Funktionel MRI (fMRI) er et almindeligt anvendt værktøj til ikke-invasiv måling korrelationer for human hjerne aktivitet. Imidlertid har anvendelsen mest været fokuseret på at måle aktiviteten på overfladen af ​​hjernebarken snarere end i subkortikale regioner som midthjernen og hjernestammen. Subkortikale fMRI skal overvinde to udfordringer: rumlig opløsning og fysiologiske støj. Her beskriver vi en optimeret sæt af teknikker udviklet til at udføre høj opløsning fMRI i human SC, en struktur på den dorsale overflade af midterhjernen, de fremgangsmåder kan også anvendes til at afbilde andre hjernestammen og subkortikale strukturer.

Høj opløsning (1,2 mm voxels) fMRI af SC kræver en ikke-konventionel tilgang. Den ønskede rumlige prøvetagning opnås ved hjælp af en multi-shot (interleaved) spiral erhvervelsen ^1. Idet _T2 * SC væv er længere end i cortex, en tilsvarende længere ekkotid (T _E ~ 40 msek) anvendes til at maksisikkerhed med funktionelle kontrast. Til dækning af det fulde omfang af SC, er 8-10 skiver opnås. For hver session en strukturel anatomi med samme skive recept som fMRI opnås også, som anvendes til at justere de funktionelle data til en høj opløsning henvisning volumen.

I en separat session, for hvert emne, som vi skaber en høj opløsning (0,7 mm prøveudtagning) henvisning lydstyrken ved hjælp af en T _1-vægtet sekvens, der giver god væv kontrast. I referencen volumen, er midthjernen region segmenteret ved hjælp af ITK-SNAP program ^2. Denne opdeling anvendes til at skabe en 3D overflade repræsentation af midterhjernen, der er både glat og nøjagtig ^3. Overfladen toppunkter og normaler brugt til at skabe et kort over dybde fra midthjernen overflade i vævet ^4.

Funktionelle data transformeres til koordinatsystemet af det segmenterede henvisning volumen. Dybde sammenslutninger af de voxelsmulighed for gennemsnitsberegning af fMRI tidsseriedata inden for angivne dybde intervaller for at forbedre signalkvaliteten. Data gengives på 3D overflade til visualisering.

I vores laboratorium har vi bruge denne teknik til at måle topografiske kort af visuel stimulation og skjult og åbenlys visuel opmærksomhed inden for SC ^1. Som et eksempel viser vi topografiske repræsentation af polær vinkel visuel stimulering i SC.