JoVE Journal > Neuroscience
Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Results
Discussion
Disclosures
Acknowledgements
Materials
References
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.
신경과학

Detectie van het genoom en de transcripties van een persistente DNA Virus in neuronale weefsels door Fluorescent In situ Hybridisatie Gecombineerd met Immunokleuring

Published: January 23, 2014
doi:
10.3791/51091
, , ,
1Virus and Centromere Team, Centre de Génétique et Physiologie Moléculaire et Cellulaire,CNRS UMR 5534, 2Université de Lyon 1, 3Laboratoire d’excellence,LabEX DEVweCAN, 4Institut de Virologie Moléculaire et Structurale,CNRS UPR 3296, 5Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, INSERM U1052,CNRS UMR 5286

Summary

We hebben een fluorescente in situ hybridisatie protocol voor de detectie van een persistente DNA virusgenoom in weefselcoupes van diermodellen. Dit protocol maakt het bestuderen infectie proces codetection van het virale genoom, zijn RNA producten en virale of cellulaire eiwitten in enkele cellen.

Abstract

Enkele cel codetection van een gen, het RNA-product en cellulaire regulerende eiwitten is essentieel voor regulatie van genexpressie te bestuderen. Dit is een uitdaging op het gebied van de virologie, in het bijzonder voor nucleaire replicerende persistente DNA-virussen die dierlijke modellen voor de studie betrokken. Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) is een levenslange latente infectie in perifere neuronen. Latent virus dient als reservoir, waaruit reactiveert en veroorzaakt een nieuwe herpetische episode. De celbiologie van HSV-1 latency blijft slecht begrepen, mede door het ontbreken van methoden om HSV-1 genoom te detecteren in situ in diermodellen. We beschrijven een DNA-fluorescente in situ hybridisatie (FISH) aanpak efficiënt detecteren laag-kopie virale genomen binnen delen van neuronale weefsels van besmette dierlijke modellen. De methode is gebaseerd op warmte gebaseerde antigen ontmaskering, en direct gemerkt zelfgemaakte DNA-probes, of commercieel beschikbare sondes. We ontwikkelden een triple staiNing aanpak, waarbij DNA-FISH met RNA-FISH en immunofluorescentie, met behulp van peroxidase gebaseerd signaalversterking aan elke kleuring eis tegemoet te komen. Een belangrijke verbetering is het vermogen te verkrijgen, binnen 10 urn weefselcoupes, lage achtergrond signalen met hoge resolutie kan worden afgebeeld door confocale microscopie en wide-field conventionele epifluorescentie. Bovendien, de drievoudige kleuring werkte met een groot aantal antilichamen tegen cellulaire en virale eiwitten. Het volledige protocol duurt 2,5 dagen om antilichaam en sondepenetratie tegemoet in het weefsel.

Introduction

Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) is een hardnekkige menselijke neurotropisch virus, oprichting van een lange-termijn latente infectie in neuronen van de nervus ganglia (TG) van het perifere zenuwstelsel, waaruit reactiveert periodiek te repliceren en te verspreiden. De HSV-1-genoom is een 150 kb dsDNA lokaliseren in de kern van het ontvangende neuron waar het blijft chromatinized multicopy plasmiden die niet integreren in het gastheercelgenoom 1,2. Tijdens latentie wordt de HSV-1 replicatiecyclus genetisch programma sterk onderdrukt en genexpressie beperkt tot de latentie geassocieerde transcriptie (LAT) locus van latentie inrichting inleiding van reactivering 3. LAT produceert een lange 8,5 kb niet-coderende RNA in een grote 2 kb stabiel lasso verwerkt en verschillende miRNA 4-7. HSV-1 latentie wordt derhalve gekenmerkt door de aanwezigheid van het virale genoom DNA, RNA LAT en de afwezigheid van detecteerbare replicatiecyclus eiwitten.

