וידאו זה מראה ניסויים עם ניתוח בדיעבד של חלבונים אינטראקציות על ידי שימוש במיקרו בדוגמת משטחים. הגישה מציעה את האפשרות לזהות אינטראקציות חלבון בתאים חיים, והוא משלב יכולות התפוקה גבוהה עם אפשרות לחלץ מידע כמותי.
להתיר את רשת אינטראקציה של מולקולות<em> ב-vivo</em> היא המפתח להבנת המנגנונים המווסתים את תפקוד התא וחילוף חומרים. שפע של אפשרויות מתודולוגי לטיפול אינטראקציות מולקולריות בתאים פותחו, אבל רוב השיטות האלה סובלים להיות עקיפה ולא כמותית ולכן בקושי. להיפך, כמה-high-end גישות כמותיות הוכנסו, אשר עם זאת קשה להאריך תפוקה גבוהה. כדי לשלב יכולות התפוקה גבוהה עם אפשרות לחלץ מידע כמותי, אנו לאחרונה פיתחו תפיסה חדשה לזיהוי חלבונים אינטראקציות (Schwarzenbacher<em> ואח'</em>. 2008). כאן אנו מתארים פרוטוקול מפורט לתכנון ובנייה של מערכת זו אשר מאפשרת לניתוח אינטראקציות בין חלבון-fluorophore שכותרתו ("טרף") לבין חלבון קרום ("פיתיון")<em> ב-vivo</em>. תאים הם מצופה על משטחים micropatterned פונקציונליות עם נוגדנים כנגד תחום exoplasmic את הפיתיון. Bait-טרף אינטראקציות הם assayed באמצעות חלוקה מחדש של הטרף ניאון. השיטה מתאפיינת ברגישות גבוהה עד לרמה של מולקולות בודדות, את היכולת לזהות אינטראקציות חלשות, יכולת תפוקה גבוהה, מה שהופך אותו רלוונטי ככלי מיון.
הסרטון מלווה מדגים שיטה לאיתור חלבונים אינטראקציות קרום הפלזמה של תאים חיים (Schwarzenbacher et al, 2008;. Brameshuber et al, 2009;.. Weghuber et al, in press). בעיקרון, כל פלטפורמה מבוססת מיקרוסקופיה TIRF יכול לשמש כמערכת readout. רק כאשר רגישות גבוהה הוא הרצוי (למשל לצורך זיהוי של מולקולות בודדות), מיקרוסקופים מתקדמים יידרש. כדי להשיג את התוצאות הטובות ביותר בנקודות קריטיות הבאה במהלך תהליך ההכנה דורש תשומת לב מיוחדת:
הטכניקה מיקרו דפוסים מציע מספר אפשרויות לניתוח אינטראקציות בין חלבונים. ראשית, יחד עם כימות של המקומיים, חלבונים אינטראקציות החליט מרחבית גם זיהוי של אינטראקציות חלשות או עקיף אפשרי בלי החיסרון של מתן מספר גבוה של תוצאות חיוביות או שליליות שגויות. שנית, היא מאפשרת לנתח חוקר חלבונים אינטראקציות קרום הפלזמה של תאים חיים, אשר קשה להשיג באמצעות גישות ביוכימיות כמו מסך 2-היברידית. שלישית הגישה מאפשרת זיהוי של הפיתיון טרף אינטראקציות כי הם מווסתת על ידי שינויים סביבתיים כמו טמפרטורה, נוכחות של חלבונים שונים או מולקולות אחרות או שלאחר translational שינויים. לפיכך assay מאפשר מאפננים ההקרנה של זוג אינטראקציה נתון בהקשר של תאים חיים. יתר על כן, על ידי הקטנת צפיפות השטח של ליגנד ללכוד או שימוש ligands חד ערכי, ניתוח של מצב המנוחה הופך אפשרי. לבסוף, אם פלטפורמות סריקה נאותה משמשים, את מספר התאים ניתח גבוה מספיק כדי להתאים לדרישות תפוקה גבוהה של חברות התרופות להקרנה סמים (Ramm, 2005).
The authors have nothing to disclose.
ברצוננו להודות Quentina ביטי, אוניברסיטת לינץ, אוסטריה, על עזרתה האדיבה, קתרינה Strub, אוניברסיטת ג'נבה, שוויץ, עבור הקמת hCD71-GFP, ודניאל Legler, אוניברסיטת קונסטנץ, שוויץ, עבור ה-GPI-GFP DAF-לבנות. עבודה זו נתמכה על ידי קרן המדע האוסטרי (FWF; פרויקט Y250-B03) ואת פרויקט GEN-AU משרד האוסטרי למדע ומחקר.