Summary

Medições de lipossoma único para o estudo das enzimas de membrana de bombeamento de prótons usando microscopia fluorescente e eletroquímica

Published: February 21, 2019
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Summary

Aqui, apresentamos um protocolo para estudar o mecanismo molecular de translocação de prótons através das membranas lipídicas de lipossomas único, usando citocromo bo3 como exemplo. Combinando a eletroquímica e microscopia de fluorescência, mudanças de pH no lúmen do única vesículas, contendo uma única ou várias enzimas, podem ser detectados e analisados individualmente.

Abstract

Bombeamento de prótons enzimas de elétron transferir reações de redox de duas cadeias de translocação de prótons através da membrana, criando uma força motriz protónica usada para a produção de ATP. A natureza anfifílica das proteínas de membrana requer especial atenção ao seu manuseamento e reconstituição no ambiente natural de lipídios é indispensável ao estudar os processos de transporte da membrana como translocação de prótons. Aqui, detalhamos um método que foi usado para a investigação do mecanismo de bombeamento de prótons de enzimas redox de membrana, tomando citocromo bo3 de Escherichia coli , por exemplo. Uma combinação de eletroquímica, microscopia de fluorescência é usada para controlar o estado de redox das quinona monitor e piscina pH mudanças no lúmen. Devido a resolução espacial de microscopia fluorescente, centenas de lipossomas podem ser medidas simultaneamente enquanto o conteúdo de enzima pode ser escalado para baixo para uma única enzima ou transportador por lipossomas. A análise dos respectivos única enzima pode revelar padrões na dinâmica funcional da enzima que pode ser oculto pelo comportamento de toda a população. Nós incluímos uma descrição de um script para análise automatizada de imagem.

Introduction

Informação sobre a cinética e mecanismos de enzima é normalmente obtida a nível ensemble ou macroescala com população de enzima em milhares de milhões de moléculas, onde as medições representam uma média estatística. Sabe-se, entretanto, que macromoléculas complexas tais como enzimas podem demonstrar a heterogeneidade em seu comportamento e mecanismos moleculares observados no nível de conjunto não são necessariamente válidos para cada molécula. Tais desvios na escala de molécula individual foram extensivamente confirmados por estudos de enzimas único com uma variedade de métodos emergentes durante as últimas duas décadas1. Notavelmente, deteção de fluorescência da atividade de cada enzima tem sido usada para investigar a heterogeneidade das enzimas atividade2,3 ou descobrir o efeito de memória so-called (períodos de atividade de enzimas alta sucedido por períodos de baixa atividade e vice-versa)4,5.

Muitos estudos única enzima exigem que as enzimas são imobilizadas na superfície ou espacialmente fixo em outra maneira de manter-se suficientemente longo no campo de visão para observação contínua. Encapsulamento de enzima em lipossomas foi mostrado para habilitar a imobilização da enzima, evitando qualquer impacto negativo devido a superfície-enzima ou proteína-proteína interações6,7. Além disso, os lipossomas oferecem uma possibilidade única de estudar proteínas de membrana única em sua natural lipídios BICAMADA ambiente8,9,10.

Uma classe de proteínas de membrana, transportadores, exerce uma translocação direcional de substâncias através da membrana celular, um comportamento que pode ser estudado somente quando as proteínas são reconstituídas para o lipid bilayers (por exemplo, os lipossomas)11, 12,13. Por exemplo, translocação de protões, exibida por várias enzimas das cadeias de transporte electrónico de procariontes e eucariontes, desempenha um papel importante na respiração celular através da criação de uma força motriz protónica usada para a síntese de ATP. Neste caso, o próton atividade de bombeamento é acoplado à transferência de elétrons, embora o mecanismo detalhado deste processo muitas vezes continua elusivo.

Recentemente, temos demonstrado a possibilidade de detecção fluorescente de casal com eletroquímica para estudar próton bombeamento a atividade das enzimas única da terminal ubiquinol oxidase de Escherichia coli (citocromo bo3) reconstituído em lipossomas14. Isto foi conseguido através do encapsulamento de um corante fluorescente-membrana impermeável de sensíveis ao pH no lúmen de lipossomas preparados a partir de E. coli lipídios polares (figura 1A). A quantidade de proteína foi otimizada, assim que a maioria dos lipossomas também continham nenhuma ou apenas uma molécula de enzima reconstituído (de acordo com a distribuição de Poisson). Os dois substratos do citocromo bo3 foram fornecidos pela adição de ubiquinona à mistura lipídica que formou os lipossomas e oxigênio (ambiente) em solução. Os lipossomas são, então, escassamente adsorvidos em um eletrodo de ouro ultra-suave semi transparente, coberto com uma monocamada auto montada de 6-mercaptohexanol. Finalmente, o eletrodo é montado na parte inferior de uma célula de spectroelectrochemical simples (figura 1B). Controle eletroquímica do estado redox quinona piscina permite flexìvel acionar ou parar a reação enzimática, a qualquer momento, enquanto a tintura sensíveis ao pH é usada para monitorar as alterações de pH dentro do lúmen dos lipossomas como resultado da translocação de protões pelo enzimas. Usando que a intensidade de fluorescência de uma segunda, lipid-limite tintura fluorescente, o tamanho e volume de lipossomas individuais pode ser determinada e, portanto, a quantificação do próton enzima atividade de bombeamento. Usando esta técnica, nomeadamente encontramos que moléculas de citocromo bo3 são capazes de entrar em um estado de fuga espontânea que dissipa-se rapidamente a força motriz protónica. O objetivo deste artigo é apresentar a técnica de medições em lipossomas único em detalhe.

