Yardımcı organlar, yiyecekleri sindirmeye katılan, ancak ağız, mide veya bağırsakların yaptığı gibi yiyeceklerle doğrudan temas etmeyen organlardır. Yardımcı organlar, gıdaların parçalanmasını kolaylaştırmak için sindirim sistemine enzimler salgılarlar.
Tükürük bezleri tükürük salgılar ve bu kısmen su, mukus ve amilaz içeren karışık bir sıvıdır. Amilaz, mideye ulaşmadan önce nişastayı ve diğer karbonhidratları parçalamaya başlayan bir sindirim enzimidir.
Karaciğer, safra kesesi ve pankreas sindirimde yer alan diğer yardımcı organlardır. Her üçü de ince bağırsağın duodenum kısmına safra ağacı adı verilen bir dizi kanal yoluyla enzimler salgılar. Karaciğer ve safra kesesi, safrayı duodenuma serbest bırakmak için birlikte çalışır. Safra karaciğerde üretir, ancak gerektiğinde salgılamak için safra kesesinde depolanır.
Safra, su, safra tuzları, kolesterol ve bilirubin karışımıdır. Safra tuzları, hem yağ hem de su ile etkileşime girmesine izin veren hidrofobik ve hidrofilik alanlar içerir. Böylece büyük yağ globüllerini daha küçük olanlara ayırır ve bu süreçe emülsifikasyon adı verilir. Bilirubin, karaciğer hemoglobini kırmızı kan hücrelerinden ayırdığında biriken atık bir üründür. Globin geri dönüştürülür ve demir içeren hem molekülü safradan atılır. Bilirubinin varlığı dışkıya kahverengi rengini veren şeydir.
Safra kesesi taşları, safra kesesinde veya safra kanallarında yer alan safra agregasyonlarıdır. Kolesterol taşları çoğunlukla safradaki kolesterolden oluşur. Pigment taşları bilirubinden oluşur. Safra kesesi taşları genelde belirti vermezler ancak bir taş safra yolunda tıkanıklığa sebep olursa, sefra kesesi ya da pankreas enflamasyonu, ateş, kusma ve sarılık gibi ciddi belirtilere sebep olabilir. Birincil tedavi yöntemidi kolesistektomi, yani safra kesesinin çıkarılmasıdır ve uzun vadeli minimal yan etkileri vardır.
Pankreas birkaç enzim salgılar. Lipaz, daha küçük yağ globüllerini yağ asitlerine ve trigliseritlere ayırır. Tripsin ve kimotripsin proteinleri peptidlere katabolize eder. Karboksipeptidaz daha sonra bu peptitleri ayrı amino asitlere ayırır. Pankreas ayrıca kalan karbonhidratları sindirmek için amilaz salgılar.
