Hier beschrijven we een nucleofectiesysteem dat is ontworpen om de efficiëntie van genafgifte te verbeteren in uitgebreide neurale stamcellen (NSC’s) geïsoleerd uit de subventriculaire zone van volwassen muizen. De bevindingen tonen aan dat deze methode de genverstoring in NSC’s aanzienlijk verbetert, de effectiviteit van traditionele transfectieprotocollen overtreft en de celoverleving verbetert.
Isolatie en expansie van neurale stamcellen (NSC’s) uit de subventriculaire zone (SVZ) van de hersenen van volwassen muizen kan worden bereikt in een medium aangevuld met basisfibroblastgroeifactor (bFGF) en epidermale groeifactor (EGF) als mitogenen, waardoor klonale aggregaten worden geproduceerd die bekend staan als neurosferen. Dit in vitro systeem is een waardevol hulpmiddel voor het bestuderen van het NSC-potentieel. Transfectie van siRNA’s of genen die in plasmiden worden gedragen, kan worden gebruikt om verstoringen van genexpressie te induceren en NSC-biologie te bestuderen. De exogene nucleïnezuurafgifte aan NSC-culturen is echter een uitdaging vanwege de lage efficiëntie van de transfectie van cellen van het centrale zenuwstelsel (CZS). Hier presenteren we een verbeterd nucleofectiesysteem dat een hoge efficiëntie van genafgifte bereikt in verlengde NSC’s van SVZ van volwassen muizen. We tonen aan dat deze relatief eenvoudige methode de genverstoring in volwassen NSC’s verbetert, en de traditionele transfectieprotocollen overtreft met overlevingspercentages van meer dan 80%. Bovendien kan deze methode ook worden toegepast in primaire geïsoleerde NSC’s, wat een cruciale vooruitgang biedt in genfunctiestudies door middel van manipulatie van genexpressie via knockdown of overexpressie in neurosfeerculturen.
Neurale stamcellen (NSC’s) zijn multipotente stamcellen die zich in de hersenen bevinden. Deze cellen bezitten het vermogen om zichzelf te vernieuwen en te differentiëren in de drie neurale lijnen: astrocyten, oligodendrocyten enneuronen. Bijgevolg spelen NSC’s een cruciale rol bij de neurogenese van volwassenen bij zoogdieren, een proces waarbij nieuwe neuronen in de hersenen worden gegenereerd2. NSC’s bevinden zich voornamelijk in twee regio’s binnen de volwassen hersenen die neurogene niches worden genoemd: de subventriculaire zone (SVZ) langs de wanden van de laterale ventrikels en de subgranulaire zone (SGZ) binnen de dentate gyrus van de hippocampus 3,4. NSC’s (ook bekend als B-cellen) in de SVZ, de meest actieve neurogene niche in de volwassen muis, vernieuwen zichzelf en produceren transit-amplificerende voorlopercellen (TAP’s of C-cellen) die vervolgens differentiëren tot neuroblasten (A-cellen). Deze neuroblasten migreren via de rostrale migratiestroom (RMS) naar de olfactorische bollen (OB), waar ze volledige differentiatie ondergaan in interneuronen en integreren in de reeds bestaande circuits 3,4,5,6.
Het begrijpen van het ingewikkelde samenspel van moleculaire signalen en signalen die NSC’s binnen deze niches reguleren, is belangrijk om hun potentieel voor therapeutische toepassingen te benutten. Voor dat doel zijn verschillende methoden ontwikkeld om deze celpopulatie te bestuderen, variërend van selectieve primaire cultuur van NSC’s tot celselectie met behulp van oppervlaktemarkers 7,8,9,10. Het huidige manuscript beschrijft de isolatie en kweek van SVZ NSC’s in vitro met behulp van een serumvrij selectief medium dat beide mitogenen bevat: basisch fibroblast groeifactor (bFGF) en epidermale groeifactor (EGF). Dit medium vergemakkelijkt de celproliferatie en handhaaft de stam van NSC’s die zijn verkregen uit de SVZ van volwassen muizenhersenen die in vitro klonale, driedimensionale, niet-hechtende aggregaten vormen die bekend staan als neurosferen9. Neurosfeerculturen dienen als een gecontroleerd platform voor het manipuleren en bestuderen van de moleculaire mechanismen en factoren die van invloed zijn op NSC-proliferatie, zelfvernieuwing, differentiatie en overleving11. Met name het aantal primaire neurosferen dat in de cultuur wordt gevormd, maakt een schatting mogelijk van het aantal NSC’s dat in vivo in de SVZ aanwezig is, waardoor het een krachtig hulpmiddel is voor het bestuderen van de effecten van verschillende aandoeningen op de volwassen NSC-pool12,13. Bovendien kunnen NSC’s, zodra de primaire cultuur is gevestigd, nieuwe aggregaten (secundaire neurosferen) genereren bij het passeren van symmetrische delingen onder proliferatieomstandigheden14. Het zaaien van secundaire neurosfeercellen met lage dichtheid (klonale test) kan dus worden gebruikt om de zelfvernieuwingssnelheid van deze culturen te beoordelen 4,15,16,17.
