Zebra balığı optik netlik, hızlı harici diller, dahil olmak üzere birçok değerli özellikleri ve işitme ve denge için belirli önemini, dışarıdan duyu saç hücreleri bulunan bir modeli sistemidir. Bu makalede nasıl transgenik zebra balığı özetlenmektedir saç hücreli mechanosensation ve presynaptic fonksiyonu toto tahlil için kullanılabilir.
Duyusal saç hücreleri işitme ve denge için gerekli olan iç kulak buldum mechanoreceptors vardır. Saç hücrelerinin apikal çıkıntılar Saç demetleri denilen mekanik saptırmak duyusal uyaranlara yanıt olarak aktif hale gelir. Saptırma Saç demetleri, katyon kalsiyum da dahil olmak üzere, bir akını için önde gelen mechanotransduction (MET) kanalları açılır. Bu ba * akını hücre depolarizes ve basally saç-hücre presynapse bulunan voltaj kalsiyum kanalları açar. Memeliler, saç hücreleri kemik kaplı ve işlevsel olarak bu faaliyetler içinde vivo değerlendirmek için meydan okuyor. Buna ek olarak, larva zebra balığı şeffaf ve saç hücreleri içeren harici olarak bulunduğu sonradan içini kaplamak organ sahip. Bu saç hücreleri memeli saç hücreleri için işlevsel ve yapısal olarak benzer ve işlevsel olarak içinde vivo tespit edilebilir. Bu makalede bir genetik olarak kodlanmış kalsiyum göstergesi (GECI) kullanan bir teknik özetliyor, uyarıcı uyarılmış kalsiyum ölçmek için GCaMP6s, zebra balığı sonradan içini kaplamak saç hücreleri sinyal gönderir. GCaMP6s, confocal görüntüleme ile birlikte, tepe ve Bankası sonradan içini kaplamak saç hücrelerinin içinde vivo kalsiyum sinyalleri ölçmek için kullanılabilir. Bu sinyaller bu saç hücreleri içinde her iki mechanosensation ve presynapse bağlı kalsiyum faaliyetlerin bir gerçek zamanlı, ölçülebilir okuma sağlar. Bu kalsiyum sinyalleri de nasıl saç hücreleri tespit ve duyusal uyaranlara iletimi ile ilgili önemli işlevsel bilgiler sağlar. Genel olarak, bu teknik kalsiyum etkinliğinde göreli değişiklikler hakkında yararlı veriler oluşturur içinde vivo. Bu daha az kalsiyum değişikliklerin mutlak parlaklık miktar için uygundur. Bu içinde vivo teknik hareket yapılara duyarlıdır. Uygulama ve beceri makul bir miktarda, uygun konumlandırma, immobilizasyon ve larva uyarılması için gereklidir. Sonuçta, düzgün çalıştırıldığında, bu makalede özetlenen Protokolü onların doğal, tam entegre Birleşik Devletleri yaşayan bir hayvan içinde saç hücrelerinin etkinliği hakkında değerli bilgiler toplamak için güçlü bir yol sağlar.
Fonksiyonel kalsiyum görüntüleme birçok etkinliğini izlemek için kullanılan güçlü bir araç, aynı anda1hücreleri olduğunu. Özellikle, kalsiyum görüntüleme genetik olarak kodlanmış kalsiyum göstergeleri (turk) kullanarak turk belirli hücre tipleri içinde ifade ve subcellularly2lokalize avantajlı olduğu gösterilmiştir. Nörolojik araştırma, bu özellikleri güçlü bir yöntem hem nöron ağları içerisinde faaliyet desenleri tanımlamak ve kalsiyum akını bireysel sinapslarda3,4ölçmek için kalsiyum görüntüleme turk kullanarak yaptık. Özelliklerden yararlanarak, bir çalışmada confocal mikroskobu ve turk duyu saç hücreleri5koleksiyonları içindeki hücre altı etkinliği izlemek için kullanılır.
