Proteomic analysis of any cell type is highly dependent on both purity and pre-fractionation of the starting material in order to de-complexify the sample prior to liquid chromatography mass spectrometry (MS). By using back-flushing techniques, pure spermatozoa can be obtained from rodents. Following digestion, phosphopeptides can be enriched using TiO2.
תאים-זרע הם די ייחודיים בין סוגי תאים. למרות שמיוצרים באשכים, שני שעתוק הגנים הגרעיני והתרגום כבויים פעם התא העגול מראש הסמן מתחיל להאריך ולהתמיין למה שהכיר מורפולוגית כתא זרע. עם זאת, תא הזרע הוא מאוד לא בוגר, שאין לו יכולת לתנועתיות או הכרת ביצה. שני האירועים הללו מתרחשים ברגע מעבר תאי זרע איבר משניים הידוע ביותרת האשך. במהלך מעבר היום ~ 12 שלוקח לתא זרע לעבור יותרת האשך, לאחר translational שינויים של חלבונים קיימים לשחק תפקיד מרכזי בהבשלה של התאים. היבט מרכזי אחד כזה הוא זרחון חלבון. כדי לאפיין אירועי זירחון התרחשו במהלך התבגרות זרע, שתי אוכלוסיות תאי זרע טהורות וטרום-חלוקה של phosphopeptides יש לקבוע. באמצעות גב טכניקות שטיפה, שיטה לבידודה של o תאי זרע הטהורהאיכות גבוהה f ותשואה מepididymides דיסטלי או הזנב מתוארת. הצעדים לsolubilization, עיכול, וטרום-חלוקה של phosphopeptides הזרע דרך Tio 2 כרומטוגרפיה זיקה מוסברות. ברגע בודד, ניתן להזריק לתוך phosphopeptides MS לזהות שני אירועי זירחון החלבון על שאריות חומצת אמינו מסוימות ולכמת את הרמות של מקום זירחון לוקח במהלך תהליכי התבגרות הזרע.
לאחר שיצא מהאשך, תאים-זרע הם מאוד מובחנים עדיין להפליא, תאים אלה הם לא בוגרים 1,2. ככזה, אין להם פונקציונליות מלאה, כולל היכולת לשחות ונקשר לביצית 3. למרות שנדרשה התבגרות נוספת של תא הזרע, זה לא יכול להתקיים באמצעות מסלולים הקנונית, שכן בשלב זה של תהליך התמיינות התאים שלהם, הם לא מסוגלים שעתוק הגנים וחלבונים נוספים ביוסינתזה 4. היכולת ביולוגית המוקנה תאי זרע שהם עוזבים את האשך והזן חלק ממערכת הרבייה של הגבר הידוע ביותרת האשך 5. יותרת האשך הוא צינור בחוזקה מפותל, מובחן מאוד שמחבר את צינורות efferent (של האשך) לצינור הזרע וקיים בכל יונקי זכרי 6. תאי זרע בהדרגה לרכוש פוטנציאל דישונם במהלך ירידת epididymal, בהסתמך על סביבת luminal המשתנה שהוא created על ידי תאי האפיתל epididymal המקומיים 7. פעילויות הקליטה מחדש הפרשה והשונות הנמצאות בסביבת המעשה epididymal לשנות את הזרע עצמו, שינוי הרכב חלבונים, הפחמימות ושומנים בדם שלה 6. החשיבות של יותרת האשך, במיוחד באזור הראשוני 'Caput' של מבנה זה כבר באה לידי ביטוי באמצעות טכניקות קשירה כירורגית 8. תאים-זרע נשמרים בתוך האשך על ידי קשירת צינור efferent הם לחלוטין חסרים כל יכולת להפרות את הביצית 9-11.
בנוסף לסביבת epididymal, מסלולי העברת אותות תוך עבודת תאי הזרע כדי שלאחר translationally לשנות את ההשלמה תא זרע הקיימת. לדוגמא, תאים-זרע מהאזורים המוקדמים של יותרת האשך להציג דפוסים שונים של זירחון חלבון בהשוואה לאזורים אלה האחרונים 5,12. הדבר אינו מפתיע שכן יש הבדלים עצומים בגapability של הזרע מאזורים אלה. לדוגמא, תאים-זרע מהמוקדם, Caput יותרת האשך הם immotilite. בניגוד לכך, תאי זרע מאזור cauda יעברו קדימה תנועתיות מתקדמת להציב פעם אחת במדיום איזוטוני. מאחר ותאי זרע epididymal אינם מסוגלים סינתזת חלבון דה-נובו, כל המסלולים הפנימיים המסדירים את תפקוד זרע חייבים להיות הדרך לאחר translational שינויים (PTM). מכאן, זה מתקבל על הדעת שפרוטאומיקה, ובפרט החקירה של PTMs כגון זרחון חייבת להיות דחף גדול אם ברצוננו להבין התבגרות תא זרע.
