原子が電子を共有して共有結合を形成すると、分子化合物または共有結合化合物が生成されます。 電子移動がないため、分子化合物にはイオンが含まれず、個々の中性分子から構成されています。
共有結合化合物は非金属の組み合わせから形成されるため、周期表はそれらの多くを認識するのに役立ちます。 周期表内の化合物の元素の位置は、化合物がイオン性であるか共有結合性であるかを予測できます（ただし例外もあります）。
分子化合物の結合特性はイオン性化合物とは異なり、命名法もまた異なるシステムを使用しています。 陽イオンおよび陰イオンの電荷はイオン化合物の比を決定するため、イオンの名前を指定すると、化学式を決定するのに十分な情報が得られます。 しかし、共有結合は分子内の原子の組み合わせの比に大きなバリエーションがあるため、分子化合物の名前はこれらの比を明示する必要があります。
2 つの非金属元素が分子化合物を形成する場合、多くの場合、複数の組み合わせ比が可能です。 たとえば、炭素と酸素は化合物の CO と CO2 を形成します。 これらは異なる特性を持つ異なる物質であるため、両方とも同じ名前にすることはできません（両方とも二酸化炭素と呼ぶことはできない）。 これを考慮するために、各元素の原子数を指定する接頭辞が使用されます。 より金属的な元素の名前 ( 周期表の左端または下端までに位置するもの ) が最初となり、より非金属な元素の名前 ( 右端または上端までに位置するもの ) がその後に続き、末尾が– ide という接尾辞に変わります。ギリシャ語の接頭辞は、各元素の原子数を示します。
最初の元素の 1 つの原子のみが存在する場合、接頭辞 mono – は通常、削除されます。 このため、 CO は一酸化炭素と呼ばれ、 CO2 は二酸化炭素と呼ばれます。 2 つの母音が隣接している場合、ギリシャ語の接頭辞は通常消されます。 二酸化硫黄（ SO2 ）、七フッ化ヨウ素（ IF7 ）、および二酸化窒素（ NO2 ）は、 2 つの元素で構成される一部の分子化合物の名称です。
化学では、特定の分子化合物は一般的に化学名ではなく一般的な名称で表されます。 例えば、NOはよく窒素酸化物と呼ばれることがありますが、適切な名前は一酸化窒素です。 同様に、 N2O は一酸化二窒素であっても、亜酸化窒素と呼ばれています。 H2O は通常水と呼ばれ、一酸化二水素とは呼ばれません。
水素を含む一部の化合物は、酸と呼ばれる重要な物質の一部です。 これらの化合物の多くは、水に溶解すると水素イオン、 H+ を放出します。 このような特殊な化学的性質を示すため、水と酸の混合物には化合物の名前から派生した名前が付けられます。
化合物が二元酸（水素と他の 1 つの非金属元素で構成されるもの）の場合、最初に「 hydrogen- 」という語が接頭辞 hydro- に変更されます。 非金属要素名は、接尾辞 -ic を追加し、その後に「 acid 」という単語を追加することで変更されます。 例えば、ガス HBr （臭化水素）を水中に溶解した場合、溶液はhydrobromic acid、臭化水素酸と呼ばれます。
酸素酸は、水素、酸素、および少なくとも 1 つの他の元素を含む化合物であり、酸性特性を化合物に与える方法で結合されています。 一般的な酸素酸は、多原子を含む酸素を含むイオンと結合した水素で構成されています。
酸素酸に名前を付けるには、最初に陰イオンの基本名である「 hydrogen 」を省略します。そして -ate を -ic に、または -ite を -ou に、そして末尾に「 acid 」という語を追加します。たとえば、 H2CO3 と命名するには、「 hydrogen 」を省略し、炭酸塩の -ate を -ic に置き換えて、 acid を追加します。 したがって、 H2CO3 はcarbonic acid、炭酸となります。
