ScanLag is a high-throughput method for measuring the delay in growth, namely lag time, as well as the growth rate of colonies for thousands of cells in parallel. Screening using ScanLag enables the discrimination between long lag-time and slow growth at the level of a single variant.
Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are affected both by the doubling time of the microorganism and by any delay in growth upon transfer from one condition to another, the lag. The ScanLag method enables the characterization of these two independent properties at the level of colonies originating each from a single cell, generating a two-dimensional distribution of the lag time and of the growth time. In ScanLag, measurement of the time it takes for colonies on conventional nutrient agar plates to be detected is automated on an array of commercial scanners controlled by an in house application. Petri dishes are placed on the scanners, and the application acquires images periodically. Automated analysis of colony growth is then done by an application that returns the appearance time and growth rate of each colony. Other parameters, such as the shape, texture and color of the colony, can be extracted for multidimensional mapping of sub-populations of cells. Finally, the method enables the retrieval of rare variants with specific growth phenotypes for further characterization. The technique could be applied in bacteriology for the identification of long lag that can cause persistence to antibiotics, as well as a general low cost technique for phenotypic screens.
Las bacterias han evolucionado para responder a muchas de las condiciones estresantes. Una característica general de adaptación al estrés es un cambio en la dinámica de crecimiento de 1,2. La dinámica del crecimiento se caracterizan principalmente por dos parámetros: la tasa de crecimiento exponencial y el tiempo de retardo, es decir, el tiempo necesario para adaptarse a las nuevas condiciones. Considerando que un gran número de métodos de alto rendimiento se centran en las mediciones de la tasa de crecimiento, el tiempo de retardo es a menudo un parámetro de vecinos, aunque es el parámetro crucial para la caracterización de la adaptación a las nuevas condiciones. La cuantificación de la adaptación a las condiciones cambiantes que tradicionalmente se ha realizado utilizando métodos manuales laboriosas 3,4. Más recientemente, las técnicas avanzadas se han desarrollado para el análisis de células individuales 5,6. Sin embargo, todavía es difícil distinguir el crecimiento normal después de un retraso en el crecimiento (a saber, un tiempo de retraso) 2,3 de crecimiento lento. Un método automático se construyó, ScanLag 7, adiscriminar entre estos dos fenotipos similares.
Un ejemplo notable de la importancia del estudio de la distribución del tiempo de retardo se revela bajo tratamiento con antibióticos. Antibióticos y otros factores de estrés Muchos matan células sólo crecen activamente, y, por lo tanto, las células que están "quedando" están protegidos 8. Para controlar el tiempo de retardo, se puede observar células individuales bajo un microscopio y supervisar el tiempo hasta la primera división. Un inconveniente importante de este método es que el intervalo de tiempo dinámico es limitada; aquellas células que están creciendo temprana cubren la superficie a un ritmo exponencial, disminuyendo eficazmente el crecimiento de las células con un mayor tiempo de retardo. El uso de cámaras de flujo evita algo esta 5, pero un número limitado de células puede ser rastreado y la fracción de bacterias que salen de la fase de latencia después de la mayoría de la población ha comenzado a crecer no puede ser observada. A pesar de estas limitaciones, varios estudios han evaluado la influencia del nivel de diferente hincapié en la distribución del tiempo de demora mediante microscopía de células individuales 9-12. Otra manera de controlar la distribución del tiempo de retraso es a través de las mediciones de turbidez 13,14. Muchas culturas paralelas, cada uno comenzó a partir de una sola célula, se cultivan en un lector de densidad óptica que mide el número de bacterias en la cultura a través del tiempo. Este método está limitado por la precisión de la extrapolación y al número de pozos en una placa.
Un método automático fue desarrollado, llamado ScanLag, que permite tiempos de retardo y las distribuciones del tiempo de crecimiento que deben evaluarse, incluso para el pequeño porcentaje de bacterias en una población que tiene tiempos de retardo muy largos. El método se basa en la detección de colonias en placas de agar de nutrientes convencionales 15 (Figura 1). Para automatizar la detección de 16,17 una serie de escáneres comerciales 18 que son dirigidas por el software en casa para adquirir periódicamente las imágenes de las placas, fue diseñado. Software fuediseñado para analizar automáticamente las imágenes y extraer parámetros cuantitativos 19,20, tales como el tiempo de aparición de cada colonia y el crecimiento de tiempo de cada colonia, que se define aquí como el tiempo para crecer a partir de 20 píxeles a 80 píxeles. Aquí presentamos el método en detalle, incluyendo la configuración del sistema y la utilización del software de análisis de imagen automatizado que ha sido mejorado con una mejor interfaz de usuario.
Este método puede ser adaptado para medir otras características de colonias, tales como la morfología y color. La medición de estos tipos de parámetros que permitirá el uso del sistema en fenómica multidimensionales. Como el método detecta colonias de células individuales, el sistema puede revelar nuevos fenotipos que no pueden ser medidas por las mediciones de nivel de población. La técnica permite la detección y recuperación de variantes raras, y facilita la detección de rasgos deseados.
Métodos microscópicos basados en la observación directa se consideran a menudo como el "estándar de oro" para el estudio de la conducta de una sola célula. ScanLag, que permite la medición de la distribución de los tiempos de retardo en las poblaciones de bacterias, proporciona datos en buen acuerdo con la distribución obtenida a partir del análisis de una sola célula y alcanza estadísticas mucho más altas.
