Menschliche induzierte pluripotenten Stammzellen (hiPSCs) gelten als ein leistungsfähiges Werkzeug für die Arzneimittel- und Chemikalien-Screening und für die Entwicklung neuer in vitro- Modelle für die Toxizitätstests, einschließlich Neurotoxizität. Hier wird ein detailliertes Protokoll zur Differenzierung von hiPSCs in Neuronen und Glia beschrieben.
Menschliche pluripotenten Stammzellen können in verschiedene Zelltypen differenzieren, die auf human- in-vitro- Toxizitäts-Assays angewendet werden können. Ein wichtiger Vorteil ist, dass die Neuprogrammierung von somatischen Zellen zur Erzeugung von humanen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSCs) die ethischen und legislativen Fragen im Zusammenhang mit der Verwendung von menschlichen embryonalen Stammzellen (hESCs) vermeidet. HiPSCs können erweitert und effizient in verschiedene Arten von neuronalen und glialen Zellen differenziert werden, die als Testsysteme für die Toxizitätstests dienen und insbesondere für die Bewertung verschiedener Wege, die an der Neurotoxizität beteiligt sind. Diese Arbeit beschreibt ein Protokoll für die Differenzierung von hiPSCs in gemischte Kulturen von neuronalen und gliazellen. Die Signalisierungswege, die durch neuronale Differenzierung reguliert und / oder aktiviert werden, werden definiert. Diese Information ist entscheidend für die Anwendung des Zellmodells auf das neue Toxizitätstestparadigma, in dem Chemikalien auf der Grundlage ihrer Fähigkeit, peBiologische Wege umgehen. Als Nachweis des Konzepts wurde Rotenon, ein Inhibitor des mitochondrialen Atmungskomplexes I, zur Aktivierung des Nrf2-Signalweges, eines Schlüsselregulators des Antioxidans-Response-Element- (ARE) -getriebenen zellulären Abwehrmechanismus gegen oxidativen Stress, eingesetzt .
Der US-National Research Council Report 1 stellte ein neues Toxizitätstest-Paradigma vor, in dem die regulatorische Toxizitätstests von einem Ansatz verlagert würden, der sich auf phänotypische Veränderungen bezieht, die bei Tieren beobachtet wurden, auf einen Ansatz, der sich auf mechanistische in vitro- Assays unter Verwendung menschlicher Zellen konzentriert. Pluripotenten Stammzellen (PSC) -Derivate können Alternativen zu Krebszellmodellen darstellen, da die erhaltenen Zellen den physiologischen Zuständen menschlicher Gewebe genauer ähneln und relevantere Instrumente liefern können, um chemisch induzierte Nebenwirkungen zu untersuchen. Die beiden wichtigsten Arten von PSC-Kulturen, die für Toxizitätstests am häufigsten sind, sind menschliche embryonale Stammzellen (hESCs) und menschlich induzierte pluripotenten Stammzellen (hiPSCs), die derzeit in den Bereichen Grundlagenforschung und regenerative Medizin weit verbreitet sind 2 , 3 . Diese Expertise kann nun für die Entwicklung einer neuen Klasse von Toxicolo genutzt werdenIn-vitro- Tests, die darauf abzielen, die gestörten physiologischen Wege zu identifizieren, die mit der Entwicklung von nachteiligen Wirkungen in vivo verbunden sind. Allerdings wäre es unwahrscheinlich, dass Prüfverfahren für regulatorische Sicherheitsbewertungen auf der Grundlage von HESCs von allen EU-Mitgliedstaaten und von Ländern weltweit aufgrund möglicher ethischer Bedenken und verschiedener nationaler Gesetzgebungspolitik, die die Verwendung von Embryo-abgeleiteten Zellen regeln, akzeptiert werden.
