة سهلة لاستخدام نظام التعبير خالية من الخلايا باعتبارها استراتيجية قابلة للتطبيق لبقايا على وجه التحديد دمج نكس] إلى بروتينات، وتقدم. تحقيقا لهذه الغاية، وتستكمل استخراج النفط الخام مع الترميز ناقلات الحمض النووي للبروتين من الفائدة، وعازلة للطاقة والأحماض الأمينية المناظرة. لاحظ أن استخراج حجم قسامة الخام يعتمد على استخراج النفط الخام تركيز البروتين 34. تم تحسين كفاءة التعبير خالية من الخلايا تبعا لتركيز ناقلات بناء الحمض النووي. تختلف أحجام مكونات عازلة الطاقة وظيفة الأمثل Mg- وتركيزات K الغلوتامات من أجل تمكين عوائد عالية من البروتين نموذج أعرب خالية من الخلايا.
إجراء تقييم أولي للتجربة التأسيس ويمكن الحصول على أداء SDS-PAGE من خالية من الخلايا غير المكرر رد فعل المتوسطة. للاطلاع على تحليل أكثر تفصيلا، يقترح HPLC-ESI الطيفي الشامل باعتباره وسيلة للتحقق من اكتمال incor-بقايا محددةporation من الرابطة الوطنية لرياضة. تمهيدا لهذا الأخير، وتستخدم أنظمة عمود الدوران لتمكين تنقية صاحب العلامة والعازلة التبادل مع كميات صغيرة التي نستخدمها في هذا البروتوكول.
بما في ذلك HPLC-ESI الطيفي الشامل، بروتوكول بأكمله لا يمكن أن يؤديها في غضون 2 أيام. وهو لا يتضمن أي خطوات حاسمة بشكل خاص. ومع ذلك، أمثل تركيز Mg- وK-الغلوتامات وكذلك ناقلات الحمض النووي حاسمة من أجل التعبير عن عوائد عالية من البروتين نموذج. استخدام ناقلات التعبير كفاءة عالية pBEST-OR2-OR1 والعلاقات العامة-UTR1 gene_of_model_protein-T500 ينصح بشدة. شطف صاحب الموسومة البروتينات عادة ما يكون بسبب تركيز عال من ايميدازول (> 150 ملم) وغيرها من الأملاح مثل ناه 2 ص 4 (> 300 ملم) أو كلوريد الصوديوم (> 50 ملم) التي تولد الضوضاء في الخلفية عالية في التحليل الطيفي الشامل 49 . تبادل هذه المخازن شطف مع العازلة تخزين البروتين مناسبة استقرار المتواجد نموذجفي وجذريا يقلل من الضوضاء الخلفية خلال التحليل الطيفي الشامل.
ونتيجة لذلك يمكن، يحل محل الارجنتين في جميع المراكز الستة داخل البروتين نموذج. في نظام التعبير، ويمكن الكشف عن أي بقايا الارجنتين. هذا يبسط إدماج فضلات محددة النظير الارجنتين بالمقارنة مع أنظمة التعبير الأخرى التي تحتاج إلى مزيد من الاستراتيجيات نضوب 29،30. النهج خالية من الخلايا عرض تلتف القيود المتأصلة في الجسم الحي الأساليب التي من المقرر أن هل يمكن سمية، أو الاعتماد القوي على تسلسل مرنا في استراتيجيات الإنتاج بروتين واحد 24،31. وعلى عكس العاملين في نظام المختبر، في الجسم الحي انشقاق في وسعها لhomoserine وhydroxyguanidine لا تحدث 31.
