Nous décrivons ici une méthode pour la croissance de Neisseria gonorrhoeae dans le milieu liquide métal-restreint pour faciliter l’expression des gènes pour l’apaisement de métal. Nous dénoncions également des expériences en aval pour caractériser le phénotype des gonocoques cultivés dans ces conditions. Ces méthodes peuvent être adaptées pour être adaptées à la caractérisation des gènes sensibles au métal chez d’autres bactéries.
Les métaux traces tels que le fer et le zinc sont des nutriments vitaux connus pour jouer un rôle clé dans les processus procaryotiques, y compris la régulation des gènes, la catalyse et la structure des protéines. La séquestration du métal par les hôtes conduit souvent à une limitation du métal pour la bactérie. Cette limitation induit l’expression des gènes bactériens dont les produits protéiques permettent aux bactéries de surmonter leur environnement métallique limité. La caractérisation de ces gènes est un défi. Les bactéries doivent être cultivées dans des médias méticuleusement préparés qui permettent un accès suffisant aux métaux nutritionnels pour permettre la croissance bactérienne tout en maintenant un profil métallique propice à la réalisation de l’expression des gènes susmentionnés. En tant que tel, un équilibre délicat doit être établi pour les concentrations de ces métaux. La culture d’un organisme exigeant sur le plan nutritionnel tel que Neisseria gonorrhoeae, qui a évolué pour survivre uniquement dans l’hôte humain, ajoute un niveau supplémentaire de complexité. Ici, nous décrivons la préparation d’un milieu métallique défini limité suffisant pour permettre la croissance gonococcique et l’expression du gène désirée. Cette méthode permet à l’investigateur de chélater le fer et le zinc à partir de sources indésirables tout en complétant les médias avec des sources définies de fer ou de zinc, dont la préparation est également décrite. Enfin, nous présentons trois expériences qui utilisent ce média pour aider à caractériser les produits protéiques des gènes gonococciques régulés par les métaux.
Neisseria gonorrhoeae provoque l’infection sexuellement transmissible commune gonorrhée. Pendant l’infection, Neisseria pathogène exprimer un répertoire de gènes métal-sensibles qui permettent aux bactéries de surmonter les efforts de restriction de métal par l’hôte humain1,2,3. Les métaux traces comme le fer et le zinc jouent un rôle clé dans de nombreux processus cellulaires, tels que la liaison aux enzymes dans les sites catalytiques, la participation aux réactions redox, et comme facteurs structurels dans diverses protéines4,5. Dans des conditions de métal limité, les loci métal-sensibles sont déprimés et leurs protéines résultantes peuvent aider à l’acquisition de ces éléments nutritifs. La caractérisation de ces gènes et protéines représente un défi technique unique pour le chercheur. Les ions métalliques doivent être retenus contre les bactéries afin d’induire la transcription de ces gènes à partir de leurs loci indigènes, mais la chélation efficace de ces ions à partir de médias chargés de métal peut être difficile à optimiser. Les différents profils métalliques de l’eau de source et la variation inhérente du lot au lot6 des ingrédients en poudre signifient que la quantité de chélateur nécessaire pour enlever un métal spécifique d’un milieu riche variera d’un endroit à l’autre, les vendeurs d’ingrédients, et même au fil du temps dans un seul laboratoire à mesure que l’inventaire chimique sera remplacé.
Pour contourner ce défi, nous décrivons la préparation d’un milieu défini qui est traité avec de la résine Chelex-100 pendant la préparation pour enlever les métaux traces de la solution. Ce milieu est suffisamment dense en nutriments pour permettre la croissance du gonocoque, qui est difficile à culture en dehors de l’hôte humain, et permet à l’investigateur d’introduire un profil métallique spécifique en additionnant leurs propres sources et concentrations définies de Métaux. La méthode d’addition contrôlée des métaux désirés au milieu appauvri augmente la consistance expérimentale et permet des expériences robustes et reproductibles indépendamment de facteurs tels que la source d’eau et le nombre de lot séchimique. En outre, ce support peut être déployé comme un liquide ou solide avec seulement des modifications mineures, ce qui le rend assez polyvalent.
