Bu protokol, cisplatin’i nefrotoksik ajan olarak kullanarak yetişkin zebra balıklarında Akut Böbrek Yaralanmasına (AKI) neden olacak prosedürleri açıklar. Renal dokuda inflamasyon ve hücre ölümünü analiz etmek için tekniğin tekrarlanabilirliğini ve iki tekniği değerlendirme adımlarını, akış sitometrisini ve TUNEL’i ayrıntılı olarak detaylandırdık.
Cisplatin genellikle kemoterapi olarak kullanılır. Kanser tedavisi gören bireylerde olumlu etkileri olmasına rağmen, cisplatin düşük moleküler ağırlığı nedeniyle böbrekte kolayca birikebilir. Bu birikim tübüler hücrelerin ölümüne neden olur ve böbrek fonksiyonlarında hızlı bir azalma, doku hasarı ve bağışıklık hücreleri infiltişi ile karakterize edilen Akut Böbrek Yaralanması (AKI) gelişimini sağlayabilir. Belirli dozlarda uygulanırsa cisplatin, hayvan modellerinde AKI indükleyicisi olarak yararlı bir araç olabilir. Zebra balığı böbrek fonksiyonu, böbrek yenilenmesi ve yaralanmayı incelemek için ilginç bir model olarak ortaya çıkmıştır, çünkü böbrek yapıları memeliler ile fonksiyonel benzerlikleri korur. Cisplatin enjekte edilen yetişkin zebra balığı, enjeksiyon sonrası 24 saat (hpi) sonra sağkalımda azalma, böbrek hücre ölümü ve iltihap belirteçlerindeki artışı gösterir. Bu modelde immün hücre infiltişi ve hücre ölümü akış sitometrisi ve TUNEL tahlili ile değerlendirilebilir. Bu protokol, yetişkin zebra balıklarında intraperitoneal cisplatin enjeksiyonu ile AKI’yi teşvik etme prosedürlerini açıklar ve daha sonra akış sitometrisi işleme ve hücre ölümü TUNEL tahlili için böbrek dokusunun nasıl toplanır olduğunu gösterir. Bu teknikler, cisplatinin nefrotoksik bir ajan olarak etkilerini anlamak için yararlı olacak ve yetişkin zebra balıklarında AKI modellerinin genişlemesine katkıda bulunacaktır. Bu model ayrıca böbrek yenilenmesini incelemek, böbrek hasarını tedavi eden veya önleyen bileşiklerin araştırılmasında ve AKI’deki iltihabı incelemek için de kullanılabilir. Ayrıca, bu protokolde kullanılan yöntemler, böbrekle ilişkili komorbiditelerde terapötik hedefler olan doku hasarı ve iltihabının karakterizasyonunu artıracaktır.
Böbrekler, kan filtrasyonu, fazla kalıntıların giderilmesi ve iyon konsantrasyonlarının düzenlenmesi gibi homeostazı koruyan birkaç önemli fizyolojik işlevden sorumludur1. Böbrek dokusunun hasarı Akut Böbrek Hasarı (AKI) adı verilen heterojen bir duruma yol açabilir, bu da klinik olarak tübüler epitel hücrelerinin tahrip edilmesi ve ölümü, endotel hücre yaralanması ve lökosit infiltrasyonunun neden olduğu böbrek fonksiyonunda hızlı bir azalma olarak tanımlanır 2,3. AKI, yoğun bakım ünitesinde (yoğun bakım) %20 ila%50arasında değişen yüksek ölüm oranı ile hastaneye kabulün %8-16’sında gerçekleşmesi öngörülen bir durumdur4. Bu rahatsızlık, hastanede kalış süresinin artması ve finansal kaynakların önemli ölçüde kullanılması ile ilişkilidir5. Etiyolojik faktörler arasında dehidratasyon, şok, enfeksiyonlar, sepsis, kardiyovasküler hastalık ve nefrotoksik ilaçlar6bulunur. Nefrotoksisite, ilaçlar tarafından indüklenen, AKI, tübülpatiler ve glomerülopatiler olarak etkilere neden olan bir renal yaralanma olarak tanımlanır7. Nefrotoksisite yoğun bakım hastalarının üçte ikisini etkiler, çünkü yoğun bakımda reçete edilen ilaçların yaklaşık% 20’si nefrotoksik olarak kabul edilir8,9 , bu nonsteroidal antienflamatuar ilaçları (NSAID’ler), vankoksisin ve aminoglikozitler gibi