Summary

Выделение внеклеточных везикул с низким содержанием эндотоксинов, полученных из линий раковых клеток

Published: February 17, 2023
doi:

Summary

Предлагаемый протокол включает в себя рекомендации о том, как избежать контаминации эндотоксином при выделении внеклеточных везикул из надосадочных продуктов клеточных культур и как правильно их оценивать.

Abstract

Внеклеточные везикулы (ВВ) представляют собой гетерогенную популяцию мембранных везикул, высвобождаемых клетками in vitro и in vivo. Их вездесущность и значительная роль в качестве носителей биологической информации делают их интригующими объектами исследования, требующими надежных и повторяющихся протоколов для их выделения. Однако реализовать весь их потенциал сложно, поскольку все еще существует множество технических препятствий, связанных с их исследованиями (например, правильное приобретение). В данном исследовании представлен протокол выделения малых ЭВ (по номенклатуре MISEV 2018) из супернатанта культуры линий опухолевых клеток на основе дифференциального центрифугирования. Протокол включает в себя рекомендации о том, как избежать загрязнения эндотоксинами во время выделения электромобилей и как правильно их оценивать. Загрязнение электромобилей эндотоксинами может значительно затруднить последующие эксперименты или даже замаскировать их истинные биологические эффекты. С другой стороны, упущенное из виду присутствие эндотоксинов может привести к неправильным выводам. Это имеет особое значение, когда речь идет о клетках иммунной системы, включая моноциты, потому что моноциты составляют популяцию, которая особенно чувствительна к остаткам эндотоксина. Поэтому настоятельно рекомендуется проводить скрининг EV на загрязнение эндотоксинами, особенно при работе с чувствительными к эндотоксину клетками, такими как моноциты, макрофаги, клетки-супрессоры миелоидного происхождения или дендритные клетки.

Introduction

Внеклеточные везикулы (ВВ), согласно номенклатуре MISEV 2018, являются собирательным термином, описывающим различные подтипы секретируемых клетками мембранных везикул, которые играют решающую роль в многочисленных физиологических и патологических процессах 1,2. Кроме того, электромобили обещают стать новыми биомаркерами различных заболеваний, а также терапевтическими агентами и средствами доставки лекарств. Однако реализовать весь их потенциал сложно, так как все еще существует множество технических препятствий, связанных с их приобретением3. Одной из таких проблем является выделение электромобилей, не содержащих эндотоксинов, которым во многих случаях пренебрегают. Одним из наиболее распространенных эндотоксинов является липополисахарид (ЛПС), который является основным компонентом грамотрицательных бактериальных клеточных стенок и может вызывать острую воспалительную реакцию из-за высвобождения различными клетками большого количества воспалительных цитокинов 4,5. ЛПС индуцирует реакцию путем связывания с ЛПС-связывающим белком с последующим взаимодействием с комплексом CD14/TLR4/MD2 на миелоидных клетках. Это взаимодействие приводит к активации MyD88- и TRIF-зависимых сигнальных путей, что, в свою очередь, запускает ядерный фактор каппа В (NFkB). Транслокация NFkB в ядро инициирует продукцию цитокинов6. Моноциты и макрофаги очень чувствительны к ЛПС, и их воздействие на ЛПС приводит к высвобождению воспалительных цитокинов и хемокинов (например, IL-6, IL-12, CXCL8 и TNF-α)7,8. Структура CD14 позволяет связывать различные виды ЛПС с одинаковым сродством и служит корецептором для других толл-подобных рецепторов (TLR) (TLR1, 2, 3, 4, 6, 7 и 9)6. Количество исследований, проводимых о влиянии ЭВ на моноциты/макрофаги, все еще увеличивается 9,10,11. Особенно с точки зрения изучения функций моноцитов, их субпопуляций и других иммунных клеток большое значение имеет наличие эндотоксина и даже их замаскированное присутствие в ВВ12. Упущенное из виду загрязнение электромобилей эндотоксинами может привести к вводящим в заблуждение выводам и скрыть их истинную биологическую активность. Другими словами, работа с моноцитарными клетками требует уверенности в отсутствии загрязнения эндотоксинами13. Потенциальными источниками эндотоксинов могут быть вода, коммерчески получаемые среды и сыворотки, компоненты и добавки сред, лабораторная стеклянная посуда и пластмассовая посуда 5,14,15.

