Summary

Automatizado Rat single-pellet atingindo com 3-dimensional reconstrução de pata e dígitos trajetórias

Published: July 10, 2019
doi:

Summary

O alcance hábil do roedor é comumente usado para estudar habilidades destosas, mas requer tempo e esforço significativos para implementar a tarefa e analisar o comportamento. Nós descrevemos uma versão automatizada do alcance hábil com seguimento do movimento e reconstrução tridimensional de trajetórias do alcance.

Abstract

O alcance hábil do roedor é comumente usado para estudar habilidades destosas, mas requer tempo e esforço significativos para implementar a tarefa e analisar o comportamento. Várias versões automatizadas de alcance hábil foram desenvolvidas recentemente. Aqui, descrevemos uma versão que automaticamente apresenta pelotas para ratos durante a gravação de vídeo de alta definição a partir de vários ângulos em altas taxas de quadros (300 fps). A pata e os dígitos individuais são rastreados com o deeplabcut, um algoritmo de aprendizado de máquina para estimativa de pose alinhamento. Este sistema também pode ser sincronizado com gravações fisiológicas, ou ser usado para desencadear intervenções fisiológicas (por exemplo, estimulação elétrica ou óptica).

Introduction

Os seres humanos dependem fortemente da habilidade destreza, definida como movimentos que exigem movimentos multiarticulares e de dígitos precisamente coordenados. Essas habilidades são afetadas por uma série de patologias comuns do sistema nervoso central, incluindo lesões estruturais (por exemplo, acidente vascular cerebral, tumor, lesões desmielinantes), doença neurodegenerativa (por exemplo, doença de Parkinson) e anormalidades funcionais do motor circuitos (por exemplo, distonia). Entender como habilidades destosas são aprendidas e implementadas por circuitos motores centrais, portanto, tem o potencial de melhorar a qualidade de vida de uma grande população. Além disso, tal entendimento é susceptível de melhorar o desempenho motor em pessoas saudáveis, otimizando estratégias de treinamento e reabilitação.

A dissecação dos circuitos neurais subjacentes à habilidade destreza em humanos é limitada por considerações tecnológicas e éticas, necessitando do uso de modelos animais. Os primatas não humanos são comumente usados para estudar movimentos de membros dexterosos, dada a semelhança de seus sistemas motores e repertório comportamental para os seres humanos1. No entanto, os primatas não humanos são caros com tempos de geração longos, limitando números de sujeitos de estudo e intervenções genéticas. Além disso, enquanto a caixa de ferramentas neurocientífica aplicável aos primatas não humanos é maior do que para os seres humanos, muitos avanços tecnológicos recentes estão indisponíveis ou significativamente limitados em primatas.

O alcance hábil do roedor é uma aproximação complementar a estudar o controle de motor Dexterous. Ratos e camundongos podem ser treinados para alcançar, agarrar e recuperar uma pelota de açúcar em uma seqüência estereotipada de movimentos homous aos padrões de alcance humano2. Devido ao seu tempo de geração relativamente curto e menor custo de habitação, bem como a sua capacidade de adquirir qualificados atingindo ao longo de dias a semanas, é possível estudar um grande número de assuntos durante as fases de aprendizagem e de consolidação de habilidades. O uso de roedores, especialmente camundongos, também facilita o uso de poderosas ferramentas neurocientíficas modernas (por exemplo, optogenética, imagem de cálcio, modelos genéticos da doença) para estudar habilidade destreza.

O alcance hábil do roedor foi usado por décadas para estudar o controle normal do motor e como é afetado por patologias específicas como o curso e a doença de Parkinson3. No entanto, a maioria das versões desta tarefa são de trabalho e tempo intensivo, mitigando os benefícios de estudar roedores. As implementações típicas envolvem a colocação de roedores em uma câmara de alcance com uma prateleira na frente de um entalhe estreito através de que o roedor deve alcangar. Um pesquisador coloca manualmente pelotas de açúcar na prateleira, aguarda o animal chegar e, em seguida, coloca um outro. Atinge são marcados como sucessos ou falhas em tempo real ou por vídeo revisão4. No entanto, simplesmente marcar atinge como sucessos ou falhas ignora dados cinemáticos ricos que podem fornecer informações sobre como (ao contrário de simplesmente se) atingindo é prejudicada. Este problema foi abordado através da implementação de uma revisão detalhada do alcance dos vídeos para identificar e pontuar os submovimentos do alcance do escore5. Enquanto isso acrescentou alguns dados sobre a cinemática de alcance, também aumentou significativamente o tempo e o esforço do experimentador. Além disso, altos níveis de envolvimento experimentador podem levar a inconsistências na metodologia e análise de dados, mesmo dentro do mesmo laboratório.