NHOUD "> Animal modellen, voornamelijk muizen en konijnen, zijn experimentele modellen indient verschillende kenmerken van latency bij de mens. Een van de voornaamste belangen van deze modellen is dat ze het bestuderen van de fysiologische aspecten van HSV-1 latentie bij immuuncompetente gastheren. In de afgelopen decennia Veel experimenteel hulpmiddelen, zoals genetisch gemodificeerde virussen en muizen, zijn ontwikkeld om de fysiologie, genetica en celbiologie van HSV-1 latentie uit dierlijke weefsels te bestuderen. Tot nu werd viraal genomisch DNA gedetecteerd en gekwantificeerd door Southern blot en qPCR van gedissocieerd TG. Er is echter nog geen methode beschikbaar voor HSV-1-genoom te detecteren door in situ hybridisatie op weefselsecties 8. Daarom wordt latentie routinematig beoordeeld op coupes door de detectie van LAT RNA door RNA in situ hybridisatie plaats virale genoom detecteren. Omdat het onmogelijk is om geïnfecteerde cellen te karakteriseren op basis van de aanwezigheid van virale genomen, this technische beperking is een belangrijk nadeel van de analyse van vele aspecten van de gastheer-virus interacties, zoals de relatie tussen het virale genoom en cellulaire en virale genexpressie of de gastheer-cel gemedieerde immuunrespons 9,10.

Belangrijker, de cel-naar-cel heterogeniteit van de latente infectie blijft relatief onontdekt en is aangetoond dat een belangrijk kenmerk van latentie in muizen en menselijke sensorische ganglion neuronen geïmplanteerd in SCID muizen 11-17. Typisch werd aangetoond door qPCR dat de HSV-1-genoom kopieaantal per cel varieert van 5 tot enkele honderden. Hoewel LAT verschijnt als een belangrijke regulator van latentie en reactivatie, qPCR gegevens over geïsoleerde neuronen en in situ PCR aangegeven dat slechts een subset van latent geïnfecteerde neuronen, zo laag als 30%, drukt de LAT locus 11,12,18-21. Hoe de gastheercel en cellulaire omgeving in het weefsel effect van het virus latentie inrichting envirale genexpressie blijft onduidelijk. Hier beschrijven we een sterke fluorescente in situ hybridisatie (FISH) werkwijze voor de efficiënte detectie van laag copy HSV-1 genoom DNA in dierlijke neuronaal weefsel secties. Deze methode is ontworpen en door ons gebruikt om toegang tot hoge resolutie microscopie die nodig is om de interactie van het virale genoom studie met de gastheercel intra-nucleaire componenten 22 krijgen. Verder beschrijven we een meervoudige kleuring werkwijze voor de gelijktijdige detectie van het virale DNA met RNA en eiwitten, die een uniek instrument om de virus-gastheer interacties die virale genexpressie reguleren beschrijven. De werkwijze kan ook worden toegepast voor een breed scala van analyses die de detectie van HSV-1 latent genoom, zoals kwantificeren geïnfecteerde neuronen in groot aantal secties. Een belangrijke stap is antigenen behandelen op het virale DNA hybridisatie toegankelijk maken. Aldus kan dit protocol ook efficiënt voor het detecteren zijnvan andere dsDNA virussen, die momenteel niet gedetecteerd door conventionele DNA-FISH benaderingen binnen dierlijke weefsels.

Protocol

Deze methode werd gebruikt in een studie eerder gepubliceerd 22. Voor algemene achtergrond en beschrijving van conventionele manipulatie op ISH, IF en FISH, raden wij u de volgende beschikbare literatuur 23. 1. Animal Infectie Alle procedures waarbij proefdieren gelijkvormig aan ethische kwesties van de Vereniging voor Onderzoek naar Visie en Oogheelkunde (ARVO) verklaring voor het gebruik van dieren in onderzoek, en werden door de lokale Ethi…

Representative Results

Na enkele maanden van uitgebreide tests, ontdekten we dat warmte gebaseerde chemische ontmaskering gemaakt latent HSV-1 genoom beschikbaar voor fluorescente in situ hybridisatie. Tijdens het proces, we probeerden verschillende ontmaskering procedures en alleen warmte gebaseerde behandelingen (bijv. verwarmen van de onderdelen tot sub-kooktemperatuur in een magnetron) verscheen efficiënt. Vervolgens testten verschillende zoutbuffers die routinematig worden gebruikt in immunohistochemie (IHC) en elektro…

