O encapsulamento de transcrição livre de células e Tradução Máquinas em vesículas para a Construção de Mimics celulares

1. Preparando o Modelo de DNA Purifica-se o plasmídeo a partir de uma estirpe de laboratório padrão de E. coli, tais como E. coli DH5a ou Nova azul com um kit comercial. Em alternativa, um produto de PCR linear pode ser purificado de forma semelhante com um kit comercial. Eluir o DNA apenas com H 2 O. Fenol-clorofórmio extrair a solução de ADN 26. Determinar a concentração de DNA e da pureza, por exemplo, por absorção de UV ou outros métodos adequados. É importante a utilização de ADN altamente puro para a eficiente transcrição-tradução. 2. Preparando o Fina Lipid Film Pesa-se o pó de lípido seco e dissolver em solventes. Para 1-palmitoil-2-oleoil-sn-glicero-3-fosfocolina (POPC), as soluções de reserva são preparadas em clorofórmio a uma concentração de 40 mg / ml. Nota: Os solventes orgânicos devem sempre ser manuseados com pipetas de vidro e garrafas. Em outras palavras, o plástico não tem de ser usado. Loja ssoluções tock no ar apertados, garrafas de vidro âmbar resistentes a solventes a -20 ° C, de preferência sob argônio. Alíquotas de 12 umol a POPC (220 ul de 40 mg / ml de solução) para um balão de fundo redondo de 5 ml. Evapora-se o solvente com um evaporador rotativo (Figura 1) para gerar a película lipídica fina. Fixar firmemente a balão de fundo redondo ao tubo de alimentação com um grampo circular e iniciar a rotação do frasco. Iniciar a circulação de água através da serpentina de condensador. Usando um banho de calor não é necessária, porque clorofórmio tem um baixo ponto de ebulição de 61,2 ° C à pressão atmosférica normal. Assegure-se que o sistema é aberto para a atmosfera através da verificação de que a torneira é aberta. Ligar a bomba de vácuo e, lentamente, fechar a torneira de passagem para aplicação do vácuo ao sistema. Uma fina película de lípido é depositado nas paredes do balão de fundo redondo, durante a evaporação rotativa, formando uma película opacaque é visível a olho nu. Deixe o evaporador rotativo continuar por 0,5-2 horas. Para parar o processo, liberam lentamente a pressão de vácuo, parar a rotação, e retirar o balão de fundo redondo. 3. Ressuspensão de lipídios e homogeneização Vesicle Adicionar 1 ml de 18,2 mohms H2O à película lipídica fina directamente no balão de fundo redondo. Vortex vigorosamente a solução a uma velocidade máxima, cerca de 3.200 rpm, até que o filme de lípidos destaca a partir do vidro, que é observável a olho nu. Transferir a solução de lípidos num tubo de microcentrifugação de 2 ml. Definir-se um anel de estar a realizar um homogeneizador com uma ponta de 5 mm. Coloque um suporte microcentrífuga abaixo do homogeneizador para prender firmemente a dispersão de lípidos. Lavar o elemento de dispersão do homogeneizador por imersão da ponta em 18,2 mohms H2O e correr durante alguns segundos. Colocar o elemento de dispersão directamente na dispersão de lípidos assegurando thna ponta não toca o fundo do tubo de microcentrífuga. Homogeneizar durante 1 min no nível de potência 4 ou 14.000 rpm. 4. Extrusão vesícula e liofilização Montar as partes do mini-extrusor (Figura 2), que consiste num invólucro exterior e uma porca de fixação que abriga dois membrana de Teflon interno suporta, dois O-rings, e um rolamento de Teflon. Colocar os dois O-rings nos sulcos dos suportes de membranas internas. Prewet dois filtros e uma membrana de 400 nm. Os filtros vai ser colocado contra a Teflon dentro de os anéis de vedação com a membrana entre elas. Colocar a membrana de suporte dentro do invólucro exterior da extrusora com a membrana rodeado por dois filtros em entre os anéis de vedação. Coloque o mancal de teflon dentro da caixa e coloque a porca de fixação e aperte com a mão. Lavar duas seringas e preencha um com 18,2 mohms água. Insira as agulhas de seringa na pequena holes do teflon em cada extremidade da montagem de extrusão. As agulhas devem deslizar facilmente, não force as agulhas. Prenda a extrusora com as seringas na extrusora habitação e prender. Passar a água através do extrusor, empurrando lentamente a água para fora da seringa e para o outro. Isso representa uma passagem. Repita o procedimento para um total de três passagens, garantindo que não haja vazamentos presentes. Retire a seringa de água e descarte a água. Encher uma seringa com a amostra, atribuem à extrusora, e lentamente passar a solução através da membrana das vesículas, como descrito acima no passo 4.3. Repita a 10x para um total de 11 passagens. Conforme o processo de extrusão prossegue, a amostra irá tornar-se menos turva e mais fácil empurrar através da membrana. Uma queda súbita na resistência, no entanto, geralmente indica uma ruptura da membrana. Transferir a solução de vesículas extrudidas e fazer 40 mL alíquotas das vesículas em tubos de microcentrífuga.Flash congelar cada alíquota em gelo seco ou em nitrogênio líquido. Liofiliza-se cada alíquota com um evaporador centrífugo durante a noite a 30 ° C. Armazenar as vesículas vazias liofilizadas a -20 ° C. 5. Encapsular maquinaria de transcrição-tradução Misture os componentes da reacção de transcrição-tradução e adicionar 20 unidades de inibidor de RNase. Incubar em gelo. Adicionar o molde de ADN. Para obter uma reacção de controlo, 250 ng de um plasmídeo mVenus codificando uma proteína fluorescente ou semelhante por trás de um promotor de transcrição de T7 e um forte E. coli local de ligação ao ribossoma é recomendada. Levar o volume final de 25 ul com água sem RNase. Hidrato de uma alíquota de vesículas liofilizados (a partir do passo 4.6) com 10 ul da reacção montados no passo 5.3. Vortex brevemente a mistura até que as vesículas são ressuspensas. Isso deve levar menos de 30 segundos. Incubar a reação em gelo por 30 min para permitir que as vesículas a inchar. Dilui-se a mistura de vesículas de 20 vezes para um volume final de 30 ul pela adição de 1,5 ul de vesículas em 27,0 ul de 50 mM Tris-HCl, 50 mM de NaCl, pH 7,4 e 1,5 mL de 20,2 mg / ml de Proteinase K. A DNase e RNase Também podem ser adicionados neste ponto como uma alternativa para a proteinase K para degradar o material extravesicular. Incubar durante pelo menos 2,5 horas a 37 ° C. 6. Microscopia Examine as vesículas eo progresso da produção de proteína fluorescente em diferentes pontos do tempo. As vesículas que têm um diâmetro maior do que os 400 nm de tamanho de poro da membrana utilizada para a extrusão das vesículas. Prepara-se uma câmara de medição, colocando um 20 x 5 mm espaçador de silício sobre uma lâmina de microscópio padrão. Pipetar 10 ul de vesículas para a câmara de amostragem. Coloque uma tampa de vidro siliconizada deslizamento sobre a câmara. Observe as vesículas com um 63X dispersão de óleo or objectivo semelhante por microscopia de campo brilhante e fluorescência, usando o conjunto de filtro apropriado para a proteína fluorescente explorada.