概要

使用同质珠为基础的检测的查佩龙-科查佩龙相互作用研究

Published: July 21, 2021
doi:

概要

该协议提出了一种利用谷胱甘肽相关的供体珠与 GST 融合的 TPR-motif 共同伴奏和接受珠以及 Hsp90 衍生肽来探索蛋白质- 蛋白质相互作用的技术。我们使用此技术筛选小分子,以破坏 Hsp90-FKBP51 或 Hsp90-FKBP52 相互作用,并识别出有效和选择性的 Hsp90-FKBP51 相互作用抑制剂。

Abstract

针对热休克蛋白 90 (Hsp90) – 可可酮相互作用提供了专门调节 Hsp90 依赖细胞内过程的可能性。Hsp90 C 终点站保存的 MEEVD 五肽负责与共护的四肽重复 (TPR) 主题的相互作用。FK506 结合蛋白 (FKBP) 51 和 FKBP52 是两个类似的 TPR 主题共同伴奏涉及类固醇激素依赖性疾病具有不同的功能.因此,识别专门阻断Hsp90和FKBP51或FKBP52之间相互作用的分子为几种人类疾病提供了有希望的治疗潜力。在这里,我们描述了放大发光接近同质测定程序,以调查Hsp90与其合作伙伴FKBP51和FKBP52之间的相互作用。首先,我们以谷胱甘肽S转移酶(GST)标记形式纯化了含TPR图案的蛋白质FKBP51和FKBP52。利用与谷胱甘肽相关的供体珠与 GST 融合的 TPR-motif 蛋白和接受珠,以及 Hsp90 的 10 mer C 终端肽,我们探索了同质环境中的蛋白质-蛋白质相互作用。我们利用此检测屏蔽小分子,以破坏 Hsp90-FKBP51 或 Hsp90-FKBP52 相互作用,并识别出有效和选择性的 Hsp90-FKBP51 相互作用抑制剂。

Introduction

分子伴奏有助于蛋白质平衡,包括蛋白质折叠、运输和降解。它们调节几个细胞过程,与许多疾病有关,如癌症和神经退行性疾病1。热休克蛋白90(Hsp90)是最重要的伴奏之一,其功能取决于ATP水解驱动的构象变化,并与由其共同伴奏2调解的客户蛋白结合。尽管Hsp90作为治疗靶点的潜力显而易见,但微调其功能是一个很大的挑战。有几个Hsp90抑制剂针对N终端ATP结合区,已在临床试验中评估,但没有一个已被批准营销3。由于缺乏一个明确的配体绑定口袋4,针对Hsp90的C终端区域已经取得了有限的成功4。最近,小分子对Hsp90-cochaperone相互作用的破坏被作为替代策略5进行了研究。以Hsp90-cochaperone相互作用为目标不会引起一般细胞应激反应,并有可能具体调节各种细胞内过程。Hsp90 C 终点站保存的 MEEVD 五肽负责与共伴6的四肽重复 (TPR) 主题的相互作用。在人类蛋白质数据库中注释的736种TPR主题含图案的蛋白质中,有20种不同的蛋白质通过这种肽7与Hsp90相互作用。分子争夺MEEVD肽结合会破坏Hsp90和含有TPR域的共同伴奏之间的相互作用。肽结合场具有类似的第三级结构,但不同TPR主题域之间的整体同源性相对较低,提供了一个机会来识别分子,特别是能够阻止Hsp90和特定TPR-主题共同伴奏之间的相互作用。在这些TPR-motif共同伴奏中,FK506结合蛋白(FKBP)51和FKBP52是类固醇激素受体(SHR)信号的调节器,并涉及多种类固醇激素依赖性疾病,包括癌症、压力相关疾病、代谢疾病和阿尔茨海默氏症8。虽然FKBP51和FKBP52的份额>80%的序列相似性,但它们的功能不同:FKBP52是SHR活动的正调节器,而FKBP51在大多数情况下是负监管机构因此,识别分子,特别是阻断Hsp90和FKBP51或FKBP52之间的相互作用,为相关疾病提供了有希望的治疗潜力。