Discussion

De hier beschreven protocol maakt de detectie van HSV-1 genoom latent in neuronen van muizen neuronaal weefsel secties. Onze kennis van de trajecten reguleren virale genexpressie beperkt door een gebrek aan methode HSV-1 genomisch DNA te detecteren in situ in neuronale weefsels. Informatie over genoom kopie aantal en het aandeel van geïnfecteerde neuronen kwam vooral van PCR-analyse op los neuronen 11,12. In het ophelderen van de rol van de gastheer-cel nucleaire architectuur op HSV-1 latentie, zett…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Wij danken N. Sawtell (Cincinnati Children's Hospital Medical Center, Cincinnati, Ohio, USA), S. Efstathiou (Universiteit van Cambridge, UK) en James Hill (LSU Health Sciences Center, New Orleans, USA) voor het verstrekken van monsters van HSV-1 geïnfecteerde muizen en konijnen, respectievelijk, en voor reagentia; H. Masumoto (Kazusa DNA Research Institute, Chiba, Japan) en S. Khochbin (Institut Albert Bonniot, Grenoble, Frankrijk) voor nuttige discussies.

Dit werk werd gefinancierd door subsidies van het Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) (ATIP programma, PL, http://www.cnrs.fr), de Franse Nationale Research Agency (ANR) (ANR-05-MIIM- 008-01, CENTROLAT, http://www.agencenationale-recherche.fr ), de FINOVI Foundation ( http://www.finovi.org/:fr:start ), de Labex DEVweCAN (ANR-10-LabX-61 ) van de Universite de Lyon, in het programma "Investissements d'Avenir "(ANR-11-IDEX-0007) geëxploiteerd door de ANR ( http://www.agence-nationale-recherche.fr ), l'Association pour la Recherche contre le Cancer (ARC-7979 en ARC- 4910, http://www.arc-cancer.net ), la Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC, http://www.ligue-cancer.net ) en Inca (EPIPRO programma, http://www.e -cancer.fr ). FC en PL zijn CNRS onderzoekers.

