심사 양적, 높은 처리량의 표현과 소규모 대장균 문화의 융합 단백질의 분석 정화하기위한 프로토콜을 설명하고 이황화 풍부한 동물 독의 표적 단백질의 발현에 적용됩니다.
대장균 (E. 콜라이)는 구조적 및 기능적 연구에 대한 재조합 단백질의 생산에 널리 이용되는 발현 시스템이다. 많은 단백질이 불용성 형태로 표현하기 때문에, 단백질을 정제하는 것은 때때로 도전이다. 어렵거나 여러 대상으로 작업 할 때 그것은 따라서 신속하게 용해 식의 조건을 식별하기 위해 높은 처리량 (HTP) 작은 규모의 단백질 발현 검사 (1-4 ml의 문화)를 사용하는 것이 좋습니다. 실험실의 다양한 구조 유전체학 프로그램 (재조합 단백질의 0.1 ~ 100 ㎎ / L 문화의 범위 내) 양적 HTP 단백질 발현 검사 프로토콜이 단백질의 수천에 구현하고 검증 된 대처하기. 프로토콜은 액체 핸들링 로봇을 이용하여 자동화 된뿐만 아니라 특수 장비없이 수동으로 수행 될 수있다.
이황화 풍부한 독 단백질 얻고있다치료 약물 리드로 자신의 잠재력에 대한 인식을 증가시킨다. 그들은 매우 유력한 선택이 될 수 있지만, 자신의 복잡한 이황화 결합 네트워크는 생산에 도전합니다. FP7 유럽 Venomics 프로젝트 (의 일원으로서 www.venomics.eu ), 우리의 도전은 기능적인 특성에 대한 새로운 독 단백질의 수천을 생산을 목표로 생산 성공 전략을 개발하는 것입니다. 이황화 결합의 이성화 DsbC의 산화 환원 특성에 힘 입어 우리는 E.의 산화, 기능 독 펩타이드의 발현을위한 우리의 HTP의 제작 파이프 라인을 적용 대장균 세포질. 프로토콜은 또한 다양한 디술 풍부한 단백질의 생산에 적용될 수있다. 여기에서 우리는 우리의 파이프 라인은 동물의 독 단백질의 생산에 적용 보여줍니다. 프로토콜이 여기에 설명으로는 수용성 이황화 풍부한 단백질이 일주일에 한 작은 얻을 수 가능성이 높습니다. 비록 작은 스케일에서 회를 사용할 가능성이있다전자 파일럿 연구에서, 또는 민감한 마이크로 분석을위한 특성화, 질량 분석에 의해 산화 상태의 유효성을 검사하는 단백질을 정제.
유전체학의 발전과 새로운 단백질의 발견의 빠른 속도에 의해 동기 부여, 높은 처리량의 파이프 라인 검사 및 최적의 단백질 생산 전략의 식별을위한 전통적인 접근 방식을 병렬 처리하기 위해 개발되었습니다. 최적화 될 가능성이 변수는 다른 표정이 대상이 샤페론 14,15 함께 5, 융합 파트너 6-13 공동 발현을 변형, 1,2, 3,4 온도, 미디어 2,3 균주 세포질, 포함 하나 이에 한정되지 않는다 또는 세포질 표현 16-18, 정제 버퍼 구성 요소 3. 배치 별 편차를 제한하면서, 높은 처리 방법, 다양한 변수 또는 여러 표적 높은 수준의 효율성과 병렬로 테스트 할 수있는 구현을 따라. 우리의 경험, 전략은 동일한 문화 (온도, 미디어, 통풍 등), 정제 조건 (같은 집용을 사용하여 규모 확대에 따라 재현성을 제공합니다N, 완충제 등). 여러 높은 처리량 플랫폼, 즉 같은 융합 파트너, 표현의 변종 또는 온도 19 ~ 23 등 다양한 매개 변수를 통해, 수용성 단백질 발현을위한 조건을 식별하기 위해 지난 10 년간 사용되어왔다.