1994年,乌尔曼EF等人首次研制出一种Mpl化L微生P生源性Asay(阿尔法屏幕)。现在,它被广泛用于检测不同类型的生物相互作用,如肽10,蛋白质11,DNA12,RNA13和糖14。在这项技术中,有两种珠子(直径200纳米),一种是捐赠珠,另一种是接受珠。生物分子固定在这些珠子上;他们的生物相互作用使捐赠者和接受者珠子接近。在680纳米处,捐赠珠中的光敏剂照亮并转换氧气为单氧。由于单氧寿命短,只能扩散至200纳米。如果接受珠在附近,其硫氧生成物与在370纳米下产生化疗的单氧发生反应。这种能量进一步激活荧光灯在同一接受珠发出光在520-620纳米15。如果生物相互作用中断,接受珠和供体珠无法接近,导致单氧衰变和低生成信号。

在这里,我们描述了使用这种技术筛选小分子,抑制Hsp90和TPR共同伴奏之间的相互作用的协议,特别是FKBP51和FKBP52。与Hsp90极端C终点站对应的10种氨基酸长肽附着在接受珠上。纯化 Gst 标记的 Tpr 共同伴奏与谷胱甘肽相关的捐赠珠子相互作用。当Hsp90衍生肽和TPR-motif共同伴奏器之间的相互作用将珠子聚集在一起时,就会产生放大信号(图1A)。如果筛选的小分子可以抑制Hsp90和TPR-主题共同伴奏之间的相互作用,这个放大的信号将减少(图1B)。他们的IC50 可以通过定量测量来计算。此协议可以扩展到任何伴奏 – TPR-motif 共同伴奏相互作用的兴趣,并在新分子的发展中非常重要,特别是阻止Hsp90和FKBP51或FKBP52之间的相互作用。

Figure 1
图1:本检测的基本原则。(A) 纯化GST-FKBP51与谷胱甘肽相关的捐赠珠子相互作用。与Hsp90极端C终点相对应的10种氨基酸长肽附着在接受珠上。Hsp90 衍生肽和 FKBP51 的 TPR 域之间的相互作用使捐赠者和接受者珠子接近。在680纳米处,捐赠珠中的光敏剂照亮并转换氧气为单氧。接受珠上的硫化物衍生物与单氧发生反应,在 370 nm 处产生化疗。这种能量进一步激活同一接收珠中的荧光,以 520-620 nm 发射光。(B) 当小分子抑制Hsp90和FKBP51之间的相互作用时,供体和接受珠无法接近。然后,寿命短的单氧衰变,并且不产生可检测的信号。请单击此处查看此图的较大版本。

Protocol

注:此协议概述显示在 图 2中。 1. GST-FKBP51 和 GST-FKBP52 的表达和净化 (图 2A) 质 粒注:从图像联盟获取用于人类FKBP51(克隆 ID:5723416)和用于人类 FKBP52(克隆 ID:7474554)的 cDNA 克隆。 用引物放大人类 Fkbp51 Dna (前进; 5 ‘Ggatccatactactgaggt – 3’, 反向; 5 ‘- CTCGCTCTCTCCAC – 3’), 包含巴姆希和 Xhoi 悬垂, 克…

Representative Results

在我们的测定中,Z’因子和S/B比率分别为0.82和13.35(图3A),表明我们的测定对于高通量筛选是可靠可靠的。然后,我们用它来筛选小分子质量化合物。 图3B 对伴奏-协茶酮与选定小分子(D10)的相互作用呈现剂量依赖抑制。D10 的剂量响应曲线由非线性回归分析生成,根据该分析计算 IC50 值。D10 显示剂量依赖抑制在 Hsp90 – GST-FKBP51 和 Hsp90 – GST-FKB…