Materials

Balb/c mice Janvier, France 6 week-old females
HSV-1 strains SC16 strain (wild type) See Labetoule, M. et al. (2003) Invest Ophthalmol Vis Sci 44: 217–225, for details on HSV-1 strain and virus stock preparation.
Ketamine hydrochloride Sigma K2753 Intraperitoneal injection of a solution containing Ketamine (100mg/kg) and Xylazine (10mg/kg)
Xylazine hydrochloride Sigma X1251
Paraformaldehyde (PFA) Sigma 158127 Suspend 4g of PFA in 90mL of water. Add 50µL of 1N NaOH, and heat at 60°C in a water bath with agitation. PFA dissolves in about 30min. Add 10mL of 10X PBS. This solution can be prepared in advance and stored at -20 °C in 5mL tubes. Caution. Manipulate under a fume hood.
Physiological Saline Sigma 07982-100TAB-F
1X PBS, pH 7.4 (sterile) Life Technologies 10010-015
Sucrose Sigma 84100 Prepare a 20% sucrose solution in 1X PBS.
Cryosectionning embedding medium – Tissue-Tek OCT Compound – SAKURA 4583
Large vector DNA purification kit Qiagen 12462 To purify Cosmid or BAC vector containing HSV-1 genome and store at -20°C
Nick translation kit Roche Applied Sciences 10 976 776 001
Cy3-dCTP GE Healthcare PA53021 Protect from light
0.5M EDTA Sigma E6758
G50 Mini spin column GE Healthcare 27-5330-01
Salmon sperm DNA 10mg/mL Invitrogen / Life Technologies 15632-011
Ethanol molecular biology grade Sigma 87047 Prepare a 70% solution
Salmon sperm DNA Invitrogen / Life Technologies 15632-011
Formamid Molecular biology grade Sigma F9037 Caution. Manipulate under fume hood.
HSV-1 biotinylated commercial probe Enzo Life Sciences ENZ-40838
ImmEdge hydrophobic pen Vector Laboratories H-4000
20X Saline Sodium Citrate (SSC) Sigma S6639 Prepare a 2X SSC solution in ddH20.
Triton X-100 Sigma T8787 Prepare a 10% stock solution in water and store at +4°C. Prepare the 0.5% solution in 1X PBS right before use.
10mM sodium citrate pH 6.0 Sigma S1804 Prepare a 100mM stock solution (10X). Weigh 10,5g of citric acid (MW 210.14. Caution, irritant and toxic, wear appropriate mask and gloves), and dissolve in 400mL water. Adjust pH at 6.0 with 1N NaOH (caution, irritant, wear gloves). Adjust to 500mL with distilled water. Dilute 10 times in distilled water before use.
Acetic Acid Sigma 320099
Methanol, molecular biology grade Sigma 322415
Dextran sulfate – MW 500 000 Euromedex EU0606-A
Denhardt's solution (100X) Euromedex 1020-A
Rubber Cement "FixoGum" Marabut 290110000
DNA purification kit – Qiaquick PCR purification kit – Qiagen 28104
T7 in vitro transcription kit Ambion / Life Technologies AM1314
Biotin-16-UTP Roche Applied Sciences 11388908910
RNA purification mini-column Qiagen 73404
Ribonucleoside Vanadyl Complex New England Biolabs S1402S
H2O2 Sigma H3410 Prepare a 3% solution in distilled water. Store at +4 °C and protect from light.
Yeast tRNA Invitrogen 15401011 prepare a 10mg/mL solution in RNAse free water
Normal Goat Serum Invitrogen PCN5000
Primary antibodies Any supplier The following primary antibodies were used in the result section: anti-mouse CENP-A (rabbit mAb C51A7, Cell Signaling Technologies), and anti-ATRX H-300 (Santa Cruz Biotechnology)
Secondary fluorescent antibodies Invitrogen / Life Technologies The fluorescent secondary antibodies routinely used in our protocol are AlexaFluor labeled goat antibodies (IgG H+L). The antibody used in the result section is an anti-rabbit goat antibody labaled with AlexaFluor 488 (reference A11001)
Tyramide Signal Amplification (TSA) kit – Streptavidin + AlexaFluor 350 (blue fluorescence) Invitrogen / Life Technologies #T20937 TSA kits are also available from Perkin Elmer
Tyramide Signal Amplification (TSA) kit – Streptavidin + AlexaFluor 488 (green fluorescence) Invitrogen / Life Technologies #T20932
Hoechst 33342 Invitrogen / Life Technologies H3570 Prepare a 0.5µg/mL solution in 1X PBS immediatly before use. Discard the remaining solution.
22x50mm coverslip. n°1.5 glass. Electron Microscopy Sciences 72204-04
Mounting medium with anti-fading agent – Vectashield – Vector Laboratories H-1000 Another conventional product is Fluoromount G from electron microscopy Science
Superfrost glass slides FisherScientific 12-550-15
EQUIPMENT
Equipment / material Company Reference Note
Needle for infection Glass micropipette hot drawn. Home made.
Dissection equipement Moria, France Microsurgical scissors and forceps
Peristaltic pump Cole Palmer Instruments Easyload Masterflex
Micro-syringe pump device (Nano Pump) kdScientific KDS310
Cryostat Leica France CM 1510-1
-80 °C freezer Sanyo Ultra Low -80°C
Domestic microwave oven
Dry block heater Eppendorf 022670204
Incubator Slide moat Boekel Scientific 240000
Coplin Jar Dominique Dutscher 68512
Staining glass container Dominique Dutscher 68506
Fluorescent microscope Zeiss The images presented in the result section were collected with a Zeiss AxioObserver with objective x40 LD NeoFluor N.A 0.6, and x100 PlanApochromat N.A 1.3. Filter set #38, #43 and #43. HXP 120 fluorescence light source. Photometrics CoolSNAP HQ2 CCD camera. Signal will be more easily observed on a recent high efficiency microscope such as Zeiss AxioImager/AxioObserver series, Nikon Ti-E/Ni-E series or Leica DM/DMI6000 series