Mais recentemente, várias versões automatizadas de alcance hábil foram desenvolvidas. Alguns atribuem à gaiola de casa6,7, eliminando a necessidade de transferir animais. Isto reduz o stress nos animais e elimina a necessidade de aclimatar os a uma câmara de alcance especializada. Outras versões permitem o seguimento da pata de modo que as mudanças cinemáticas intervenções específicas possam ser estudadas8,9,10, ou têm mecanismos para determinar automaticamente se as pelotas foram derrubados fora da prateleira11. As tarefas de alcance hábil automatizadas são especialmente úteis para o treinamento de alta intensidade, como pode ser exigido para a reabilitação após uma lesão12. Os sistemas automatizados permitem que os animais realizem um grande número de alcances sobre longos períodos de tempo sem exigir a participação intensiva do investigador. Além disso, os sistemas que permitem rastreamento de pata e pontuação de resultado automatizada reduzem o tempo de pesquisador gasto realizando a análise de dados.

Nós desenvolvemos um sistema automatizado de alcance hábil do rato com diversas características especializadas. Primeiramente, usando um suporte móvel para trazer o pellet em “alcançando a posição” de abaixo, nós obtemos uma vista quase desobstruída do forelimb. Em segundo lugar, um sistema de espelhos permite múltiplas visões simultâneas do alcance com uma única câmera, permitindo a reconstrução tridimensional (3-D) de trajetórias de alcance usando uma câmera de alta resolução, de alta velocidade (300 fps). Com o desenvolvimento recente de algoritmos de aprendizado de máquina robustos para rastreamento de movimento alinhamento13, agora rastreamos não só a pata, mas os Knuckles individuais para extrair o alcance detalhado e compreender a cinemática. Em terceiro lugar, um frame-grabber que executa o processamento de vídeo simples permite a identificação em tempo real de distintas fases de alcance. Essas informações são usadas para acionar a aquisição de vídeo (a aquisição contínua de vídeo não é prática devido ao tamanho do arquivo) e também pode ser usada para acionar intervenções (por exemplo, optogenética) em momentos precisos. Finalmente, os frames video individuais são disparados pelos pulsos da lógica do transistor-transistor (TTL), permitindo que o vídeo seja sincronizado precisamente com as gravações neural (por exemplo, eletrofisiologia ou fotometria). Aqui, descrevemos como construir este sistema, treinar ratos para executar a tarefa, sincronizar o aparelho com sistemas externos, e reconstruir as trajetórias de alcance 3-D.

Protocol

Todos os métodos que envolvem o uso animal aqui descritos foram aprovados pelo Comitê institucional de cuidados e uso de animais (IACUC) da Universidade de Michigan. 1. Configurando a câmara de alcance Nota: Ver Ellens et al.14 para detalhes e diagramas do aparelho. Os números de peça referem-se à Figura 1. Painéis claros do policarbonato da ligação com cimento acrílico para c…

Representative Results

Os ratos adquirem a tarefa de alcance hábil rapidamente uma vez aclimatados ao aparelho, com desempenho platô em termos de ambos os números de alcances e exatidão sobre 1 – 2 semanas (Figura 5). A Figura 6 mostra quadros de vídeo de amostra indicando estruturas identificadas pelo DeepLabCut, e a Figura 7 mostra trajetórias de alcance individual sobrepostas de uma única sessão. Finalmente, na Figura 8</…

Discussion

O alcance hábil do roedor transformou-se uma ferramenta padrão para estudar a fisiologia e a patofisiologia do sistema motor. Nós descrevemos como implementar uma tarefa de alcance hábil de rato automatizado que permite: treinamento e teste com supervisão mínima, a reconstrução da trajetória da pata 3-D e do dígito (durante alcangando, agarrando, e retração da pata), identificação do tempo real do pata durante o alcance, e sincronização com eletrônica externa. É adequado para correlacionar a cinemática…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Os autores gostariam de agradecer a Karunesh Ganguly e seu laboratório por conselhos sobre a tarefa de alcance hábil, e Alexander e Mackenzie Mathis por sua ajuda na adaptação DeepLabCut. Este trabalho foi apoiado pelo Instituto Nacional de doença neurológica e acidente vascular cerebral (número de subvenção K08-NS072183) e da Universidade de Michigan.