Discussion

在这里,我们描述了一个协议,使用检测筛选小分子抑制Hsp90和TPR-motif共同伴奏之间的相互作用,特别是FKBP51和FKBP52。其高 Z 分数(>0.8)显示了高通量格式的坚固性和可靠性。结果可以在一小时内获得,需要少量的珠子、蛋白质和化合物。此外,此协议可以轻松扩展到任何 Hsp90/Hsp70 – TPR-主题共同伴奏感兴趣的相互作用。Hsp90 的几个 TPR-motif 共同伴奏与各种人类疾病有牵连,从阿尔茨海默氏症到自?…

開示

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

这项研究得到了瑞典研究理事会(2018-02843)、大脑基金会(Fo 2019-0140)、卡罗林斯卡研究所老年病基金会、冈沃和约瑟夫·阿尼尔斯基金会、马格努斯·伯格瓦尔斯基金会、冈和伯蒂尔·斯托恩斯基金会、托雷·尼尔森医学研究基金会、玛格丽特·阿夫·乌格拉斯基金会和老仆人基金会的资助。

Materials

384-well plates Perkin Elmer 6008350 Assay volume 25 ml
Amicon 10.000 MWCO centrifugation unit Millipore UFC901008 Concentrate protein
Ampicillin Sigma A0166 Antibiotics
Bacteria shaker Unimax 1010 Heidolph Culture bacteria
cDNA clones for human FKBP51 Source BioScience clone id: 5723416 pCMV-SPORT6 vector
cDNA clones for human FKBP52 Source BioScience clone id: 7474554 pCMV-SPORT6 vector
Chemically Competent E. coli Invitrogen C602003 One Shot BL21 Star (DE3)
Data analysis software GraphPad Prism 9.0.0 Analysis data and make figures
Data analysis software Excel Analysis data
DMSO Supelco 1.02952.1000 Dilute compounds
DPBS Gibco 14190-144 Prepare solution
EDTA Calbiochem 344504 Prevent proteolysis during sonication
Glutathione Sigma G-4251 Elute GST-tagged proteins
Glutathione donor beads Perkin Elmer 6765300 Donor bead
GST-trap column Cytiva (GE Healthcare) 17528201 Purify GST-tagged proteins
Isopropyl-β-D-thiogalactoside Thermo Fisher Scientific R0392 Induce protein expression
LB Broth (Miller) Sigma L3522 Microbial growth medium
PCR instrument BIO-RAD S1000 Thermal Cycler Amplification/PCR
PD-10 column Cytiva (GE Healthcare) 17085101 Solution exchange
pGEX-6P-1 vector Cytiva (GE Healthcare) 28954648 Plasmid
pGEX-6P-2 vector Cytiva (GE Healthcare) 28954650 Plasmid
Plate reader Perkin Elmer EnSpire 2300 Multilabel Reader Read alpha plate
Plate reader software Perkin Elmer EnSpire Manager Plate reader software
Plate reader software protocol Perkin Elmer Alpha 384-well Low volume Use this protocol to read plate
PMSF Sigma P7626 Prevent proteolysis during sonication
protease inhibitor cocktail Sigma S8830 Prevent proteolysis during sonication
Sodium azide Sigma S2002 As a preservative
Sodium cyanoborohydride (NaBH3CN) Sigma 156159 Activates matrix for coupling
Ten amino acid peptide NH2-EDASRMEEVD-COOH corresponding to amino acids 714-724 of human Hsp90 beta isoform Peptide 2.0 inc Synthesize Hsp90 C-terminal peptide
Test-Tube Rotator LABINCO Make end-over-end agitation
Tris-HCl Sigma 10708976001 Block unreacted sites of acceptor beads
Tween-20 Sigma P1379 Prevent beads aggregation
Ultra centrifuge Avanti J-20 XP Beckman Coulter Centrifuge to get bacteria cell pellets
Ultrasonic cell disruptor Microson Sonicate cells to release protein
Unconjugated acceptor beads Perkin Elmer 6762003 Acceptor beads
XCell SureLock Mini-Cell and XCell II Blot Module Invitrogen EI0002 SDS-PAGE