우리는 최근에 용해 이황화 풍부한 단백질 11의 발현에 대한 우리의 높은 처리량 검사 방법을 사용했다. 선택된 단백질은 악의에 찬 소스에서뿐만 아니라이었다, 또한 식물, 돼지, 소와 인간을 포함한 종의 넓은 범위에서 이황화 풍부한 효소 억제제가 포함되어 있습니다. 실험은 12 다른 융합 파트너 및 28 이황화 망상 단백질의 용해도 및 폴딩에 3 개의 다른 발현 균주의 효과를 비교했다. 우리는 스트레인 BL21의 생산을위한 융합 파트너 (DE3)로 DsbC를 사용 pLysS를 크게 outproduced (얻은 수용성 단백질의 수율과 수 모두에서) 긴장과 융합의 다른 조합이 11 테스트 것을 보여 주었다.이 실험의 결과는 이황화 풍부한 표적 발현 더 적합 하나에 (단백질의 넓은 범위의 발현 스크리닝에 사용되었다) 오리지널 일반 높은 처리 파이프 라인 (22, 24)를 적응시키기위한 기초를 형성했다. 동물의 독에서 이황화 풍부한 단백질은 특별한 관심입니다. 독은 약리 및 치료 적으로 잠재적 인 가치로, 생리 활성 펩타이드와 단백질의 복잡한 혼합물이다. 그러나, 이황화 결합을 포함하는 단백질의 발현은 간단하지 않습니다. 이 단백질은 일반적으로 일곱 이황화 결합을 하나 사이에 포함하고 활성화하기 위해 올바른 이황화 결합 패턴과 산화해야합니다. 현재 플랫폼은 FP7 유럽 VENOMICS 프로젝트 (www.venomics.eu)의 일부로 이황화 풍부한 동물 독 많은 단백질의 발현을 심사 및 대상의 수천의 높은 처리량의 표현에 대한 새로운 프로토콜을 벤치마킹하는 데 사용되는 . 여기서, 자동화 된 방법높은 처리량 소규모 발현 검사 및 정화 (그림 1 참조)에 제공된다 이황화 풍부한하는 동물 독 단백질을 적용했다. 이황화 풍부한 펩타이드 및 단백질에 대한 전략은 표적 단백질을 분해 될 HIS-DsbC 융합을 만드는 정화 및 산화 환원 활성 융합 파트너, DsbC위한 HIS 태그를, (그림 2 참조)를 사용합니다.
프로토콜의 초점은 본원 액체 핸들링 로봇과 HTP 전기 영동을 사용하여 자동화 있지만, 이들 방법은 기본 설정과 심지어 연구소 고가의 장비에 대한 전제 조건없이 프로토콜을 활용할 수 있다는 것을 의미 또한 높은 처리량 수동 방식에 적합 . 정제 및 분석 (이황화 풍부한 단백질에 특정하지 않음)로 변환을위한 수동 프로토콜은 다른 곳에서 24 게시 된 여기 반복하지 않는다. 재조합에 의해 생성 된 표현 클론의 수동 절차의 처리량 (,수용성 단백질 수준의 분석에 국가 복제 25) SDS-PAGE 감지) 또는 384 (4 X 96을 사용하여 (96이다 (그림 1 참조)) 주 문화를 점 오점 및 SDS-PAGE (26)를 사용하여. (예 캘리퍼스 GXII LabChip 시스템 (22)과 같이, 액체 핸들링 로봇 (26) 및 도트 블롯 또는 HTP 전기 영동을 사용하여 반자동 방식으로 수행 경우에 증가 될 수있다 여기에 설명 된대로 일주에 병렬로 최대 1,152 (12 × 96) 문화에 대한 결과)의 분석. 일정한 진탕 인큐베이터 충분한 통기 짧은 궤도 고속 진탕 배양기의 사용을 필요로 96 (DW96) 포맷 (진탕 디프 웰에서 성장 배양 달리 사용될 수 있도록 배양은 디프 웰 24 (DW24) 형식으로 수행 800 rpm에서). 자동 유도 매체 (27)의 사용은 또한 수동 유도 단계를 제거 식을 단순화한다. 연구소는 이미 사전 정의 된 표현과 푸리를 사용하는 경우에도문법을 없애는 조건, 이들은 단순히 효율을 향상시키기 위해 본 HTP 시스템으로 직접 전달 될 수있다. 이황화 풍부한 단백질에 대한 높은 처리량 스크리닝 파이프 라인의 상세한 회로도는도 3에 제공된다. 파이프 라인의 파라미터주세요 단백질 생산을위한 가장 유용한 조건을 선택하도록 허용 광범위한 스크리닝 실험 11, 22에 기초하여 선택 하였다.