Afin de démontrer l’utilité de ce milieu, nous énonçons un protocole pour son utilisation pour la croissance gonococcique et déécrivons trois expériences réussies pour caractériser les gènes de Neisseria sensibles aux métaux. Tout d’abord, nous préparons des lysates gonococciques à cellules entières à partir de cultures appauvries ou complétées par le métal et démontrons des niveaux variables de production de protéines à partir de loci sensibles au métal. Nous cifrayons alors un assay de croissance zinc-restreint dans lequel la croissance gonococcique est commandée par la supplémentation des sources spécifiques et utilisables de zinc. Enfin, nous montrons des essais de liaison qui démontrent des cellules gonococciques entières exprimant des récepteurs de surface sensibles au métal se liant à leurs ligands contenant du métal respectifs. La présentation réussie de surface de ces récepteurs exige la croissance dans le milieu métal-appauvri.
Le protocole actuel a été optimisé spécifiquement pour Neisseria gonorrhoeae, mais de nombreux autres agents pathogènes bactériens utilisent des stratégies d’acquisition de métaux pendant l’infection7, de sorte que ce protocole peut être adapté pour l’étude de l’homéostasie métallique dans d’autres bactéries. L’optimisation de ce média et de ces protocoles expérimentaux pour une utilisation dans d’autres bactéries nécessitera probablement une légère modification des concentrations de chélateurs métalliques et/ou du temps de traitement avec Chelex-100, car d’autres bactéries peuvent avoir des besoins métalliques légèrement différents de ceux du gonocoque. Le fer et le zinc sont les principaux métaux préoccupants pour les enquêtes décrites, mais d’autres métaux (p. ex., le manganèse) ont été démontrés comme critiques pour les bactéries, y compris Neisseria8,9,10,11,12. En outre, des méthodes similaires ont été décrites pour les caractérisations métalliques dans le travail de culture cellulaire eucaryotique, qui peut également être considérée. 13 (en)
Les médias de croissance joue un rôle varié dans la recherche microbiologique. Les médias spécialisés sont utilisés pour la sélection, l’enrichissement et diverses autres applications pour de nombreux types d’études uniques. Une telle application est l’induction de gènes métal-sensibles, qui est typiquement accompli par l’addition d’un chélateur spécifique qui cible un ion métallique particulier. Cette méthode est limitée, car la quantité de chélation nécessaire pour divers métaux traces est…
The authors have nothing to disclose.
Ce travail a été soutenu par les subventions des NIH R01 AI125421, R01 AI127793 et U19 AI144182. L’auteur de l’écriture tient à remercier tous les membres du laboratoire qui ont contribué à la relecture et à l’examen de cette méthode.