Ondanks het potentieel van neurosferen bij het blootleggen van de mechanismen die de NSC-regulatie beheersen, twijfelen sommige onderzoekers aan de geldigheid van in vitro bevindingen, met het argument dat de kunstmatige omstandigheden waarin cellen groeien mogelijk niet getrouw de ingewikkelde in vivo micro-omgeving van neurogene niches repliceren 18,19,20,21,22. Een ander controversieel punt draait om de waargenomen heterogeniteit in neurosferen. Desalniettemin wordt aangenomen dat deze variabiliteit een weerspiegeling is van de symmetrische en asymmetrische verdelingen van de NSC’s die van nature in vivo voorkomen 23,24. Bovendien heeft recente validatie het gebruik van NSC-culturen ondersteund om mechanismen te voorspellen die in vivo binnen de SVZ-neurogene niche werken, en verschillende onderzoeken hebben aangetoond dat NSC’s die in vitro worden gekweekt, het in vivo waargenomen transcriptomische profiel nauwkeurig behouden 11,25.
Daarom dienen neurosfeerculturen niet alleen als een methode om NSC-proliferatie en differentiatievermogen te onderzoeken, maar bieden ze ook een systeem om de invloed van genen die de NSC-biologie beheersen te bestuderen. Een cruciale techniek voor het onderzoeken van de genfunctie in NSC’s is verstoring van genexpressie. siRNA’s of genen die via plasmiden worden afgeleverd, kunnen worden getransfecteerd in celculturen, wat resulteert in knockdown of opregulatie van het doelgen. Deze veelzijdige aanpak vermindert de tijd en kosten aanzienlijk in vergelijking met het opzetten van culturen met behulp van voorwaardelijke knock-outmuizen, wat een veelbelovende weg biedt voor het ontrafelen van de genetische basis van neurogenese en het verkennen van therapeutische vooruitzichten. Het veranderen van de expressie van specifieke genen in NSC’s maakt de modulatie van hun gedrag mogelijk, waardoor cruciale biologische processen zoals proliferatie, differentiatie en migratie worden beïnvloed. Het vooruitzicht van transfectie van NSC’s, met name in de neurosferen van muizen, brengt echter opmerkelijke uitdagingen met zich mee. De driedimensionale structuur van neurosferen brengt de efficiëntie van transfectie in gevaar, wat vaak resulteert in lage percentages van succesvolle exogene nucleïnezuurafgifte, wat de mate van genetische manipulatie beperkt26,27. Bovendien kunnen transfectieprocedures de levensvatbaarheid en functionaliteit van cellen nadelig beïnvloeden27. In deze context presenteren we het nucleofectiesysteem als een methode om celbeschadiging te verminderen, een hoog overlevingspercentage te bereiken en een hogere werkzaamheid te garanderen in genafgiftetesten die worden gebruikt om NSC-culturen te verstoren.
Dit manuscript heeft tot doel de procedure te illustreren voor het isoleren, uitbreiden en nucleofecteren van NSC’s uit de volwassen SVZ-neurogene niche om genen te verstoren met behulp van het neurosfeercultuursysteem. Deze methode overtreft de effectiviteit van traditionele transfectieprotocollen en biedt aanzienlijk hogere overlevingspercentages en een verbeterde efficiëntie van de genafgifte onder de beoogde cellen.
Vanwege het ontbreken van definitieve markers voor het identificeren van de NSC-populatie in vivo, is de analyse van NSC’s voornamelijk gebaseerd op het observeren van het gedrag van cellen geïsoleerd uit neurogene niches in ex vivo-omstandigheden . Baanbrekend werk van Reynolds en Weiss legde de basis door nauwkeurige kweekomstandigheden vast te stellen, waardoor individuele cellen uit jongvolwassen (2 maanden oud) SVZ-muizenweefsel konden worden geïsoleerd en uitgebreid onder niet-adhesieve omstandigheden. Deze cellen worden meestal vermeerderd in een serumvrij medium dat EGF en bFGF bevat, aandoeningen die differentiatie in neuronen en glia volledig voorkomen en tegelijkertijd proliferatie bevorderen. Inderdaad, onder deze kweekomstandigheden9 sterven de meeste cellen tijdens de eerste dagen in de kweek, maar een kleine subset begint zich te delen en vormt voornamelijk zwevende neurosferen9. Enzymatische dissociatie en subcultuur van deze celaggregaten vergemakkelijken de voortplanting van culturen, wat het zelfvernieuwende vermogen van deze culturen aantoont.
