功能磁共振成像（fMRI）技术是一种非侵入性测量人类大脑活动的相关广泛使用的工具。然而，它的使用大多集中后测量大脑皮质的表面，而不是在皮质下区域，如脑和脑干的活动。皮质功能磁共振成像必须克服两大挑战：空间分辨率和生理噪音。在这里，我们描述的制定执行，在中脑的背侧表面的结构在人类SC高分辨率功能磁共振成像技术的优化方法也可用于图像等脑干和皮层下结构。

高分辨率（1.2毫米像素）的资深大律师的功能磁共振成像需要一个非传统的方法。使用多杆（交错）的螺旋收购^1，获得所需的空间采样。由于T ₂ * SC的组织是长于皮层，相应的回波时间较长_（T E〜40毫秒）用于为最大健康迈兹功能。到涵盖完整程度的SC，8-10片。为每个会话结构解剖也得到相同的功能磁共振成像片处方，这是用来对齐功能的数据到一个高分辨率的参考量。

在一个单独的会话，每个主题中，我们创建一个高分辨率（0.7毫米采样） 使用 T ₁加权序列提供了良好的组织对比度的参考量。在参考量，中脑区域分割使用ITK的SNAP软件应用^2。这种分割是用来创建一个三维表面的脑，是顺利和准确的³表示。表面顶点和法线用于创建地图从脑表面的深度范围内组织^4。

功能数据转化成坐标系统分割的参考量。深入协会的像素使平均的fMRI时间序列数据，在指定的深度范围内，以提高信号质量。数据可视化三维表面呈现。

在我们的实验室中，我们使用这项技术在SC ¹的视觉刺激和视觉注意隐蔽和公开的地形图测量。作为一个例子，我们表现出极角的地形表示SC视觉刺激。