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Knipe, D. M., Cliffe, A. Chromatin control of herpes simplex virus lytic and latent infection. Nat. Rev. Microbiol. 6 (3), 211-221 (2008).
  2. Bloom, D. C., Giordani, N. V., Kwiatkowski, D. L. Epigenetic regulation of latent HSV-1 gene expression. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 3-4 (2010).
  3. Stevens, J. G., Wagner, E. K., Devi-Rao, G. B., Cook, M. L., Feldman, L. T. RNA complementary to a herpesvirus alpha gene mRNA is prominent in latently infected neurons. Science. 235 (4792), 1056-1059 (1987).
  4. Zwaagstra, J., Ghiasi, H., Nesburn, A. B., Wechsler, S. L. In vitro promoter activity associated with the latency-associated transcript gene of herpes simplex virus type 1. J. Gen. Virol. 70, 2163-2169 (1989).
  5. Farrell, M. J., Dobson, A. T., Feldman, L. T. Herpes simplex virus latency-associated transcript is a stable intron. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88 (3), 790-794 (1991).
  6. Umbach, J. L., Kramer, M. F., Jurak, I., Karnowski, H. W., Coen, D. M., Cullen, B. R. MicroRNAs expressed by herpes simplex virus 1 during latent infection regulate viral mRNAs. Nature. 454 (7205), 780-783 (2008).
  7. Jurak, I., Kramer, M. F., et al. Numerous conserved and divergent microRNAs expressed by herpes simplex viruses 1 and 2. J. Virol. 84 (9), 4659-4672 (2010).
  8. Wagner, E. K., Bloom, D. C. Experimental investigation of herpes simplex virus latency. Clin. Microbiol. Rev. 10 (3), 419-443 (1997).
  9. Held, K., Junker, A., et al. Expression of herpes simplex virus 1-encoded microRNAs in human trigeminal ganglia and their relation to local T-cell infiltrates. J. Virol. 85 (19), 9680-9685 (2011).
  10. Held, K., Eiglmeier, I., et al. Clonal expansions of CD8⁺ T cells in latently HSV-1-infected human trigeminal ganglia. J. Neurovirol. 18 (1), 62-68 (2012).
  11. Sawtell, N. M. Comprehensive quantification of herpes simplex virus latency at the single-cell level. J. Virol. 71 (7), 5423-5431 (1997).
  12. Sawtell, N. M., Poon, D. K., Tansky, C. S., Thompson, R. L. The latent herpes simplex virus type 1 genome copy number in individual neurons is virus strain specific and correlates with reactivation. J. Virol. 72 (7), 5343-5350 (1998).
  13. Bertke, A. S., Swanson, S. M., Chen, J., Imai, Y., Kinchington, P. R., Margolis, T. P. A5-positive primary sensory neurons are nonpermissive for productive infection with herpes simplex virus 1 in vitro. J. Virol. 85 (13), 6669-6677 (2011).
  14. Bertke, A. S., Ma, A., Margolis, M. S., Margolis, T. P. Different mechanisms regulate productive herpes simplex virus 1 (HSV-1) and HSV-2 infections in adult trigeminal neurons. J. Virol. 87 (11), 6512-6516 (2013).
  15. Kobayashi, M., Kim, J. Y., et al. A primary neuron culture system for the study of herpes simplex virus latency and reactivation. J. Vis. Exp. (62), (2012).
  16. Kim, J. Y., Mandarino, A., Chao, M. V., Mohr, I., Wilson, A. C. Transient reversal of episome silencing precedes VP16-dependent transcription during reactivation of latent HSV-1 in neurons. PLoS Pathog. 8 (2), (2012).
  17. Zerboni, L., Che, X., Reichelt, M., Qiao, Y., Gu, H., Arvin, A. Herpes simplex virus 1 tropism for human sensory ganglion neurons in the severe combined immunodeficiency mouse model of neuropathogenesis. J. Virol. 87 (5), 2791-2802 (2013).