Varios pasos críticos tienen que ser realizadas para que este método funcione bien: primero, no ponen en peligro la resolución del escáner, que debe ser 4800 x 9600 para obtener buenas imágenes. En segundo lugar, ser conscientes de que sin el módulo de administración de energía (paso 1.6), gradiente de temperatura se puede desarrollar en la superficie plana y afectar el crecimiento. Otro paso importante es la filtración de defectos tales como polvo que puede haber sido contabilizado erróneamente como colonias por el software. La resta incorporado fondo del software generalmente supera estos defectos, pero las colonias a veces "falsas" quefiltrar manualmente.
Los principales pasos para solucionar problemas podrían abordar la variación entre placas en la configuración, debido a varias razones: (a) La tasa de crecimiento de los microorganismos se ve afectada por la temperatura. Las diferentes condiciones de temperatura y humedad pueden ocurrir debido a la ventilación desigual o ubicación de la antena en la incubadora. (B) La electrónica del escáner pueden calentarse y causar un gradiente de temperatura a través de la superficie del escáner. La Figura 10 muestra la influencia de tales gradiente de calor espacial sobre las bacterias Bacillus, junto con las mediciones de la temperatura en la superficie del escáner antes y después de la implementación del módulo de administración de energía (paso 1.6). Tenga en cuenta que puede no ser necesario para los nuevos escáneres de este módulo, y si se utiliza sólo una parte de la superficie del escáner, la administración de energía puede ser innecesario. (C) Las placas con diferente opacidad del nutriente agar pueden dar lugar a diferentes niveles de detección. Figura 11 muestra thtolerancia e para diferentes volúmenes de agar nutriente que resultan en diferentes opacidades.
Experimentalmente la técnica ScanLag es fácil de realizar y requiere sólo a la placa microorganismos en los platos de Petri estándar, y para colocarlos en la superficie del escáner. El software que fue desarrollado controla todo el procedimiento. La adquisición de imágenes se realiza automáticamente, y el análisis de imágenes para el seguimiento de colonia también es automática. Además, el sistema se puede escalar en marcha para medir muchas condiciones diferentes al mismo tiempo. Finalmente, el método se basa en escáneres de oficinas comerciales y, por lo tanto, es de bajo costo.
Esta técnica se puede ampliar para el estudio de los microorganismos que se diferencian a partir de E. coli K-12, sin embargo varias consideraciones tiene que ser hecho. En primer lugar, la influencia de las colonias que aparecen primeros en las posteriores tiene que ser evaluada, como se describe en detalle en una publicación previa 7. Para E. Coli K-12, lala densidad máxima de UFC por placa es 200. Otras cepas con diferentes tamaños de las colonias, y otra diafonía posible entre colonias, podría requerir una densidad diferente. En segundo lugar, el análisis de las placas está calibrado para software basado en umbrales específicos que podrían necesitar ser modificada, dependiendo del contraste entre el medio sólido y las colonias. El software se puede extender también para extraer otras características de las colonias, más allá de retardo y tasa de crecimiento. El código de software está abierto y se puede modificar para extraer la forma de colonias, el brillo, la suavidad y el color.
Debido a que las mediciones se realizan en las colonias que se originan a partir de células individuales, los datos revelan nuevos fenotipos que no pueden ser medidas por las mediciones de nivel de población. La importancia de la distribución del tiempo de retardo se revela en la presencia de antibióticos. Muchos antibióticos son conocidos por ser eficaces sólo contra células en crecimiento; Por lo tanto, siempre y cuando las células se mantienen en la fase de latencia y no crecen, son proprotegidos de los efectos de esos antibióticos 21. Cuando el número de bacterias sobrevivientes se evalúan a intervalos de tiempo durante el tratamiento antibiótico 15,22,23, una subpoblación de bacterias, llamado persisters, a menudo se reveló. En ciertos casos, la inmunidad al tratamiento con antibióticos se origina a partir de retraso prolongado. Utilizando esta configuración, este retraso se revela y con frecuencia tiene una distribución no trivial 24 (Figura 6). Este método también permite la recuperación de mutantes raros. Por ejemplo, después de la siembra de una población mutagenizada, mutantes pueden identificarse basándose en el fenotipo y aislar directamente, sin selección. La configuración también podría monitorear las interacciones célula-célula midiendo el crecimiento de las colonias como una función de la densidad de las colonias cercanos y para cuantificar fenómenos tales como la detección de quórum o la propagación de bacterias que pululan. Información Multidimensional descubierto por futuros experimentos utilizando este método dará lugar a una mejor caracterización de la población microbianas y a los avances en la investigación médica y ambiental.
The authors have nothing to disclose.
We thank Eliq Oster for the images of the Bacillus subtillis. The work is supported by the European Research Council (# 260871) and the Israel Science Foundation (#592/10).
Name of Material | Company | Catalog Number | Comments/Description |
Bacto Agar | BD | 214010 | |
Difco LB broth | BD | 240230 | |
Petri dish 90mm | Miniplast | 20090-01 | |
Name of Equipment | |||
Epson Perfection v37 | Epson | B11B207201 | Flatbed Scanner with Optical resolution: 4800 dpi, Hardware Resolution: 4800 x 9600 dpi, color bit depth 48-bit. |
Epson Perfection v200 | Epson | B11B188011 | |
Epson Perfection 3490 | Epson | B11B177011 | |
ADU200 USB Relay | ONTRAK | ||
pieces of sterile black felt cloth | custon made | approximatly 100 x100 mm | |
white plate holders | custon made | surface size, with 6 x 99mm diameter hole | |
Delerin rings the size of the Petri dish | custon made | inner diameter: 72 mm outer diameter: 86 mm top outer diameter: 90 mm |