Ce protocole est conçu pour évaluer la viabilité de la drosophile à chaque stade de développement, de l’embryon à l’adulte. La méthode peut être utilisée pour déterminer et comparer la viabilité de différents génotypes ou conditions de croissance.
Dans Drosophila melanogaster, des tests de viabilité sont utilisés pour déterminer l’aptitude de certains milieux génétiques. Les variations alléliques peuvent entraîner une perte partielle ou totale de viabilité à différents stades de développement. Notre laboratoire a mis au point une méthode pour évaluer la viabilité de Drosophila, de l’embryon à l’adulte pleinement mature. La méthode repose sur la quantification du nombre de descendants présents à différents stades de développement, en commençant par les embryons éclos. Une fois que les embryons ont été quantifiés, d’autres étapes sont comptées, y compris L1/L2, les punes et les adultes matures. Après que toutes les étapes aient été examinées, une analyse statistique telle que le test chi-carré est utilisée pour déterminer s’il y a une différence significative entre le nombre de début de progéniture (embryons éclos) et les étapes ultérieures aboutissant au nombre observé d’adultes, rejetant ou acceptant ainsi l’hypothèse nulle (que le nombre d’embryons éclos sera égal au nombre de larves, de prud’être et d’adultes enregistrés tout au long des étapes de développement). Le principal avantage de cet analyse est sa simplicité et sa précision, car il n’est pas nécessaire qu’un rinçage embryonnaire les transfère à la fiole alimentaire, évitant ainsi les pertes dues à des erreurs techniques. Bien que le protocole décrit ici n’examine pas directement les larves de L2/L3, des étapes supplémentaires peuvent être ajoutées pour tenir compte de ces. La comparaison du nombre d’embryons éclos, de L1, de pupae et d’adultes peut aider à déterminer si la viabilité a été compromise au cours des étapes L2/L3 pour d’autres études (l’utilisation d’aliments colorés aide à l’identification visuelle des larves). Dans l’ensemble, cette méthode peut aider les chercheurs et les éducateurs de Drosophila à déterminer quand la viabilité est compromise pendant le cycle de vie de la mouche. L’évaluation courante des stocks utilisant cet analyse peut empêcher l’accumulation des mutations secondaires qui peuvent affecter le phénotype du mutant original isolé, particulièrement si les mutations originales affectent la forme physique. Pour cette raison, notre laboratoire maintient plusieurs copies de chacun de nos allèles Dm ime4 et vérifie régulièrement la pureté de chaque stock avec cette méthode en plus d’autres analyses moléculaires.
La durée de vie est affectée par des facteurs génétiques et non génétiques. Dans des conditions de croissance de laboratoire standard à température ambiante, notre laboratoire a observé une variation significative de la condition physique et de la viabilité parmi les différents alleles Dm ime4 cultivés dans des conditions identiques (figure1 et chiffressupplémentaires). Des études de viabilité sont fréquemment faites pour étudier les effets d’une certaine combinaison d’allèle ou d’une condition de croissance dans les études génétiques de population1,2,3,4. Cependant, des analyses détaillées de la viabilité au sein d’un groupe non complémentaire de mutations sont difficiles à trouver dans la littérature scientifique. Un allèle est généralement étiqueté “non-essentiel” si le chercheur trouve quelques individus homozygous pour cet allèle dans le flacon alimentaire qui abrite le stock équilibré5,6. Cependant, les analyses précises de Chi-square pour évaluer si ces homozygotes se posent aux rapports mendéliens prévus ne sont pas rapportées5,6. La température la plus permissive pour tout stock de Drosophila est la température ambiante (22-23 oC) et, avec les nutriments appropriés, le cycle de vie des mouches de type sauvage prend environ douze jours pour terminer7,8. Comme la durée de chaque stade de développement de drosophila de type sauvage est connue7,8, la méthode décrite dans ce rapport peut être utilisée pour examiner si la souche Drosophila à l’étude est apte à chaque étape par rapport à un contrôle approprié pour le fond génétique testé. Contrairement aux études qui mettent l’accent sur un aspect spécifique du développement9, ce protocole fournit un moyen pratique d’évaluer la viabilité à différents stades de développement.
Dans notre laboratoire, ce protocole est utilisé pour évaluer la viabilité des stocks qui sont déficients pour Drosophila Inducer de La méiose 4 (Dm ime4). Dm ime4 est un gène essentiel10 qui code un méthyltransferase d’ARN avec des rôles critiques dans le métabolisme d’ARN dans Drosophila et d’autres organismes multicellulaires5,6,10, 11 Ans, états-unis ( , 12 Ans, états-unis , 13 (en) , 14 (en) . Pour évaluer rapidement les nouveaux allèles de Dm ime4 générés par CRISPR/Cas9 (Chiffres supplémentaires), un résultat de viabilité final a été effectué qui ne comptait que la progéniture adulte produite dans des flacons de stocks équilibrés (Figure 1). Certains des stocks utilisés ont été décrits dans les rapports précédents Dm ime4 5,6. Les mutants homozygotes sont apparus aux niveaux sub-mendéliens, tels que déterminés par les analyses chi-carrées (figure1 et Matériauxsupplémentaires). Pour évaluer si ces chiffres inférieurs aux prévisions étaient attribuables au nombre d’embryons pondre ou à moins d’embryons éclos ou à une perte de viabilité chez l’AL1/L2 ou les pupae, nous avons élargi le suivi pour inclure les dénombrements à chacun de ces stades de développement (figure2, Figure 3, Figure 4, Figure 5, Figure 6, Figure 7, Figure 8, et Figure 9).