Met name neurosfeerculturen vertonen uitbreidingspotentieel met de toevoeging van alleen EGF, terwijl NSC’s gekweekt in een medium dat alleen bFGF bevat, geen celproliferatie op lange termijn vertonen30. Beide bewijsstukken wijzen op EGF als het primaire NSC-mitogeen voor zelfvernieuwing. Desalniettemin verbetert de aanwezigheid van zowel EGF als bFGF in het kweekmedium het zelfvernieuwingsvermogen van NSC’s31 en draagt het bij aan het balanceren van het differentiatiepotentieel in astrocyten, neuronen en oligodendrocyten 32,33,34,35. Bovendien zorgt het gebruik van een gedefinieerd mengsel van hormonen en factoren in plaats van commerciële alternatieven om het medium aan te vullen, voor de hoge kwaliteit en reproduceerbaarheid van NSC-culturen. Onder deze omstandigheden kunnen NSC-culturen van muizen blijven bestaan als stabiele cellijnen zonder onsterfelijkheid te ondergaan. Desalniettemin is een punt van zorg in neurosfeerculturen het potentieel van proliferatieve celpopulaties om genetische transformaties te ondergaan, waarbij de regulerende mechanismen van de celcyclus worden omzeild en wat leidt tot een onsterfelijk fenotype. Daarom, hoewel neurosfeerculturen zeer uitbreidbaar zijn, worden culturen voorbij 10 in vitro-passages meestal weggegooid voor studies, omdat ze replicatieve veroudering kunnen ondergaan en cellen met een abnormale chromosomale inhoud of onregelmatige groeidynamiek kunnen ontstaan. Bovendien moet het gebruik van langdurig gevestigde neurosfeerculturen continu worden gemonitord. Neurosfeerculturen bieden ook de mogelijkheid om hun kenmerken en potentieel te onderzoeken in een gecontroleerde omgeving, waardoor een nauwkeurigere en aanpasbare instelling ontstaat die nauwkeuriger kan worden gemoduleerd en gecontroleerd dan in vivo. Door middel van clonogene of populatieanalyses in vitro is het mogelijk om de zelfvernieuwings- en proliferatiecapaciteiten van deze cellen te kwantificeren, waardoor de onderliggende mechanismen die deze eigenschappen bepalen, gemakkelijker kunnen worden geïdentificeerd.
Ondanks de grote lijst met voordelen van het werken met NSC’s in vitro, vormen de aard van dit kweekprotocol en de delicatesse van NSC’s echter een uitdaging in het veld. Het aantal primaire neurosferen dat tijdens een typische dissectie wordt gegenereerd, kan bijvoorbeeld aanzienlijk variëren, afhankelijk van de vaardigheid en precisie van de experimentator. De resultaten van de primaire neurosfeer illustreren deze variabiliteit in het aantal primaire neurosferen verkregen uit de SVZ van muizen van 2 maanden oud, variërend tussen 500 en 3000 neurosferen. Verschillende factoren kunnen bijdragen aan deze variabiliteit. Ten eerste minimaliseert de precisie van de dissectie ongewenst parenchymaal weefsel, wat de vorming van primaire bollen remt. Ten tweede zorgt het genereren van kleine stukjes SVZ-weefsel voor een efficiënte enzymatische vertering en trituratie, waardoor celverlies wordt verminderd. Dit benadrukt de noodzaak van voldoende voorafgaande oefening van het dissectieprotocol en een verfijnde ontwikkeling van weefselverwerking tijdens de oprichting van de neurosfeerculturen.