HiPSCs teilen sich ähnliche Merkmale wie hESCs 4 , 5 und halten großes Potenzial für in vitro Methoden, sowohl für die Identifizierung von therapeutischen Zielen als auch für Sicherheitsbewertungen. Darüber hinaus verringert die hiPSC-Technologie die Einschränkungen eines begrenzten Spender-Pools und die ethischen Bedenken, die mit Embryo-abgeleiteten Zellen verbunden sind. Eine große Herausforderung für hiPSCs ist die Demonstration, dass diese Zellen reproduzierbar einen signifikanten Bereich von toxikologisch relevanten Zellderivaten erzeugen können,Mit Merkmalen und Reaktionen, die für menschliche Gewebe typisch sind. Vordefinierte Ebenen der ausgewählten Marker werden im Allgemeinen verwendet, um Zellpopulationen nach dem Differenzierungsprozess zu charakterisieren und Einblicke in die Stabilität des Differenzierungsprozesses zu geben.
Bisherige Arbeiten beurteilten die Eignung von hiPSCs, um gemischte Kulturen von neuronalen und gliazellen zu erzeugen und die Effekte von Rotenon, einem Inhibitor des mitochondrialen Atmungskomplexes I, auf die Aktivierung des Nrf2-Weges zu beurteilen, ein Schlüsselregulator für antioxidative Abwehrmechanismen in Viele Zelltypen 6 , 7 .
Diese Arbeit beschreibt ein Protokoll, das für die Differenzierung von hiPSCs in gemischte neuronale und gliale Kulturen verwendet wird, wobei Details über die Signalwege (Gen und Protein-Ebene) bereitgestellt werden, die bei der neuronalen / glialen Differenzierung aktiviert werden. Darüber hinaus zeigt die Arbeit repräsentative Ergebnisse, die zeigen, wie diesDas hiPSC-abgeleitete neuronale und glialzellenmodell kann verwendet werden, um die durch akute (24-h) Behandlung mit Rotenon induzierte Nrf2-Signalisierungsaktivierung zu beurteilen, was die Beurteilung der oxidativen Stressinduktion ermöglicht.
IMR90-Fibroblasten wurden bei der I-Stem (Frankreich) durch die virale Transduktion von 2 Transkriptionsfaktoren (Oct4 und Sox2) unter Verwendung von pMIG-Vektoren 6 in hiPSCs umprogrammiert. Es können auch analoge hiPSC-Modelle angewendet werden. Die nachstehend beschriebenen Protokolle fassen alle Stufen der Differenzierung von HiPSCs in neuronale Stammzellen (NSCs) und weiter in gemischte Kulturen von post-mitotischen Neuronen und Gliazellen zusammen (Schritte 1 und 2, siehe auch die EURL ECVAM DBALM Website für eine detaillierte Beschreibung von Das Protokoll) 8 .
Ein zusätzliches Protokoll für die Isolierung, Expansion, Kryokonservierung und weitere Differenzierung von NSCs in gemischte Neuronen und Gliazellen ist in den Schritten 3 und 4 beschrieben (siehe auch EURL ECVAM DBALM wirBsite für eine detaillierte Beschreibung dieses Protokolls) 9 . Schritt 5 beschreibt die Analysen, die getan werden können, um die phänotypische Identität der Zellen während der verschiedenen Stadien der Verpflichtung und Differenzierung zu beurteilen.
Diese Arbeit beschreibt ein robustes und relativ schnelles Protokoll für die Differenzierung von IMR90-hiPSCs in post-mitotische Neuronen und Gliazellen. Bisher veröffentlichte neuronale Differenzierungsprotokolle auf der Basis von hESCs und hiPSCs ergeben in der Regel hohe Prozentsätze der neuronalen Vorläufer 25 , 26 und eine signifikante Anzahl von neuronalen Zielzellen 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 . Analog dazu eignet sich das hier beschriebene Differenzierungsprotokoll zur Erzeugung heterogener Kulturen von GABAergischen, glutamatergen und dopaminergen Neuronalzellen zusammen mit Glia und einem diskreten Anteil an Nestin + Zellen. Die Anwesenheit von glutamatergen (~ 35-42%) und GABAergischen (~ 15-20%) neuralen Zellen deutet darauf hin, dassDiese Kultur besitzt Vorhirn, kortikale Merkmale und das Vorhandensein einer diskreten Anzahl von dopaminergen Neuronen (~ 13-20%) kann auch auf die Mittelhirnspezifität hindeuten. Darüber hinaus kann sich die Dauer eines bescheidenen Anteils an Nestin + Zellen als geeignet für das Studium der Neurogenese und die möglichen Auswirkungen von Chemikalien auf NSCs erweisen, die in erster Linie sowohl auf den Hippocampus als auch auf die subventrikuläre Zone (SVZ) des Vorderhirns beschränkt sind. Weitere immunzytochemische und Genexpressionsanalysen würden dazu beitragen, die regionale Spezifität der differenzierten Zellderivate besser zu definieren.
