Summary

Dannelse av Bestilte biomolekylære strukturer ved selvbygging av Short Peptider

Published: November 21, 2013
doi:

Summary

Dette notatet beskriver dannelsen av svært bestilt peptid-baserte strukturer ved den spontane prosessen med selv-montering. Framgangsmåten benytter kommersielt tilgjengelige peptider og vanlig laboratorieutstyr. Denne teknikken kan anvendes på et stort utvalg av peptider og kan føre til oppdagelse av nye peptid-baserte sammenstillinger.

Abstract

I naturen er komplekse funksjonelle strukturer som er dannet av selvbygging av biomolekyler under milde betingelser. Å forstå hvilke krefter som styrer selvbygging og etterligne denne prosessen in vitro vil føre til store fremskritt i de områder av materialvitenskap og nanoteknologi. Blant de tilgjengelige biologiske byggeklosser, peptider har flere fordeler som de presenterer betydelig mangfold, deres syntese i stor skala er grei, og de ​​kan enkelt endres med biologiske og kjemiske enheter 1,2. Flere klasser av peptider er utformet slik som cykliske peptider, amfifil peptider og peptid-konjugater selv montere inn bestilte strukturer i oppløsning. Homoaromatic dipeptider, er en klasse av korte selv-sammensatte peptider som inneholder all den molekylære informasjon som trengs for å danne bestilt strukturer som nanorør, sfærer og fibriller 3-8. Et stort utvalg av disse peptidene er kommersielt tilgjengelig.

<pclass = "jove_content"> presenterer Dette papiret en prosedyre som fører til dannelsen av bestilte strukturer ved selvbygging av homoaromatic peptider. Protokollen krever bare kommersielle reagenser og grunnleggende laboratorieutstyr. I tillegg beskriver papiret noen av de fremgangsmåter som er tilgjengelige for karakterisering av peptid-baserte sammenstillinger. Disse metodene inkluderer elektron og atomic force mikroskopi og Fourier-transform infrarød (FT-IR). Videre demonstrerer manuskriptet blanding av peptider (coassembly) og dannelsen av en "perler på en snor"-lignende struktur av denne prosess. 9. Protokollene som presenteres her kan tilpasses andre klasser av peptider eller biologisk byggeklosser og kan potensielt lede til oppdagelsen av nye peptid-baserte strukturer og for å bedre kontrollen av deres montering.

Introduction

Natur former bestilt og funksjonelle strukturer av prosessen med biomolekylære selv-montering. Å forstå hvilke krefter som styrer denne spontane prosessen kan føre til at evnen til å etterligne selvbygging in vitro og dermed til store fremskritt i området for materialvitenskap 10,11. Peptides, spesielt, holder meget lovende som et biomolekylære byggesten, siden de presenterer store strukturelle mangfold, enkel kjemisk syntese, og kan lett bli funksjonalisert med biologiske og kjemiske enheter. Feltet av peptid selvbygging ble utviklet av Ghadiri og hans kolleger, som demonstrerte selvbygging av peptid nanorør ved sykliske peptider med vekslende D-og L-aminosyrer 12. Andre vellykkede tilnærminger til utformingen av peptid forsamlinger omfatter lineære bolaamphiphile peptider 5, amphiphiles (AP) 6, nonconjugated selv utfyllende ioniske peptider 13, overflate-lignende peptider <sup> 4,14, og diblock copolypeptides 15.

En nyere tilnærming innebærer selv-montering av korte aromatiske peptider, kalt homoaromatic dipeptider. Disse peptider omfatte bare to aminosyrer med aromatisk natur (f.eks Phe-Phe, tert-butyl dikarbonat (Boc)-Phe-Phe) 7,8,16-21. De strukturer som er dannet av disse homoaromatic peptider omfatter rørformede strukturer, kuler, flak-lignende sammenstillinger og fibre 6,8,15,21-32. Fibrene i noen tilfeller gi en fibril mesh som gir et hydrogel 33-37. Disse forsamlingene har blitt utnyttet for anvendelser av biosensing, levering av legemidler, molekylær elektronikk, etc. 38-45

Dette notatet beskriver de eksperimentelle skritt som trengs for å starte spontane selvbygging av homoaromatic peptider. I tillegg presenterer den prosessen med peptid coassembly. Denne prosessen innebærer at selv-montering av flere enn en type peptidmonomer.