Een andere beperking van deze culturen ligt in het feit dat neurosferen zowel NSC’s als voorlopercellen kunnen bevatten, waardoor het een uitdaging is om onderscheid te maken tussen deze twee populaties binnen primaire culturen. Hoewel van verschillende markers zoals GFAP, Nestin, Musashi en SOX2 is gemeld dat ze tot expressie worden gebracht door NSC’s8, is geen van deze uitsluitend geassocieerd met NSC’s. Opkomende FACS-technieken op basis van antigeenexpressie op het celoppervlak hebben de isolatie van NSC’s en hun nageslacht mogelijk gemaakt. Deze studies hebben aangetoond dat transit-amplificerende voorlopercellen niet in staat zijn om neurosferen te vormen bij passage25,36. Dus, terwijl de relatie tussen SVZ-cellen en neurosfeer-initiërende cellen verdere verfijning vereist 18,19,20,21,22,23, kan het vermogen van neurosferen om gedurende een langere periode serieel te worden gepasseerd de aanwezigheid van NSC’s in de culturen weerspiegelen.
Dit neurosfeercultuursysteem heeft gediend als een robuust model voor het onderzoeken van de impact van signaalroutes en genexpressie op het handhaven van het zelfvernieuwingsvermogen van NSC in vitro15,29. Een benadering om deze aspecten te onderzoeken, is het transfecteren van NSC’s om specifieke genen tot overexpressie te brengen of neer te halen. Dit kan worden bereikt door middel van verschillende technieken, waaronder virale en niet-virale methoden. Hoewel virale vectoren vaak een hoge efficiëntie van genoverdracht bereiken, hebben ze belangrijke beperkingen, zoals de hoge veiligheidseisen en de tijdrovende vectorproductie26. Omgekeerd bereiken klassieke transfectiemethoden zoals lipofectie en elektroporatie zeer lage transfectiesnelheden, waardoor ze onhaalbaar zijn voor moeilijk te transfecteren cellen. De nucleofectietechnologie biedt een gebruiksvriendelijke aanpak door celtypespecifieke nucleofectieoplossingen te combineren met unieke elektrische parameters voor elk celtype37,38. Dit zorgt voor een directe overdracht van DNA in de celkern39, waardoor het DNA op een celcyclusonafhankelijke manier kan worden opgenomen. Bijgevolg komt nucleofectie naar voren als een levensvatbare techniek voor het transfecteren van moeilijk te transfecteren cellen zoals NSC’s van muizen28,40.
Een beperking van deze methode is dat een minimum van 2 x 106 cellen wordt aanbevolen en noodzakelijk is voor elke nucleofectie, hoewel in optimale omstandigheden een lager aantal cellen per enkele nucleofectie kan worden gebruikt (d.w.z. 5 ×10 5 cellen). Een ander nadeel van de methode is dat de kwaliteit en concentratie van DNA dat wordt gebruikt voor nucleofectie een aanzienlijke invloed hebben op de efficiëntie van genoverdracht. Het gebruik van endotoxinevrij bereid DNA wordt ten zeerste aanbevolen om verhoogde celsterfte als gevolg van de aanwezigheid van endotoxine te voorkomen. Bovendien kan het gebruik van meer dan 6 μg totaal DNA voor nucleofectie zowel de efficiëntie van de genoverdracht als de levensvatbaarheid van de cel aanzienlijk verminderen. Ten slotte is de toediening van elektrische pulsen ook van cruciaal belang voor de overleving van nucleofecte cellen.
In dit werk hebben we de manipulatie van Snrpn-genexpressie geïllustreerd door een strategie toe te passen waarbij de expressie ervan wordt verlaagd met behulp van episomale plasmiden. Deze plasmiden zijn niet geïntegreerd in het genoom van de cellen, en aangezien NSC’s zich in vitro blijven vermenigvuldigen, zal het geïntroduceerde DNA vervolgens worden verdund tijdens de celdeling en zo het effect van genetische manipulatie verliezen. Daarom is deze strategie waardevol om het effect van een acute verandering in een korte periode of om cellen in vitro te laten geboorten. Er zijn enkele alternatieven beschikbaar om een langduriger effect van genverstoring te evalueren. Er zou bijvoorbeeld gebruik kunnen worden gemaakt van een integratief systeem zoals de op transposon gebaseerde piggyBAC. Dit systeem bestaat uit het introduceren van de gewenste coderende sequentie in het plasmide geflankeerd door transponeerbare sequenties en het co-nucleofect van de cellen met een plasmide dat de sequentie voor het enzym transposase41 bevat. Als alternatief kunnen transposons of de CRISPR/Cas-systemen worden gebruikt.
Verdere ontwikkeling van transfectingtechnologieën zal een belangrijke stap zijn in de richting van high-throughput assays om de rol van verschillende genen op de fysiologie van volwassen neurale stamcellen te beoordelen. In combinatie met steeds geavanceerdere zuiverings- en expansiemethoden zullen deze studies het mogelijk maken om de in vitro biologie van volwassen NSC’s te begrijpen en de biologische verschillen tussen zwevende neurosferen en NSC’s in vivo te vergelijken.