Die beiden kritischsten Schritte des in diesem Dokument beschriebenen Differenzierungsprotokolls sind: (i) das Schneiden von hiPSC-Kolonien in homogene Fragmente (die für die Erzeugung von EBs mit homogenen Größen kritisch sind) und (ii) das Schneiden von neuroektodermalen Strukturen (Rosetten) ) Für die NSC-Differenzierung, die eine beträchtliche manuelle Fertigkeit erfordertUnd Präzision, um das Sammeln von mesodermalen und endodermalen Zellen zu vermeiden, die die Proportionen von Neuronen und Gliazellen, die bei der Differenzierung erhalten werden, verringern können.
Es ist entscheidend, die Phänotypen der Zellen während der Expansion (als undifferenzierte Kolonien oder NSCs) und während aller Differenzierungsschritte zu charakterisieren. Insbesondere sollten die Gen- und Protein-Expressionsprofile der neuronalen / glialen Zellderivate eine Regulierung und Aktivierung von neuronbezogenen Signalwegen aufweisen, während die Expression von Pluripotenzmarkern verringert werden sollte.
Die Erzeugung von EBs und neuroektodermalen Derivaten (Rosetten) kann manuell anspruchsvoll und anfällig für Variabilität sein. Aus diesem Grund haben wir ein Protokoll für die Erweiterung von Rosetten-abgeleiteten NSCs und deren weitere Differenzierung in neuronale / gliale Zellen entwickelt.
Mögliche Einschränkungen dieses Differenzierungsprotokolls sind hauptsächlich (i) der relativ geringe Prozentsatz von dIfferentiierten Gliaderivaten und (ii) dem Mangel an reifen neuronalen Netzwerkfunktionen (wie durch den Mangel an Bursts gezeigt). Darüber hinaus können spezifische Subpopulationen von Astrozyten als primäre Vorläufer oder NSCs 35 fungieren. Während in dieser differenzierten Zellkultur (Daten nicht gezeigt) Nestin / GFAP-Doppel-Positiv-Zellen beobachtet wurden, wird vermutet, dass die GFAP + -Zellen in diesen Mischkulturen astrozytische Vorläufer und Astrozyten sind. Es ist plausibel, dass durch die Verlängerung der Zeit der Differenzierung die Anzahl der Astrozyten ansteigen kann und ihre Morphologie reifer werden kann, wie bereits in früheren Arbeiten von Zhangs Gruppe 36 , 37 angedeutet.
Im neuen Toxizitätstest-Paradigma ist das Wissen über chemisch-induzierte Störungen der biologischen Wege von größter Bedeutung bei der Beurteilung der chemischen Belastbarkeit. Daher sollten in vitro Testsysteme in der Lage sein,Beziehen sich auf Nebenwirkungen auf Störungen der Signalwege, nach dem Konzept des negativen Ausgangspfades (AOP). Als Proof-of-Concept kann Rotenon verwendet werden, um die Aktivierung des Nrf2-Weges zu beurteilen, der an der zellulären Abwehr gegen oxidativen oder elektrophilen Stress 38 beteiligt ist, und oxidativer Stress ist ein wichtiges und gemeinsames Schlüsselereignis in verschiedenen AOPs, Entwicklung und erwachsene Neurotoxizität 39 .
