時間的·空間的遺伝子発現解析は、ゲノム機能解析において重要な役割を持っています。ホールマウントハイブリダイゼーション<em>その場で</em>組織や細胞内コンパートメント内での転写産物の局在を決定するために有用である。ここでは、ハイブリダイゼーションを概説<em>その場で</em蚊の特定の標的組織のために修正を加えた>プロトコル。
蚊はアルボウイルス、原虫や線虫を含む病原体の多様なセットのベクトルです。蚊の宿主と病原体相互作用の組織で発現し、臓器に繁殖に関与している転写産物や遺伝子レギュレータの調査では、戦略は蚊が媒介する病気の感染を減らすと卵の開発を混乱させるための大きな関心である。ツールの数は、遺伝子発現の時間的および組織特異的調節を研究し、検証するために用いられてきた。ここでは、特定の遺伝子が発現し、それらの製品が蓄積されている場所の我々の理解を高め、空間情報を取得するために開発されているプロトコルについて説明します。記述されているプロトコルは、再され、式を検証し、そのような女性の唾液腺と同様に、卵巣および胚の細胞内コンパートメントなど蚊が媒介する病原体の伝播に関連した組織では転写産物の蓄積パターンを決定するために使用されています蚊の再生と発展に遅い。
次の手順では、ターゲット固有のハイブリダイゼーションシグナルを失わずにプロトコルのさまざまなステップの効率を向上させる最適化された方法論を表しています。 RNAプローブの調製のためのガイドライン、軟組織と固定とハイブリダイゼーションのための一般的な手順の解剖は、蚊の胚の収集、固定、プレハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーションのための具体的な手順は、パートBに記載されていながら、パートで説明されています
全体のマウント蚊組織および胚のためにここで紹介する場と比色染色プロトコールでのハイブリダイゼーションは、特定の臓器や細胞型内転写産物の局在のために有用な技術である。これらの手順は、私たちの以前に報告された方法に比べて、両方の広範な洗浄工程の合理化と技術的な詳細および試薬ソースを提供することで改善されています。
我々の経験では、ハイブリダイゼーションシグナルの比色検出は、蛍光ベースの検出方式に比べてハイブリダイゼーションシグナルの感度と透明性に優れています。また、比色検出は、本質的に自動蛍光性である胚の信号差別に関連する問題を回避します。低濃度の転写産物をターゲットにされている場合ハイブリダイゼーションシグナルを検出するのに制限が発生し、バックグラウンド染色は明白である。 65ハイブリダイゼーション温度を上昇させる°Cは、バック減らすことが見出されているグラウンドハイブリダイゼーションシグナルが、固有のターゲットに特異的なRNAプローブを設計するための提案代わるものではありません。
このプロトコルは、全マウント唾液ネッタイシマカの腺、卵巣、 ハマダラカ、ハマダラカ、AEの胚の in situ ハイブリダイゼーションを行うために使用されています。ネッタイシマカとネッタイイエカ 。また、このメソッドは、他の蚊の組織に適用されると、おそらく他の昆虫のものです。さらに、我々は3つのベクトル蚊、 ヒトスジシマカにおける胚発生のステージングのための最初の時間の比較のガイドラインについては、コンパイルされます。ネッタイシマカ、。ハマダラカとCx。 fatigans。観測は控えめな飼育条件下では、これら3種の特定の株が報告されている。開発時間のコースは蚊種の異なる株のために、異なる飼育条件下で異なることに注意することが重要です。 ANAへの努力継続的にその場サプリメントでハイブリダイゼーション蚊やその他の節足動物のトランスクリプトームをlyze、これらの生物における遺伝子発現の調節の良い画像を提供することがあります。
The authors have nothing to disclose.