  18. Mehta, A., Maggioncalda, J., et al. In situ DNA PCR and RNA hybridization detection of herpes simplex virus sequences in trigeminal ganglia of latently infected mice. Virology. 206 (1), 633-640 (1995).
  19. Chen, X. -. P., Mata, M., Kelley, M., Glorioso, J. C., Fink, D. J. The relationship of herpes simplex virus latency associated transcript expression to genome copy number: a quantitative study using laser capture microdissection. J. Neurovirol. 8 (3), 204-210 (2002).
  20. Proenca, J. T., Coleman, H. M., Connor, V., Winton, D. J., Efstathiou, S. A historical analysis of herpes simplex virus promoter activation in vivo reveals distinct populations of latently infected neurones. J. Gen. Virol. 89, 2965-2974 (2008).
  21. Nicoll, M. P., Proença, J. T., Connor, V., Efstathiou, S. Influence of herpes simplex virus 1 latency-associated transcripts on the establishment and maintenance of latency in the ROSA26R reporter mouse model. J. Virol. 86 (16), 8848-8858 (2012).
  22. Catez, F., Picard, C., et al. HSV-1 Genome Subnuclear Positioning and Associations with Host-Cell PML-NBs and Centromeres Regulate LAT Locus Transcription during Latency in Neurons. PLoS Pathog. 8 (8), (2012).
  23. Solovei, I., Grasser, F., Lanctôt, C. FISH on Histological Sections. CSH Protoc. , (2007).
  24. Labetoulle, M., Kucera, P., et al. Neuronal propagation of HSV1 from the oral mucosa to the eye. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 41 (9), 2600-2606 (2000).
  25. Labetoulle, M., Maillet, S., Efstathiou, S., Dezelee, S., Frau, E., Lafay, F. HSV1 latency sites after inoculation in the lip: assessment of their localization and connections to the eye. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 44 (1), 217-225 (2003).
  26. Maillet, S., Naas, T., et al. Herpes simplex virus type 1 latently infected neurons differentially express latency-associated and ICP0 transcripts. J. Virol. 80 (18), 9310-9321 (2006).
  27. Tanaka, M., Kagawa, H., Yamanashi, Y., Sata, T., Kawaguchi, Y. Construction of an excisable bacterial artificial chromosome containing a full-length infectious clone of herpes simplex virus type 1: viruses reconstituted from the clone exhibit wild-type properties in vitro and in vivo. J. Virol. 77 (2), 1382-1391 (2003).
  28. Gierasch, W. W., Zimmerman, D. L., Ward, S. L., Vanheyningen, T. K., Romine, J. D., Leib, D. A. Construction and characterization of bacterial artificial chromosomes containing HSV-1 strains 17 and KOS. J. Virol. Methods. 135 (2), 197-206 (2006).
  29. Nagel, C. -. H., Döhner, K., et al. Nuclear egress and envelopment of herpes simplex virus capsids analyzed with dual-color fluorescence HSV1(17). J. Virol. 82 (6), 3109-3124 (2008).
  30. Arthur, J., Efstathiou, S., Simmons, A. Intranuclear foci containing low abundance herpes simplex virus latency-associated transcripts visualized by non-isotopic in situ hybridization. J. Gen. Virol. 74, 1363-1370 (1993).
  31. Pileri, S. A., Roncador, G., et al. Antigen retrieval techniques in immunohistochemistry: comparison of different methods. J. Pathol. 183, 116-123 (1997).
  32. Saito, N., Konishi, K., Takeda, H., Kato, M., Sugiyama, T., Asaka, M. Antigen retrieval trial for post-embedding immunoelectron microscopy by heating with several unmasking solutions. J. Histochem. Cytochem. 51 (8), 989-994 (2003).
  33. Ishov, A. M., Maul, G. G. The periphery of nuclear domain 10 (ND10) as site of DNA virus deposition. J. Cell Biol. 134 (4), 815-826 (1996).