Rotenon sollte die Aktivierung des Nrf2-Weges hervorrufen, was durch die nukleare Translokation von Nrf2-Protein und eine erhöhte Expression von Nrf2-Ziel-Enzymen, einschließlich NQO1 und SRXN1, nachgewiesen werden kann. Es wurde gefunden, dass Rotenon eine dosisabhängige Erhöhung der GFAP-Proteinspiegel induziert, was auf die Astrozytenaktivierung 40 , 41 hindeutet. Rotenon verringert auch die Anzahl der dopaminergen (TH + ) – Zellen, die mit der Prävention übereinstimmtIn vitro und in vivo Studien, die den Rotenon-abhängigen dopaminergen Zelltod zeigen, da diese Art von Neuron besonders empfindlich gegenüber oxidativem Stress ist 21 , 22 , 23 .
Abschließend ist dieses hiPSC-abgeleitete neuronale und gliale Zellkulturmodell ein wertvolles Instrument, um die neurotoxischen Effekte von Chemikalien zu beurteilen, die oxidativen Stress hervorrufen, was zu einer Aktivierung von Nrf2 führt. Da dieses Differenzierungsprotokoll die Erzeugung von gemischten Kulturen von neuronalen Zellen (GABAergische, dopaminerge und glutamaterge Neuronen) und Astrozyten ermöglicht, kann es sich als geeignet erweisen, das Übersprechen zwischen Neuronen und Glia in physiologischen und pathologischen Zuständen zu untersuchen, wie bei neurodegenerativen Erkrankungen ( ZB Parkinson-Krankheit). Darüber hinaus kann die Anwesenheit eines signifikanten Anteils an NSCs dazu beitragen, die möglichen Auswirkungen von Chemikalien auf neuronales Prog zu bewertenEnitoren, von denen bekannt ist, dass sie das Hauptziel von chemisch induzierten Mutationen oder Virusinfektionen sind 42 .
The authors have nothing to disclose.
Die Autoren danken Dr. Marc Peschanski (I-Stem, Évry, Frankreich) für die Bereitstellung der IMR90-hiPSCs; Dr. Giovanna Lazzari und Dr. Silvia Colleoni (Avantea srl, Cremona, Italien); Dr. Simone Haupt (Universität Bonn, Deutschland); Dr. Tiziana Santini (Italienisches Institut für Technologie, Rom), für die Beratung bei der Immunfluoreszenzfärbung; Dr. Benedetta Accordi, Dr. Elena Rampazzo und Dr. Luca Persano (Universität Padua, Italien) für ihre Beiträge zur RPPA-Analyse und Antikörper-Validierung. Finanzierung: Diese Arbeit wurde durch das von der EU finanzierte Projekt "SCR & Tox" (Fördervereinbarung Nr. 266753) unterstützt.
Complete hiPSC medium: | |||
mTeSR1 Basal Medium | Stem Cell Technologies | 05851 | (Step 1.2.6). Complete mTeSR1 is stable when stored at 2 – 8°C for up to 2 weeks. 5X Supplements can be dispensed into working aliquots and stored at -20°C. Use frozen aliquots within 3 months. |
mTeSR1 5X Supplements | Stem Cell Technologies | 05852 | |
Matrigel hESC-qualified Matrix | Corning | 354277 | 1:100 (Step 1.1). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200ul aliquot in 20 ml of DMEM/F12 medium. |
CryoStem Freezing Medium | Stemgent | 01-0013-50 | Freeze ~ 100 fragments/250 ul/vial (Step 1.2.1) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
hiPSC EB medium: | |||
Knockout DMEM | Thermo-Fisher | 10829-018 | (Step 2.1.7) |
Knockout Serum Replacement (KOSR) | Thermo-Fisher | 10828-028 | 20% final concentration (Step 2.1.7) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.1.7) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.1.7) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 2.1.7) |
