I fattori di trascrizione specifici dei tessuti contribuiscono a diverse funzioni cellulari nei mammiferi. Ad esempio, il gene per la beta globina, un componente importante dell’emoglobina, è presente in tutte le cellule del corpo. Tuttavia, è espresso solo nei globuli rossi perché i fattori di trascrizione che possono legarsi alle sequenze promotrici del gene beta globina sono espressi solo in queste cellule. I fattori di trascrizione specifici dei tessuti assicurano anche che le mutazioni in questi fattori possano compromettere solo la funzione di alcuni tessuti o parti del corpo senza influenzare l’intero organismo.
Un ulteriore strato di complessità viene aggiunto dai fattori di trascrizione negli eucarioti che esercitano il controllo combinatorio. Ciò significa che l’input fornito da diversi fattori di trascrizione regola in modo sincrono l’espressione di un singolo gene. La combinazione di diversi attivatori trascrizionali e repressori consente a un gene di essere regolato in modo differenziale e di adattarsi a una varietà di cambiamenti ambientali senza la necessità di ulteriori geni.