antibiyotikleri ve metotreksat ve cisplatin7gibi kemoterapötik ajanları içerir. Cisplatin, baş ve boyun, testis, yumurtalık ve mesane10gibi katı tümörlerin tedavisinde kullanılan en güçlü ve yaygın kemoterapi ilaçlarından biridir. Böbrekte cisplatin, organik katyonik taşıyıcı 2 (OCT-2) aracılığıyla proksimal dolambaçlı tüpte (PCT) içselleştirilir ve yüksek konsantrasyonlarda hücre ölüm yollarını tetikleyenDNA’yabağlanır 7,10,11,12. Bu ilacın böbrekte birikmesi ölüm ve iltihaplanma ile nefrotoksisiteye katkıda bulunur13. Bu zararlı yan etki, cisplatin tedavisi gören kanser hastalarının üçte birinin hayatını ve prognozlarını muazzam derecede etkiler, bu nedenle kanser hücreleri üzerindeki öldürme etkisini kaybetmeden nefrotoksisi azaltabilecek yeni tedavilerin araştırılması zorunludur10.
Bu nefrotoksik etki nedeniyle cisplatin, ileriye doğru açıklandığı gibi deneysel hayvan modellerinde AKI’nin indüktörü olarak yaygın olarak kullanılmaktadır. Kemirgenlerde, cisplatin tarafından indüklenen ilk AKI modeli 197114’te bildirilmiştir, ancak şu anda, cisplatin15’indoza bağımlı ve kümülatif etkileri kullanılarak birçok farklı protokol ortaya çıkmıştır. Böylece, dozaj ve uygulama sayısına bağlı olarak, böbrek hasarının farklı şiddet dereceleri16 , 17,18,19,20,21indüklenebilir. En sık kullanılan yöntem, ilerleyen günlerde bir doz cisplatin ve ardından ötanazinin intraperitoneal (yani) enjeksiyonundan oluşur. Bu klasik protokolde, cisplatin enjeksiyonundan birkaç gün sonra, tek bir yüksek nefrotoksik cisplatin dozu (farelerde 10-13 mg / kg ve / veya sıçanlarda 3-8 mg / kg) fırça kenarlığı ve tübüler lümenin içindeki hücre kalıntılarının kaybı gibi ciddi histolojik değişikliklere neden olur. Histolojik değişikliklerin şiddeti doza bağlıdır ve cisplatin enjeksiyonundan 7 gün sonra rejenerasyon belirtileri gözlenir16,17.
Kemirgen modelleri iyi kurulmuş olsa da, çalışmalarımızı zebra balığına(Danio rerio)odaklaarak başka bir omurgalının özelliklerinden yararlanmaya karar verdik. Bu balık, küçük boyutu, dış döllenmesi, yüksek üreme oranları, hızlı gelişimi, embriyoların ve larvaların şeffaflığı, düşük bakım maliyeti, memeliler ile benzer anatomi (bazı istisnalar dışında), yüksek doku rejenerasyon kapasitesi, sosyal davranış, insanlarla genetik benzerliğin% 70’i ve insan hastalıkları ile ilişkili genlerle% 84’ü nedeniyle insan hastalıklarının modellenmesi için yaygın olarak kullanılmıştır22. Streisinger ve ark.23,24,25, omurgalı gelişimin genetik analizi için bu model organizmanın kullanılabilmesini doğrulayan zebra balığı ile çalışmalara başladı. Böbrek araştırmalarında zebra balığı sadece gelişimsel çalışmalarda değil, böbrek rahatsızlıklarına bağlı yeni genlerin araştırılmasında genetik bir araç olarak ortaya çıkmıştır26. Ayrıca, yara izi oluşumu olmadan yenilenme kapasitesi ve neonephrogenesis adı verilen yaşamları boyunca nefron üretme yeteneği, zebra balığını rejenerasyon araştırması için anahtar bir hayvan modeli haline getirir27,28. Ayrıca, akut ve kronik böbrek hasarı da dahil olmak üzere farklı böbrek hastalıkları için deneysel modellerin mevcudiyeti, bu deneysel organizmanın çok yönlülüğünü göstermektedir26,29. Memelilerde olduğu gibi, zebra balıklarının renal ataları ara mezodermden türetilir. Bu tür renal alerjenler, daha sonra yetişkinliğe kadar olgun bir organ olarak korunacak olan mezonephros’a gelişecek pronephrosları üretir29,30.
