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Flux de spectrométrie de masse d'immunoprécipitation sans étiquette pour le profilage de l'interaction nucléaire à grande échelle
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生化学
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JoVE Journal 生化学
Label-Free Immunoprecipitation Mass Spectrometry Workflow for Large-scale Nuclear Interactome Profiling
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Flux de spectrométrie de masse d'immunoprécipitation sans étiquette pour le profilage de l'interaction nucléaire à grande échelle

DOI:
10.3791/60432-v

•

11:19 min

•

November 17, 2019

•

, ,
1Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado, 2Linda Crnic Institute for Down Syndrome,University of Colorado School of Medicine

章

  • 00:04標題
  • 01:07Preparation of Nuclear Extract
  • 03:45Immunoprecipitation of Endogenous Nuclear Bait Protein
  • 07:01Sample Preparation and LC/MS System Suitability
  • 09:09Results: A Single-bait Single-antibody IP-MS Experiment
  • 10:25Conclusion

概要

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Décrit est un workflow protéomique pour identifier des partenaires d'interaction de protéine d'une fraction subcellulaire nucléaire utilisant l'enrichissement d'immunoaffinité d'une protéine donnée d'intérêt et de la spectrométrie de masse sans étiquette. Le flux de travail comprend la fractionnement subcellulaire, l'immunoprécipitation, la préparation de l'échantillon assisté par filtre, le nettoyage hors ligne, la spectrométrie de masse et un pipeline de bioinformatique en aval.

タグ

Label-freeImmunoprecipitationMass SpectrometryNuclear InteractomeProtein-protein InteractionsSubcellular FractionationAffinity PurificationProteomics WorkflowCell LysisNuclear LysateDounce Homogenization

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