البكتريا المتأصلة البدائية فى خلايا الحيوان المفترس و التي في وقت لاحق تطورت إلى ميتوكوندريا مكونة خلايا حقيقية النواة. البكتيريا الزرقاء الضوئية أيضا شكلت علاقات تكافلية مع بعض من هذه الخلايا حقيقية النواة وتطورت في النهاية إلى البلاستيدات الخضراء. جينومات الميتوكوندريا الحالية و البلاستيدات الخضراء هي بقايا جينومات الأجداد بدائية النواة هذه.مقارنة بجينومات الميتوكوندريا جينومات بدائيات النوى الحالية كبيرة مثل في الإشريشيا كولاى،والتي تحتوي على حوالي 5 ملايين ازواج قواعد وتقريبا 5000 جين. جينوم الميتوكوندريا البشري طوله حوالى 17000 أزواج قواعد ويحتوي 37 جينًا بينما جينوم الميتوكوندريا فى Arabidopsis thaliana نبات مزهر لديه أكثر من 350.000 زوج قواعد ولكنه يحتوي فقط على 57 جينًا. مقارنة بجينومات البكتيريا الزرقاء الحالية مثل جينوم synechocystis, الذى به حوالي 3.5 مليون زوج قواعد 00:01:06.880 00:01:10.240 ويحمل تقريبًا 3200 جين, جينوم البلاستيدات الخضراء من بين النباتات الأرضية لديه ما يصل إلى 200000 زوج قواعد ويحتوي على 120 إلى 135 جينًا.على الرغم من أنهم أصغر بكثير كل من جينومات الميتوكوندريا و البلاستيدات الخضراء تشبه جينوم بدائية النواة من نواحى عديدة. الدى إن إيه الخاص بهم لا يرتبط مع بروتينات هيستون وعادة ما تكون دائرية ومزدوجة الأشرطة،مشابه للبلازميدات البكتيرية. مقارنة مع جينوم الميتوكوندريا, جينوم البلاستيدات الخضراء أكثر شبها لجينوم بدائية النواة.كل من جينومات البلاستيدات الخضراء و بدائية النواة بهما تسلسلات دى إن إيه مشابهه تمامًا لمحفزين التضاعف والمُنهيين. بالإضافة إلى ذلك جينومات ميتوكوندريا الحيوان 00:02:00.640 00:02:04.630 أصغر بشكل عام من جينوم الميتوكوندريا في النباتات 00:02:04.630 00:02:07.600 حيث جينومات كلا من البلاستيدات الخضراء وميتوكوندريا النبات لها إنترونات التي هي غائبة في معظم جينومات ميتوكوندريا الحيوان.