Protocol

1. preparação de uma mistura de lipídeos/UQ-10/FDLL Nota: E. coli lipídios usados para a preparação dos lipossomas devem ser aliquotadas e cuidadosamente misturada com ubiquinona-10 (substrato) e long-comprimento de onda fluorescentes tingir-etiquetados lipídios (para determinação de tamanho de lipossomas) antes do reconstituição. Utilizando uma seringa de vidro, 200 µ l de transferência de estoque de clorofórmio de lipídios polares extrair de Esc…

Representative Results

A qualidade do ouro-modificado lamínula (eletrodo) com uma SAM de 6MH é verificada antes de cada experimento com espectroscopia de impedância eletroquímica. Figura 2A mostra representativas parcelas de Cole-Cole medidas usando espectroscopia de impedância eletroquímica, antes e depois de lipossomas são adsorvidos. Se a qualidade do SAM é suficiente, espectroscopia de impedância deve demonstrar um comportamento capacitivo quase puro, resultando em uma…

Discussion

O método descrito é adequado para estudar o próton bombeamento por proteínas de membrana respiratória que podem ser reconstituídas em lipossomas e são capaz de trocar elétrons com o pool de quinona. Atividade de bombeamento de prótons podem ser monitorado no nível do single-enzima usando corantes sensíveis ao pH (ratiometric) encapsulados no lúmen do lipossoma (figura 1A).

O método baseia-se na capacidade de ubiquinona (ou outras quinonas), incorporad…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Os autores reconhecem o BBSRC (BB/P005454/1), apoio financeiro. NH foi financiado pelo programa VILLUM Foundation Young Investigator.

Materials

6-Mercapto-1-hexanol (6MH) Sigma 451088 97%
8-hydroxypyrene-1,3,6-trisulphonic acid (HPTS) BioChemika 56360
Aluminium holder (Electrochemical cell) Custom-made 30x30x7 mm; inner diameter: 26 mm; hole diameter: 15 mm
Auxiliary electrode platinum wire
Chloroform VWR Chemicals 83627
E.coli polar lipids Avanti 100600C 25 mg/mL in chloroform
Epoxy EPO-TEK 301-2FL low fluorescence epoxy
Fiji (ImageJ 1.52d) Required plugins: StackReg and TurboReg (http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/)
Filter cube ("ATTO633") Chroma Technology Corporation Ex: 620/60 nm; DM: 660 nm; Em: 700/75 nm
Filter cube ("HPTS1") Chroma Technology Corporation Ex: 470/20 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm
Filter cube ("HPTS2") Chroma Technology Corporation Ex: 410/300 nm; DM: 500 nm; Em: 535/48 nm
Filter cube ("Texas Red") Chroma Technology Corporation Ex: 560/55 nm; DM: 595 nm; Em: 645/75 nm
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) ThermoFisher Scientific T1395MP TexasRed-DHPC was used in this work (λexc 595 nm; λem 615 nm)
Fluorescent dye-labelled lipids (FDLL) (alternative) ATTO-TEC AD 633-161 ATTO633-DOPE can be used as alternative (λexc 630 nm; λem 651 nm)
Gel filtration column GE Healthcare 28-9893-33 HiLoad 16/600 Superdex 75 pg, for additional protein purification
Glass coverslips VWR International 631-0172 No 1.5
Glass syringe Hamilton 1725 RNR 250 µL
Glass vials Scientific Glass Laboratories Ltd T101/V1 1.75 mL capacity
Gold GoodFellow 99.99%
Gramacidin Sigma G5002
Mercury sulfate reference electrode Radiometer (Hash) E21M012
Microcentrifuge Eppendorf Minispin NL040
Microscope Nikon Eclipse Ti
Microscope Camera Andor Zyla 5.5 sCMOS
Microscope Lamp Nikon Intensilight C-HGFI
NIS-Elements AR 5.0.2 Nikon Microscope acquisition software
n-Octyl β-D-glucopyranoside Melford Laboratories B2007
Nova 1.10 Metrohm Potentiostat control software
Objective Nikon Plan Apo λ 60x/1.4 oil
OriginPro 2017 OriginLab Plotting software
O-ring (Electrochemical cell) Orinoko Inner diameter: 16 mm; cross section: 1.5 mm
Plastic tubes Eppendorf 3810X 1.5 mL
Polystyrene microbeads Bio-RAD 152-3920 Biobeads, 20-50 mesh
Potentiostat Metrohm Autolab PGSTAT 128N
Potentiostat CH Instruments CHI604C
Scripting software Matlab R2017a Required toolboxes: 'Image Processing Toolbox', 'Parallel Computing Toolbox', 'Curve Fitting Toolbox', 'System Identification Toolbox', 'Optimization Toolbox'
Silicon wafers IDB Technologies LTD Si-C2 (N<100>P) Ø 25 mm, 525 um thick
Teflon cell (Electrochemical cell) Custom-made Outer diameter: 26 mm; inner diameter: 13.5 mm
Temple-Stripped Ultra-Flat Gold Surfaces Platypus Technologies AU.1000.SWTSG Alternative ready-to-use ultra-flat gold surfaces (Thickness below 100 nm on demand)
Thin micropipette tips Sarstedt 70.1190.100 or similar gelloader tips 200 µL
Ubiquinone-10 Sigma C-9538
Ultracentrifuge Beckman-Coulter L-80XP with Ti 45 rotor
Ultrasonic bath Fisher Scientific FB15063

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Mazurenko, I., Hatzakis, N. S., Jeuken, L. J. Single Liposome Measurements for the Study of Proton-Pumping Membrane Enzymes Using Electrochemistry and Fluorescent Microscopy. J. Vis. Exp. (144), e58896, doi:10.3791/58896 (2019).

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