Hipokampus epizodik bellek, mekansal navigasyon ve diğer bilişsel işlevler ^10,31 ile ilişkili yaygın olarak çalışılan medial temporal lob yapıdır. Alzheimer hastalığı, şizofreni, bipolar bozukluk ve nörodejeneratif ve nöropsikiyatrik rahatsızlıklarda rolü ^4,5,18,24,30 iyi belgelenmiştir. Bu yazının amacı 3T edinilen yüksek çözünürlüklü manyetik rezonans (MR) görüntüleri insan hipokampal alanlar için daha önce ³⁴ yayınlanmış manuel segmentasyon protokolüne ek ayrıntı sağlamaktır. Ayrıca, bu yazının eşlik video bileşeni kendi veri setlerinde protokolü uygulamak isteyen araştırmacılara daha fazla yardım sağlayacaktır.

Hipokampus histolojik olarak hazırlanmış otopsi gözlenen sitoarkitektonik farklılıklara dayalı altbaşlıklarla ayrılabilir ^12,22 numune. Böyle otopsi örnekleri grou tanımlamaknd belirlenmesi ve hipokampal alanlar çalışması için gerçeği; Bu nitelikteki hazırlıklar boyama beceri ve donanım uzman gerektirir ve özellikle hastalıklı toplumlarda, sabit doku durumu ile sınırlıdır, ancak. in vivo görüntüleme konularda çok daha büyük bir havuz avantajı vardır, ve de izlenmek için fırsat sunuyor çalışmalar ve toplumlarda gözlemleyerek değişiklikleri kadar. O T2 ağırlıklı ex vivo MR görüntülerde bu sinyal yoğunlukları gösterilmiş olmasına rağmen hücresel yoğunluk ^13, bu sadece MR sinyal şiddetlerini kullanarak altbaşlıklarla arasında tartışmasız sınırları belirlemek hala zor yansıtmaktadır. Bunun gibi, MR görüntülerinde histoloji düzeyinde detay belirlenmesi için farklı yaklaşımlar bir dizi geliştirilmiştir.

Bazı gruplar hipokampal alt alan neuroanat yerelleştirilmesine yeniden ve histolojik veri kümeleri dijital ortama aktarmak ve daha sonra görüntü kaydı teknikleri ile birlikte bu rekonstrüksiyon kullanmak için çabalarin vivo MR ^{1,2,8,9,14,15,17,32} üzerinde omy. Bu doğrudan MR görüntüleri üzerine histolojik zemin gerçeğin bir versiyonunu haritalama için etkili bir tekniktir olmakla birlikte, bu nitelikteki rekonstrüksiyon tamamlamak zordur. Bu gibi projeler bozulmamış medial temporal lob örneklerinde, histolojik teknikler, histolojik işleme sırasında veri kaybı, sabit ve in vivo beyinleri arasındaki temel morfolojik tutarsızlıklar durumu ile sınırlıdır. Diğer gruplar, in vivo olarak elde etmek için bir çaba yüksek alan tarayıcılar (7T ya 9.4T) kullandık ya da ex bir yeterince küçük olması (0,20-0,35 mm izotropik) voksel boyutu ile in vivo ve görüntüler mekansal için kullanılan görüntü kontrastında farklılıkları lokalize görselleştirilme altbaşlıklarla ^35,37 arasındaki sınırları anlaması. Hatta 7T-9.4T de ve bu tür küçük voksel boyutu ile hipokampal alt alanlardan sitoarkitektonik özellikleri görünmez. Bu nedenle, manüel bölütleme protokolleri geliştirilmiştirMR görüntülerinde bilinen histolojik sınırlarını pproximate. Bu protokoller, yerel görüntü kontrastı farklılıkları yorumlama ve görünür yapılara göre (örneğin düz çizgiler ve açılar gibi) geometrik kurallar tanımlayarak alt alan sınırları belirler. Yüksek alan gücüne çekilen görüntüler hipokampal alanlar içine ayrıntılı fikir sunabiliyoruz rağmen 7T ve 9.4T protokolleri şu anda uygulanabilirliği sınırlıdır, bu yüzden yüksek alan tarayıcıları, henüz klinik veya araştırma ortamlarında yaygın değildir. Benzer protokolleri 3T ve 4T tarayıcıları ^{11,20,21,23,24,25,28,33} toplanan görüntüler için geliştirilmiştir. Bu protokollerin çoğu koronal planda alt 1mm vokselleri voksel boyutlu görüntüler dayalı, ancak büyük dilim kalınlıkları (0,8-3 mm) ^{11,20,21,23,25,28,33} veya büyük dilim içi mesafeler sahiptir Bireysel alt alanlardan hacimlerinin tahmininde önemli bir ölçüm önyargı neden her ikisi de ^20,28. Buna ek olarak, mevcut 3T protokoller çokhipokampus baş ve kuyruk ^20,23,25,33 tamamı veya bir kısmı alt alanlarını dışlamak ya da önemli altyapılar (yani, CA2 / CA3 ile DG birleştirmek veya tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare arasında dahil değildir detaylı segmentasyonlar vermeyin CA) ^{11,20,21,23,24,25,28,33.} Güvenilir klinik ve araştırma ortamlarında yaygın olarak bulunan bir tarayıcı dayanmaktadır hipokampus baş, gövde ve kuyruk boyunca ilgili dalından belirleyebilir bir protokol ayrıntılı bilgi için alanda bir ihtiyaç duyulmaktadır. Çabaları laboratuarlar arasında hipokampal alt alan bölümleme işlemini uyumlaştırılması Hipokampal Alt Dallar Grubu (www.hippocampalsubfields.com) tarafından halen devam etmekte olup, tüm hipokampal segmentasyon ⁶ varolan uyum çabası ve 21 mevcut protokolleri karşılaştıran bir başlangıç ​​kağıda benzer geçenlerde ³⁸ yayınlandı . Bu gruptan eser daha uygun segmentasyon proce açıklamak olacakDURES.

Bu yazının güvenilir yüksek çözünürlüklü 3T MR görüntülerinde Winterburn ve arkadaşları ³⁴ tarafından daha önce açıklanan hipokampus alt alan segmentasyon protokolünü uygulamak için ayrıntılı yazılı ve video yönergeler sağlar. Protokol bütün hipokampus için sağlıklı kontrollerin beş görüntü ve beş hipokampal alanlar (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare ve subiculum) üzerine uygulanmıştır. Bunlar parçalı görüntüler kamu çevrimiçi (cobralab.ca/atlases/Hippocampus) mevcuttur. Protokol ve parçalı görüntüleri MR görüntülerinde ayrıntılı hipokampal nöroanatomisini eğitim almak isteyen gruplar için yararlı olacaktır.