Saç ses ve vestibüler uyaranlara bulmak belgili tanımlık iç kulak ve yerel su hareketi su vetebrates6,7sonradan içini kaplamak sisteminde mechanoreceptors hücrelerdir. Saç hücreleri hedef hasar veya işitme kaybı sensorinöral işitme kaybı8,9olarak bilinen insanlarda en sık görülen neden genetik mutasyonlar çoğu kez. Bu nedenle, tedavi ve işitme kaybı önlemek nasıl anlamak için nasıl bu hücrelerin işlevini anlamak için önemlidir. Düzgün çalışması için saç hücreleri denilen mechanosensory-Saç demetleri ve sinaptik şeritler algılamak ve uyaranlara, sırasıyla iletmek için iki özel yapıları kullanmaktadır. Saç demetleri saç hücreleri apeks bulunur ve stereocilia (Şekil 1A) bilinen öncelikle iyi, saç benzeri çıkıntılar oluşur. Vestibüler ve sonradan içini kaplamak saç hücrelerde, her saç demeti da hangi çok stereocilia (Şekil 1A) genişletebilirsiniz tek bir uzun kinocilium (hücrenin tek gerçek cilium) vardır. Mechanosensory uyaranlara Saç demetleri saptırmak ve saptırma gerilim ucu-stereocilia10Interconnect “bağlantılar” adı verilen bağlantıları üzerinde koyar. Bu gerilim katyon kalsiyum11,12de dahil olmak üzere, apikal bir akını sonucunda stereocilia yer alan mechanotransduction (MET) kanalları açılır. Apikal bu etkinlik sonuçta saç hücre depolarizes ve voltaj kalsiyum kanalı (Cav1.3) hücre Bankası olarak açar. CAv1.3 Kanalları sinaptik şeritler, veziküllere aktif bölgelerde tethers presynaptic bir yapı bitişiğinde bulunur. Bazal kalsiyum akını Cav1.3 kanallar aracılığıyla vezikül füzyon, neurotransmission ve afferent nöronların13,14aktivasyonu için gereklidir.
Uzun yıllar boyunca, birçok türleri, zebra balığı15,16,17, de dahil olmak üzere saç hücrelerinin fonksiyonel özellikleri soruşturma için bütün hücreli yama sıkma gibi elektrofizyolojik teknikleri kullanılmıştır 18,19,20. Çünkü amacı olan üzerinde son derece hızlı uyaranlara kodlamak için bireysel duyu hücreleri son derece hassas ölçümler almak için kullanılabilir bu elektrofizyolojik kayıtlar işitme ve denge alanlarında özellikle değerli olmuştur bir çok çeşitli frekansları ve yoğunluklarda21,22. Ne yazık ki, tüm hücreli kayıtları saç hücreleri nüfus etkinliği ölçemezsiniz. Nüfus zebra balığı lateral satırındaki hücrelerin aktivitesini çalışmaya microphonic potansiyelleri ve afferent Aksiyon potansiyelleri toplanan mechanosensitive ve bireysel neuromasts23 postsinaptik yanıt özelliklerini ölçmek için kullanılmaktadır ,24. Ne yazık ki, ne bütün hücreli kayıtları var ne de yerel alan potansiyel ölçümleri nerede faaliyet tek tek hücreleri içinde meydana gelen ya da bir nüfus içinde her hücre aktivitesini ölçmek kesin olarak belirlemek için uzamsal çözünürlük. Daha yakın zamanlarda, kalsiyum boyalar ve Turk bu zorlukları25,26atlamak için istihdam edilmiştir.
Zebra balığı, Turk saç-hücre işlevi oluşturma transgenik zebra balığı ve larva27optik netlik göreli kolaylığı nedeniyle incelenmesi için güçlü bir yaklaşım olduğu kanıtlanmıştır. Zebra balığı larva saç hücreleri iç kulak gibi sonradan içini kaplamak sistemi mevcuttur. Sonradan içini kaplamak rozet gibi kümeleri saç su hareketi (Şekil 1) yerel değişiklikleri algılamak için kullanılan neuromasts denilen hücre oluşur. Dışarıdan balık yüzeyi boyunca bulunması nedeniyle sonradan içini kaplamak özellikle yararlıdır. Bu erişim saç hücreleri uyarmak ve kalsiyum sinyalleri optik sağlam larva ölçmek mümkün kıldı. Genel olarak, transgenesis, larvalar saydamlığını ve sonradan içini kaplamak saç hücreleri benzersiz erişim kolaylığı yapmış zebra balığı saç hücreleri içinde vivo aktivitesi eğitim için çok değerli bir model. Bu saç hücreleri iç kulak kemik yapılar tarafından çevrilidir memeli sistemleri ile karşılaştırıldığında önemli bir avantajdır. Bu erişim eksikliği çok zor memeli saç hücrelerinin işlev içinde vivo ölçümler elde etmek yaptı.
