Summary

Rat automatisé Single-Pellet Atteindre avec la reconstruction en 3 dimensions des trajectoires de patte et de chiffres

Published: July 10, 2019
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Summary

L’atteinte habile de rongeur est couramment employée pour étudier des qualifications habiles, mais exige le temps et l’effort significatifs pour mettre en œuvre la tâche et analyser le comportement. Nous décrivons une version automatisée de l’atteinte habile avec le suivi de mouvement et la reconstruction tridimensionnelle des trajectoires de portée.

Abstract

L’atteinte habile de rongeur est couramment employée pour étudier des qualifications habiles, mais exige le temps et l’effort significatifs pour mettre en œuvre la tâche et analyser le comportement. Plusieurs versions automatisées de la portée qualifiée ont été développées récemment. Ici, nous décrivons une version qui présente automatiquement des granulés aux rats tout en enregistrant la vidéo haute définition sous plusieurs angles à des taux d’images élevés (300 fps). La patte et les chiffres individuels sont suivis avec DeepLabCut, un algorithme d’apprentissage automatique pour l’estimation de pose sans marqueur. Ce système peut également être synchronisé avec des enregistrements physiologiques, ou être utilisé pour déclencher des interventions physiologiques (par exemple, stimulation électrique ou optique).

Introduction

Les humains dépendent fortement de l’habileté habile, définie comme des mouvements qui nécessitent des mouvements multi-joints et numériques coordonnés avec précision. Ces compétences sont affectées par une gamme de pathologies courantes du système nerveux central, y compris les lésions structurelles (p. ex., accident vasculaire cérébral, tumeur, lésions démyélinisés), les maladies neurodégénératives (p. ex. la maladie de Parkinson) et les anomalies fonctionnelles du moteur. circuits (p. ex. dystonie). Comprendre comment les compétences habiles sont apprises et mises en œuvre par les circuits moteurs centraux a donc le potentiel d’améliorer la qualité de vie d’une grande population. En outre, une telle compréhension est susceptible d’améliorer la performance motrice chez les personnes en bonne santé en optimisant les stratégies de formation et de réadaptation.

La dissection des circuits neuronaux sous-jacents à l’habileté de l’homme est limitée par des considérations technologiques et éthiques, nécessitant l’utilisation de modèles animaux. Les primates non humains sont couramment utilisés pour étudier les mouvements des membres habiles étant donné la similitude de leurs systèmes moteurs et le répertoire comportemental à l’homme1. Cependant, les primates non humains sont coûteux avec de longs temps de génération, limitant le nombre de sujets étudiés et les interventions génétiques. En outre, alors que la boîte à outils neuroscientifique applicable aux primates non humains est plus grande que pour les humains, de nombreuses avancées technologiques récentes sont soit indisponibles, soit considérablement limitées chez les primates.

L’atteinte habile de rongeur est une approche complémentaire à l’étude du contrôle moteur habile. Les rats et les souris peuvent être formés pour atteindre, saisir et récupérer une granule de sucre dans une séquence stéréotypée de mouvements homologues aux modèles d’atteinte humains2. En raison de leur temps de génération relativement court et de coûts de logement plus bas, ainsi que de leur capacité à acquérir des compétences qui s’échelonnent sur des jours à des semaines, il est possible d’étudier un grand nombre de sujets pendant les phases d’apprentissage et de consolidation des compétences. L’utilisation de rongeurs, en particulier de souris, facilite également l’utilisation de puissants outils neuroscientifiques modernes (p. ex., optogénétique, imagerie calcique, modèles génétiques de la maladie) pour étudier les habiletés habiles.

Rongeur habile atteindre a été utilisé pendant des décennies pour étudier le contrôle moteur normal et comment il est affecté par des pathologies spécifiques comme l’AVC et la maladie de Parkinson3. Cependant, la plupart des versions de cette tâche sont laborieuse et chronolaborante, atténuant les avantages de l’étude des rongeurs. Les implémentations typiques consistent à placer les rongeurs dans une chambre d’atteindre avec une étagère devant une fente étroite à travers laquelle le rongeur doit atteindre. Un chercheur place manuellement des granulés de sucre sur l’étagère, attend que l’animal atteigne, puis place un autre. Les portées sont notées comme des succès ou des échecs en temps réel ou par examen vidéo4. Cependant, la simple notation atteint comme succès ou échecs ignore les données cinématiques riches qui peuvent fournir un aperçu de la façon dont (par opposition à simplement si) atteindre est altérée. Ce problème a été résolu par la mise en œuvre d’un examen détaillé de la portée des vidéos pour identifier et semi-quantitativement score atteindre les sous-mouvements5. Bien que cela a ajouté quelques données concernant la cinématique d’atteindre, il a également considérablement augmenté le temps et l’effort de l’expérimentateur. De plus, des niveaux élevés de participation des expérimentants peuvent entraîner des incohérences dans la méthodologie et l’analyse des données, même au sein d’un même laboratoire.