Vår demonstrasjon omfatter coassembly av to kommersielt tilgjengelige peptider: Den diphenylalanine peptid (NH2-Phe-Phe-COOH) og dens Boc beskyttede analog (Boc-Phe-Phe-OH). Hvert av peptidene selv setter sammen til en supermolecular struktur: diphenylalanine peptid danner rørformede sammenstillinger og Boc-Phe-Phe-OH Peptid selv setter sammen til enten kuler eller fibre, avhengig av det løsningsmiddel 7,17,46. Vi blandet de to peptider i visse forhold, og det resulterende sammenstillinger karakterisert ved elektronmikroskopi, kraft mikroskopi, og FT-IR-spektroskopi. Metodene viste dannelse av et peptid-basert struktur som består av sfæriske elementer med en diameter av flere mikron (1-4 mm) som er forbundet med langstrakte monteringer med en diameter på noen få hundre nanometer (~ 300-800 nm) . Systemene likne perle strengene i deres morfologi, som de sfæriske strukturer synes å være tredd pålangstrakte forsamlinger. Vi har derfor kalt disse forsamlinger "biomolekylære hals". De "biomolekylære halskjeder" kan tjene som et nytt biomateriale, som et stoff levering agent eller som et stillas for elektroniske søknader. Videre kan fremgangsmåten som fører til selv-sammenstillingen av peptider anvendes med andre klasser av peptider og biomolekyler. Det kan føre til en bedre forståelse av de krefter som er involvert i selvbygging og dannelse av nye bestilt strukturer.

Protocol

En. Selvbygging av Homoaromatic dipeptider Veie det ønskede peptid i sin lyofilisert form (f.eks NH2-Phe-Phe-OH, Boc-Phe-Phe-COOH), og utarbeide en stamoppløsning ved oppløsning av peptidet i 1,1,1,3,3,3-hexafluoro -2-propanol (HFP) til den passende konsentrasjon (for eksempel 100 mg / ml for NH2-Phe-Phe-OH og Boc-Phe-Phe-COOH) 7,17,46. Bland-løsning ved hjelp av vortex-og sted på benken til peptidet er fullstendig oppløst og løsningen synes …

Representative Results

Dette dokumentet beskriver en fremgangsmåte for dannelse av bestilte strukturer på nano-og mikrometerskala ved selv-montering av peptider. For å demonstrere denne enkle prosess vi presenterer og karakterisere coassembly av to enkle aromatiske peptider (figur 1). Ett av peptidene er den NH2-Phe-Phe-OH (diphenylalanine) peptid, som kan selv montere i en vandig oppløsning inn i hule rørformede strukturer med nanometric dimensjoner 7. Den andre peptid er dens Boc beskyttede analog…

Discussion

Oppsummert viser dette papiret den enkle der peptid-baserte forsamlinger kan dannes in vitro. Prosessen omfatter kommersielt tilgjengelige peptider og oppløsningsmidler, og det skjer spontant under omgivelsesbetingelser, ved tilsetning av et polart oppløsningsmiddel til testrøret. Det er viktig å bruke HFP som et oppløsningsmiddel av peptidene, på grunn av den lave oppløselighet av peptidene i andre organiske løsningsmidler. Dessuten er på grunn av den høye flyktighet av HFP det nødvendig å forbered…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dette arbeidet ble støttet av Marie Curie International Reintegrering Grant og ved den tysk-Israel Foundation. Vi erkjenner Mr. Yair Razvag for AFM analyse.

Materials

Name of Material/ Equipment Company Catalog Number Comments/Description
NH2-Phe-Phe-OH Bachem G-2925.0001
Boc-Phe-Phe-OH Bachem A-3205.0005
1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol Sigma-Aldrich 52512-100ML
Ethanol absolute (Dehydrated) AR sterile Bio-Lab Ltd. 52555 Blending with TDW for the preparation of 50% solution
Uranyl acetate Sigma-Aldrich 73943 For negative staining. It is possible to work without it.
glass cover slip Marienfeld Laboratory Glassware 110590
TEM grids Electron Microscopy Sciences FCF200-Cu-50 Formvar/Carbon 200 Mesh, Cu
Quantitive filter paper Whatman 1001055
Deuterium Oxide (D2O) Sigma-Aldrich 151882-100G 99.9 atom % D
CaF2 window PIKE Technologies 160-1212 25 mm x 2 mm window. For FT-IR measurments
AFM tips NanoScience Instruments CFMR Aspire probes, CFMR-25 series
Filter units Millipore SLGV033RS Millex-GV, 0.22 μm, PVDF, 33 mm, gamma sterilized
SEM FEI Quanta 200 ESEM
TEM FEI Tecnai T12 G2 Spirit
AFM JPK Instruments A JPK NanoWizard3
FT-IR Thermo Fisher Scientific Nicolet 6700 advanced gold spectrometer
FT-IR Purge Parker BALSTON FT-IR Purge Gas Generator model 75-52
OMNIC (Nicolet) software Thermo Nicolet Corporation For FT-IR spectra analysis
Vortex mixer Wisd Laboratory Equipment ViseMix VM
Weight Mettler Toledo NewClassic MS
Sputter coater Polaron SC7640 Sputter Coater

