La filogenia se refiere a la diversificación evolutiva de organismos o grupos de organismos. Un grupo de organismos con un nombre se llama taxón. Los taxones pueden abarcar diferentes niveles de la jerarquía evolutiva. Por ejemplo, el grupo que contiene a todas las aves es un taxón (que comprende la clase Aves), y el grupo de todas las especies de margaritas (el género Bellis) es un taxón. Las filogenias también pueden incluir un solo género (es decir, representar las relaciones de las especies) o abarcar todo un reino.
Normalmente, la filogenia se representa mediante un árbol. Cada taxón de interés se representa en la punta de la sucursal, y las ramas representan la relación entre estos taxones. Los taxones estrechamente relacionados comparten una porción más grande de su genoma, lo que resulta en similitudes morfológicas. Los taxones hermanos comparten un ancestro común inmediato, representado por un nodo compartido.
Los nodos en el árbol representan una característica morfológica o un cambio molecular que diferencia a los taxones. Todos los taxones que se conectan directamente a un nodo específico comparten un antepasado común reciente. Por lo tanto, la raíz del árbol es el antepasado compartido por todos los taxones en el árbol. Un árbol sin raíz representa la relación de taxones, pero no proporciona información sobre el antepasado común compartido.
La longitud de las ramas de un árbol puede o no tener un significado. En un árbol a escala, la longitud de la rama puede representar el tiempo o el número de cambios que ocurrieron desde que los taxones evolucionaron a partir de un ancestro común.