Plus récemment, plusieurs versions automatisées de la portée qualifiée ont été développées. Certains attachent à la cage à la maison6,7, éliminant la nécessité de transférer des animaux. Cela réduit le stress sur les animaux et élimine la nécessité de les acclimater à une chambre d’atteinte spécialisée. D’autres versions permettent le suivi des pattes de sorte que les changements cinématiques dans le cadre d’interventions spécifiques peuvent être étudiés8,9,10, ou ont des mécanismes pour déterminer automatiquement si les granulés ont été frappés hors de l’étagère11. Les tâches d’atteinte automatisées sont particulièrement utiles pour l’entraînement de haute intensité, comme cela peut être nécessaire pour la réadaptation après une blessure12. Les systèmes automatisés permettent aux animaux d’effectuer un grand nombre d’exécutions sur de longues périodes de temps sans nécessiter la participation intensive des chercheurs. De plus, les systèmes qui permettent le suivi des pattes et la notation automatisée des résultats réduisent le temps consacré aux chercheurs à l’analyse des données.

Nous avons développé un système automatisé de rat habile avec plusieurs caractéristiques spécialisées. Tout d’abord, en utilisant un piédestal mobile pour mettre la pastille en «position d’atteinte» par le bas, nous obtenons une vue presque dégagée de l’avant-membre. Deuxièmement, un système de miroirs permet de multiples vues simultanées de la portée avec une seule caméra, permettant la reconstruction en trois dimensions (3-D) des trajectoires de portée à l’aide d’une haute résolution, haute vitesse (300 fps) caméra. Avec le développement récent d’algorithmes robustes d’apprentissage automatique pour le suivi des mouvements sans marqueurs13, nous suivons maintenant non seulement la patte, mais les articulations individuelles pour extraire la portée détaillée et saisir la cinématique. Troisièmement, un frame-grabber qui effectue un traitement vidéo simple permet l’identification en temps réel de phases d’atteinte distinctes. Ces informations sont utilisées pour déclencher l’acquisition de vidéos (l’acquisition vidéo continue n’est pas pratique en raison de la taille du fichier), et peuvent également être utilisées pour déclencher des interventions (par exemple, l’optogénétique) à des moments précis. Enfin, les images vidéo individuelles sont déclenchées par des impulsions de logique transistor-transistor (TTL), ce qui permet de synchroniser la vidéo avec précision avec des enregistrements neuronaux (par exemple, l’électrophysiologie ou la photométrie). Ici, nous décrivons comment construire ce système, former les rats à effectuer la tâche, synchroniser l’appareil avec des systèmes externes, et reconstruire des trajectoires de portée 3D.

Protocol

Toutes les méthodes d’utilisation des animaux décrites ici ont été approuvées par le Comité institutionnel de soins et d’utilisation des animaux (IACUC) de l’Université du Michigan. 1. Mise en place de la chambre d’atteindre REMARQUE: Voir Ellens et coll.14 pour plus de détails et de diagrammes de l’appareil. Les numéros de pièce se réfèrent à la figure 1. Attachez des pann…

Representative Results

Les rats acquièrent rapidement la tâche d’atteinte habile une fois acclimaté à l’appareil, avec un plafonnement des performances en termes de nombre s’étend et de précision sur une semaine et demie (figure5). La figure 6 montre des images vidéo indiquant des structures identifiées par DeepLabCut, et la figure 7 montre des trajectoires de portée individuelles superposées à partir d’une seule session. Enfin, dans <strong cl…

Discussion

L’atteinte de la main de rongeur habile est devenue un outil standard pour étudier la physiologie et la pathophysiologie de système moteur. Nous avons décrit comment mettre en œuvre une tâche automatisée rat habile atteindre qui permet: la formation et les tests avec une supervision minimale, 3-D patte et la reconstruction de trajectoire numérique (pendant l’atteinte, la saisie et la rétraction des pattes), l’identification en temps réel de la patte pendant l’atteinte, et la synchronisation avec l’électronique …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Les auteurs aimeraient remercier Karunesh Ganguly et son laboratoire pour leurs conseils sur la tâche d’atteinte, ainsi qu’Alexander et Mackenzie Mathis pour leur aide dans l’adaptation de DeepLabCut. Ce travail a été soutenu par le National Institute of Neurological Disease and Stroke (numéro de subvention K08-NS072183) et l’Université du Michigan.