Referências

  1. Rajagopal, K., Schneider, J. P. Self-assembling peptides and proteins for nanotechnological applications. Curr. Opin. Struc. Biol. 14, 480-486 (2004).
  2. Ulijn, R. V., Smith, A. M. Designing peptide based nanomaterials. Chem. Soc. Rev. 37, 664-675 (2008).
  3. Bong, D. T., Clark, T. D., Granja, J. R., Ghadiri, M. R. Self-assembling organic nanotubes. Angew. Chem. Int. Ed. 40, 988-1011 (2001).
  4. Vauthey, S., Santoso, S., Gong, H. Y., Watson, N., Zhang, S. G. Molecular self-assembly of surfactant-like peptides to form nanotubes and nanovesicles. P. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5355-5360 (2002).
  5. Matsui, H., Gologan, B. Crystalline glycylglycine bolaamphiphile tubules and their pH-sensitive structural transformation. J. Phys. Chem. B. 104, 3383-3386 (2000).
  6. Hartgerink, J. D., Beniash, E., Stupp, S. I. Self-assembly and mineralization of peptide-amphiphile nanofibers. Science. 294, 1684-1688 (2001).
  7. Reches, M., Gazit, E. Casting metal nanowires within discrete self-assembled peptide nanotubes. Science. 300, 625-627 (2003).
  8. Reches, M., Gazit, E. Molecular self-assembly of peptide nanostructures: mechanism of association and potential uses. Curr. Nanosci. 2, 105-111 (2006).
  9. Yuran, S., Razvag, Y., Reches, M. Coassembly of Aromatic Dipeptides into Biomolecular Necklaces. ACS Nano. 6, 9559-9566 (2012).
  10. Zhang, S. G. Emerging biological materials through molecular self-assembly. Biotechnol. Adv. 20, 321-339 (2002).
  11. Zhang, S. G. Fabrication of novel biomaterials through molecular self-assembly. Nat. Biotechnol. 21, 1171-1178 (2003).
  12. Hartgerink, J. D., Granja, J. R., Milligan, R. A., Ghadiri, M. R. Self-assembling peptide nanotubes. J. Am. Chem. Soc. 118, 43-50 (1996).
  13. Holmes, T. C., et al. Extensive neurite outgrowth and active synapse formation on self-assembling peptide scaffolds. P. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 6728-6733 (2000).
  14. Santoso, S., Hwang, W., Hartman, H., Zhang, S. G. Self-assembly of surfactant-like peptides with variable glycine tails to form nanotubes and nanovesicles. Nano Lett. 2, 687-691 (2002).
  15. Bellomo, E. G., Wyrsta, M. D., Pakstis, L., Pochan, D. J., Deming, T. J. Stimuli-responsive polypeptide vesicles by conformation-specific assembly. Nat. Mater. 3, 244-248 (2004).
  16. Reches, M., Gazit, E. Formation of closed-cage nanostructures by self-assembly of aromatic dipeptides. Nano Lett. 4, 581-585 (2004).
  17. Reches, M., Gazit, E. Self-assembly of peptide nanotubes and amyloid-like structures by charged-termini-capped diphenylalanine peptide analogues. Isr. J. Chem. 45, 363-371 (2005).
  18. Park, J., Kahng, B., Kamm, R. D., Hwang, W. Atomistic simulation approach to a continuum description of self-assembled beta-sheet filaments. Biophys. J. 90, 2510-2524 (2006).
  19. Yan, X., et al. Reversible transitions between peptide nanotubes and vesicle-like structures including theoretical modeling studies. ChemEur. J. 14, 5974-5980 (2008).
  20. Yan, X., et al. Transition of cationic dipeptide nanotubes into vesicles and oligonucleotide delivery. Angew. Chem. Int. Ed. 46, 2431-2434 (2007).
  21. Burkoth, T. S., et al. Structure of the beta-amyloid (10-35) fibril. J. Am. Chem. Soc. 122 (10-35), 7883-7889 (2000).
  22. Aggeli, A., et al. Hierarchical self-assembly of chiral rod-like molecules as a model for peptide beta-sheet tapes, ribbons, fibrils, and fibers. P. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98, 11857-11862 (2001).
  23. Hamley, I. W. Peptide fibrillization. Angew. Chem. Int. Ed. 46, 8128-8147 (2007).
  24. Maji, S. K., Haldar, D., Drew, M. G. B., Banerjee, A., Das, A. K. Self-assembly of beta-turn forming synthetic tripeptides into supramolecular beta-sheets and amyloid-like fibrils in the solid state. Tetrahedron. 60, 3251-3259 (2004).