שיטה חלופית להשגת תאי זרע מepididymidies להשתמש רטרו-backflushing 13-16. למרות שטכניקה זו היא בהחלט זמן רב יותר ולוקחת מידה רבה יותר של מיומנות על ידי המפעיל, התאים-הזרע המתקבלים בעקביות להפגין טוהר העולה על 99.99%. בנוסף, בניגוד לכל הטכניקות האחרות, ca תאים-הזרעn להיות מבודד במצב שקט, מה שמאפשר ללמוד כיצד תנועתיות זרע היא יזמה. כהכנת מדגם הוא ההיבט החשוב ביותר לניתוח proteomic, בידוד של תאי זרע הפך לאחד ההיבטים החשובים ביותר של מחקרי זרע-proteomic. פרוטוקול זה מספק הסבר כיצד תאי זרע מבודדים מיותרת אשך cauda. בעקבות זאת, הליך העשרת 2 phosphopeptide TIO מתואר, תוך התייחסות ספציפית על איך לחלץ פפטידים מתאי הזרע מובחנים מאוד. גישת MS יכול לשמש כדי להבחין phosphopeptides שינוי אם היו להשוות את תאי זרע epididymal הזנב במדינה אחת (immotile או אי-capacitated) למשנהו (ניעתי, capacitated, acrosome הגיב, וכו ') מה שהופך את זה בגישה רבת עוצמה כדי לחקור זרע פונקציה.
הצעדים הקריטיים לניתוח proteomic מוצלח ושחזור של תאי זרע הם: 1) טוהר החומר המוצא; 2) הסרת מלחים וחומרי ניקוי לא רצויים; 3) denaturing חלבונים במלוא היקפם כדי לאפשר טריפסין לעכל תשואה גבוהה של חלבונים ו- 4) מזעור מדגם הטיפול כדי לצמצם את אובדן פפטיד.
כדי backflush יותרת האשך cauda בהצלחה, זה הכרחי כדי לאתר את האזור שממנו הזרע תצא. במקרה של שני עכברים ועכברים, זה בשיא של האזור הקעור, באמצע אזור הזנב של יותרת האשך (ראה איור 2 א). אם אחד מגיע צעד נוסף לעבר צינור הזרע, backflushing קלה יותר ושיעור ההצלחה הוא בדרך כלל גבוה יותר. עם זאת, זה בא על אובדן מספרי זרע. לחלופין, אם אחד מנסה להעביר לקרבה גדולה יותר לקורפוס, אז הסכום של לחץ דרוש כדי לדחוף את הזרע בחזרה דרך epididymצינוריות אל היא לעתים קרובות כל כך גבוהות, שניזק ליותרת האשך באופן בלתי נמנע מתרחש.
Backflushing של יותרת האשך מבוצעת באופן מסורתי באמצעות שמן מינרלי מים רוויים ותמיסת מלח מאוזנת במזרק עצמו כמדיום כדי להסיר את תאי הזרע 22-25. שני ההליכים הם פוטנציאל בעייתיים של LC-MS. ראשית, מינרלים עלולים לחסום את ננו-עמודי ננו-C18 המשמשים בעצם בעולם לניתוח וטיפול proteomic יש לקחת כל כך אף אחד, כי הוא מועבר בנוהל. במקרה זה, זה בלתי אפשרי להמשיך והמדגם איבד במהות. זה ניתן להתגבר על ידי השימוש בBWW או פתרונות מלח מאוזנים אחרים במזרק, עם זאת, למרות שזה מוצלח, אנו מוכרים כי רבים הזרע הפכו ניע בהקדם פתרון BWW בא במגע ומעורבב עם epididymal הזנב תאים. כדי לעקוף בעיה זו פשוט backflush תאי הזרע עם אוויר. לא רק הוא quality של תאי זרע דומה לזו של שיטות המבוסס על נוזל, אבל הכמות זהה.
