التنظيم التفارغي يشير إلى ضبط إنزيم عبر موقع محدد،بدلاًمن موقع الإنزيمات النشط. عندما يرتبط أحد الجزيئات بموقع معين،يُسمى الموقع التفارغي. الترابط يُمكن أن ينتج عنه تغيراًمطابقاًأو تغير في شكل الإنزيم.قد يسبب نشاط كهذا زيادة في تقارب مواقع الإنزيمات النشطة لأجل ركائزها،وهو ما يحسّن من النشاط الإنزيمي. عملية تُسمى بالتفعيل التفارغي. في رسم بياني لمعدل التفاعل وتركيز الركائز،يُمكن تمثيل التفعيل التفرغي على شكل منحنى إيجابي لحرف S.حيث يوجد وقت ضائع حتى تفعيل الإنزيم.إذن،بسبب الزيادة المفاجئة في المواقع النشطة تركيز عالي من الركائز يُمكن أن يتشكل ويعمل على تسريع التفاعل بسرعة. على الصعيد الآخر،لو ارتبط المستجيب بالإنزيم وتسبب في تغير مطابق ذلك يقلل من تقارب ارتباط الركائز،يُشار إلى العملية باسم التثبيط الفراغي. في هذه الحالة يوجد انخفاض في وظيفة الإنزيم وهبوط في معدل التفاعل الكيميائي عن الحالة النشطة.