  25. Jahn, T. R., Parker, M. J., Homans, S. W., Radford, S. E. Amyloid formation under physiological conditions proceeds via a native-like folding intermediate. Nat. Struct. Mol. Biol. 13, 195-201 (2006).
  26. Shimada, T., Sakamoto, N., Motokawa, R., Koizumi, S., Tirrell, M. Self-assembly process of peptide amphiphile worm-like micelles. J. Phys. Chem. B. 116, 240-243 (2012).
  27. Sedman, V. L., et al. Surface-templated fibril growth of peptide fragments from the shaft domain of the adenovirus fibre protein. Protein Pept. Lett. 18, 268-274 (2011).
  28. Choi, S. -. j., et al. Differential self-assembly behaviors of cyclic and linear peptides. Biomacromolecules. 13, 1991-1995 (2012).
  29. Ghosh, S., Reches, M., Gazit, E., Verma, S. Bioinspired design of nanocages by self-assembling triskelion peptide elements. Angew. Chem. Int. Ed. 46, 2002-2004 (2007).
  30. Li, L. C., et al. Self-assembling nanotubes consisting of rigid cyclic gamma-peptides. Adv. Funct. Mater. 22, 3051-3056 (2012).
  31. Krysmann, M. J., et al. Self-assembly of peptide nanotubes in an organic solvent. Langmuir. 24, 8158-8162 (2008).
  32. Segman-Magidovich, S., et al. Sheet-like assemblies of charged amphiphilic alpha/beta-peptides at the air-water interface. ChemEur. J. 17, 14857-14866 (2011).
  33. Jayawarna, V., et al. Nanostructured hydrogels for three-dimensional cell culture through self-assembly of fluorenylmethoxycarbonyl-dipeptides. Adv. Mater. 18, 611-614 (2006).
  34. Mahler, A., Reches, M., Rechter, M., Cohen, S., Gazit, E. Rigid, self-assembled hydrogel composed of a modified aromatic dipeptide. Adv. Mater. 18, 1365-1368 (2006).
  35. Ryan, D. M., Doran, T. M., Anderson, S. B., Nilsson, B. L. Effect of C-terminal modification on the self-assembly and hydrogelation of fluorinated Fmoc-Phe derivatives. Langmuir. 27, 4029-4039 (2011).
  36. Jung, J. P., Gasiorowski, J. Z., Collier, J. H. Fibrillar peptide gels in biotechnology and biomedicine. Biopolymers. 94, 49-59 (2010).
  37. Xing, B. G., et al. Hydrophobic interaction and hydrogen bonding cooperatively confer a vancomycin hydrogel: A potential candidate for biomaterials. J. Am. Chem. Soc. 124, 14846-14847 (2002).
  38. Gore, T., Dori, Y., Talmon, Y., Tirrell, M., Bianco-Peled, H. Self-assembly of model collagen peptide amphiphiles. Langmuir. 17, 5352-5360 (2001).
  39. Ashkenasy, N., Horne, W. S., Ghadiri, M. R. Design of self-assembling peptide nanotubes with delocalized electronic states. Small. 2, 99-102 (2006).
  40. Mizrahi, M., Zakrassov, A., Lerner-Yardeni, J., Ashkenasy, N. Charge transport in vertically aligned, self-assembled peptide nanotube junctions. Nanoscale. 4, 518-524 (2012).
  41. Ryu, J., Lim, S. Y., Park, C. B. Photoluminescent peptide nanotubles. Adv. Mater. 21, 1577-1581 (2009).
  42. Ryu, J., Kim, S. -. W., Kang, K., Park, C. B. Synthesis of diphenylalanine/cobalt oxide hybrid nanowires and their application to energy storage. ACS Nano. 4, 159-164 (2010).
  43. Yan, X., Zhu, P., Li, J. Self-assembly and application of diphenylalanine-based nanostructures. Chem. Soc. Rev. 39, 1877-1890 (2010).
  44. Amdursky, N., et al. Blue luminescence based on quantum confinement at peptide nanotubes. Nano Lett. 9, 3111-3115 (2009).
  45. Maity, S., Jana, P., Maity, S. K., Haldar, D. Mesoporous vesicles from supramolecular helical peptide as drug carrier. Soft Matter. 7, 10174-10181 (2011).
  46. Adler-Abramovich, L., et al. Self-assembled organic nanostructures with metallic-like stiffness. Angew. Chem. Int. Ed. 49, 9939-9942 (2010).
  47. Pelton, J. T., McLean, L. R. Spectroscopic methods for analysis of protein secondary structure. Anal. Biochem. 277, 167-176 (2000).
  48. Haris, P. I., Chapman, D. The conformational analysis of peptides using fourier-transform IR spectroscopy. Biopolymers. 37, 251-263 (1995).
check_url/pt/50946?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Yuran, S., Reches, M. Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides. J. Vis. Exp. (81), e50946, doi:10.3791/50946 (2013).

View Video