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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires
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JoVE Journal 発生生物学
CARIP-Seq and ChIP-Seq: Methods to Identify Chromatin-Associated RNAs and Protein-DNA Interactions in Embryonic Stem Cells
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CAIRP-Seq et ChIP-Seq : méthodes pour identifier les ARN associée à la chromatine et Interactions protéine-ADN dans les cellules souches embryonnaires

DOI:
10.3791/57481-v

•

11:13 min

•

May 25, 2018

•

1Department of Oncology,Wayne State University医学部, 2Karmanos Cancer Institute,Wayne State University医学部

章

  • 00:04標題
  • 01:02Crosslinking of Embryonic Stem Cells for ChIP and CARIP
  • 02:29Chromatin Sonication for ChIP and CARIP
  • 03:48ChIP and CARIP Process
  • 07:12Double-stranded cDNA Synthesis for CARIP-Seq
  • 08:53Use of ChIP-Seq and CARIP-Seq to Study Global Protein-DNA Interactions and Chromatin-Associated RNAs in Embryonic Stem Cells
  • 10:43Conclusion

概要

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Ici, nous décrivons des méthodes pour effectuer des ChIP-Seq et cartes de CAIRP-Seq, y compris la préparation de la bibliothèque pour l’ordonnancement de nouvelle génération, pour générer l’épigénomique global et l’ARN associée à la chromatine dans les cellules ES.

タグ

CARIP-SeqChIP-SeqChromatin-associated RNAsProtein-DNA InteractionsEmbryonic Stem CellsエピジェネティクスTranscription FactorsEpigenetic RegulatorsHistone ModificationsChromatin ImmunoprecipitationSonicationFormaldehyde Cross-linkingGlycinePhosphate Buffered SalineTrypsinizationMEF MediumFetal Bovine SerumSonication BufferSodium Dodecyl Sulfate

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