특성은 샘플의 마이크로 그램 수십 충분한, 또는 민감한 기능 분석 및 결합 분석 (예를 들어, 낮은 볼륨 HTP 패치 클램프 시스템 28)을위한 것입니다 파일럿 연구에서 작은 규모의 표현에서 직접 정제 태그 단백질에서 수행 할 수 있습니다. 동일도 태그와 프로테아제 (역상 HPLC에 의해, 예를 들어) 제거 제공, 벽개 후에 태그가 대상에 수행 될 수있다. 품질 관리도 (예상 크기 및 산화 성을 확인하기 위하여 질량 분석계에 의해 수행 될 수있다ATE) 또는 크로마토 그래피 방법은 () 29 순도 이질성을 확인합니다. 때로는 분열 (특히 난 용성 단백질 30, 31에 대한) 불필요한 또는 바람직하지 않은 태그를, 그래서이 프로토콜의 분열에 선택 사항입니다. 에 관계없이, 모든 구조에 직접 (그림 2 및 토론 참조) 절단 후 기본 단백질을 생산하는 표적 유전자를 이전 TEV 단백질 분해 효소 절단 부위 (ENLYFQ / [G] 32)이있다. 융합 태그의 절단을 원하는 경우, 절단 효율을 분석하기 위해 작은 규모 (용출 분획 또는 '열') 시험 할 수 있으며, 이후의 스케일 업 실험 수율 신뢰성 추정치를 요구하고 구하는 경우의 조건을 최적화한다.
친 화성 정제시 사용하는 구슬의 볼륨에 대한 두 가지 옵션이 실험의 목적과 기대에 따라이 있습니다. (파일럿 또는 MS 분석을 위해 정제 또는 extrapol 극력 단백질을 포착 할 수있는) 스케일 업 수율 먹은 수지의 200 μL의 최종 볼륨이 시스템의 포화 전에 ~ 100 ㎎ / L 문화의 범위에서 가용성 단백질의 검출을 허용, 사용되어야한다) 제 8.1 (프로토콜 (A 참조) . 실험의 목적은 수용성 단백질의 낮은 양의 검출 된 경우에는, 그 후에 수지의 50 μL의 최종 부피는 (B (프로토콜 참조 0.1-25 ㎎ / L 배양의 범위에서 가용성 단백질의 검출을 가능하게 적합 ) 8.2 절에).
필요한 경우 생산 수용성 발현을 확인 조건을 사용하여 더 구조 및 기능 연구에 정제 대상 밀리그램 수량을 얻기 위해, 확장 할 수 있습니다. AFMB에서 사용 스케일 업 프로토콜의 세부 사항은 다른 곳에서 (22, 24) 논의되었다.
실험 설정, 프로토콜 내에서 중요한 단계에 관련된 더 자세한 사항은, 수정 및 문제 해결 및 기술의 한계는 디스크에 제공된다ussion. 실험을 시작하기 전에 설명을 읽어 보시기 바랍니다.
우리는 각 단계에서 90 %의 성공률을 기대할 프로토콜 걸쳐 (예를 들어, 문화의 적어도 90 %는 임의의 소정 단계에 성장한다). 실험의 모든 단계의 성공율이 90 % 아래로 떨어지면 샘플은 폐기되고, 실험은 구조물의 전체 컬렉션에 대해 반복된다. 이것은 시험 단백질에 매우 의존적 일 것이다 그러나이 성공률 등 수용성 단백질 또는 100 %의 효율로 절단 구조의 비율을 표현하는 구문의 수에 적용 할 수 없다.
로봇의 작업 테이블의 셋업에 대한 특정 세부 사항은 다른 작업대 셋업에 필요한 그러나 그들이 적용 할 수있다, (또한 그림 4 참조) 각 프로토콜에 제공됩니다. 로봇 하드웨어 (테칸)는 96 채널 팔 (MCA96), 로봇 매니퓰레이터 (로마) 및 8 채널 액체 처리 헤드 (구성LIHA). MCA96를 사용하는 모든 단계는 LIHA이 단계 사이에 세척 할 필요가 있기 때문에 그들이 오래 걸릴 것이다 MCA96를 사용할 수없는 경우 LIHA를 사용하여 수행 할 수 있습니다. 로봇이 기술적으로 무균 환경은 아니지만, 항생제를 포함하는 것이 일반적으로 오염이나 불임에 문제가되지 않도록합니다.
