Transkriptom Profilieren<em> In-Vivo</em> Produziert Bovine Präimplantationsembryonen Mit Zwei-Farben-Microarray-Plattform

Frühe embryonale Verlust in hoher produzierenden Milchkühe ist eine der größten Herausforderungen in der Milchindustrie ^{1, 2.} Bovine hat sich ein interessantes Modell menschlichen preimplantation Embryoentwicklung zu studieren aufgrund ihrer ähnlichen Entwicklungsprozess ^{3, 4.} Jedoch ist mehr Forschung erforderlich besseres Verständnis über Gene in bovinen frühen Embryonalentwicklung beteiligt zu haben.

Nach zwanzig Jahren seit Technologie der ersten Microarray 1995 entwickelte ^{5, 6} die Entwicklung anspruchsvollerer Sonde Herstellungstechnologie reduziert Druckfehler und Variabilität von Array – Chips innerhalb und zwischen verschiedenen Microarray – Plattformen. Verbesserte Mikroarray – Technologie führte zu einer weit Anwendung dieser Technologie in der klinischen Forschung ⁷ und in jüngster Zeit in frühen Embryos quality Bewertung ^8.

Die große Menge an benötigten Materialien für Microarray-Technologie ist der Hauptgrund, warum der Microarray-Technologie zunächst eine Reihe von Forschungsgebieten wie der frühen Embryonalentwicklung zu betreten gescheitert. In jüngerer Zeit wurden Verfahren RNA – Amplifikation verbessert RNA linear zu amplifizieren bis ⁹ Mikrogramm Ebene von Unter Nanogramm- Ausgangs – RNA – Material. Es gibt mehrere kommerzielle RNA Amplifizierung Kits auf dem Markt erhältlich; jedoch sind die immer beliebter gut entwickelten Kits im Zusammenhang mit Ribo-Einzel Primer isothermen Amplifikation ¹⁰ und T7 – Promotor ¹¹ Methoden angetrieben. Die beliebtesten Antisense – RNA – Amplifikation verwendet in – vitro – Transkription mit einem Primer Oligo – dT – Verknüpfung mit einem T7 – Promotor am 5' – Ende ^12. Diese Technologie ermöglicht es, das Beste aus repräsentativen Antisense-Transkripte nach linearer Verstärkung f Aufrechterhaltungoder Arrays Hybridisierung ^13. Dieses Verfahren wurde angepasst Picogramm Ebene der Gesamt – RNA aus Rinderembryo ⁸ extrahiert zu amplifizieren.

Universal – Linkage System (ULS) ist das Markierungsverfahren , die direkt die DNA oder RNA verstärkt mit Platin-gebundenen Fluoreszenzfarbstoff entweder Cyanine 547 oder Cyanine 647, durch eine koordinative Bindung an N7 – Position von Guanin ¹⁴ bildet enthält. Diese Methode wurde in Embryonen Forschung angepasst stabiler amplifizierten aRNA ohne Modifikation zu erzeugen im Vergleich zu dem aminoallyl modifizierten aRNA durch enzymatische Verfahren ¹⁵ erzeugt. Sowohl Einzel- als Farbstoff und zwei Farbstoffe Markierungsverfahren wurden mit Universal Linkage System in Microarray angepasst. Eine große Microarray – Vergleiche Studie war , dass es eine gute Korrelation der Datenqualität ist zwischen den Ein- und Zwei-Farben – Array – Plattformen ^6.

Vor kurzem beide T7-Promotor-Laufwerkn – Antisense – RNA – Amplifikation und ULS Markierungsverfahren wurden eine zuverlässigere Protokoll bereitzustellen entwickelt eine ausreichende Menge von hoher Qualität zu erzeugen , gekennzeichnet aRNA Materialien für Mikroarray – Hybridisierungs ^{8, 16.} Daher stellt diese Studie ein Protokoll in Zweifarb-Mikroarray mit Tag 7 Rinderembryonen als Beispiel beteiligt einige der wichtigen Schritte von der RNA-Extraktion bis zur Datenanalyse zu demonstrieren.