Les arbres phylogénétiques se présentent sous de nombreuses formes. L’ordre dans lequel les organismes sont disposés du bas vers le haut de l’arbre est important, mais les branches peuvent pivoter à leurs nœuds sans modifier l’information. Les lignes reliant les nœuds individuels peuvent être droites, inclinées ou même courbées.
La longueur des branches peut représenter le temps ou la quantité relative de changement entre les organismes. Par exemple, la longueur de la branche peut indiquer le nombre de changements d’acides aminés dans la séquence qui sous-tend l’arbre phylogénétique. La signification exacte doit être clairement indiquée sur une légende accompagnant l’arbre phylogénétique. Si une telle légende n’est pas présente, la longueur de la branche est arbitraire, et le lecteur ne doit pas déduire d’informations.
Les arbres peuvent avoir ou non une racine. L’arbre n’est pas enraciné si l’ancêtre commun le plus récent de tous les organismes d’intérêt est inconnu. Dans ce cas, la représentation des relations phylogénétiques ressemble à un flocon de neige, pas à un arbre. Le scientifique peut enraciner l’arbre en incluant un groupe externe dans l’analyse. Un groupe externe est un organisme qui n’est pas étroitement lié à l’un des organismes que le scientifique souhaite disposer sur l’arbre.