β-Mercaptoethanol | Thermo-Fisher | 31350-010 | 50 µM final concentration (Step 2.1.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete neuroepithelial induction medium (NRI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 2.3.1) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.3.1) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.3.1) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.3.1) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 2.3.1) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 20 ng/ml final concentration added before use (Step 2.3.1) |
Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | 354234 | 1:100 (Step 2.2). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200 ul aliquot in 20 ml of cold DMEM/F12 medium. |
Laminin | Sigma-Aldrich | L2020 | 1:100 (Step 2.2). Dilute in PBS 1X. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete Neuronal Differentiation medium (ND): | |||
Neurobasal Medium | Thermo-Fisher | 21103049 | (Step 2.4.11) |
B-27 Supplements (50x) | Thermo-Fisher | 17504044 | (Step 2.4.11) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.4.11) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.4.11) |
GDNF | Thermo-Fisher | PHC7045 | 1 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Neural induction medium (NI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 3.3) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 3.3) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 3.3) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 3.3) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 3.3) |
B-27 Supplement (50X), minus vitamin A | Thermo-Fisher | 12587010 | (Step 3.3) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 3.3) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
EGF | Thermo-Fisher | PHG6045 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
Defined Trypsin Inhibitor (DTI) | Thermo-Fisher | R007-100 | Pre-warm at 37°C. Add an equal amount of DTI to Trypsin-EDTA (Step 3.10) |
Trypsin-EDTA (0.5%), no phenol red | Thermo-Fisher | 15400054 | 1:10. Dilute Trypsin-EDTA in PBS 1x (without calcium and magnesium), pre-warm the solution at 37°C (Step 3.8) |
CryoStor cell cryopreservation medium | Sigma-Aldrich | C2874-100ML | (Step 4.2) |
Trypan Blue (0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154-100ML | multiple manufacturers/suppliers |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
TaqMan Probesets and reagents for gene expression analysis: | |||
RNAqueous-Micro kit | Thermo-Fisher | AM1931 | (Step 5.1.6) |
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits | Thermo-Fisher | 4368814 | |
TaqMan Gene Expression Master Mix | Thermo-Fisher | 4369016 | |
GFAP | Thermo-Fisher | Hs00909233_m1 | |
MAP2 | Thermo-Fisher | Hs00258900_m1 | |
NQO1 | Thermo-Fisher | Hs02512143_s1 | |
SRXN1 | Thermo-Fisher | Hs00607800_m1 | |
HMOX1 | Thermo-Fisher | Hs01110250_m1 | |
GSR | Thermo-Fisher | Hs00167317_m1 | |
PAX6 | Thermo-Fisher | Hs01088112_m1 | |
NES | Thermo-Fisher | Hs00707120_s1 | |
GRIA1 | Thermo-Fisher | Hs00181348_m1 | |
GAP43 | Thermo-Fisher | Hs00967138_m1 | |
GABRA3 | Thermo-Fisher | Hs00968132_m1 | |
GABRA1 | Thermo-Fisher | Hs00168058_m1 | |
NR4A2 | Thermo-Fisher | Hs00428691_m1 | |
TH | Thermo-Fisher | Hs00165941_m1 | |
GAPDH | Thermo-Fisher | Hs02758991_g1 | |
ACTB | Thermo-Fisher | Hs99999903_m1 | |
MAPT | Thermo-Fisher | Hs00902194_m1 | |
SYP | Thermo-Fisher | Hs00300531_m1 | |
NANOG | Thermo-Fisher | Hs04260366_g1 | |
