高分辨率<em>在体内</em>使用3T磁共振成像手动分割协议为人类海马子字段

海马是与情节记忆，空间导航和其他认知功能^10,31相关联的广泛研究的内侧颞叶结构。其在神经变性和神经精神障碍，如阿尔茨海默氏症，精神分裂症和双相情感障碍的作用是证据充分的^{4,5,18,24,30。}本手稿的目标是提供额外的细节，以对在3T获得高分辨率磁共振（MR）图像对人海马子场察看³⁴出版的手册分割协议。此外，视频分量随本手稿将提供给研究者谁希望实现自己的数据集的协议进一步的帮助。

海马可以基于观察到的在组织学制备的验尸cytoarchitectonic差异分为子场标本^12,22。这种事后的标本定义GROU次为识别和海马子区研究真理。然而这种性质的制剂需要专门的技术和设备进行染色，并且通过固定的组织的可用性是有限的，尤其是在患病人群在体内成像具有主体大得多池的优点，并且还提供了机会为后续后续研究和人群观察变化。虽然它已被证明在T2加权体外的MR图像，信号强度反映蜂窝密度^13，它仍然是难以确定仅仅使用MR信号强度的子场之间的无可争议的边界。因此，已经开发了许多不同的方法用于识别MR图像组织学级别的细节。

一些团体努力重建和数字化组织的数据集，然后用这些重建以及图像配准技术本地化海马子neuroanatOMY 在体内 MR ^{1,2,8,9,14,15,17,32。}虽然这是一个有效的技术映射一个版本的病理基础事实直接到MR图像，这种性质的重建都难以完成。的项目，如这些是由完整的内侧颞叶标本，组织学技术，组织学处理期间的数据丢失，并固定和体内大脑之间的基本形态的不一致的可用性的限制。其他团体已使用高场扫描仪（7T或9.4T），以努力获得在体内或离体的影像具有足够小（0.20-0.35毫米各向同性）的体素尺寸的可视化空间定位，用于在图像对比度的差异推断子区^35,37之间的界限。即使在7T-9.4T和用这样一个小的体素尺寸，海马子场cytoarchitectonic特征是不可见的。这样，手动分段协议已经开发了一pproximate对MR图像已知的组织界限。这些协议通过解释本地图像对比度的差异并限定几何规则（如直线和角），相对于可见光的结构确定的子场边界。虽然在高场强拍摄的图像能够提供详细的洞察海马子场，高场扫描仪是尚未在临床或研究设置常见，因此7T和9.4T协议目前具有有限的适用性。类似的协议已被开发用于收集在3T和4T扫描器^{11,20,21,23,24,25,28,33}图像。许多这些协议是基于与在冠状面子1毫米体素的体素的尺寸的图像，但具有大的切片厚度（0.8-3毫米^{）11,20,21,23,25,28,33}或大间切片的距离^20,28，这两个导致各个子场的体积的估计中一个显著测量偏差。另外，许多现有的3T的协议排除的子场中的所有海马头部或尾部^20,23,25,33的全部或部分，或不提供的重要子结构（即，结合 DG与CA2 / CA3或不包括地层radiatum /腔隙/ moleculare详细分割在^{CA）11,20,21,23,24,25,28,33。}因此，有必要在该领域的协议，可以可靠地在整个头部，身体和海马的尾部是基于在临床和研究设置通常可获得的一个扫描器确定相关子场的详细描述。努力目前由海马子区组（www.hippocampalsubfields.com）正在进行协调实验室之间海马子场分割过程，类似于现有的协调工作对整个海马分割^6，以及比较21的现有协议的初始纸最近发表³⁸ 。从这个小组的工作将进一步阐明最佳分割PROCE的既定程序。

这份手稿提供了详细的书面和视频指令的可靠实现高分辨率3T磁共振成像被温特和他的同事³⁴前面所述的海马子分段协议。该协议对整个海马五个图像健康对照组和五个海马子字段（CA1，CA2 / CA3，CA4 /齿状回，地层radiatum /腔隙/ moleculare和下脚）得到落实。这些分割的图像都可以在公网上（cobralab.ca/atlases/Hippocampus）来。该协议与划分图像将是谁希望学习详细的海马神经解剖学磁共振图像组非常有用。