Transkriptom profilering av<em> In-Vivo</em> Produserte Bovine Pre-implantasjon Embryoet ved hjelp av to-farge microarray plattform

Tidlig embryo tap i høye produserende melkekyr er en av hovedutfordringene i meieriindustrien ^{1, 2.} Bovine har blitt en interessant modell for å studere human preimplantation embryo utvikling på grunn av deres tilsvarende utviklingsprosess ^{3, 4.} Men mer forskning er nødvendig for å få bedre forståelse om gener involvert i storfe tidlig embryoutvikling.

Etter tjue år siden den første mikromatriseteknologi utviklet i 1995 ^fem, utvikling av mer sofistikerte sonde fabrikasjon teknologi reduserte trykkfeil og variasjon av Array chips innen og mellom ulike microarray plattformer ^6. Forbedret mikromatriseteknologi resulterte i et allment bruk av denne teknologien i klinisk forskning ⁷ og mer nylig, tidlig embryo qKVALITET vurdering ^8.

Den store mengden av nødvendig materiale for microarray-teknologi er den viktigste årsaken til at mikromatriseteknologi i utgangspunktet ikke klarte å legge inn en rekke forskningsfelt som tidlig embryoutvikling. Mer nylig har RNA amplifikasjonsmetoder blitt forbedret for å forsterke lineært RNA opp til mikrogram nivå fra sub-nanogram RNA utgangsmateriale ^9. Det finnes flere kommersielle RNA forsterkersett er tilgjengelig på markedet; derimot, er de mer populære velutviklet kits relatert til Ribo-Single Primer Isoterm Amplification ¹⁰ og T7 promoter drevet ¹¹ metoder. Den mest populære antisense RNA forsterkning bruker in vitro transkripsjon med en oligo dT primer koble til en T7 promoter på 5 'enden ^12. Denne teknologien gjør det mulig å opprettholde mest mulig av representative anti-sense transkripsjoner etter lineær forsterkning feller arrays hybridisering ^13. Denne metode er blitt tilpasset for å forsterke pikogram nivå av total RNA ekstrahert fra bovine embryo ^8.

Universal hydraulikksystem (ULS) er merking metode som direkte omfatter DNA eller forsterkes RNA med platina bundet fluorescerende fargestoff enten cyanine 547 eller cyanine 647, ved å danne en koordinerende bånd på N7 posisjonen av guanin ^14. Denne metoden ble tilrettelagt i embryo forskning for å generere mer stabil forsterket Arna uten forbehold i forhold til aminoallyl modifisert Arna generert ved enzymatisk metode ^15. Både enkelt fargestoff og to fargestoffer merkemetoder er tilpasset bruker Universal hydraulikksystem i microarray. En stor microarray sammenligninger studien var at det er en god korrelasjon av datakvalitet mellom en- og to-farge matriseplattformer ^6.

Nylig har både T7 promoter stasjonn antisens RNA forsterker og ULS merkingsmetoder er blitt utviklet for å tilveiebringe en mer pålitelig protokoll for å generere en tilstrekkelig mengde av høy kvalitet merket Arna materialer for microarray hybridisering ^{8, 16.} Derfor denne studien gir en protokoll for å demonstrere noen av de viktige skritt fra RNA ekstraksjon til dataanalyse involvert i to farger microarray hjelp Dag 7 storfe embryoer som et eksempel.