Таким образом, это исследование было направлено на разработку протокола выделения ВВ с низким содержанием эндотоксина. Протокол содержит простые подсказки о том, как избежать загрязнения эндотоксинами во время изоляции электромобилей вместо удаления эндотоксинов из электромобилей. Ранее было представлено множество протоколов о том, как удалять эндотоксины, например, из инженерных наночастиц, используемых в наномедицине; однако ни один из них не полезен для биологических структур, таких как электромобили. Эффективное депирогенирование наночастиц может быть осуществлено промывкой этанолом или уксусной кислотой, нагреванием при 175 °C в течение 3 ч, облучением γ или обработкой тритоном X-100; однако эти процедуры приводят к разрушению ЭВ16,17.

Представленный протокол является новаторским исследованием, направленным на предотвращение примесей эндотоксина в EV, в отличие от предыдущих исследований о влиянии EV на моноциты9. Применение предложенных принципов в лабораторной практике может помочь получить надежные результаты исследований, что может иметь решающее значение при рассмотрении потенциального использования ЭВ в качестве терапевтических агентов в клинике12.

Protocol

1. Подготовка ультрацентрифужных пробирок Используйте стерильные одноразовые пробирки. Если это невозможно, повторно используйте ультрацентрифужные пробирки после их мытья моющим средством с помощью стерильной пастеровской пипетки или других одноразовых аппликаторо?…

Representative Results

Предпосылкой или обязательным этапом этого протокола является исключение возможного загрязнения эндотоксинами из реагентов. Все используемые реагенты, такие как FBS, DMEM, RPMI, PBS и даже ультрацентрифужные пробирки, должны не содержать эндотоксинов (<0,005 ЕС / мл). Поддерживать режим отсутств…

Discussion

В последние несколько лет все большее значение приобретают методы надлежащей изоляции электромобилей, позволяющие проводить их дальнейший надежный анализ, например, в контексте получения надежных омиксных и функциональных данных24. Основываясь на предыдущем опыте иссле?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Эта работа была поддержана Национальным научным центром, Польша, грант No 2019/33/B/NZ5/00647. Мы хотели бы поблагодарить профессора Томаша Госевского и Агнешку Кравчик с кафедры молекулярной медицинской микробиологии Медицинского колледжа Ягеллонского университета за их неоценимую помощь в обнаружении бактериальной ДНК в EV.

Materials

 Alix (3A9) Mouse mAb  Cell Signaling Technology 2171
1250ul Filter Universal Pipette Tips, Clear, Polypropylene, Non-Pyrogenic GoogLab Scientific GBFT1250-R-NS
BD FACSCanto II Flow Cytometr BD Biosciences
CBA Human Th1/Th2 Cytokine Kit II BD Biosciences 551809
CD9 (D8O1A) Rabbit mAb Cell Signaling Technology 13174
ChemiDoc Imaging System Bio-Rad Laboratories, Inc.  17001401
DMEM (Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium)  Corning 10-013-CV
ELX800NB, Universal Microplate Reader BIO-TEK INSTRUMENTS, INC
Fetal Bovine Serum Gibco 16000044
Fetal Bovine Serum South America Ultra Low Endotoxin  Biowest  S1860-500
Gentamicin, 50 mg/mL  PAN – Biotech P06-13100
Goat anti-Mouse IgG- HRP Santa Cruz Biotechnology sc-2004
Goat anti-Rabbit IgG- HRP Santa Cruz Biotechnology sc-2005
Immun-Blot PVDF Membrane Bio-Rad Laboratories, Inc.  1620177
LPS from Salmonella abortus equi S-form (TLRGRADE)  Enzo Life Sciences, Inc. ALX-581-009-L002
Mini Trans-Blot Electrophoretic Transfer Cell Bio-Rad Laboratories, Inc.  1703930
Nanoparticle Tracking Analysis  Malvern Instruments Ltd
NuPAGE LDS Sample Buffer (4X)  Invitrogen  NP0007
NuPAGE Sample Reducing Agent (10x)  Invitrogen NP0004
Parafilm Sigma Aldrich P7793 transparent film
Perfect 100-1000 bp DNA Ladder EURx E3141-01 
PierceTM Chromogenic Endotoxin Quant Kit Thermo Scientific A39552
PP Oak Ridge Tube with sealing caps Thermo Scientific 3929, 03613
RPMI 1640 RPMI-1640 (Gibco) 11875093
SimpliAmp Thermal Cycler Applied Biosystem A24811
Sorvall wX+ ULTRA SERIES Centrifuge with T-1270 rotor Thermo Scientific 75000100
Sub-Cell GT Horizontal Electrophoresis System Bio-Rad Laboratories, Inc.  1704401
SuperSignal West Pico PLUS Chemiluminescent Substrate Thermo Scientific 34577
SW480 cell line American Type Culture Collection(ATCC)
SW480 cell line American Type Culture Collection (ATCC)
Syringe filter 0.22 um TPP 99722
Trans-Blot SD Semi-Dry Transfer Cell Bio-Rad Laboratories, Inc.  1703940 Transfer machine
Transfer pipette, 3.5 mL SARSTEDT 86.1171.001