Materials

clear polycarbonate panels TAP Plastics cut to order (see box design)
infrared source/detector Med Associates ENV-253SD 30" range
camera Basler acA2000-340kc 2046 x 1086 CMV2000 340 fps Color Camera Link
camera lens Megapixel (computar) M0814-MP2 2/3" 8mm f1.4 w/ locking Iris & Focus
camera cables Basler #2000031083 Cable PoCL Camera Link SDR/MDR Full, 5 m – Data Cables
mirrors Amazon
linear actuator Concentrics LACT6P Linear Actuator 6" Stroke (nominal), 110 Lb Force, 12 VDC, with Potentiometer
pellet reservoir/funnel Amico (Amazon) a12073000ux0890 6" funnel
guide tube ePlastics ACREXT.500X.250 1/2" OD x 1/4" ID Clear. Extruded Plexiglass Acrylic Tube x 6ft long
pellet delivery rod ePlastics ACRCAR.250 0.250" DIA. Cast Acrylic Rod (2' length)
plastic T connector United States Plastic Corp #62065 3/8" x 3/8" x 3/8" Hose ID Black HDPE Tee
LED lights Lighting EVER 4100066-DW-F 12V Flexible Waterproof LED Light Strip, LED Tape, Daylight White, Super Bright 300 Units 5050 LEDS, 16.4Ft 5 M Spool
Light backing ePlastics ACTLNAT0.125X12X36 0.125" x 12" x 36" Natural Acetal Sheet
Light diffuser films inventables 23114-01 .007×8.5×11", matte two sides
cabinet and custom frame materials various (Home Depot, etc.) 3/4" fiber board (see protocol for dimensions of each structure)
acoustic foam Acoustic First FireFlex Wedge Acoustical Foam (2" Thick)
ventilation fans Cooler Master (Amazon) B002R9RBO0 Rifle Bearing 80mm Silent Cooling Fan for Computer Cases and CPU Coolers
cabinet door hinges Everbilt (Home Depot #14609 continuous steel hinge (1.4" x 48")
cabinet wheels Everbilt (Home Depot #49509 Soft rubber swivel plate caster with 90 lb. load rating and side brake
cabinet door handle Everbilt (Home Depot #15094 White light duty door pull (4.5")
computer Hewlett Packard Z620 HP Z620 Desktop Workstation
Camera Link Frame Grabber National Instruments #781585-01 PCIe-1473 Virtex-5 LX50 Camera Link – Full
Multifunction RIO Board National Instruments #781100-01 PCIe-17841R
Analog RIO Board Cable National Instruments SCH68M-68F-RMIO Multifunction Cable
Digital RIO Board Cable National Instruments #191667-01 SHC68-68-RDIO Digital Cable for R Series
Analog Terminal Block National Instruments #782536-01 SCB-68A Noise Rejecting, Shielded I/O Connector Block
Digital Terminal Block National Instruments #782536-01 SCB-68A Noise Rejecting, Shielded I/O Connector Block
24 position relay rack Measurement Computing Corp. SSR-RACK24 Solid state relay backplane (Gordos/OPTO-22 type relays), 24-channel
DC switch Measurement Computing Corp. SSR-ODC-05 Solid state relay module, single, DC switch, 3 to 60 VDC @ 3.5 A
DC Sense Measurement Computing Corp. SSR-IDC-05 solid state relay module, single, DC sense, 3 to 32 VDC
DC Power Supply BK Precision 1671A Triple-Output 30V, 5A Digital Display DC Power Supply
sugar pellets Bio Serv F0023 Dustless Precision Pellets, 45 mg, Sucrose (Unflavored)
LabVIEW National Instruments LabVIEW 2014 SP1, 64 and 32-bit versions 64-bit LabVIEW is required to access enough memory to stream videos, but FPGA coding must be performed in 32-bit LabVIEW
MATLAB Mathworks Matlab R2019a box calibration and trajectory reconstruction software is written in Matlab and requires the Computer Vision toolbox

References

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Cite This Article
Bova, A., Kernodle, K., Mulligan, K., Leventhal, D. Automated Rat Single-Pellet Reaching with 3-Dimensional Reconstruction of Paw and Digit Trajectories. J. Vis. Exp. (149), e59979, doi:10.3791/59979 (2019).

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