ومع ذلك، فإن نظام خالية من الخلايا يحتفظ كمية كافية من ليز للتنافس مع النظير مثل HYL. ويظهر التحليل HPLC-ESI الطيفية كتلة أن البروتين نموذج يحتوي على كل، جanonical فضلا عن التناظرية noncanonical بنسب مختلفة. إدماج فضلات معينة من اليس من الممكن بشكل عام، ولكن لاستبدال كامل، استراتيجيات أخرى نضوب، أو AARS المصممة خصيصا والحمض الريبي النووي النقال الأمثل للاعتراف نكس] تحتاج إلى تطوير.
حققنا عوائد ممتازة للأعرب والبروتينات تعديل نموذج خالية من الخلايا عن طريق إضافة NCAA في نفس التركيز مثل تلك الكنسي. كفاءة التأسيس تعتمد على طبيعة الرابطة الوطنية لرياضة لإدراجها. بل قد يكون زيادة الغلة لا يزال قابلا للتحقيق عن طريق تحسين تركيز NCAA.
توضح النتائج المعروضة في تطبيق النظام المستخدم لدمج-بقايا محددة من نكس] طالما يتم قبولها من قبل النظام متعدية الذاتية الكنسي. لدمج-بقايا محددة من نكس] محددة، يحتاج المرء أخرى لمعرفة ما اذا كان بقايا من distur الجهاز المركزي للمحاسبات مماثلب نظام التعبير.
أنظمة النسخ الترجمة خالية من الخلايا يمكن هندستها من الكائنات الحية المختلفة للاستجابة لمطالب مختلفة 54. في كل E. القولونية الأجهزة النسخ الترجمة من نظام خالية من الخلايا يعرض هنا تمكن من استخدام الجراثيم و E. المروجين القولونية، وأنها يمكن أن تعمل بالتوازي أو بالتتابع في شلالات 55. انطباق العام وسهولة الاستخدام جعل طريقة أداة قوية لمزيد من البحث في سمية الأحماض الأمينية وتطبيق العلاجي.
The authors have nothing to disclose.
E.G. Worst and A. Ott acknowledge financial support by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) within the collaborative research center SFB 1027 as well as Saarland University. E.G. Worst, A. Ott and V. Noireaux further acknowledge financial aid by the Human Frontiers Science Program Organization (HFSPO). The authors thank Tobias Baumann and Stefan Oehm (Institute of Chemistry, Technische Universität Berlin) for critical reading.
Protective eyewear | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z758841 | |
Nitrile gloves (size S) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z768960 | Catalog numbers other sizes: Z768979 for M, Z768987 for L and Z768995 for XL |
Eppendorf Safe-Lock Tube 1.5 ml (PCR clean) | Eppendorf, Hamburg, Germany | 30123.328 | |
Microbalance Discovery DV114CM | Ohaus, Greifensee, Switzerland | 80104140 | |
Microspatula (L 6 5/8 in., stainless steel, rod diam. 0.09 in.) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z243213 | |
L-Canavanine | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | C9758 | Acute toxicity: wear eyeshields, dust mask, protective gloves |
Hydroxylysine (racemic mixture) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | H0377 | |
Cryo-gloves (size S, water resistent) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z183490 | Catalog numbers other sizes: Z183512 for M, Z183520 for L and Z183539 for XL |
RTS Amino Acid Sampler | Biotechrabbit, Hennigsdorf, Germany | BR1401801 | For homemade preparation of amino acid stock solutions, follow this protocol35 and use the solid amino acid kit LAA21-1KT, L-proline (81709-25G), L-cysteine (30089-25G), L-histidine (53319-25G) and L-lysine (L5501-5G) (all from Sigma-Aldrich, St. Louis, USA) |
HEPES | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | H6147 | |
ATP | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | A8937 | |
CTP | Affymetrix, Santa Clara, USA | 14121 | |
GTP | Affymetrix, Santa Clara, USA | 16800 | |
UTP | Affymetrix, Santa Clara, USA | 23160 | |
tRNA (from E. coli, pack size 100 mg) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 10109541001 | Catalog number for pack size of 500 mg is 10109550001 |
CoA | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | C4282 | |
NAD (from yeast ) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | N6522 | |