The authors have nothing to disclose.
Dit werk werd ondersteund door subsidies van het Ministerio de Ciencia e Innovación en Agencia Estatal de Investigación (MCIN/AEI) (PID2019-110045GB-I00; PID2022-142734OB-I00 en EUR2023-143479) naar SRF. EJV (FPU20/00795) en DSL (FPU22/03797) worden gefinancierd door het Spaanse Formación de Profesorado Universitario fellowship-programma (FPU). LLC (PRE2020-094137) en JDM (PREP2022-000680) worden gefinancierd door het Spaanse fellowship-programma Formación de Personal Investigador (FPI). CMM (CIACIF/2022/366) wordt gefinancierd door Generalitat Valenciana. MIL (CPI-22-481) wordt gefinancierd door Programa INVESTIGO fellowship (Next Generation EU). Open Access financiering door het Ministerio de Ciencia e Innovación.
0.22 μm pore-filter bottles (250 mL) | VWR | 514-0330P | |
0.22 μm pore-filter bottles (500 mL) | VWR | 514-0332P | |
12-well plate | LabClinics | PLC30012 | |
15 mL tube | Fisher | 10738771 | |
24-well plate | LabClinics | PLC30024 | |
4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) | BioWest | L0180-100 | |
4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) | Sigma | D9542 | |
48-well plate | ThermoFisher | 150687 | |
6-well plate | LabClinics | PLC30006 | |
96-well plate | Labclinics | PLC30096 | |
Accutase solution | Sigma | A6964-100ML | Referred as enzymatic solution |
Amaxa Mouse Neural Stem Cell Nucleofector Kit | Lonza | VPG-1004 | |
Amaxa Nucleofector Iib | Lonza | 10700807 | |
Antibiotic/Antimitotic (A/A) | Sigma | A5955 | |
Apo-t-Transferrine | Sigma | T2252-1G | |
Basic Fibroblast Growth Factor (bFGF) | Sigma | F0291 | |
Blasticidin | Sigma | 203350 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma | B4287-25MG | |
Cell strainer 40 μm | LabClinics | PLC93040 | |
Deoxynucleotide triphosphate (dNTPs) | NZYTech | MB08701 | |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | D8418 | |
Dulbecco’s Phosphate Saline Buffer (DPBS) | Gibco | 14080-055 | |
Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) F12 1:1 | Gibco | 11320-074 | |
E. coli DH5α Competent Cells | ThermoFisher | EC0112 | |
Earles's Balanced Salt Solution (EBSS) | Gibco | 24010-043 | |
Epidermal Growth Factor – Human recombinant (EGF) | Gibco | 53003-018 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Sigma | E-6511 | |
Fine Forceps | Fine Science Tools | 11274-20 | |
Fine Scissors Sharp | Fine Science Tools | 14060-09 | |
Glucose | Sigma | G-7021 | |
GoTaq G2 Flexi DNA Polymerase | Promega | M7805 | Kit includes reagents for PCR |
Heparin | Sigma | H-3149 | |
Insuline | Sigma | I6634 | |
LB agar (Lennox) | LabKem | AGLB-00P-500 | |
LB broth (Lennox) | LabKem | LBBR-00P-500 | |
L-Cysteine | Sigma | C-8277 | |
L-Glutamine | Gibco | 25030-024 | |
Neubauer chamber | Blaubrand | BR718620 | |
Nuclease free water | Labbox | WATR-00A-10K | |
NZYMaxiprep Endotoxin Free Kit | NZYTech | MB39901 | |
Papain Lyophilized | Worthington | LS003119 | |
Progesterone | Sigma | P-6149 | |
Putrescine | Sigma | P-7505 | |
Scalpel | Fine Science Tools | 10316-14 | |
shSCRAMBLE | Mission (Sigma) | SHC003 | |
shSNRPN | Mission (Sigma) | TRCN0000109285 | |
Sodium Selenite | Sigma | S-9133 | |
Spatula | Fine Science Tools | 10090-17 | |
Sterile PES Syringe Filters (0.22 μm pore-filter) | Epica | SFPE-22E-050 | |
T12.5 cm2 Flask | Biofil | TCF012025 | |
T25 cm2 Flask | LabClinics | PLC70025 | |
T75 cm2 Flask | LabClinics | PLC70075 | |
Tweezers | Fine Science Tools | 91150-20 |