References

  1. Théry, C., et al. Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines. Journal of Extracellular Vesicles. 7 (1), 1535750 (2018).
  2. Yáñez-Mó, M., et al. Biological properties of extracellular vesicles and their physiological functions. Journal of Extracellular Vesicles. 4, 27066 (2015).
  3. van Niel, G., et al. Challenges and directions in studying cell-cell communication by extracellular vesicles. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 23 (5), 369-382 (2022).
  4. Ngkelo, A., Meja, K., Yeadon, M., Adcock, I., Kirkham, P. A. LPS induced inflammatory responses in human peripheral blood mononuclear cells is mediated through NOX4 and Giα dependent PI-3 kinase signalling. Journal of Inflammation. 9 (1), (2012).
  5. Schwarz, H., Schmittner, M., Duschl, A., Horejs-Hoeck, J. Residual endotoxin contaminations in recombinant proteins are sufficient to activate human CD1c+ dendritic cells. PLOS ONE. 9 (12), 113840 (2014).
  6. Zanoni, I., Granucci, F. Role of CD14 in host protection against infections and in metabolism regulation. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 3, 32 (2013).
  7. Takashiba, S., et al. Differentiation of monocytes to macrophages primes cells for lipopolysaccharide stimulation via accumulation of cytoplasmic nuclear factor kB. Infection and Immunity. 67 (11), 5573-5578 (1999).
  8. Schwarz, H., et al. Biological activity of masked endotoxin. Scientific Reports. 7, 44750 (2017).
  9. Danesh, A., et al. Granulocyte-derived extracellular vesicles activate monocytes and are associated with mortality in intensive care unit patients. Frontiers in Immunology. 9, 956 (2018).
  10. Barry, O. P., Pratico, D., Savani, R. C., FitzGerald, G. A. Modulation of monocyte-endothelial cell interactions by platelet microparticles. The Journal of Clinical Investigation. 102 (1), 136-144 (1998).
  11. Sadallah, S., Eken, C., Martin, P. J., Schifferli, J. A. Microparticles (ectosomes) shed by stored human platelets downregulate macrophages and modify the development of dendritic cells. Journal of Immunology. 186 (11), 6543-6552 (2011).
  12. Soekmadji, C., et al. The future of Extracellular Vesicles as Theranostics – an ISEV meeting report. Journal of Extracellular Vesicles. 9 (1), 1809766 (2020).
  13. Gioannini, T. L., et al. Isolation of an endotoxin-MD-2 complex that produces Toll-like receptor 4-dependent cell activation at picomolar concentrations. Proceedings of the National Academy of Sciences. 101 (12), 4186-4191 (2004).
  14. Roslansky, P. F., Dawson, M. E., Novitsky, T. J. Plastics, endotoxins, and the Limulus amebocyte lysate test. Journal of Parenteral Science and Technology. 45 (2), 83-87 (1991).
  15. Fishel, S., Jackson, P., Webster, J., Faratian, B. Endotoxins in culture medium for human in vitro fertilization. Fertility and Sterility. 49 (1), 108-111 (1988).
  16. Schulz, E., Karagianni, A., Koch, M., Fuhrmann, G. Hot EVs – How temperature affects extracellular vesicles. European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics. 5 (146), 55-63 (2020).
