副器官とは、口や胃、腸のように直接食べ物に触れることはないですが、食べ物の消化に関与する器官のことです。 副器官は、食物の分解を促進するための酵素を消化管内に分泌します。
唾液腺からは、水と粘液とアミラーゼが混ざった複雑な液体である唾液が分泌されます。アミラーゼとは、でんぷんなどの炭水化物が胃に届く前に分解を始める消化酵素です。
肝臓、胆嚢、膵臓は、消化に関わる他の付属器官です。この3つの臓器は、胆道系と呼ばれる一連の経路を介して、小腸の十二指腸に酵素を分泌します。肝臓と胆嚢は協力して胆汁を十二指腸に放出します。胆汁は肝臓で作られるが、胆嚢に貯蔵され、必要なときに分泌されます。
胆汁は、水、胆汁酸塩、コレステロール、ビリルビンの混合物です。胆汁酸塩には疎水性の部分と親水性の部分があり、脂肪と水の両方に関わることができます。胆汁酸塩には親水性と疎水性の部分があり、脂肪と水の両方に作用して、大きな脂肪球を小さな脂肪球に分解します（乳化）。ビリルビンは、肝臓で赤血球のヘモグロビンが分解されてできる老廃物です。ヘモグロビンは再利用され、鉄分を含むヘムは胆汁に排泄されます。便の色が茶色になるのは、このビリルビンの存在によるものです。
胆石は、胆嚢や胆管にできた胆汁の集合体です。コレステロール結石は、主に胆汁中のコレステロールから作られます。色素性結石はビリルビンからできます。ほとんどの結石は気づかないうちにできてしまいますが、結石が胆管に詰まってしまうと、胆嚢や膵臓の炎症、発熱、嘔吐、黄疸などの重篤な症状が現れることがあります。胆嚢摘出術が主な治療法であり、長期的な副作用はほとんどないです。
膵臓からはいくつかの酵素が分泌され、リパーゼは小さな脂肪球を脂肪酸とトリグリセリドに分解します。トリプシンとキモトリプシンは、タンパク質をペプチドに分解します。カルボキシペプチダーゼはそのペプチドを個々のアミノ酸に分解します。また、膵臓からはアミラーゼが分泌され、残った炭水化物を消化します。
