使用平板扫描仪，以收集拟南芥根向地反应的高分辨率时间失效图片

1。图像采集协议注意事项： 这个协议是最有效的两个人进行的，尽管它有可能为1单独工作。工作最好在本实验室的安排是为了一个人来制备板进行扫描，而在扫描仪设置的另一个作品，那么这两个一起放置在平板扫描仪，并启动扫描过程。 同样重要的是要注意，在这个项目上的扫描仪是垂直方向的扫描仪盖子搁在扫描仪的后面。自定义支持是为了保持菜肴在这个垂直位置，并贴于平板表面3M无痕条（ 图2）。附带在这个协议（爱普生V700）使用的扫描仪可移动文件盖内衬一面用黑色毡。文件盖被靠住平板用蹦极绳索来持板就位，并提供图像的对比度（ 图3）。 的足够的分辨率的任何扫描仪可用于图像采集。在爱普生Perfection V700被选中，是因为它的方形轮廓（因此很容易垂直位置），其分辨率高，以及附加的从床上盖既扫描，并使用红外通道。这些额外的选项并没有在这个协议中使用。 一旦板被从生长室中取出，这是必须的协议继续到结束。 板准备 使用了含有10ml透明介质和9的种子在每个板的中间种标准培养皿。 ：对于板材的标签，媒体准备和种植过程可以在这里找到http://www.doane.edu/doane-phytomorph <l我>提取第一琼脂平板和吸收收集的冷凝在琼脂平板上用的Kimwipe的盖的盖和轮辋。 适用的Triton X-100（洗涤剂）来盖了的Kimwipe – 大方。 （需要注意的是的Triton X-100有助于防止结露盖子的建设作为平板扫描。一位慷慨的应用程序（足以创造的盖子表面的膜）将有助于确保该盖在整个扫描仪运行保持透明。） 用微孔胶带包裹板来固定盖，并且允许用于通风。 扫描仪设置和图像采集 这个协议假定，超过1扫描仪正在使用，并提供指示，开始从单一的电脑多台扫描仪。 用于存储从每个扫描仪图像创建文件夹。每个扫描仪将持有两大板块，所以创建文件夹时，记住这一点。一可以选择使用元数据作为文件名，如为每个板块唯一的ID，苗龄，种子大小，和股票种植ID的组成部分。数据收集在含有这些元数据中使用的文件夹名称的示例是“1652-2-SM-9-92-17-1653-2-​​LG-88-79-161”。 设置插座计时器指定收集时间（9小时是在这个实验室中使用）。请务必准备设置额外的时间（一个小时左右）。 （请注意，扫描仪必须插在插座上的定时器，以设定的采集时间。虽然VueScan软件允许用户反复采集图像，它不允许用户指明多少图像采集要不了多久来收集图像。） 打开第一台扫描仪，等待大约10秒的扫描仪要经过初始热身。 打开VueScan程序一次。 VueScan版本9.0.20用于本协议（见材料表），但更近的版本，可以少modific使用通报BULLETIN。确保“更多”按钮以显示下面描述的菜单选项被压在用户界面的底部面板上。 设置自动重复 ：下拉框没有设置预览区域下方的输入标签， 裁切标签下：到最大 （ 图4）。按“预览”。 创建一个裁剪框，将通过用鼠标点击并拖动整个的预览图像上感兴趣的区域捕获感兴趣的区域。设置可能会被改变为在作物选项卡中感兴趣的区域。用于裁切框的典型设置为：x偏移量为0.675，y偏移量在1.924，虽然这调整为捕捉育苗面积每扫描仪。使用裁切框的大小是宽7.246在高1.1（ 图5）。 移动裁切框，按住Shift键的同时用鼠标拖动。确保裁切框包含了所有要扫描的苗加上可能包含一个标签（ 图5）在任何需要的元数据。 根据作物选项卡，设置预览区：以裁剪框，然后按“预览”。 转到Output选项卡，并选择正确的文件扫描仪（ 图5）。 重复所有扫描仪一台计算机的步骤1.7-1.12。当被问及是否开启VueScan的多个实例，选择“是”选项。 通过每个标签，并确认设置是否正确。 （请注意，所有的规格可以改变，以适应个别实验室的需求，包括图像的色彩，分辨率等 。但是，在这个协议中使用的设置，可以直接应用到PArticular扫描一个给定实验的硬件，由于VueScan软件的通用接口。请参阅随附的规格列表，以查看该项目所使用的参数，利用VueScan版本9.0.20）。 在输入选项卡中选择连续的自动重复：字段，或者根据需要选择图像之间的时间间隔越长。时间间隔的时间长度保存最后的影像，并开始采集下一个图像后，扫描仪会暂停。在连续模式下，3-4分钟分辨率为4800 DPI来获得。 对于连接到一台电脑扫描仪的其余部分重复步骤1.14-1.15。 将制备的板与幼苗水平方向的正确扫描仪（不gravistimulate）。 暂时放在一个黑色的，感觉对板的背景，使他们不从有机玻璃模板下降。重复所有扫描净入学率。 （ 注：在这个项目中，黑色的毡片被附加到文档涵盖随设备提供的，以防止眩光，并提供对根组织对比中使用的特定背景颜色将取决于被成像组织的颜色）。 有一个人转板90°（板逆时针转动在此协议），并立即更换毛毡背景。 其他人应该站在电脑，使他们可以马上按下“扫描”按钮。 固定的背景，扫描器用松紧绳（ 图3）。有一个人保持背景的地方，而另一个位置的蹦极绳索。 （ 注：立即gravistimulation板的90°（旋转）和毛毡背景放置后，“扫描”应该被按下）。 在一个COMPUT为扫描仪的其余部分重复步骤,1.17-1 .21呃。 下一组扫描仪（如适用）重复步骤1.6-1.22。 不要让扫描仪，直到几个图像被收集，以确保它们被正确保存。 它是理想的保持扫描仪在一个地区，将免费为干扰所指定的扫描时间的。这也是审慎考虑在扫描区域内的环境条件，以确保理想的表型反应。 当数据收集完成后，按每个VueScan窗口，每个扫描仪重合绿色中止按钮。 收出计算机上的所有程序。 重新启动计算机，关闭开始另一轮的图像采集前的所有扫描器。