Эксцизионная репарация основания длинным фрагментом

С момента открытия двух путей BER велись дебаты о том, как клетка выбирает один путь по сравнению с другим, и о факторах, определяющих этот выбор. Многочисленные эксперименты in vitro показали, что для выбора варианта пути существует множество детерминант. К ним относятся:

1. Тип поражения: в зависимости от типа повреждения основания в поврежденный участок привлекается определенная ДНК-гликозилаза – моно- или бифункциональная. В то время как последовательное действие монофункциональной гликозилазы способствует событиям репарации длинных участков, бифункциональная гликозилаза управляет BER коротких участков.

1. Стадия клеточного цикла: основными белками-участниками, которые отличают BER длинного участка от альтернативного пути BER короткого участка, являются ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA), фактор репликации белка C (RF-C), и эндонуклеаза 1, специфичная для свисающих концов (FEN1). PCNA особенно признан краеугольным камнем этого пути. Он действует как в качестве каркаса для закрепления полимеразы на поврежденном участке, так и связывается с FEN-1, облегчая ее нуклеазную активность. Кроме того, для загрузки PCNA на ДНК требуется RF-C. Все эти белки также необходимы во время репликации ДНК, что позволяет предположить, что BER длинных участков исправляет повреждения реплицирующейся ДНК, в то время как коротких участков используется для восстановления ДНК в состоянии покоя.

1. Дефицит АТФ: также было отмечено, что, хотя BER единичных нуклеотидов или коротких фрагментов преобладает в нормальных физиологических условиях, в условиях нехватки АТФ предпочтение смещается в сторону BER длинных фрагментов. Это связано с тем, что поли(АДФ-рибоза) может служить уникальным источником АТФ на этапе лигирования в BER.