参考文献

  1. Muchowski, P. J., Wacker, J. L. Modulation of neurodegeneration by molecular chaperones. Nature Reviews Neuroscience. 6 (1), 11-22 (2005).
  2. Eckl, J. M., Richter, K. Functions of the Hsp90 chaperone system: lifting client proteins to new heights. International Journal of Biochemistry and Molecular Biology. 4 (4), 157-165 (2013).
  3. Yuno, A. Clinical evaluation and biomarker profiling of Hsp90 inhibitors. Methods in Molecular Biology. 1709, 426-441 (2018).
  4. Dutta Gupta, S., Bommaka, M. K., Banerjee, A. Inhibiting protein-protein interactions of Hsp90 as a novel approach for targeting cancer. European Journal of Medicinal Chemistry. 178, 48-63 (2019).
  5. Pavlov, P. F., Hutter-Paier, B., Havas, D., Windisch, M., Winblad, B. Development of GMP-1 a molecular chaperone network modulator protecting mitochondrial function and its assessment in fly and mice models of Alzheimer’s disease. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 22 (7), 3464-3474 (2018).
  6. Young, J. C., Obermann, W. M., Hartl, F. U. Specific binding of tetratricopeptide repeat proteins to the C-terminal 12-kDa domain of hsp90. Journal of Biological Chemistry. 273 (29), 18007-18010 (1998).
  7. Scheufler, C., et al. Structure of TPR domain-peptide complexes: critical elements in the assembly of the Hsp70-Hsp90 multichaperone machine. Cell. 101 (2), 199-210 (2000).
  8. Storer, C. L., Dickey, C. A., Galigniana, M. D., Rein, T., Cox, M. B. FKBP51 and FKBP52 in signaling and disease. Trends in Endocrinology & Metabolism. 22 (12), 481-490 (2011).
  9. Ullman, E. F., et al. Luminescent oxygen channeling immunoassay: measurement of particle binding kinetics by chemiluminescence. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 91 (12), 5426-5430 (1994).
  10. Wigle, T. J., et al. Screening for inhibitors of low-affinity epigenetic peptide-protein interactions: an AlphaScreen-based assay for antagonists of methyl-lysine binding proteins. Journal of Biomolecular Screening. 15 (1), 62-71 (2010).
  11. Guenat, S., et al. Homogeneous and nonradioactive high-throughput screening platform for the characterization of kinase inhibitors in cell lysates. Journal of Biomolecular Screening. 11 (8), 1015-1026 (2006).
  12. Sabatucci, A., et al. A new methodological approach for in vitro determination of the role of DNA methylation on transcription factor binding using AlphaScreen(R) analysis: Focus on CREB1 binding at hBDNF promoter IV. Journal of Neuroscience Methods. 341, 108720 (2020).
  13. Mills, N. L., Shelat, A. A., Guy, R. K. Assay Optimization and Screening of RNA-Protein Interactions by AlphaScreen. Journal of Biomolecular Screening. 12 (7), 946-955 (2007).
  14. Huang, X., et al. A competitive alphascreen assay for detection of hyaluronan. Glycobiology. 28 (3), 137-147 (2018).
  15. Principles of alphascreen amplified luinescent proximmity homogenous assay. PerkinElmer Life Sciences Available from: https://www.perkinelmer.com/lab-solutions/resources/docs/APP_AlphaScreen_Principles.pdf (2021)
  16. Zhang, J. H., Chung, T. D., Oldenburg, K. R. A Simple statistical parameter for use in evaluation and validation of high throughput screening assays. Journal of Biomolecular Screening. 4 (2), 67-73 (1999).

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記事を引用
Wang, L., Bergkvist, L., Kumar, R., Winblad, B., Pavlov, P. F. Studies of Chaperone-Cochaperone Interactions using Homogenous Bead-Based Assay. J. Vis. Exp. (173), e62762, doi:10.3791/62762 (2021).

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