免疫系统包括各种生物结构和过程，保护身体免受疾病。这些过程可分为先天免疫和适应性免疫。为了有效地工作，免疫系统需要通过区分身体自身的结构和外来元素来检测病原体。如果这种决定失败，就会发生自身免疫性疾病，其中免疫系统会对身体自身的组织产生反应。“
先天免疫系统是抵御感染的第一道防线。它由物理屏障和各种细胞组成，这些细胞对宿主（即非自身）外来的元素迅速而非特异性地起作用。哺乳动物身体屏障的例子有皮肤、胃肠道内壁和分泌物，如粘液或唾液。一旦入侵者克服物理屏障，炎症反应的细胞就会被 吸收到进入部位：肥大细胞释放出大量的化学物质，吸引先天免疫系统的其他细胞，并激活适应性免疫系统。吞噬细胞，如中性粒细胞和巨噬细胞，摄取并消灭病原体。自然杀伤细胞是一种特殊类型的白细胞，可以破坏病毒感染的细胞。先天免疫系统的细胞一起消灭或阻碍入侵者的传播，并激活适应性免疫系统。
一个有机体如何区分它自己的组织（自我）和外来元素或侵略者（非自我）？这种能力是由模式识别受体（PRRs）赋予的。这些受体识别细菌、病毒、寄生虫或真菌特有的微生物相关分子模式（MAMP）。例如细菌外膜的一部分或病毒的双链RNA。MAMPs并不特定于一个不同的物种或病原体变体，而是代表一个广泛的病原体类别（即革兰氏阴性细菌或真菌）的特征。因此，先天免疫系统对病原体起非特异性作用。
脊椎动物进化出一种适应性免疫系统，它能储存先前攻击的“记忆”，并随后对特定病原体产生更强的反应。当先天免疫系统使用广泛的细胞类型时，适应性免疫系统依赖于两种白细胞来靶向病原体：B细胞和T细胞。T细胞是细胞免疫的一部分，而B细胞则是适应性免疫的体液分支。
B细胞可以直接破坏外来颗粒或分化为释放抗体的浆细胞。抗体然后以入侵者为目标，让其它细胞破坏。T细胞根据其表面受体组成和化学物质库，具有多种功能。所有的T细胞都携带表面受体，每一种受体都对单一抗原有特异性。在遇到抗原后，T细胞可以刺激免疫系统的其他部分，或主动破坏受感染或癌变的细胞。一些B细胞和T细胞在感染清除后很长时间内仍然有效，并且在反复暴露于同一外来元素后，产生更强更快的免疫反应。
当先天免疫系统在受到威胁或感染的几分钟到几小时内起作用时，适应性免疫系统会在几天内做出反应。只有适应性免疫系统才能在有机体的生命周期内学习（即适应）。
当免疫系统功能不正常时，就会发生自身免疫性疾病。通常，当免疫系统无法将人体健康组织与外来元素区分开来时，就会发生自身免疫性疾病。通常，三种病理效应中的一种由自身免疫性疾病引起：组织损伤或破坏、器官生长改变或器官功能改变。
这种自身免疫性疾病的一个例子是1型糖尿病（T1DM）。在T1DM发病期间，通常是在儿童到成年早期，免疫细胞产生抗体攻击胰腺的胰岛素生成细胞，即所谓的β细胞。其结果是β细胞被破坏，继而无法调节血糖水平。T1DM目前无法治愈，但胰岛素治疗、特殊饮食和运动有助于患者控制病情。在所有产生胰岛素的细胞被破坏之前，及早诊断并开始治疗是非常重要的。