  34. Sourvinos, G., Everett, R. D. Visualization of parental HSV-1 genomes and replication compartments in association with ND10 in live infected cells. EMBO J. 21 (18), 4989-4997 (2002).
  35. Everett, R. D., Murray, J., Orr, A., Preston, C. M. Herpes simplex virus type 1 genomes are associated with ND10 nuclear substructures in quiescently infected human fibroblasts. J. Virol. 81 (20), 10991-11004 (2007).
  36. Margolis, T. P., Imai, Y., Yang, L., Vallas, V., Krause, P. R. Herpes simplex virus type 2 (HSV-2) establishes latent infection in a different population of ganglionic neurons than HSV-1: role of latency-associated transcripts. J. Virol. 81 (4), 1872-1878 (2007).
  37. Imai, Y., Apakupakul, K., Krause, P. R., Halford, W. P., Margolis, T. P. Investigation of the mechanism by which herpes simplex virus type 1 LAT sequences modulate preferential establishment of latent infection in mouse trigeminal ganglia. J. Virol. 83 (16), 7873-7882 (2009).
  38. Shi, S. -. R., Shi, Y., Taylor, C. R. Antigen retrieval immunohistochemistry: review and future prospects in research and diagnosis over two decades. J. Histochem. Cytochem. 59 (1), 13-32 (2011).
  39. Lu, X., Triezenberg, S. J. Chromatin assembly on herpes simplex virus genomes during lytic infection. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 217-222 (2010).
  40. Placek, B. J., Berger, S. L. Chromatin dynamics during herpes simplex virus-1 lytic infection. Biochim. Biophys. Acta. 1799 (3-4), 223-227 (2010).
  41. Eshleman, E., Shahzad, A., Cohrs, R. J. Varicella zoster virus latency. Future Virol. 6 (3), 341-355 (2011).
  42. Paulus, C., Nitzsche, A., Nevels, M. Chromatinisation of herpesvirus genomes. Rev. Med. Virol. 20 (1), 34-50 (2010).
  43. Nitzsche, A., Paulus, C., Nevels, M. Temporal dynamics of cytomegalovirus chromatin assembly in productively infected human cells. J. Virol. 82 (22), 11167-11180 (2008).
  44. Zhou, J., Chau, C. M., et al. Cell cycle regulation of chromatin at an origin of DNA replication. EMBO J. 24 (7), 1406-1417 (2005).
  45. Day, L., Chau, C. M., Nebozhyn, M., Rennekamp, A. J., Showe, M., Lieberman, P. M. Chromatin profiling of Epstein-Barr virus latency control region. J. Virol. 81 (12), 6389-6401 (2007).
  46. Arvey, A., Tempera, I., Lieberman, P. M. Interpreting the Epstein-Barr Virus (EBV) Epigenome Using High-Throughput Data. Viruses. 5 (4), 1042-4254 (2013).
  47. Lu, F., Day, L., Gao, S. -. J., Lieberman, P. M. Acetylation of the latency-associated nuclear antigen regulates repression of Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus lytic transcription. J. Virol. 80 (11), 5273-5282 (2006).
  48. Günther, T., Grundhoff, A. The epigenetic landscape of latent Kaposi sarcoma-associated herpesvirus genomes. PLoS Pathog. 6 (6), (2010).
  49. Toth, Z., Maglinte, D. T., et al. Epigenetic analysis of KSHV latent and lytic genomes. PLoS Pathog. 6 (7), (2010).

Tags

DNA-FISHRNA-FISHImmunofluorescenceHSV-1LatencyGene Expression RegulationSingle Cell Analysis

Play Video
PDF
DOI
DOWNLOAD MATERIALS LIST
Cite This Article
Catez, F., Rousseau, A., Labetoulle, M., Lomonte, P. Detection of the Genome and Transcripts of a Persistent DNA Virus in Neuronal Tissues by Fluorescent In situ Hybridization Combined with Immunostaining. J. Vis. Exp. (83), e51091, doi:10.3791/51091 (2014).
Download Citation
Reprints and Permissions

View Video

✖

To prove you're not a robot, please enter the text in the image below

CAPTCHA Image
Play CAPTCHA Audio
Refresh Image