Yetişkin zebra balığı böbreği, vücudun sırt duvarında, yüzme mesanesi ve omurga arasında bulunur29. Ventral bir görünümden, zebra balığı üç bölgeye bölünebilir (Şekil 1A): baş (H), gövde (Tr) ve kuyruk (Ta)29. Memeliler gibi zebra balığı da tübüle segmentlerine ayrılan böbreğin fonksiyonel birimleri olarak nefronlara sahiptir (Şekil 1A): renal korpuskül (RC), proksimal dolambaçlı tübül (PCT), proksimal düz tübül (PST), distal erken (DE), geç distal (DL) ve toplama kanalı (CD)29. Zebra balığı insan nefronları ile genetik koruma ve yapısal benzerlikleri paylaşır (Şekil 1B) ancak Henle (LH) döngüsü olarak da bilinen ara tübül gibi bazı konformasyonlardan yoksundur29,31. Zebra balığı gibi tatlı su balıkları normalde çok düşük ozmolariteye sahip bir ortamla çevrilidir, bu nedenle hiperosmotik olma eğilimindedirler ve solungaçlara, erken aşamalardaki cilde ve ozmolariteyi ve su atılımını düzenlemek için böbreğe bağımlıdırlar32. Pronephros tarafından dorsal aorttan kan filtrasyonu yaklaşık 48 saat döllenme sonrası başlar (hpf)33,34. Zebra balığının böbreği sadece metabolik atık atılım organı değil, aynı zamanda döllenme sonrası (dpf) 4 günden yetişkinliğe kadar hematopoetik bir organ olarak çalışır ve memelilerde kemik iliğine eşdeğerdir35. Geliştirme sırasında, hematopoetik kök hücreler (HSC’ ler) böbreği tohumlayacak, kendi kendini yenileyecek ve miyeloid, eritroid ve lenfoid hücre soyları üretecek, transkripsiyon faktörlerini koruyacak, molekülleri ve memelilerle yüksek oranda korunmuş genetik programlaroluşturacak 36,37. Çalışmalar, insan bağışıklık sisteminin eritroid, trombositik, miyeloid ve lenfoid hücrelerinin çoğunun zebra balığında mevcut olduğunu ortaya koydu37,38. Bu hayvanın benzersiz özellikleri ve insan böbreği ile korunan özellikleri, bu model organizmayı böbrek fonksiyonu, yaralanma ve yenilenme araştırmalarında avantajlı hale getirdi.
Zebra balığının böbreği iyi çalışılmış olmasına ve bazı AKI modelleri larva ve yetişkin zebra balığı28‘de mevcut olmasına rağmen, bu protokolün kurulduğu sırada yetişkin zebra balıklarında kimyasal olarak indüklenmiş antibiyotik olmayan bir AKI modeline dair bir kanıt yoktu. Bunun yanı sıra laboratuvarımız, rejenerasyon ve böbrek hasarını incelemek için probiyotik bakterileri ve mikrobiyota türevi bileşikleri test etmeye odaklanmaktadır, bu nedenle çabalarımızı yetişkin balıklarda yeni bir cisplatin kaynaklı AKI modeli oluşturmaya yoğunlaştırmış olduk. Bu makalede sunulan video makalesi, g hayvan başına 120 ug cisplatin (120 μg/ g) enjeksiyonu kullanılarak yeni bir AKI indüksiyon modeli için prosedürleri göstermektedir(Şekil 2A). Bu doz başlangıçta 10 mg / kg (10 μg / g’ye eşdeğer) 14 ,15,16,17civarında giden murine modellerinde cisplatin tarafından indüklenen AKI çalışmalarına dayanıyordu, ancak bu doz nefrotoksisite ile ilgili böbrek hasarına neden olmak için yeterli değildi (veriler gösterilmedi). Böylece dozu bu çalışmada kullanılanlara arttırdık (Şekil 2B). Çalışmamız, böbrek dokusu hasarının indüksiyonu ile enjeksiyondan sonra