가용성, 접힘, 기능성 단백질의 발현에 대한 하나의 보편적 인 프로토콜이 없습니다. 비용 및 시간 효율적일 여러 대상 작업 대부분의 실험실 또는 단백질 코어 설비 따라서 표적 대부분 수용성 활성 단백질을 얻기 변수 유용한 '일반적인'조합을 찾기 위해 선별 높은 처리량 단백질 발현을 사용하세요. 우리는 이황화 풍부한 펩타이드 및 단백질 11의 수용성 발현에 일반적으로 적용 융합 파트너 것으로 DsbC을 발견했습니다. DsbC 융합 및 높은 처리량 방법을 사용하여, 주 내에서 여러 대상의 가용성 식 (11)을 관찰 할 수있는 다음과 같은 소개에서 논의 된 것과 같은 추가적인 변수는 더 최적화가 필요한 대상에 대한 후속 라운드에서 상영 할 수있다. 여기에 설명 된 프로토콜은 이황화 풍부한 단백질과 펩타이드의 발현을 목표로하고 있습니다. 그러나, 사용자의 특급하고자하는높은 처리량 방식으로 RESS 비 그물 단백질은 해당 프로토콜은 이전에 발표 된 다른 곳에서 (22, 24)을 발견 할 수있다.
높은 처리량 설정이 용해 식 또는 동시에 여러 표적 유전자에 대한 (다양한 융합 태그 포함) 식 구조의 많은 수의 검사에 대한 다른 많은 단백질의 심사를 포함하여 응용 프로그램의 수, (이상적입니다 또는 여러 식은 성공률을 향상시키기 위해 단일 대상)에 대한 구성한다. 이 플랫폼은 또한 대상의 많은 수의 새로운 프로토콜의 벤치마킹 및 유효성 검사에 사용할 수 있습니다. 다른 응용 프로그램은 하나의 어려운 대상에 대한 변형 검사, 예를 들어, 모든 orthologs 또는 같은 가족의 구성원, 또는 실험에서 단일 대상의 돌연변이의 패널 생산의 성공을 테스트 할 수 있습니다. 이 프로토콜은 또한 공동 발현 벡터 (위트와 조합하여 사용되어왔다H의 하나는 아래로 당겨 올바른 복합체 형성과 화학 양론 (33)를 확인하기 위해보다 철저한 생물 물리학 적 분석에 의해 다음에 단백질 – 단백질 복합체의 예비 특성을 허용하는) 유일한 단백질을 태그. 정제 된 단백질의 양은 마이크로 분석법 (기능 시험, 단백질-DNA (34) 또는 단백질 – 단백질 상호 작용 분석) 때로는 적합하다. 높은 처리량 발현 스크리닝 전략 몇 가지 장점이있다 : (ⅰ) 대상의 다수를 테스트 할 수있는 능력 또는 번의 실험에서 많은 변수, (ⅱ) 제한된 배치 별 편차, (ⅲ)는 단순하고 (V) 자동화를위한 잠재력 및 추적 (VI) 단순, 더 큰 규모로 깊은 우물, (IV) 확장 성 및 재현성을 사용하여 작은 규모에서 일하는 개별 튜브 (레테르를 붙이기, 이하 취급하지의 용이성 ) 혼합 개별 튜브의 취급보다 플레이트 형식을 사용하거나 클론의 교환 할 때 도입 실수.