Ici, nous décrivons la méthode à l’aide de mouches de type sauvage (OreR). Pour tester empiriquement cette méthode pour une utilisation avec d’autres milieux génétiques ou des espèces de Drosophila, nous recommandons d’utiliser OreR comme référence et d’ajuster les critères de temps en fonction de l’organisme expérimental. Le protocole a été évalué en outre afin d’évaluer la viabilité de la descendance générée par le croisement de femelles vierges de type sauvage avec des mâles d’un stock mutant hétérozygote Dm ime4 5,6 ( Figure4).
En résumé, cette méthode fournit une évaluation précise et simple de la viabilité dans Drosophila. L’ensemble du protocole prend environ 14 jours. La procédure ne nécessite pas de compétences techniques expertes; cependant, le bon moment, un calendrier d’observations quotidiennes et un transfert minutieux d’agar sont importants pour l’exactitude et la reproductibilité.
En plus de la mise en place du disque de raisin-agar côté embryon vers le bas dans le flacon alimentaire, une autre étape cruciale dans la procédure est le transfert du disque d’agar à une fiole alimentaire au plus tard 48 h après avoir retiré l’assiette d’agar de raisin des mini cages de collecte d’embryons. Le transfert de l’agar après 48 h a entraîné la perte d’embryons et de larves, probablement en raison de la déshydratation du disque d’agar. Pour compter les transitions L2/L3, la plaque doit couver pendant 72 h. Si cette étape est cruciale, les plaques d’agar de raisin doivent être versées plus épaisses et une chambre humide doit être employée pour empêcher la dessiccation. Les croix ont été installées dans des cages de collecte d’embryons pouvant accueillir des plaques de 35 mm; cependant, cette procédure peut être effectuée en utilisant de plus grandes cages de collecte d’embryons aussi bien, comme celle qui peut accueillir des plaques de 60 mm ou 100 mm Petri. Les bouteilles de nourriture doivent alors être assez grandes pour accueillir ces tailles.
Il y a des étapes qui peuvent être ajoutées à ce protocole. Comme mentionné ci-dessus, les transitions L2/L3 sont difficiles à quantifier sur les plaques en raison du temps requis et de la déshydratation potentielle de l’agar. En outre, les larves deviennent très mobiles à la surface de l’agar, ce qui pose un défi pour les compter avec précision. Placer les assiettes au réfrigérateur pendant 30 minutes ou ajouter quelques gouttes d’anesthésique doux (solution de lidocaïne) à la surface de l’agar avant de compter les larves de L2/L3 peut aider à ralentir leurs mouvements pour les compter plus précisément. Une mise en garde à ces modifications est qu’elles peuvent introduire des variables (sensibilité au froid, sensibilité anesthésique) et confondre les résultats de viabilité. Même sans ces étapes, en utilisant des aliments colorés, les chercheurs peuvent quantifier les L3/prépacaris errants lorsqu’ils s’installent sur le côté des flacons alimentaires pour initier la pupaison. Une limitation à cette méthode est qu’elle exige que les adultes utilisés dans les croix pour survivre à être anesthésiés avec co2 pour le phénotypage pour mettre en place les croix dans les cages de collecte d’embryons. Les mâles mutants homozygous homozygous d’Ime4 ne récupèrent pas bien et meurent quelques heures après le réveil du traitement de CO 2. D’autres méthodes pour immobiliser les adultes pour le tri peuvent être explorées, comme placer des flacons dans le réfrigérateur pendant quelques minutes, puis transférer des flacons sur la glace concassée pour ralentir le mouvement et trier rapidement et efficacement.
En plus de comparer les forces alléliques et leurs effets sur la viabilité, cette méthode peut être utilisée pour filtrer la sensibilité ou la résistance aux composés pharmaceutiques définis. Contrairement à d’autres méthodes qui filtrent la toxicité des composés dans la culture cellulaire15,16,17,18, cette méthode utilise des organismes entiers, ce qui rend l’évaluation des effets du développement plus facile à analyser. En résumé, en utilisant ce protocole et les modifications qui s’y plairont, permettront de mesurer les forces alléliques ainsi que les effets des facteurs environnementaux et des composés chimiques sur la viabilité de Drosophila, la fécondité, la durée de vie et la durée de cycle de développement.
The authors have nothing to disclose.
Nos travaux sont financés par les NIH 1R15GM1131-01 à CFH et NIH PA -12-149 À CFH.
Antimold additive | Carolina | ||
Beaker | Fisher Scentific | S76100J | Beaker |
Benchmark scientific digital hotplate | The Lab Depot | H3760H | Hot plate |
Britta-filtered tap water to prepare grape agar and instant fly food | Any tap water filtration system | ||
CO2 pistol or FlyNap | Carolina | Anesthetic to sort/count adult flies | |
Dissecting microscope/stereoscope | Amscope | SM-1TSZ-V203 | Dissecting microscope |
Drosophila culture vials and stoppers | Carolina | 173120 | Food vials for growing Drosophila |
Embryo collection mini cage | Genesee Scientific | 59-105 | chamber used to gather embryos |
Erlenmeyer flask | Sigma-Aldrich | 70980 | Erlenmeyer flask |
Formula 4-24 Instant Drosophila Medium, Blue | Carolina | https://www.carolina.com/drosophila-fruit-fly-genetics/formula-4-24-drosophila-medium-blue/FAM_173210.pr | |
Grape agar | Genesee Scientific | 47-102 | Media used for agar plates |
Instant fly flood | Carolina | 173210 | Blue media for food vials |
Large Petri dish or any clear container to be used as a humid chamber by placing wet paper towels to keep the grape-agar plates moist during incubation/pre and post microscopic observation | |||
Metal spatula (small) | Carolina | ||
Microwave | Any | To cook grape agar | |
Petri dish | Kord-Valmark | 2901 | Petri dish for grape agar |
Stir bar | The Lab Depot | 58948-981-EA | Magnetic stir bar |