Phosphoproteomics הוא אולי אחת הדרכים היחידים להקים בי מסלולי איתות מתרחשים בהודעה שפיכה-תאים-זרע. אחד מהמסלולים העיקריים שאנו חוקרים הוא התהליך של capacitation. תאים-זרע חייבים לעבור "capacitation" לפני שהוא מסוגל להיקשר לביצה. בפועל, זו מושגת בעצם על ידי דוגרים תאים-זרע לתקופה של זמן (דקות 40 עכבר; עכברוש 1.5 שעות; 3-24 שעות אדם) בפתרון BWW עם אלבומין בסרום. בעבר, אנחנו ואחרים הראינו תפקיד במשך כמה קינאז המעורב בcapacitation. של עניין, מחיקה של PKA μ II לייצר עכברי תאי זרע ששוחים באופן ספונטני במבחנה, אך לא יכול לעבור היפר 26. האחרון הוא סימן היכר של capacitation, לפיה תאי זרע לשנות את דפוס השחייה שלהם ממהירות גבוהה, משרעת נמוך, לנמוךמהירות, משרעת גבוהה הכה תדירות. הראינו קינאז במורד הזרם מעורב בתהליך זה כולל pp60-cSRC (SRC) 13,27 c-כן 28 ו- c-ABL 14. מעניין, עיכוב של SRC מפסיק זרחון טירוזין capacitation תלוי 13. עם זאת, ניתן להתגבר עם חומצת okadaic, המצביע על כך SRC אינו מעורב ישירות בתחילה הכללית של זירחון טירוזין 29 אך עשוי להסדיר phosphatase 29. הבעיה בשימוש בBWW כמדיום כדי לאלץ את תאי זרע אל מחוץ ליותרת האשך היא שהופעל בעבר תאים-זרע של העכבר, רק לקחת כ 40 דקות לcapacitate. בהתחשב בכך שבידוד של תאי זרע יכול לקחת 5 דקות / עכבר ולעתים קרובות כמה עכברים משמשים בניסוי, ולאחר מכן תאי זרע יהיו בשלבים שונים של בגרות בתחילת הניסוי. כדי להתגבר על זה, לחץ אוויר יכול לשמש כדי לדחוף את תאי הזרע מאשך הזנב לצינורית זכוכית. לא רק שכל inact הזרעive ובעצם כפי שהם היו נמצאים בסביבת הזנב, זה עושה את זה ניתן להשוות phosphoproteomics הלא-נעים ובניע.
לדוגמא טיפול לphosphoproteomics צריכה להישמר עד למינימום כאשר משווים את תאי זרע בשתי מדינות פונקציונליות שונות. השימוש בכלורופורם מתנול על פני שיטות מסורתיות אחרות של משקעים חלבון 1) מצמצם את הצורך בצעדים נוספים כביסה, 2) מסיר כמעט את כל עקבות של מלחים ושומנים ו 3) יש יכולת מוכחת כדי לזרז חלבוני שפע נמוכים מעל TCA 19. ממטרים חלבון לפני עיכול טריפסין מומלץ שכן לא רק זה לעזור ללפגל חלבון (שעוזר לעיכול טריפסין), אבל מסיר רב של מטבוליטים MS-עולה בקנה אחד הנוכחים בתא.
ההשוואה של phosphopeptides הזרע ניתן לעשות זאת במספר הדרכים. ברמה הבסיסית, השוואה פשוטה של phosphopeptide זוהה במדגם אחד, שלבעודמדגם בתהליך המכונה "ספירת רפאים" ניתן לעשות זאת. עם זאת ביקורת הייתה בגישה זו בעצם בגלל לימודי proteomic מוקדמים באמצעות חזרות נמוכות (לדיון מלא יותר לראות Lundren et al. 30). גישה מתוחכמת יותר היא להסתכל על עוצמת ההמונית הורה פפטיד ולהשוות את זה עם דוגמאות האחרות (השוואה ללא תווית). בדוגמא מוצגת באיור 4, ניתן לראות פפטיד נעדר מהלא-נעים ב( למעלה איור 4), אך קיים בניע תאים-זרע (בחלק תחתון איור 4) ממ '/ z 650-670. תהליך זה, המכונה כימות ללא תווית מבוססת MS הוא אסטרטגיה ללא תווית.