cAMP | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | A9501 | |
Folinic acid | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | F7878 | |
3-PGA | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | P8877 | |
Mg-glutamate | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 49605 | |
K-glutamate | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | G1149 | |
pBEST-OR2-OR1-Pr-UTR1-deGFP-T500 | Addgene, Cambridge, USA | Plasmid #40019 | |
4-20 % precast Tris-Glycine Gels (10 cm x 10 cm x 1 mm, 10 courses) | Anamed Elektrophorese, Groß-Bieberau / Rodau, Germany | TG 81610 | |
SDS running buffer (10 x concentrate, 5000 ml) | Anamed Elektrophorese, Groß-Bieberau / Rodau, Germany | TG 50001 | |
SDS loading buffer (2 x concentrate, 50 ml) | Anamed Elektrophorese, Groß-Bieberau / Rodau, Germany | TG 05002 | |
Unstained protein marker, broad range (2-212 kDa) | New England Biolabs, Ipswich, USA | P7702S | |
Methanol | Merck, Darmstadt, Germany | 1060091011 | Toxic by inhalation, in contact with skin and if swallowed: wear protective gloves and work under fume hood |
Acetic acid (99.8 %) | VWR International, Darmstadt, Germany | 20104.447 | |
Coomassie Blue G-250 (10 g) | Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany | 902120 | |
His-Spin Protein Miniprep kit | Zymo Research Europe, Freiburg, Germany | P2002 | Product also distributed by Zymo Research Corporation, Irvine, USA |
Trizma Base | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | T1503 | |
Hydrochloric acid | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | H1758 | |
Glycerol, 99 % | VWR International, Darmstadt, Germany | 24397.296DB | |
CentriPure Z25 mini spin columns | Genaxxon bioscience, Ulm, Germany | CP-0205-Z100 | |
Sodium chloride | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | S9888 | |
Concentrator 5301 | Eppendorf, Hamburg, Germany | 5301 000.210 | |
2xYT | MP biomedicals, Santa Ana, USA | 113012032 | |
Bacto-Agar | BD Diagnostics, Franklin Lakes, USA | 214010 | |
Bead-beating tubes (polypropylene microvials) | Biospec, Bartlesville, USA | 522S | |
Beads, 0.1mm dia. | Biospec, Bartlesville, USA | 11079101 | |
BL21 Rosetta 2 E. coli strain | Merck, Darmstadt, Germany | 71402 | |
Bradford BSA protein assay Kit | Bio-Rad, München, Germany | 500-0201 | |
Chloramphenicol | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | C1919 | |
Cuvettes, 1.5ml | Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA | 14-955-127 | |
DTT | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | D0632 | |
Micro Bio-Spin Chromatography Columns | Bio-Rad, München, Germany | 732-6204 | |
Nunc 384-well optical bottom plates | Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA | 142761 | |
Nunc sealing tape | Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA | 232701 | |
PEG-8000 | Promega, Madison, USA | V3011 | |
Potassium phosphate dibasic solution | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | P8584 | |
Potassium phosphate monobasic solution | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | P8709 | |
Slide-A-Lyzer dialysis cassettes, 10k MWCO (Kit) | Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA | 66382 | |
Spermidine | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 85558 | |
1L centrifuge bottle | Beckman-Coulter, Brea, USA | A98813 | |
4L Erlenmeyer flask | Kimble Chase, Vineland (NJ), USA | 26500-4000 | |
Avanti J-26XP centrifuge | Beckman-Coulter, Brea, USA | 393127 | Or centrifuge equivalent being able to centrifuge 1 l bottles. |
Forma 480 orbital shaker | Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA | 480 | Or shaker equivalent being able to shake chest-size 6 x 4 L . |