sağkalım oranında cisplatinin doza bağımlı bir etkisini ortaya koydu 24 hpi tübüler yapı kaybı, artan inflamatuar infiltrat ve yüksek hücre ölüm oranı ile gösterildiği gibi. Burada cisplatin kaynaklı AKI’nin gelişimini analiz etmek için iki teknik açıklıyoruz: hücre infiltrasyonunu analiz etmek için akış sitometrisi ve hücre ölümünü ölçmek için TUNEL. Akış sitometrisi, hücrelerin fiziksel (boyut ve taneciklilik) ve kimyasal (floresan bileşikler) özelliklerini ölçen bir teknolojidir. Sitometrenin içinde hücre süspansiyonu, hücreleri tek bir çizgide düzenleyen bir kılım sıvısı aracılığıyla çalışır ve bir lazer ışını üzerinden her seferinde bir hücre geçmelerini sağlar (Şekil 3A). Işık huzmesi önündeki bir dedektör, hücre boyutuyla ilişkili olan İleri Saçılım’ı (FSC) ölçecek ve yan taraftaki dedektörler, hücrelerin tanecikleriyle ilişkili Olan Yan Dağılımını (SSC) ölçecektir. Diğer dedektörler, parçacıklardan, floresan proteinlerden veya antikor etiketli hücrelerden gelenfloresanları ölçecektir 39,40. Zebra balıkları için ticari antikorlar günümüzde az olduğundan, hayvan muhabirlerinin ve floresan biyobelirteçlerin kullanımı bu analizi iyileştirmeye ve çeşitli hücre popülasyonlarını tanımlamaya izin verir41,42,43. Bu protokolde kullanılan bir diğer araç da Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) dUTP Nick End Labeling (TUNEL) tahlilleriydi. TUNEL testi, TdT’nin parçalanmış DNA’yı tanımlama ve daha sonra mikroskopi44 (Şekil 3B) ile görselleştirilebilen ve ölçülebilen floresan işaretleyici ile etiketlenmiş deoksinükleotitlerle etiketleme yeteneğine dayanan geç aşama bir apoptoz tespit yöntemidir. AKI’nin en çarpıcı özelliklerinden birinin tübüler böbrek hücrelerinde apoptozun indüksiyonu olduğu düşünülürse3, akış sitometrisi ve/veya mikroskopi ile analiz edilebildiği için bu teknik son derece avantajlıdır.
Bu makalede sunulan yaklaşımlar, AKI durumunun gözlemlenmesine olanak tanır ve cisplatin ile ilgili AKI’de yeni terapötik hedeflerin araştırılmasında yararlı olabilecek AKI bozukluklarını incelemek için yeni bir akut model sunar.
Böbrek hastalığının yaygınlığı dünya çapında artmaya devam etti, milyonlarca insanı etkileyen küresel bir halk sağlığı sorunu haline geldi63. Böbrek yaralı bireyleri tedavi etmenin bir yolunu bulmak, etiyolojileri ve ilerlemeleri hakkında daha fazla bilgi edinmenin yanı sıra çok önemlidir. Böbrek hasarlarını anlamak için çeşitli çalışmalar hayvan modelleri kullanmaktadır. Zebra balığı böbreği (Şekil 1) kendini yenileyen kapasiteleri ve genetik benzerliği nedeniyle gelişim biyolojisi ve yaralanma araştırmalarında yıllardır çalışılmıştır29,64. Burada, cisplatin özelliklerini nefrotoksik bir ajan olarak kullanarak yetişkin zebra balıklarında yeni bir AKI modeli sunuyoruz, 24 hpi’ye kadar görülebilecek hasarla hızlı ve akut reaksiyonu gerçekleştirme adımlarını detaylandırıyoruz (Şekil 2). Ayrıca, burada cisplatin enjeksiyonu, akış sitometrisi ve TUNEL sonrası doku hasarının değerlendirilmesine yardımcı olacak iki teknik açıklıyoruz (Şekil 3).
