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Decifrando os efeitos estruturais da ativação de mutações somáticas do EGFR com simulação de dinâmica molecular
JoVE Journal
生化学
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JoVE Journal 生化学
Deciphering the Structural Effects of Activating EGFR Somatic Mutations with Molecular Dynamics Simulation

Decifrando os efeitos estruturais da ativação de mutações somáticas do EGFR com simulação de dinâmica molecular

DOI:
10.3791/61125-v

•

15:05 min

•

May 20, 2020

•

, , ,
1Structural Bioinformatics Laboratory, Biochemistry, Faculty of Science and Engineering,Åbo Akademi University, 2Medicity Research Laboratories and Institute of Biomedicine,University of Turku, 3Turku Bioscience Centre,University of Turku and Åbo Akademi University, 4Department of Oncology and Radiotherapy,University of Turku and Turku University Hospital

章

  • 00:04Introduction
  • 00:47Structure Preparation
  • 04:12System Setup
  • 05:17Molecular Dynamics Simulation
  • 07:15Visual Inspection Analysis
  • 08:29Root-Mean Square Deviation (RMSD) and Root-Mean Square Fluctuation (RMSF) Analysis
  • 09:58Hydrogen Bond Analysis
  • 10:57Free Energy Calculations
  • 12:25Representative Results: Molecular Dynamics Simulation of EGFR Somatic Mutations
  • 14:23Conclusion

概要

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O objetivo deste protocolo é usar simulações de dinâmica molecular para examinar as mudanças estruturais dinâmicas que ocorrem devido à ativação de mutações da proteína quinase EGFR.

タグ

Molecular Dynamics SimulationEGFRSomatic MutationsProtein StructureKinaseConformational ChangesLigand BindingCancerWild-typeDeletion MutantActiveInactiveAsymmetric DimerKymeraProtein Data BankModeling

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