著者らは、その後にハイブリダイゼーションのためにここで記述されたプロトコルを開発するために適応し、変更された、 ハマダラカの胚の in situ ハイブリダイゼーションのためのプロトコルの議論のための軟組織とユーリGoltsevその場の方法でハイブリダイゼーションの開発に助言をマリカ·ウォルターズに感謝したいと思いますヒトスジシマカとアカイエカの胚の in situ。我々はまた、アダム·パレとDavid Kosmanによって与えられた有用な提言を認める。我々は科学的な議論とプロトコルのテキストを編集するためのオズワルドMarinottiに感謝します。
Name of the reagent | Company | Catalogue number | Comments (optional) |
0.5 M EDTA | Ambion | AM9261 | |
1M Tris-HCl | Ambion | AM9855G | pH8.0 |
10X PBS | Ambion | AM9625 | |
20X SSC | Ambion | AM9763 | |
1.5 ml microfuge tubes | Ambion | AM12400 | Less opaque than standard tubes; aids in visualizing samples |
Deionized formamide | Ambion | AM9342 | Storage at 4 °C |
DEPC water | Ambion | AM9932 | |
Proteinase K | Ambion | AM2546 | |
5.25% Sodium hypochlorite | Austin’s | A-1 Brand | |
T3 RNA Polymerase-Plus | Ambion | AM2733 | Storage at -20 °C |
T7 RNA Polymerase | Ambion | AM2082 | Storage at -20 °C |
95% Ethanol | Fisher Scientific | AC61511-0040 | |
Fisherbrand disposable polyethylene transfer pipettes | Fisher Scientific | 13-711-7M | |
37% Formaldehyde | Fisher Scientific | F79-500 | |
HPLC-grade methanol | Fisher Scientific | A452-1 | |
Magnesium chloride | Fisher Scientific | M87-500 | |
Microscope cover glass | Fisher Scientific | 12-542A | 18 x18 mm |
N-Heptane | Fisher Scientific | H350-1 | |
P-xylene | Fisher Scientific | O5082-500 | |
Pyrex 9-well Spot Plate | Fisher Scientific | 13-748B | 100×85 mm |
Sodium chloride | Fisher Scientific | AC32730-0025 | |
Sodium hydroxide | Fisher Scientific | SS255-1 | |
Superfrost/Plus microscope slides | Fisher Scientific | 12-550-15 | 25x75x1.0 mm |
Davlyn Red Clear-liner Toupee tape | Hair Direct | RED-75R12 | Poly/Skin base material 0.75 in x 12 yd tape roll |
TOPOTA Cloning Kit for Sequening with One Shot Top10 chemically-competent E. coli | Invitrogen | K457501 K457540 | 20 reactions 40 reactions |
Sonicated salmon sperm DNA | Invitrogen | 15632-011 | Storage at -20 °C |
Anti-digoxigenin-AP Fab fragments | Roche Applied Science | 1093274 | Storage at 4 °C |
DIG RNA labeling mix | Roche Applied Science | 1277073 | Storage at -20 °C |
NBT/BCIP stock solution | Roche Applied Science | 1681451 | Storage at 4 °C |
Western Blocking Reagent | Roche Applied Science | 11921673001 | Storage at 4 °C |
Saatilene Hitech polyester mesh (330.130) | Saati Print | 330.34 UO PW | 330 threads/inch, 34 micron thread diameter, orange color |
Glycerol | Sigma | G6279-1 | 70% in PBT |
Heparin sodium salt | Sigma | H3393 | |
Tween 20 | Sigma | P1379-500 | |
37% Formaldehyde | Ted Pella | 18508 | 10 ml aliquots in amber ampoules |
16 oz. Solo Paper containers with lids | The Paper Company | SOLOKH16AJ8000 | |
Borosilicate glass scintillation vial with unattached screw cap | VWR International | 66022-128 | 20 ml case of 500 |
Sealed Air Bubble wrap celluar cushioning material | VWR International | 500018-081 | 10 foot/roll 0.188 inches thick |
Chicken serum | Whole blood was collected either from the wing vein or by cardiac puncture from a juvenile chicken. Blood was incubated at 37 °C for 1 h until coagulated and then placed on ice for 30 min. The serum was collected and centrifuged at 3000 x g for 10 min. The resulting supernatant (clarified serum) was collected and stored at -20 °C until use. |
Table 4. Table of specific reagents and equipment for hybridization in situ.