쥐 장에서 T4 박테리오파지와 대장균 상호작용: 생체 내 숙주-박테리오파지 역학 연구를 위한 프로토타입 모델

박테리오파지(Bacteriophage) 또는 파지(phage)는 종 및 균주 수준 특이성을 가진 박테리아를 감염시키고 죽이는 바이러스입니다¹. 파지는 장내 미생물군(gut microbiota)과 같은 복잡한 박테리아 군집 내에서 중요한 역할을 하며, 개체군 역학을 조절하고 박테리아 적합성을 촉진하는 데 관여한다². 지난 10년 동안 항생제 내성 병원체³의 증가와 대체 치료 전략으로서의 파지 요법의 잠재력으로 인해 파지 연구에 대한 관심이 다시 높아졌습니다. 최근 몇 년 동안 용해 파지 칵테일은 인간의 심각한 항생제 내성 세균 패혈증 감염에 어느 정도 성공을 거두면서 정맥 주사로 사용되었습니다 ^3,4. 경구 파지 요법은 또한 장 감염 및 염증을 치료하기 위한 항생제의 잠재적인 대안으로 제안되었습니다. 또한, 파지는 박테리아를 제거하기 위해 여과된 분변 미생물군 제제인 분변 여과물 이식(FFT)의 성공과 관련이 있으며, 재발성 클로스트리디오이데스 디피실 감염(rCDI)^5,6, 염증성 장 질환(IBD)^7,8 및 조산 돼지의 괴사성 장염 치료에 사용되었다⁹. 이러한 결과를 감안할 때, 기존 군집에 새로운 파지를 추가하면 표적 박테리아 ^2,10뿐만 아니라 군집 전체에 간접적인 영향을 미칠 수 있으므로 파지와 장내 미생물군, 파지와 포유류 숙주 사이의 상호 작용을 고려하는 것이 중요합니다.

체외에서 표적 박테리아와 파지 상호 작용에 대한 연구는 장에서 파지와 박테리아 상호 작용의 메커니즘과 영향을 이해하는 데 유용한 것으로 입증되었습니다. 이러한 설정에서, Caudovirales 목의 대장균 특이적 T4 파지는 장 점액에 부착하기 위해 비리온 표면의 항원성이 높은 외부 캡시드(Hoc) 단백질 내에 위치한 면역글로불린(Ig) 유사 도메인을 필요로 하는 것으로 나타났다¹¹. 또한, 트랜스웰 분석은 T4 파지가 상피세포 배양과 상호 작용하고 마크로피노사이토시스(macropinocytosis)에 의해 세포층을 통해 전위될 수 있음을 보여주었습니다^12,13. 이러한 결과는 파지가 진핵 세포를 감염시킬 수 없더라도 중생대 숙주와 상호 작용할 수 있다는 가설을 뒷받침합니다. 이러한 모델은 유용하기는 하지만, 파지, 박테리아 및 중생대 숙주 간의 삼자 상호 작용을 포괄적으로 탐구하는 데 필요한 장 생태계에서 발생하는 복잡한 상호 작용의 전체 범위가 부족합니다.

마우스 모델은 복잡한 환경 내에서 파지를 조사하는 데 중요한 도구입니다. 파지 투여의 바람직한 적용은 IBD를 포함한 만성 염증성 질환과 관련된 항생제 내성 감염 또는 병원체를 치료하기 위한 대체 전략입니다. 그러나 새로운 문헌에 따르면 체외에서의 파지 거동은 생체 내 기능을 완전히 나타내지 않습니다. Buttimer et ^al.14는 파지 칵테일이 단순화된 인간 미생물군 컨소시엄에서 표적 박테리아를 고갈시킬 수 있었지만 동일한 박테리아-파지 컨소시엄으로 식민지화된 gnotobiotic 마우스에서는 생체 내에서 복제할 수 없음을 입증했습니다. 또한, 기존의 마우스 마이크로바이옴에서 T7 파지는 표적 장내 세균의 선택적 고갈을 유도했지만, 시간이 지남에 따라 점진적인 회복이 관찰되어 내성이 진화했음을 나타냅니다¹⁵. 다른 연구에서는 생체 내^경구 투여 파지와 표적 박테리아 균주의 공존을 입증했습니다 ^2,16. 실제로, 파지/박테리아 공존을 넘어서, 파지 투여는 전반적인 미생물군 군집 구성과 기능에 광범위한 변화를 가져왔^{다 2,16}. 이는 여러 연구에서 Caudovirales의 상대적 풍부도 증가와 IBD ^7,8,17 사이의 연관성을 발견했으며, 이는 박테리아 풍부도의 변화와 무관하게 발견되었기 때문에 질병 환경과 관련이 있다 7. 이것이 질병 발병의 원인인지 결과인지는 아직 밝혀지지 않았습니다.