125 mL sidearm flasks | Bellco | 2578-S0030 | Must be custom ordered |
2-Mercaptoethanol | VWR | M131 | Open in fume hood |
3MM Paper | GE Health | 3030-6461 | Called "filter paper" in text |
Agarose | Biolone | BIO-41025 | Powder |
Ammonium chloride | Sigma-Aldrich | A9434 | Powder |
Biotin | Sigma-Aldrich | B4501 | Powder |
Blotting grade blocker | Bio-Rad | 170-6404 | Nonfat dry milk |
Bovine serum albumin | Roche | 3116964001 | Powder |
Bovine transferrin | Sigma-Aldrich | T1428 | Powder |
Calcium chloride dihydrate | Sigma-Aldrich | C5080 | Powder |
Calcium pantothenate | Sigma-Aldrich | C8731 | Powder |
Calprotectin | N/A | N/A | We are supplied with this by a collaborator |
Chelex-100 Resin | Bio-Rad | 142-2832 | Wash with deionized water prior to use |
Cotton-tipped sterile swab | Puritan | 25-806 | Cotton is better than polyester for this application |
Deferoxamine | Sigma-Aldrich | D9533 | Powder |
D-glucose | Sigma-Aldrich | G8270 | Powder |
Dialysis cassette | Thermo | 66380 | Presoak in buffer prior to use |
Dot blot apparatus | Schleicher & Schwell | 10484138 | Lock down lid as tightly as possible before sample loading |
Ethanol | Koptec | V1016 | Flammable liquid, store in flammables cabinet |
Ferric chloride | Sigma-Aldrich | F7134 | Irritant, do not inhale |
Ferric nitrate nonahydrate | Sigma-Aldrich | F1143 | Irritant, do not inhale |
GC medium base | Difco | 228950 | Powder, already contains agar |
Glycine | Sigma-Aldrich | G8898 | Powder |
HEPES | Fisher | L-15694 | Powder |
Human transferrin | Sigma-Aldrich | T2030 | Powder |
Hypoxanthine | Sigma-Aldrich | H9377 | Powder |
Klett colorimeter | Manostat | 37012-0000 | Uses color transmission to assess culture density |
L-alanine | Sigma-Aldrich | A7627 | Powder |
L-arginine | Sigma-Aldrich | A5006 | Powder |
L-asparagine monohydrate | Sigma-Aldrich | A8381 | Powder |
L-aspartate | Sigma-Aldrich | A9256 | Powder |
L-cysteine hydrochloride | Sigma-Aldrich | C1276 | Powder |
L-cystine | Sigma-Aldrich | C8755 | Powder |
L-glutamate | Sigma-Aldrich | G1251 | Powder |
L-glutamine | Sigma-Aldrich | G3126 | Powder |
L-histidine monohydrochloride | Sigma-Aldrich | H8125 | Powder |
L-isoleucine | Sigma-Aldrich | I2752 | Powder |
L-leucine | Sigma-Aldrich | L8000 | Powder |
L-lysine | Sigma-Aldrich | L5501 | Powder |
L-methionine | Sigma-Aldrich | M9625 | Powder |
L-phenylalanine | Sigma-Aldrich | P2126 | Powder |
L-proline | Sigma-Aldrich | P0380 | Powder |
L-serine | Sigma-Aldrich | S4500 | Powder |
L-threonine | Sigma-Aldrich | T8625 | Powder |
L-tryptophan | Sigma-Aldrich | T0254 | Powder |
L-tyrosine | Sigma-Aldrich | T3754 | Powder |
L-valine | Sigma-Aldrich | V0500 | Powder |
Magnesium sulfate | Sigma-Aldrich | M7506 | Powder |
Methanol | VWR | BDH1135-4LP | Flammable liquid, store in flammables cabinet |
Nitrocellulose | GE Health | 10600002 | Keep in protective sheath until use |
Potassium phosphate dibasic | Sigma-Aldrich | 60356 | Powder |
Potassium phosphate monobasic | Sigma-Aldrich | P9791 | Powder |
Potassium sulfate | Sigma-Aldrich | P0772 | Powder |
Potato starch | Sigma-Aldrich | S4251 | Powder |
Reduced glutathione | Sigma-Aldrich | G4251 | Handle carefully. Can oxidize easily. |
S100A7 | N/A | N/A | We are supplied with this by a collaborator |
Sodium bicarbonate | Sigma-Aldrich | S5761 | Powder |
Sodium chloride | VWR | 470302 | Powder |
Sodium citrate | Fisher | S279 | Powder |
Sodium hydroxide | Acros Organics | 383040010 | Highly hygroscopic |
Thiamine hydrochloride | Sigma-Aldrich | T4625 | Powder |
Thiamine pyrophosphate | Sigma-Aldrich | C8754 | Also called cocarboxylase |
TPEN | Sigma-Aldrich | P4413 | Powder |
Tris | VWR | 497 | Powder |
Uracil | Sigma-Aldrich | U0750 | Powder |
Zinc sulfte heptahydrate | Sigma-Aldrich | 204986 | Irritant, do not inhale |