POU5F1 (OCT4) | Thermo-Fisher | Hs04195369_s1 | |
SOX1 | Thermo-Fisher | Hs01057642_s1 | |
AFP | Thermo-Fisher | Hs00173490_m1 | |
KRT18 | Thermo-Fisher | Hs01941416_g1 | |
NPPA | Thermo-Fisher | Hs00383230_g1 | |
T | Thermo-Fisher | Hs00610080_m1 | |
NCAM1 | Thermo-Fisher | Hs00941821_m1 | |
NR4A1 | Thermo-Fisher | Hs00374226_m1 | |
PHOX2A | Thermo-Fisher | Hs00605931_mH | |
PHOX2B | Thermo-Fisher | Hs00243679_m1 | |
NARG2 | Thermo-Fisher | Hs00973298_g1 | |
SLC18A3 | Thermo-Fisher | Hs00268179_s1 | |
SLC5A7 | Thermo-Fisher | Hs00222367_m1 | |
ISL1 | Thermo-Fisher | Hs00158126_m1 | |
LHX3 | Thermo-Fisher | Hs01033412_m1 | |
TaqMan Human Protein Kinase Array | Thermo-Fisher | 4418721 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies and reagents for immunostaining: | |||
B-III-tubulin (Tuj1) | Covance | MMS-435P | 1:500 (Step 5.2.5). Other antibodies may also be used. |
MAP2 | Sigma Aldrich | M4403 | 1:500 |
NF200 | Sigma Aldrich | N4142 | 1:1000 |
GFAP | Acris Antibodies GmbH | AP02002SU-N | 1:500 |
Nestin | Sigma-Aldrich | N5413 | 1:200 |
synaptophysin (SYN) | Abcam | AB14692 | 1:200 |
Tau | Thermo-Fisher | MA5-12808 | 1:100 |
Nrf2 | Abcam | AB62352 | 1:200 |
Keap1 | Abcam | AB66620 | 1:200 |
sulfiredoxin1 (SRXN1) | Abcam | AB92298 | 1:200 |
NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 (NQO1) | Abcam | AB2346 | 1:200 |
OCT4 | Millipore | MAB4401 | 1:100 |
SSEA3 | Millipore | MAB4303 | 1:100 |
Tra1-60 | Millipore | MAB4360 | 1:250 |
Tyrosine hydroxylase (TH) | Millipore | AB152 | 1:200 |
Gamma-aminobutyric acid (GABA) | Sigma-Aldrich | A0310 | 1:100 |
Vesicular glutamate transporter 1 (VGlut1) | Abcam | AB72311 | 1:500 |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | 4% (4% formaldehyde can also be used) |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo-Fisher | 14190144 | |
Triton-X-100 Solution | Sigma-Aldrich | 93443-100ML | 0.1% |
BSA 35% | Sigma-Aldrich | A7979-50ML | 3.5% |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 594 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10040 | 1:500. (Step 5.2.7) Other fluorochrome-conjugated secondary antibodies may also be used. In this case, appropriate dilutions should be tested by the enduser. |
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10166 | 1:500 |
Donkey anti-Goat IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10086 | 1:500 |
DAPI Solution (1 mg/ml) | Thermo-Fisher | 62248 | 1:1000 (Step 5.2.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Reverse Phase Protein Array (RPPA): | |||
4E-BP1 (S65) | Abcam | AB81297 | 1:250 (Note after step 5.2.8) |
Akt (T308) | Cell Signaling | 9275 | 1:100 |
Akt (S473) | Cell Signaling | 9271 | 1:100 |
AMPKalpha (T172) | Cell Signaling | 2531 | 1:100 |
AMPKbeta1 (S108) | Cell Signaling | 4181 | 1:100 |
ATF-2 (T71) | Cell Signaling | 9221 | 1:100 |
c-Jun (S63) | Cell Signaling | 9261 | 1:200 |
c-Jun (S73) | Cell Signaling | 9164 | 1:200 |
c-Kit (Y719) | Cell Signaling | 3391 | 1:250 |
CREB (S133) | Cell Signaling | 9191 | 1:100 |
EGFR (Y1068) | Cell Signaling | 2234 | 1:50 |
ErbB2/HER2 (Y1248) | Cell Signaling | 2247 | 1:100 |
ERK 1/2, p44/42 (T202/Y204) | Cell Signaling | 9101 | 1:2000 |
GSK-3alpha (S21) | Cell Signaling | 9337 | 1:50 |
Jak1 (Y1022/1023) | Cell Signaling | 3331 | 1:100 |
Lck (Y505) | Cell Signaling | 2751 | 1:500 |
LKB1 (S428) | Cell Signaling | 3051 | 1:100 |
