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Von Voxel zu Wissen: ein praktischer Leitfaden für die Segmentierung der Elektronenmikroskopie Komplexe 3D-Daten
JoVE Journal
生物工学
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JoVE Journal 生物工学
From Voxels to Knowledge: A Practical Guide to the Segmentation of Complex Electron Microscopy 3D-Data
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Von Voxel zu Wissen: ein praktischer Leitfaden für die Segmentierung der Elektronenmikroskopie Komplexe 3D-Daten

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12:08 min

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August 13, 2014

DOI:

10.3791/51673-v

DOI:
10.3791/51673-v

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12:08 min
August 13, 2014

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1Life Sciences Division,Lawrence Berkeley National Laboratory, 2Joint Bioenergy Institute, Physical Biosciences Division,Lawrence Berkeley National Laboratory, 3National Energy Research Scientific Computing Center,Lawrence Berkeley National Laboratory

概要

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Der Engpass für Mobil 3D-Elektronenmikroskopie ist die Merkmalsextraktion (Segmentierung) in hochkomplexen 3D-Dichtekarten. Wir haben eine Reihe von Kriterien, die den Orientierungsrahmen in Bezug auf die Segmentierungsansatz (manuell, halbautomatisch oder automatisch) ist am besten geeignet für verschiedene Datentypen entwickelt, so dass ein Ausgangspunkt für eine effektive Segmentierung.

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Tsai, W., Hassan, A., Sarkar, P., Correa, J., Metlagel, Z., Jorgens, D. M., Auer, M. From Voxels to Knowledge: A Practical Guide to the Segmentation of Complex Electron Microscopy 3D-Data. J. Vis. Exp. (90), e51673, doi:10.3791/51673 (2014).

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