В клетках эукариотов, заново расшифрованная мРНК называется мРНК-предшественником, или пре-мРНК. Каждая пре-мРНК приобретает две важные модификации. Одна на конце 5-прайм молекулы, называемая кэп, и ещё одна на конце 3-прайма молекулы, называемая хвостом.В состав кэпа на 5-прайме входит один 7-метилгуанозин, модифицированный гуанин-нуклеотид, который прикреплён к первому нуклеотиду премРНК с помощью трифосфатной связи. Специфическая последовательность нуклеотидов к концу транскрипта мРНК, обычно выглядит как A, A, U, A, A, A, A, и называется сигналом полиаденилирования, рекрутирует РНК-связывающий белок и направляет фермент, эндонуклеазу, чтобы вырезать транскрипт на конце 3-прайм сигнальной последовательности. Другой фермент, полиаденилат-полимераза, затем добавляет длинную строку адениновых нуклеотидов, до 200, к концу 3-прайм транскрипта.Кэп на 5-прайме и poly-А хвост на 3-прайме защищают концы транскрипта от деградации. Хвост на 3-прайме также сигнализирует, транспортным молекулам, что транскрипт мРНК готов покинуть ядро. Вне ядра, кэп на 5-прайме помогает рибосоме крепиться к транскрипту, так что может начаться трансляция.Последнее крупное изменение для РНК транскрипта это удаление некодирующих последовательностей, называемых интронами. Комплекс белков и РНК, называемый сплайсеосомой, ищет маркеры на концах интронов, вырезает интроны из транскрипта, и объединяет оставшиеся экзоны, которые являются последовательностями, кодирующими для белков.