mTOR (S2448) | Cell Signaling | 5536 | 1:100 |
NFkB p65 (S536) | Cell Signaling | 3031 | 1:50 |
p70 S6 Kinase (T389) | Cell Signaling | 9205 | 1:200 |
PDK1 (S241) | Cell Signaling | 3061 | 1:100 |
PKA C (T197) | Cell Signaling | 4781 | 1:250 |
PRAS40 (T246) | BioSource | 44-1100 | 1:2000 |
PTEN (S380) | Cell Signaling | 9551 | 1:500 |
Smad1 (S463/465), Smad5 (S463/465), Smad8 (S426/428) | Cell Signaling | 9511 | 1:500 |
Src (Y527) | Cell Signaling | 2105 | 1:500 |
Src Family (Y416) | Cell Signaling | 2101 | 1:200 |
Stat1 (Y701) | Cell Signaling | 9171 | 1:200 |
Stat3 (S727) | Cell Signaling | 9134 | 1:200 |
Zap-70 (Y319) | Enogene | E011159 | 1:100 |
βCatenin (S33/37/T41) | Cell Signaling | 9561 | 1:250 |
CREB | Upstate Biotechnologies | 06-863 | 1:100 |
Fos B | Cell Signaling | 2251 | 1:200 |
GRB2 | Cell Signaling | 3972 | 1:2000 |
HSP70 | Stressgen | SPA-810 | 1:100 |
c-Jun | Cell Signaling | 9165 | 1:100 |
Kip1/p27 | BD | 610241 | 1:100 |
Lck | Cell Signaling | 2984 | 1:250 |
Mcl-1 | Cell Signaling | 4572 | 1:80 |
Musashi | Cell Signaling | 2154 | 1:100 |
NOTCH1 | Cell Signaling | 3439 | 1:100 |
PTEN | Cell Signaling | 9552 | 1:500 |
SGK1 | Abnova | PAB4590 | 1:250 |
Zap-70 | Cell Signaling | 2705 | 1:250 |
β-Catenin | Abcam | AB32572 | 1:1000 |
Dll4 | Abcam | AB7280 | 1:500 |
Shh | Abcam | AB53281 | 1:250 |
HIF-1α | BD | 610958 | 1:50 |
NUMB PAN-ISO | Upstate Biotechnologies | 07-207 | 1:400 |
NUMB-L | Chemicon | AB15145 | 1:750 |
Cyclin B | BD | 610220 | 1:75 |
c-Myc | Calbiochem | OP-10 | 1:100 |
BCIP/NBT Kit | Thermo-Fisher | 002209 | (Note after step 5.2.8). Kit used to measure alkaline phosphatase activity, similar kits can be used. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Flow Cytometry: | |||
SSEA1 Antibody, Pacific Blue conjugate | Thermo-Fisher | MHCD1528 | 1:100 (Note after step 5.2.8) |
SSEA4 Antibody (MC813-70), Alexa Fluor 647 | Thermo-Fisher | SSEA421 | 1:100 |
Name | Company | Catalog number | Comments |
Specific instruments, tools and softwares: | |||
Countess Automated Cell Counter | Thermo-Fisher | C10227 | Neubauer chamber or other suitable glass hemocytometer can be used. |
MEA1060-Inv-BC | Multichannel Systems | MEA1060-Inv-BC | (Step 5.3) |
MEA1060-BC control software | Multichannel Systems | MEA1060-BC | (Step 5.3) |
NeuroExplorer | Multichannel Systems | NeuroExplorer (NE) | (Step 5.3) For post-processing of MEA data |
Multielectrode arrays (MEA) | Multichannel Systems | 60MEA100/10iR-Ti-gr | (Step 5.3) Single-well MEA chip |
ArrayScan XTI High Content Platform | Thermo-Fisher | ASN00002P | (Step 5.2.8) Mean fluorescence can be quantified by using specific ArrayScan algorithms (e.g., Cytotoxicity V.4 and NucTrans V.4 bioapplications). It is recommended to take minimum 20 pictures/well, and have 7-8 internal replicates per condition |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Thermo-Fisher | 4351405 | (Step 5.1.6) |
BD ULTRA-FINE Needle Insulin Syringe (with 30G needle) | BD | 328280 | (Steps 1.3.1, 2.1.2, and 2.4.1) |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | ThermoFisher | 23181010 | This colony cutting tool can be used as an alternative to the use of 30G needle 1 mL syringes (Step 1.3.1) |
Ultra-Low attachment Petri dish (60 mm) | Corning | 10010582 | (Step 2.1.8) Also other brands can be used. |
Mr. Frosty Freezing container | Sigma-Aldrich | C1562-1EA |