JLA-8.1000 rotor | Beckman-Coulter, Brea, USA | 363688 | Or 5000 x g rotor equivalent for above centrifuge equivalent being able to centrifuge 1L-bottles. |
Mini-Beadbeater-1 | Biospec, Bartlesville, USA | 3110BX | |
Microfuge 22R refrigerated microcentrifuge | Beckman-Coulter, Brea, USA | 368831 | Or centrifuge equivalent being able to centrifuge 2 ml reaction tubes. |
Heating block HLC HBT 130 | Labexchange, Burladingen, Germany | 24465 | Or heating block equivalent being able to heat samples in reaction tubes up to 100 °C |
Eppendorf MiniSpin centrifuge | Eppendorf, Hamburg, Germany | 5452000018 | Or centrifuge equivalent being able to centrifuge 2 ml reaction tubes. |
IKA Vortex 3 (4 mm orbital shaker diameter, 0 – 2500 rpm) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z654760 | Or vortex equivalent |
Scotsman AF103 ice flaker machine | Kälte-Berlin, Berlin, Germany | AF103 | Or ice flaker machine equivalent |
MyTemp mini digital incubator | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z763314 | Or incubator equivalent being able to heat samples at 29 °C |
EcoCell electrophoresis cell / chamber | Anamed Elektrophorese, Groß-Bieberau / Rodau, Germany | AN12005 | Or electrophoresis chamber equivalent being able to perform vertical gel electrophoresis with above precast gels or other used gels |
Power-phor power supply for electrophoresis cell / chamber | Anamed Elektrophorese, Groß-Bieberau / Rodau, Germany | AN12001 | Or power supply equivalent being able to supply above used electrophoresis cell / chamber with power |
VWR Signature Ergonomic High Performance Single-Channel Variable Volume Pipettors Starter Kit 1 | VWR International, Darmstadt, Germany | 613-5278 | Or equivalent micropipettes enabling to pipette similar volumes with the same precision |
VWR Signature Ergonomic High Performance Single-Channel Variable Volume Pipettors Starter Kit 2 | VWR International, Darmstadt, Germany | 613-5279 | Or equivalent micropipettes enabling to pipette similar volumes with the same precision |
Pipetman Tips Diamond D10ST (0.1 – 10 µl) | Gilson, Middleton, USA | F171101 | Or equivalent low-binding pipette tips enabling to pipette similar volumes with the same precision |
Pipetman Tips Diamond D200ST (2 – 200 µl) | Gilson, Middleton, USA | F171301 | Or equivalent low-binding pipette tips enabling to pipette similar volumes with the same precision |
Pipetman Tips Diamond D1000ST (100 – 1000 µl) | Gilson, Middleton, USA | F171501 | Or equivalent low-binding pipette tips enabling to pipette similar volumes with the same precision |
50 ml centrifuge tubes with screw caps (sterile) | VWR International, Darmstadt, Germany | 50-0156 | |
15 ml centrifuge tubes with screw caps (sterile) | VWR International, Darmstadt, Germany | 525-0150 | |
14 ml polypropylene tubes (round bottom, two-position vent stopper, sterile) | Greiner Bio-One, Frickenhausen, Germany | 187262 | |
Discovery BIO Wide Pore C5 HPLC Column (3 µm particle size, L x I.D. 10 cm x 2.1 mm) | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 567227-U | |
Agilent 1260 HPLC machine | Agilent Technologies, Santa Clara, USA | G1312B | |
6500 Series Accurate-Mass Quadrupole Time-of-Flight (Q-TOF) LC/MS | Agilent Technologies, Santa Clara, USA | G6530BA | |
Acetonitrile | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 270717 | |
FLUOstar Omega microplate reader | BMG Labtech, Ortenberg, Germany | 415-101 | Or microplate reader equivalent being able to measure the fluorescence of the expressed model protein |
Hanna Checker pH meter | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | Z351091 | |
Formic acid eluent additive for LC-MS | Sigma-Aldrich, St. Louis, USA | 56302 |