<p클래스 = "jove_content"> 프로토콜 절에서 논의되지 않지만, 아래에서 간략하게 설명되는 실험의 준비를위한 몇 가지 중요한 고려 사항이있다. 논의에 대한 더 많은 우리의 이전 출판 (24)를 참조하십시오. 최대 효율성을 위해, 그것은 대상의 다수의 하위 복제를 단순화하기 위해, 높은 처리량 복제에 적합한 시스템을 가지고 도움이됩니다. VENOMICS 프로젝트의 초기 단계를 위해, 우리는 일주일에 클론의 수백의 속도로 모든 대상 벡터에 서브 클로닝을 허용하는 다양한 게이트웨이 재조합 시스템 (25)을 사용한다. 게이트웨이 재조합 복제에 대한 프로토콜은 인비 트 로젠의 웹 사이트에서 찾을 수 있습니다. 높은 처리량 복제에 대한 다른 대안은 37 복제 내고 독립적 인 복제 (LIC) (35, 36)과 제한없는 (RF) 등이 있습니다. 항목 클론 컬렉션에서, 주형 DNA에서 PCR에 의해 포함, 표현의 대상 유전자를 얻기 위해 여러 가지 방법이 있습니다 또는VENOMICS 프로젝트를 위해 선택한 전략 합성 유전자,. 합성 유전자는 유전자 및 유전자 합성의 각 끝에 재결합 사이트로 주문할 수 있습니다 표적 유전자 서열의 쉬운 코돈 최적화 (희귀 대장균 코돈을 제외 할) 수 있습니다. 이 권장되지만 필수되지 않습니다. 희귀 코돈의 높은 숫자, 로제 2 (매우 대장균에서 발현되지 않는 희귀 코돈에 tRNA에 탑재) (DE3) pLysS를을 포함 코돈 최적화하지 않고 대상의 BL21 (DE3) pLysS를보다 더 적합 할 수있다. 세포질의 일반적으로 감소 환경에서 이황화 결합의 감소를 제한하는 것이 가능한 변종이 있지만, 우리 손에 그들은 일반 E.만큼 성공하지 않은 콜라이 11 균주.분석 규모의 친화력 정화는 수용성 융합 단백질을 복구하고 수율을 정량화하기 위해 테스트 식의 문화에서 수행됩니다. 정량적 데이터는 일에 얻을 수있다문화가 100 ㎎ / L – 0.1의 범위로 표현되는 융합 단백질의 전자 수용성 수율. 대상이 용해되지 않으면 다른 융합 파트너를 추구하기 전에, 다른 표현과 유도 온도, 변형 또는 매체를 테스트 할 수 있습니다. 이황화 풍부한 단백질의 수용성 발현을 위해, 우리는 이전에 세포질 식 11 DsbC> DSBA> GST> MBP> TRX는> HIS 태그로 융합 파트너의 효과를 평가했다. 세포질 표현은 이황화 풍부한 대상의 성공 접는 도움을 수있는 또 다른 가능성이다. 주변 세포질 세포질보다 덜 감소 환경 및 이황화 결합을 지원하기 위해 유용한 산화 환원 보호자를 포함한다. DsbC, DSBA 및 MBP 단백질은 일반적으로 자신의 주변 세포질 신호 서열에 의해 세포질로 지역화됩니다. 이 폴딩을 지원하기 위해 주변 세포질 공간 이황화 풍부한 대상을 지시하는 이러한 태그를 악용 할 수있는 기회를 제공합니다. 난치성 목표 들어, 다음 단계는 P로 될(이것은이 프로토콜의 범위를 벗어난 것으로 여기에 3 구를 논의하지 않을 것이다) 용해 및 접힘, 봉입체에서 불용성 HIS-태그 목표를 urify. 이것은 단지 하나 또는 두 개의 디설파이드 결합을 갖는 대상에 대해 매우 간단하지만, 이황화 결합의 수가 증가함에 따라 점점 더 어려워지고있다. 다른 방법으로, 특히 네 개 이상의 이황화 결합과 단백질 및 펩티드, 그것은 효모, 곤충이나 포유류의 표현으로 복잡한 생산 시스템을 시도 도움이 될 수 있습니다.
소형화 및 자동화의 발전과 함께, HTP의 전기 생리학 실험실 – 온 – 칩 기술 (28)는 의심 할 여지없이 기능 분석을위한 미래의 방법이 될 것입니다. 우리는 (아마도 구조적 연구 제외)이 대규모 배양의 필요성을 부정한다 대부분의 목적을 위해 그것을 직시. 작은 규모의 문화 표현의 조건을 심사하는 데 유용 할뿐만 아니라, SUF를 제공 할 수있을 것뿐만 아니라ficient이 소형화 기능 분석을위한 시료의 양은. 기능적 특성화를 위해 충분한 양으로 평행하게 복수의 타겟을 생산하는 능력이 배양 및 플랫폼의 이러한 종류를 사용하여 비용을 절감하고, 재조합 단백질의 발현 및 특성화 추가 비용 및 시간 효율적인해질 것이다.