파지 연구의 역사적 초점은 파지와 표적 박테리아 간의 관계에 관한 것이었습니다. 그러나 파지와 중생대 숙주의 점막, 상피 및 면역 체계 사이의 잠재적인 상호 작용을 고려하는 것도 중요합니다. 이러한 상호 작용은 모두 장 파지 감염에 대한 전반적인 반응에 중요한 역할을 합니다. 이를 입증하기 위해 파지는 무균(GF) 마우스를 사용하여 미생물총(microbiota)의 간섭 없이 면역 체계에 미치는 영향을 규명하기 위해 연구되었다⁸. 이 시스템에서, 파지 핵산은 식세포 면역세포(대식세포 및 수지상세포)의 엔도솜 내에 위치한 톨 유사 수용체(TLR)에 의해 검출되었습니다. 이는 다운스트림 신호전달을 활성화하고 인터페론(IFN)-γ⁸ 또는 유형 I IFN의 T 세포 의존성 생성을 자극했다¹⁸. 더욱이, Fluckiger et ^al.19는 기억 CD8⁺ T 세포가 파지로 인코딩된(프로파지) 항원을 인식하는 데 관여하며, 이로 인해 T 세포가 종양 항원과 교차 반응하여 종양 부담을 감소시켰습니다. 마지막으로, 파지 특이적 항체 생산은 식수 ^8,20 또는 수개월에 걸쳐 반복적인 경구 개비지(²⁰)를 통해 파지를 동물 모델에 지속적으로 전달한 마우스 연구에서 문서화되었으며, 이는 체액성 면역 반응을 촉진하는 파지 단백질의 능력을 입증했습니다. 이러한 파지 접종 방식은 면역 체계의 최적이고 지속적인 프라이밍을 허용하지만, 파지와 장내 환경 사이에서 자연적으로 발생하는 상호 작용이나 경구 적용 파지 요법의 역학을 나타내지 않을 수 있습니다. 지금까지, 제한된 수의 연구들이 단일군락화된 마우스 모델에서 단일 박테리아 종과 파지의 상호작용을 조사하였다²¹. 그러나, 단일군락화된 마우스는 위장관(GI) 및 ^{면역 발달에} 대한 개별 종의 미생물 특이적 효과를 해독하는 데 중요한 것으로 입증^{되었으며, 파}지, 표적 박테리아 및 중생대 숙주 사이의 삼자 상호작용을 이해하는 데 유용할 수 있습니다.

흥미롭게도, 장내 파지와 장내 공생 박테리아 사이의 상호 작용뿐만 아니라 중생대 숙주와 그 안에 있는 파지 사이에서 발생하는 상호 작용에 대해 아직 배워야 할 것이 많습니다. 이 프로토콜은 gnotobiotic 마우스 모델을 사용하여 분리된 T4 파지와 박테리아 대응물인 E. coli (K-12, BW25113)를 연구하기 위한 일련의 절차를 제공합니다. 이러한 표준화된 절차는 또한 성장 파라미터를 관심 쌍에 맞게 조정하여 다른 파지/박테리아 다이아드를 최적화하기 위한 기반을 제공합니다. 여기에 기술된 방법들은 개략적으로 설명된다: (1) 마우스의 구강 위축을 위한 T4 파지 및 차량 용해물의 준비; (2) 대장균 단일집락화 gnotobiotic 마우스에 대한 T4 파지의 경구 투여; (3) 시간 경과에 따른 쥐의 대변 및 조직의 T4 파지 수준 모니터링.

여기에 제시된 대표적인 결과를 위해, 정제된 T4 파지 용해물은 Rohwer Lab에 의해 유지되는 파지 뱅크 스톡으로부터 전파되었다. T4 파지를 증식하기 위한 파지-온-탭(Phage-on-Tap) 방법은 이 프로토콜에서 참조된 바와 같이²⁵에 적응되었다. 이 방법은 3일 이내에 높은 역가, 내독소가 적은 파지 스톡을 생성합니다. 이 접근법을 이용하여, 10 mL의 ≥^{10 10} 플라크 형성 단위(pfu)/mL의 T4 파지와 < 0.5 내독소 단위(EU)/mL를 일상적으로 수집하였다. 마우스에 대한 경구 또는 정맥 투여에 대한 권장 내독소 수치는 각각 ≤ 20EU/mL 및 ≤ 5EU/kg/h(또는 20g 마우스의 경우 1시간 동안 0.1EU 투여)이며, 이는 생체 내 접종을 위한 파지 제제에 적합한 방법입니다. 모든 파지 스톡은 식염수 마그네슘(SM) 파지 완충액에 4°C에서 보관하였다(1.1.5.1단계에서 제공된 레시피). 대장균은 LB 배지에서 배양되었습니다. 다양한 파지-박테리아 쌍에 대해, 다양한 배양 배지 및 성장 조건이 이 프로토콜로부터 적응될 수 있다. 파지는 또한 폐수, 해수, 토양 및 장 내용물과 같은 환경으로부터 공급될 수 있으며, 관심 있는 각 파지-숙주 쌍(²⁵)에 대한 적절한 성장 및 증식 조건을 사용하여 제조 전에 Sambrook 및 Russell²⁶에 따라 분리 및 정제할 수 있다. 대안적으로, 파지는 상업적 공급원(재료 표 참조) 또는 파지 은행에서 얻을 수 있습니다.