אסטרטגיה חלופית הנפוצה להפחית את כמות הריצות הנדרשות לכימות proteomic היא להשתמש איזוטופים. ככל שהמסה של איזוטופ היא שונה, ספקטרומטר המסה יכול לשמש כדי להשוות את העוצמות של eluting פפטידים. עם זאת, שלא כמו רוב סוגי תאים אחרים, כמה תיוג איזוטופי לא יכול להיות מיושם על תאי זרע. לדוגמא, התוספת של איזוטופים יציבים (איזוטופ אחד כבד מקבלת הוסיפה למדגם אחד, בעוד בגרסה קלה יותר מקבלת הוסיפה למשנהו) ניתן להשתמש בתרבית רקמה. כאשר איזוטופים מתמזגים בחלבון, ניתוח פרוטאומיקה יכול להתבצע על ידי שילוב של שתי הדגימות (ריבוב). עם זאת, במקרה של תאי זרע, זה לא יכול להיעשות, פשוט מכוח העובדה ש1) תיוג איזוטופ דורש כמה קטעים (עד 8) בתרבית רקמה ו- 2) תאי הזרע אין שעתוק הגנים גרעיני ותרגום, ולכן, הם לא יכולים לשלב איזוטופים לכל החלבון שלהם בכל מקרה. אחת דרכים לעקוף זאת היא להורות עכברי radiolabelled, לעומת זאת, אלה הם ידועים לשמצה יקרים. גישה חלופית היא להשתמש בתג כימי. הדבר נעשה כאשר עכברים-capacitated לא היו בהשוואה לעכברים capacitated. במקרה זה, D 0 וD <sub> 3 -label שימש להבחין בין מדגם אחד למשנו בספקטרומטר המסות 31. גישות אחרות יכולות לכלול השימוש בiTRAQ (תג isobaric לquantitation יחסי והמוחלט), לפיה lysines מסומנים כימי עם איזוטופים מסה שונים; iCAT (תג זיקת איזוטופ מקודד) לפי cysteines מסומנים עם איזוטופים מסה שונים ותיוג מים כבד וקל.
בכל מקרה ומקרה, עם זאת, דבר אחד צריך להיות כל הזמן בראש. MS מדווח רק את מה שקיים במדגם, ואת זה הוא השתקפות של כל מה שקרה שלדוגמה עד לנקודה ש. מזעור טיפול מדגם תוך מיקסום התשואה בכל שלב הוא הכרחי לניתוח proteomic מוצלח.
The authors have nothing to disclose.
The authors would like to acknowledge the NHMRC for career development award and grant support APP1066336 which supported this work.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
2,5-dihydroxy-1,4-benzoquinone | Aldrich | 195464 | |
2-D Quantitation Kit | VWR (GE Healthcare) | 80-6483-56 | |
Albumin from bovine serum | Sigma | A7030 | |
Ammonia Solution 25% | Merck | 1.05432 | |
Ammonium Bicarbonate | Sigma | A6141 | |
Calcium Chloride | Sigma | C5080 | |
CHAPS 3-[3-(cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate | Research Organics | 1300C | |
Chloroform | BDH | 10077.6B | |
di-sodium hydrogen phosphate | Merck | 1.06580 | |
Dithiothreitol (DTT) | Sigma | D9779 | |
Formic Acid | Sigma | O6440 | |
Glucose | Sigma | G6152 | |
Glutamine-L | Sigma | G7513 | |
Hepes (free acid) | Sigma | H3375 | |
Iodoacetic acid free acid | Sigma | I4386 | |
Lactic Acid | Sigma | L1750 | |
Magnesium Chloride | Res. Org. | 0090M | |
Methanol | Merck | 10158.6B | |
Percoll (sterile) | VWR (GE Healthcare) | GEHE17-0891-01 | |
Phosphatase Inhibitor Cocktail Halt | ThermoFisher Scientific (Pierce) | PIE78420 | |
Potassium Chloride | Sigma | P9333 | |
Potassium Hydrogen Carbonate | Medical Store | CH 600 | |
Sodium Bicarbonate | Sigma | S3817 | |
Sodium Chloride | Sigma | S7653 | |
Sodium di-hydrogen phosphate | Merck | 1.06346 | |
Sodium hydrogen carbonate | BDH | 10247.4V | |
Sodium Pyruvate | Sigma | S8636 | |
Tris Ultra Pure Grade | Amresco (Astral) | AM0497 | |
Trypsin Gold-Mass Spec Grade | Promega | V5280 | |
Urea | Sigma | U5128 | |
Zinc Chloride | Sigma | Z0173 | |
0.4 mm polyethylene tubing | Goodfellow | ET317100 | |
30 gauge needle | Terumo | NN2038R | |
3 mL syringe | Terumo | SS035 | |
4.2 mm polyethylene tubing | Goodfellow | ET317640 | |
Braided silk (5-0) | Dynek | CSS0100 | |
Trichloroacetic acid | Sigma | 299537 | |
TiO2 beads (from disassembled column) | Titansphere | 6HT68003 | |
Eppendorf Tube | Eppendorf | 22431081 | |
C7B30 | Sigma | C0856 |