  17. Osteikoetxea, X., et al. Differential detergent sensitivity of extracellular vesicle subpopulations. Organic & Biomolecular Chemistry. 13 (38), 9775-9782 (2015).
  18. Sakudo, A., Yagyu, Y., Onodera, T. Disinfection and sterilization using plasma technology: fundamentals and future perspectives for biological applications. International Journal of Molecular Sciences. 20 (20), 5216 (2019).
  19. Shintani, H. Ethylene oxide gas sterilization of medical devices. Biocontrol Science. 22 (1), 1-16 (2017).
  20. Cvjetkovic, A., Lötvall, J., Lässer, C. The influence of rotor type and centrifugation time on the yield and purity of extracellular vesicles. Journal of Extracellular Vesicles. 3, (2014).
  21. Salamon, D., et al. Comparison of iSeq and MiSeq as the two platforms for 16S rRNA sequencing in the study of the gut of rat microbiome. Applied Microbiology and Biotechnology. 106 (22), 7671-7681 (2022).
  22. Baj-Krzyworzeka, M., Szatanek, R., Weglarczyk, K., Baran, J., Zembala, M. Tumour-derived microvesicles modulate biological activity of human monocytes. Immunology Letters. 113 (2), 76-82 (2007).
  23. Chaiwut, R., Kasinrerk, W. Very low concentration of lipopolysaccharide can induce the production of various cytokines and chemokines in human primary monocytes. BMC Research Notes. 15 (1), 42 (2022).
  24. Van Deun, J., et al. The impact of disparate isolation methods for extracellular vesicles on downstream RNA profiling. Journal of Extracellular Vesicles. 3, 24858 (2014).
  25. Lehrich, B. M., Liang, Y., Fiandaca, M. S. Foetal bovine serum influence on in vitro extracellular vesicle analyses. Journal of Extracellular Vesicles. 10 (3), 12061 (2021).
  26. Pham, C. V., et al. Bovine extracellular vesicles contaminate human extracellular vesicles produced in cell culture conditioned medium when ‘exosome-depleted serum’ is utilised. Archives of Biochemistry and Biophysics. 708, 108963 (2021).
  27. Li, Y., Boraschi, D. Endotoxin contamination: a key element in the interpretation of nanosafety studies. Nanomedicine. 11 (3), 269-287 (2016).
  28. Álvarez, E., et al. A system dynamics model to predict the human monocyte response to endotoxins. Frontiers in Immunology. 8, 915 (2017).
  29. Busatto, S., et al. Tangential flow filtration for highly efficient concentration of extracellular vesicles from large volumes of fluid. Cells. 7 (12), 273 (2018).
  30. Gałuszka, A., et al. Transition metal containing particulate matter promotes Th1 and Th17 inflammatory response by monocyte activation in organic and inorganic compounds dependent manner. International Journal of Environmental Research and Public Health. 17 (4), 1227 (2020).
  31. Falagas, M. E., Kasiakou, S. K. Toxicity of polymyxins: a systematic review of the evidence from old and recent studies. Critical Care. 10 (1), 27 (2006).
  32. Petsch, D., Anspach, F. B. Endotoxin removal from protein solutions. Journal of Biotechnology. 76 (2-3), 97-119 (2000).

Play Video

Cite This Article
Babula, A., Siemińska, I., Baj-Krzyworzeka, M. Isolation of Low Endotoxin Content Extracellular Vesicles Derived from Cancer Cell Lines. J. Vis. Exp. (192), e65062, doi:10.3791/65062 (2023).

View Video