프로토콜은 여기에 FP7 유럽 VENOMICS 프로젝트의 초기 단계에서 이황화 풍부한 펩타이드와 단백질의 발현에 적용되었습니다. 독은 종종 흥미로운 약물 가능성이 생리 활성 펩타이드의 훌륭한 소스입니다. 그러나, 그들의 생산 인해 복잡한 이황화 결합 패턴과 작은 크기에 도전합니다. 본원에 기술 된 것과 같은 고 처리량의 플랫폼을 사용하여, 프로젝트 VENOMICS 자연에서 볼 다양성을 재현하기 만 신규 독 펩티드 라이브러리를 생성하는 것을 목표로하고있다. 이 라이브러리는 이황화-R의 특성을 위해 이용 될 것입니다신약 개발을 목표로 잠재적 인 약물이나 치료 응용 프로그램과 무형 문화 유산 펩티드. 이 플랫폼은 현재 VENOMICS의 프로젝트에서 사용하기 위해 새로운 프로토콜을 벤치마킹하고 유효성을 검사하는 데 사용하고있다.
The authors have nothing to disclose.
이 작품은 VENOMICS 프로젝트, 일곱 번째 프레임 워크 프로그램 (FP7 건강 2,011에서 2,015 사이)을 통해 278,346 ° 유럽 프로젝트 보조금 N에 의해 지원되었다. VENOMICS 프로젝트는 유럽의 여러 연구 기관과 기업 간의 협력입니다 :
AFMB, 엑상 프로방스, 마르세유 대학교 (프랑스), CEA 클레 (프랑스), NZYTech (포르투갈), SistemasGenomicos (스페인), 대학 드 리에 주 (벨기에), VenomeTech (프랑스), Vitamib (프랑스), 뉴질랜드 제약 (덴마크)
이 작품은 통합 구조 생물학 (FRISBI) ANR-10-된 InSb-05-01 프랑스의 인프라에 의해 지원되었다.
저자는 또한 비디오의 촬영을위한 준비를 지원 씨 제레미 Turchetto에게 감사의 말씀을 전합니다.
Tecan Freedom EVO 200 liquid handling robot | Tecan Group Ltd. | Protocols can be adapted to any liquid handling robot with a vacuum manifold for plates. http://www.tecan.com/platform/apps/product/index.asp?MenuID=2694&ID=5270&Menu=1&Item=21.1.8 |
|
96-well PCR (PCR96) plates | Greiner Bio-One | 652270 | http://us.gbo.com/bioscience/detail/2504/ |
LB medium | Autoclaved for sterility. | ||
Antibiotic stocks | Kanamycin (50 mg/ml), Ampicillin (100 mg/ml), Chloramphenicol (34 mg/ml in ethanol), store stocks at -20 °C. Use a 1 in 1000 dilution. | ||
Deep-well 96 (DW96) plate with 2.42 ml volume capacity | Greiner Bio-One | 780270 | Autoclaved for sterility. http://us.gbo.com/bioscience/detail/2462/ |
Expression vectors | For the expression of target constructs. Store at −20 °C. | ||
BL21 (DE3) pLysS competent cells | Or alternative E. coli expression strain of the user's choice. Store at −80 °C. | ||
Breathseal breathable adhesive film | Greiner Bio-One | 676050 | |
PCR machine with 96-well plate block | For the transformation heat shock and boiling of SDS-PAGE/Caliper samples. | ||
24-well sterile tissue culture plates | Greiner Bio-One | 662165 | http://us.gbo.com/bioscience/detail/2220/ |
LB-agar | Autoclaved for sterility. | ||
200 μl sterile disposable tips | Tecan Group Ltd. | 30 038 617 | http://www.tecan.com/platform/apps/product/index.asp?MenuID=2283&ID=4118&Menu=1&Item=21.4.1.2 |
Multitron Shaking Incubator, with 3 mm throw | Infors | AJ103 | Not essential, a regular shaking incubator can also be used. http://www.infors-ht.com/index.php/en/ |
Plate incubator | |||
Microtiter plate | For glycerol stocks and elution using purification protocol B. | ||
Glycerol | For the preparation of glycerol stocks. | ||
200 μl disposable tips | Tecan Group Ltd. | 30 038 616 | http://www.tecan.com/platform/apps/product/index.asp?MenuID=2283&ID=4118&Menu=1&Item=21.4.1.2 |
Adhesive tape pads | Qiagen | 19570 | http://www.qiagen.com/Products/Catalog/Lab-Essentials-and-Accessories/Tape-Pads |
Bactinyl | Orapi Group | Or equivalent microbial disinfectant. | |
ZYP-5052 medium | See Table 1 for recipes of components. | ||
Deep well 24 (DW24) plates,10 ml capacity | Whatman | 7701-5102 | Autoclaved for sterility. http://www.whatman.com/UNIPLATECollectionandAnalysisMicroplates.aspx#7701-5102 |
Flat-bottomed, clear microtiter plate | Greiner Bio-One | 655101 | For absorbance readings. http://us.gbo.com/bioscience/detail/2029/ |
