An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations

Lloren&#231; Rovirosa; Laureano Tom&#225;s-Daza; Blanca Urmeneta; Alfonso Valencia; Biola M. Javierre

doi:10.3791/65316

Journal

Genética

A Comprehensive Approach to Studying the Promoter Interactome in Scarce Cells

April 21, 2023

Een geïntegreerde workflow om de promotor-centrische spatio-temporele genoomarchitectuur in schaarse celpopulaties te bestuderen

01:54 min

•

879 Views

Lysis en vertering van schaarse cellen

01:16 min

•

186 Views

Ligatie en decrosslinking van schaars cel-DNA

01:06 min

•

160 Views

Sonicatie en biotine pull-down van schaarse cellen DNA

01:47 min

•

243 Views

dATP-Tailing, adapterligatie en PCR-amplificatie van schaars cel-DNA

03:34 min

•

263 Views

Library Capture, Biotine Pull-Down en PCR-amplificatie met behulp van schaarse cel-DNA-bibliotheek

02:37 min

•

191 Views

Llorenç Rovirosa*¹, Laureano Tomás-Daza*^1,2, Blanca Urmeneta¹, Alfonso Valencia^2,3, Biola M. Javierre^1,4

¹Josep Carreras Leukaemia Research Institute, ²Barcelona Supercomputing Center, ³Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), ⁴Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol

Summary

Genexpressie wordt gereguleerd door interacties van genpromotors met distale regulerende elementen. Hier beschrijven we hoe low input Capture Hi-C (liCHi-C) de identificatie van deze interacties in zeldzame celtypen mogelijk maakt, die voorheen niet meetbaar waren.