לצד הרשתית ER התוך-פלזמית, או, בתאים האיקריוטיים נמצאת מערכת גּוֹלְגִי, אוסף של מדורים עטופי קרום ודמויי דיסק בעלי שני צדדים ברורים ציס וטרנס. כל חלק מכיל אנזימים וחלבוני הובלה ייחודיים, האחראים לביצוע שינויים מבניים ולמיון נכון של חלבונים ושומנים. מקבץ הצינוריות ER-הקרובות ביותר ל מרכיבות את רשת ציס-גּוֹלְגִי, שאליה נכנסים לראשונה החלבונים והשומנים.מולקולות יכולות לנוע דרך המקטעים האמצעיים, המכונים ציסטרנות, החל מציסטרנת הציס. כאן, הם עוברים גליקוזילציה ודה-גליקוזילציה, תהליכי ההוספה וההסרה של מולקולות סוכר. לאחר מכן, חלבונים עוברים לציסטרנות המדיאלית והטרנס.שם הם עוברים גליקוזילציה נוספת, כמו גם זירחון וסולפציה, הוספת קבוצות זַרְחָה וקבוצות סולפוניות. שינויים מבניים אלו הופכים חלבונים לתפקודיים בהגעתם ליעד הסופי. ER-הרחק מאוד מה נמצאת רשת טרנס-גּוֹלְגִי, שבה החלבונים מקבלים תגי יעד.לדוגמה, תג מנוז-6-פוספט יכוון חלבונים לתוך ליזוזומים לשם עיכול. בהתאם לתגים שלהן, בועיות ההובלה יישלחו ליעדים מוגדרים. למשל, לקרום התא או לבועיות הפרשה, שמשחררות את תכולתן מהתא לאחר עירור.