Yetişkin zebra balıklarındaki mevcut AKI modelleri, nefron ve tübüle yıkımında büyük hasara neden olan gentamisin i.p. enjeksiyonunu içerir, neoneprogenez olayları 5. günden itibaren başlar ve enjeksiyon sonrası 21 gün ile yenilenme tamamlanır65. Öte yandan, Sepsis ilişkili akut böbrek hasarı (S-AKI) modeli Edwardsiella tardaenfeksiyonu ile kuruldu , çünkü insülin benzeri büyüme faktörü bağlayıcı protein-7 (IGFBP7), metalloproteinaz 2 doku inhibitörü (TIMP-2) ve böbrek yaralanması molekülü-1 (KIM-1), larva ve yetişkin zebra balığı66gibi AKI belirteçlerinin ekspresyonunu önemli ölçüde artırdı. Zebra balığı terapötik ajanların aranması için yüksek verimli bir hayvan olarak bilinir ve bu böbrek fonksiyonu ve rejenerasyon67incelemek için probiyotiklerin ve mikrobiyota türevi metabolitlerin kullanımını içerir. Ancak mevcut modeller bu tedavilerin sonucunu doğrudan etkileyebilir. Bu nedenle, yetişkin zebra balıklarında AKI’yi teşvik etmek için farklı bir yöntem belirledik (Şekil 4), cisplatin’i balık mikrobiyotası üzerinde doğrudan bilinen etkileri olmayacak bilinen bir nefrotoksik ajan olarak kullanarak, antibiyotik olmak için gentamicin modeli veya E. tardaile enfeksiyon , sepsis modeli olduğu için. Bununla birlikte, cisplatin protokolümüzü geliştirirken, başka bir grup da yetişkin zebra balıklarında cisplatinin nefrotoksik etkilerini araştırdı, dozu hayvan başına 10-20-30 μgbasitleştirdi 68. Hayatta kalmada cisplatin doza bağımlı etki göstermelerine rağmen, aynı yaştaki zebra balıklarının çok farklı boyut ve ağırlığa sahip olabileceği ve bu sonuçlarda farklılıklara neden olabileceği için tüm balıklar için tek bir miktar cisplatin kullanılmasında dikkatli olmanızı öneririz69,70. Farelerde ve bu çalışmada olduğu gibi, dozu hayvanın ilgili ağırlığına ayarlamanın önemli olduğunu düşünüyoruz.
Yetişkin zebra balığı ile yaptığımız deneylerde cisplatin doz-yanıt etkisi gösterdi. Bu, cisplatin enjeksiyonundan sonra hayvanların hayatta kalma oranı izlenerek görselleştirilmiştir (Şekil 5). Hayatta kalmayı, izleme süresi boyunca başka bir fiziksel işaret görünmediği için, nefrotoksikliğin bir ölçüsü olarak değil, cisplatin dozunun yoğunluğunu tahmin etmenin bir yolu olarak kullandık. Bu kemirgenlerle karşılaştırılabilir, böbrek hasarının şiddeti cisplatin enjeksiyonunun dozu ve sıklığı ile modüle edilebilir15, daha yüksek cisplatin konsantrasyonları ile ölümcül dozlara ulaşmak71. Ölü ayrıca sonraki günlerde cisplatin72larva modelinde de görülür. Amacımız birkaç gün içinde akut bir yaralanmaya neden olmak olduğundan, enjeksiyondan 24 saat sonra böbrek hasarını gözlemlemek için mümkün olduğunca 120 μg / g cisplatin dozunu seçtik, ancak bu çalışmanın hedeflerine bağlı olarak ayarlanabilir.
İnsanlarda, AKI klinik olarak azalmış glomerüler filtrasyon oranı (GFR), yüksek serum kreatinin ve kan üre azot3ile teşhis edilir. Zebra balıklarında, AKI modellerinin repertuarı bazı genetik şartlı modeller73,74 ve bazı ilaçla ilgili modeller65,72içerir, ancak AKI fonksiyonel parametrelerinin bazıları teknik zorluklar nedeniyle zebra balığı üzerinde ölçülemediğinden(örneğin, kan toplama), çoğu araştırma çalışmamız gibi AKI 1,75’in özelliklerini gözlemlemek için morfolojik ve görsel teknikleri benimser.