Plate reading spectrophotometer | Optional. For measuring OD600nm of cultures. | ||
Centrifuge with rotor for deep well plates | Suitable for 3800 x g. | ||
Lysozyme | 50 mg/ml in water. Store at −20 °C. | ||
Imidazole ACS grade | Merck | IX0005-1 | A high quality grade of imidazole must be used so that it will not interfere with A280 readings for calculating protein yield. |
Lysis buffer | 50 mM Tris, 300 mM NaCl, 10 mM imidazole pH 8 containing 0.25 mg/ml lysozyme (or your preferred buffer). Add lyzozyme from stocks each time and do not store for extended periods. | ||
Water bath | |||
Plate sonicator (Ultrasonic processor XL, adapted for deep well plates) | Misonix Inc. | Not essential. Lysozyme alone is normally sufficient for nearly complete lysis. | |
DNase | 2 mg/ml stock in water, filter sterilized. Store aliquots at −20 °C. | ||
Magnesium sulphate (MgSO4) | 2M stock in water, autoclaved. | ||
SDS-PAGE or Caliper sample buffer | |||
Binding buffer | 50 mM Tris, 300 mM NaCl, 10 mM imidazole pH 8 (or your preferred buffer). Store at 4 °C. | ||
Wash buffer | 50 mM Tris, 300 mM NaCl, 50 mM imidazole pH 8 (or your preferred buffer). Store at 4 °C. | ||
Elution buffer | 50 mM Tris, 300 mM NaCl, 250 mM imidazole pH 8 (or your preferred buffer). Store at 4 °C. | ||
96-well Receiver/Filter Plate 20 µm, 1.8 ml capacity | Macherey-Nagel | 740686.4 | http://www.mn-net.com/ProductsBioanalysis/Accessories/tabid/10909/language/en-US/Default.aspx |
200 μl disposable wide bore tips | Tecan Group Ltd. | 30 050 348 | http://www.tecan.com/platform/apps/product/index.asp?MenuID=2283&ID=4118&Menu=1&Item=21.4.1.2 |
Ni Sepharose 6 Fast Flow resin | GE Healthcare | 17-5318-02 | For purification of target fusion proteins. Store at 4 °C. Wash and equilibrate before use. http://www.gelifesciences.com/webapp/wcs/stores/servlet/productById/en/GELifeSciences/17531802 |
Tobacco Etch Virus (TEV) protease | Optional, for cleavage. 2 mg/ml, without reducing agents in storage buffer. Store at −80 °C. | ||
96-well 0.22 µm filter plate | Millipore | MSGV N22 10 | Optional. To filter the soluble fraction after cleavage. http://www.millipore.com/catalogue/item/msgvn2210 |
SDS-PAGE/dot blot equipment or Caliper Labchip GXII equipment | Electrophoresis apparatus and choice of gel type is at the user’s discretion. | ||
Spectrophotometer and cuvettes | For measuring absorbance at 280 nm (A280) to calculate yield of soluble proteins. Not required if the analysis is done on the Caliper. | ||
ZipTip pipette tips | Millipore | Optional. The type of ZipTip is at the user's discretion. C4 resin should be used for larger proteins, while for peptides C18 may be better. Alternative methods for desalting of samples may also be used to clean up samples before further quality control. http://www.millipore.com/catalogue/module/c5737#0 |
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Materials are listed in the order in which they are required in the Protocol section. Reagents can be stored at room temperature unless noted otherwise. Reference numbers for the author’s preferred choice of materials are provided, however equivalent products may also be suitable. For reagents where the brand will not influence the outcome of the experiment, the company details have been omitted. |