Materials

clear polycarbonate panels TAP Plastics cut to order (see box design)
infrared source/detector Med Associates ENV-253SD 30" range
camera Basler acA2000-340kc 2046 x 1086 CMV2000 340 fps Color Camera Link
camera lens Megapixel (computar) M0814-MP2 2/3" 8mm f1.4 w/ locking Iris & Focus
camera cables Basler #2000031083 Cable PoCL Camera Link SDR/MDR Full, 5 m – Data Cables
mirrors Amazon
linear actuator Concentrics LACT6P Linear Actuator 6" Stroke (nominal), 110 Lb Force, 12 VDC, with Potentiometer
pellet reservoir/funnel Amico (Amazon) a12073000ux0890 6" funnel
guide tube ePlastics ACREXT.500X.250 1/2" OD x 1/4" ID Clear. Extruded Plexiglass Acrylic Tube x 6ft long
pellet delivery rod ePlastics ACRCAR.250 0.250" DIA. Cast Acrylic Rod (2' length)
plastic T connector United States Plastic Corp #62065 3/8" x 3/8" x 3/8" Hose ID Black HDPE Tee
LED lights Lighting EVER 4100066-DW-F 12V Flexible Waterproof LED Light Strip, LED Tape, Daylight White, Super Bright 300 Units 5050 LEDS, 16.4Ft 5 M Spool
Light backing ePlastics ACTLNAT0.125X12X36 0.125" x 12" x 36" Natural Acetal Sheet
Light diffuser films inventables 23114-01 .007×8.5×11", matte two sides
cabinet and custom frame materials various (Home Depot, etc.) 3/4" fiber board (see protocol for dimensions of each structure)
acoustic foam Acoustic First FireFlex Wedge Acoustical Foam (2" Thick)
ventilation fans Cooler Master (Amazon) B002R9RBO0 Rifle Bearing 80mm Silent Cooling Fan for Computer Cases and CPU Coolers
cabinet door hinges Everbilt (Home Depot #14609 continuous steel hinge (1.4" x 48")
cabinet wheels Everbilt (Home Depot #49509 Soft rubber swivel plate caster with 90 lb. load rating and side brake
cabinet door handle Everbilt (Home Depot #15094 White light duty door pull (4.5")
computer Hewlett Packard Z620 HP Z620 Desktop Workstation
Camera Link Frame Grabber National Instruments #781585-01 PCIe-1473 Virtex-5 LX50 Camera Link – Full
Multifunction RIO Board National Instruments #781100-01 PCIe-17841R
Analog RIO Board Cable National Instruments SCH68M-68F-RMIO Multifunction Cable
Digital RIO Board Cable National Instruments #191667-01 SHC68-68-RDIO Digital Cable for R Series
Analog Terminal Block National Instruments #782536-01 SCB-68A Noise Rejecting, Shielded I/O Connector Block
Digital Terminal Block National Instruments #782536-01 SCB-68A Noise Rejecting, Shielded I/O Connector Block
24 position relay rack Measurement Computing Corp. SSR-RACK24 Solid state relay backplane (Gordos/OPTO-22 type relays), 24-channel
DC switch Measurement Computing Corp. SSR-ODC-05 Solid state relay module, single, DC switch, 3 to 60 VDC @ 3.5 A
DC Sense Measurement Computing Corp. SSR-IDC-05 solid state relay module, single, DC sense, 3 to 32 VDC
DC Power Supply BK Precision 1671A Triple-Output 30V, 5A Digital Display DC Power Supply
sugar pellets Bio Serv F0023 Dustless Precision Pellets, 45 mg, Sucrose (Unflavored)
LabVIEW National Instruments LabVIEW 2014 SP1, 64 and 32-bit versions 64-bit LabVIEW is required to access enough memory to stream videos, but FPGA coding must be performed in 32-bit LabVIEW
MATLAB Mathworks Matlab R2019a box calibration and trajectory reconstruction software is written in Matlab and requires the Computer Vision toolbox

References

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  14. Ellens, D. J., et al. An automated rat single pellet reaching system with high-speed video capture. Journal of Neuroscience Methods. 271, 119-127 (2016).

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Cite This Article
Bova, A., Kernodle, K., Mulligan, K., Leventhal, D. Automated Rat Single-Pellet Reaching with 3-Dimensional Reconstruction of Paw and Digit Trajectories. J. Vis. Exp. (149), e59979, doi:10.3791/59979 (2019).

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