Kemirgenlerde, cisplatin proksimal ve distal tübüllerdeki epitel hücrelerine girer, hücrenin içinde metabolik aktivasyona uğrar ve hücre organelleri üzerinde son derece reaktif olur ve hücre yapısında değişikliklere neden olur. Bu değişiklikler apoptoz ve otofajiye ve hatta nekroza çok yüksek dozlarda neden olabilir. Bu hasara yanıt olarak, birçok sitokin salınır ve iltihaplanmaya yol açan ve organın işlevselliğini etkileyen lökositler işe alınır15. Bu, yaralı böbrekte ne tür hücrelerin bulunabileceğinin, sakinler veya bağışıklık hücrelerine sızmış olarak değerlendirilmesinin önemini vurgulamaktadır. Burada, günümüzde mevcut olan transgenik immün muhabir hatlarını kullanarak akış sitometrisi ile bunun nasıl değerlendirileceğini gösterdik (Tablo 1). Cisplatin, enjeksiyondan sonra böbrekteki nötrofillerin(mpo:GFP pozitif hücreler) yüzdesini 24 saat artırdı (Şekil 6). Zebra balığı durumunda, böbrek farklı kan hücresi gruplarına yol açan HSC’lerin nişidir. Bununla birlikte, birçok granülosit ve makrofaj normalde kanda dolaşıyor. Örneğimizde, nötrofillerin miyeoperoksidazının promotörü altında GFP’yi ifade eden mpo:GFP transgenik çizgisini kullandık52. mpo:GFP transgenik hattının orijinal çalışmaları, nötrofil olgunlaşmasının farklı durumlarında miyeloksidaz ekspresyonunu göstermiştir76, ancak kapı stratejimiz kandan gelen olgun hücreleri içeren granülosit fraksiyonu üzerinde odaklanmıştır52, bu şekilde analizimiz yerleşik hücreleri değil, sızmış hücreleri içerir. Bu, istenen hücre popülasyonunun izole edilirken göz önünde bulundurulmasının önemlidir.
Yukarıda açıklandığı gibi, apoptoz cisplatin ile ilgili AKI’nin en klasik belirtecidir. Burada, TUNEL test tarafından ölü hücrelerin lokalizasyonu için basit bir protokol gösterdik. Cisplatin enjeksiyonu apoptotik hücre sayısını artırdı 24 hpi (Şekil 7). Bu, doğrudan dokudaki ölü hücreler sayılarak kolayca ölçülebilir. Bununla birlikte, hücreye özgü ölümün tanımlanması için istenen hücreye karşı antikorların kullanımı(örneğin, tübüler hücreler) veya transgenik bir muhabir hattının kullanımı bu teknikle birlikte kullanılabilir. AKI’nin gentamisin kaynaklı modeli ile karşılaştırıldığında, cisplatin daha şiddetli bir model gibi görünmektedir, çünkü gentamisin apoptozu enjeksiyondan sonraki üçüncü günde daha yüksekti65.
Çeşitli yan etkileri olmasına rağmen, cisplatin kanser tedavisinde hala yaygın olarak kullanılmaktadır, çünkü karsinomlar, mikrop hücreli tümörler, lenfomalar ve sarkomlar dahil olmak üzere çeşitli kanser türlerine karşı etkinliği77. Nefrotoksisite cisplatin10ile tedavide hastaların üçte birinde görülür Bu nedenle bu etkiyi azaltabilecek ve renoproteksiyonu artırabilecek stratejilerin araştırılması zorunludur. Bu yazıda sunulan yöntem ve tekniklerin böbrek yaralanması mekanizmalarının aydınlatılmasına ve böbrek komplikasyonlarından muzdarip bireylerin yaşam kalitesini artırmak için gerekli olabilecek terapötik hedefleri bulmaya yardımcı olacağına inanıyoruz, ağırlıklı olarak cisplatin kullanımı ile ilgili olanlar.
The authors have nothing to disclose.
Bu araştırma Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP (2015/21644-9; 2017/05264-7; 2017/05687-5; 2018/20722-4), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) ve Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), finansal kod 001. São Paulo Üniversitesi Biyobilim Enstitüsü’nde Maria Rita dos Santos e Passos-Bueno Laboratuvarı ve Genetik ve Evrimsel Biyoloji Bölümü Zebra Balığı Tesisi’ndeki işbirlikçilerimize teşekkür ederiz. Cristiane Naffah de Souza Breda ve Theresa Raquel de Oliveira Ramalho’ya el yazması hakkındaki yorum ve öneriler için teşekkür ederiz. Biyomedikal Bilimler Enstitüsü’nün multimedya ekibinden Marcio Villar Martins’e bu videonun kaydı, baskısı ve prodüksiyonu için çok teşekkür ederiz.
1x PBS | Made by diluting 10 X PBS (prepared in lab) in distilled water | ||
31 G 1.0 cc insulin syringe | BD Plastipak | 990256 | Needle: BD Precision Glide 300110 |
3.5 L Fish tank | Tecniplast | Part of the aquactic system | |
6 well plate | Corning | 351146 | |
10 mM Tris/HCl | Prepared from solid Tris Base (Promega, H5135), adjusted to pH 7.4-8 with HCl (Merck, 1003171000) | ||
50 ml Falcon tube | Corning | 352070 | |
2-3% Agarose | Invitrogen | 16500-500 | Dissolve 2 or 3% agarose (w/v) in 1x PBS, warm until dissolve. |
2% FBS | Gibco | 12657-09 | Dilute 2% (w/v) directly in 1x PBS |
4% Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | Dissolve 4% PFA (w/v) in warm 1x PBS, mix until dissolve in a hot plate in a fume hood. Aliquot and store at -20 °C |
50% Ethanol | Made by diluting 100% ethanol in distilled water | ||
70% Ethanol | Made by diluting 100% ethanol in distilled water | ||
90% Ethanol | Made by diluting 100% ethanol in distilled water | ||
100% Ethanol | Synth | 00A1115.01.BJ | |
100% Xylene | Synth | 00X1001.11.BJ | |
Cell strainer 40 µm | Corning | 431750 | |
Cisplatin | Blau Farmacêutica | 16020227 | C-PLATIN 1 mg/mL. Store at room temperature. |
Cork board sheet | Obtained from local stationary store | ||
DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | Stock solution 20 mg/ml dissolved in water |
Fine forceps | Fine Science Tools | 11254-20 | |
Flow cytometry tubes | Corning | 352052 | |
Glass slide | Thermo-Fisher | 4445 | |
Histology cassette | Ciencor | 2921 | |
Immuno stain chamber | Ciencor | EP-51-05022 | |
Incubator | NAPCO | 5400 | Set to 37 °C |
Insect pins | Papillon | Model micro15x20 | |
In Situ Cell Death Detection Kit | Roche Diagnostics | 12156792910 | |
Metal mold | Leica Biosystems | 3803081 | |
Micropipette 200-1000 µL | Eppendorf | Use 1 mL tips | |
MS-222 (Tricaine) | Fluka Analytical | A5040-25G | |
NaCl 0.9% | Synth | C1060.01.AG | Dissolve 0.9% NaCl (w/v) in distilled water |
Nail polish | Prefer transparent | ||
Neubauer chamber | Precicolor HGB | ||
Pasteur plastic pipet | United Scientific Supplies | P31201 | |
Paraplast | Sigma-Aldrich | P3558 | |
Petri dish | J.ProLab | 0307-1/6 | 60 and 100 mm |
Plastic spoon | Obtained from local store | ||
Proteinase K | New England BioLabs | P8102 | Diluite from stock 20 mg/ml |
Scissors | Fine Science Tools | 14060-09 | |
Scalpel blade | Solidor | ||
Sponge | Obtained from local store | ||
Trypan Blue | Cromoline | 10621/07 | |
Vannas Spring Scissors | Fine Science Tools | 15000-00 | |
Vectashield Antifade Mounting Medium | Vector Laboratories | H-1000-10 | |
Centrifuge | Eppendorf | 5810R | |
Cytometer | BD Biosciences | FACSCanto II | |
Fluorescence Stereoscope | Zeiss | Axio Zoom.V16 | |
Fluorescence Microscope | Zeiss | AxioVert.A1 | |
Microtome | Leica | Jung Supercut | |
Scale | Ohaus Corporation | AR2140 |