Burada özetlenen Protokolü kalsiyum tek tek saç hücreleri içinde ve larva zebra balığı neuromasts içindeki hücreleri arasında MET kanal ve presynapse bağımlı değişiklikleri izlemek açıklar. Bu iletişim kuralı bir membran lokalize GCaMP6s saç hücreli belirli myosin6b organizatörü28kontrol altında ifade eder bir kurulan transgenik zebra balığı hattı kullanır. Bu membran yerelleştirme GCaMP6s kalsiyum akını saç-hücre işlevi için kritik olan plazma zarı bulunan iyon kanalları aracılığıyla algılamaya konumlandırır. Örneğin, GCaMP6s membran lokalize kalsiyum algılayabilir akını MET ile kanalları apikal Saç demetleri ve CaV1.3 Kanalları hücrenin dibinde sinaptik şeritler yakınındaki. Bu sitozolik turk MET ve CaV1.3 kanal aktivite yanı sıra kalsiyum katkıları diğer kaynaklardan gelen bir bileşimidir kalsiyum sinyalleri tespit gibi sitozol, yerelleştirilmiş turk kullanarak ile tezat (örneğin, mağaza serbest). Bu iletişim kuralı hareketsiz ve GCaMP6s transgenik larva görüntüleme önce felç nasıl belirleneceğini açıklar. Sonra hazırlamak ve sıvı püskürtmeli kontrollü ve tekrarlanabilir bir şekilde sonradan içini kaplamak saç hücreleri uyarmak için saç demetleri saptırmak için nasıl kullanılacağını açıklar. Bu iletişim kuralı kullanılarak elde edilebilir temsilcisi verileri sunulmaktadır. Hareket yapıları temsil eden veri örnekleri de sunulmaktadır. Sonuçları doğrulamak ve eserler dışlamak için kullanılan kontrol deneyleri açıklanmıştır. Son olarak, kayma kalsiyum sinyalleri Fiji yazılımında görselleştirmek için bir yöntemi açıklanmıştır. MATLAB5kullanılarak geliştirilmiş ve böylece daha önce kurulan görselleştirme metotlarından adapte bu Fiji analizidir. Genel olarak, bu iletişim kuralını turk larva zebra balığı ölçmek ve saç hücre içi kalsiyum dinamiği içinde vivo görselleştirmek için kullanan güçlü hazırlık teknik özetliyor.
Vivo görüntüleme olduğu gibi hayvanlarda doğal olarak meydan okuyor. Bu yöntemde birkaç adım güvenilir vivo içinde kalsiyum ölçümleri sonradan içini kaplamak saç hücrelerinden elde etmek için önemlidir. Örneğin, larva tutturulmuş ve düzgün hareketi görüntüleme sırasında en aza indirmek için Imaging önce felç çok önemli. Görüntüleme sırasında aşırı hareketi doğru sinyalleri olmayan ve kalsiyum düzeyleri değişikliklere karşılık gelmeyen GCaMP6s floresan değişikliklere neden (Örneğin, rakamlar 4B1′-B1” ve 4 C 1′-C1”). Kuyruk pin bu daha fazla posterior neuromasts ulaşılmaz hale gelebilir rağmen anteriorly hareketi, en aza indirgemek için daha fazla yerleştirilebilir. Ayrıca, böylece PIN yatay kısmını sarısı arasında yatıyor kalp enjeksiyon sonra kafa pins döndürülebilir. Pimleri konumunu değiştirmeden ek olarak, ayrıca larva34hareketsiz için iğne yerine bir beyin dilimli harp kullanmak mümkündür. Larvaları düzgün yerleştirildiğinde, harp larva immobilizing potansiyel invaziv yöntem daha az bir ek olduğunu. Önemli hareket yetersiz sabitleme neden olabilir iken, düzgün kalp enjeksiyon α-bungarotoxin teslim ve larva felç için gerçekleştirmek için hata eksik felç, hareket, neden ve sonuçta eserler hareket. Yaygın olarak kullanılan anestezikler zebra balığı saç hücreleri uyarılabilirlik etkilemeye göstermiştir rağmen son iş anestezik benzokain saç hücreli aktivite birçok yönleri ile müdahale değil göstermiştir. Benzer şekilde, daha sık kullanılan anestezik MS-222 sadece saç hücreli etkinlik15belirli yönleri ile müdahale. Bu nedenle, α-bungarotoxin enjeksiyon zorlu doğası gereği, benzokain veya MS-222 uygulama felç larva hareketinde fonksiyonel kalsiyum görüntüleme sırasında önlemek için yararlı bir alternatif yöntem olduğunu kanıtlayabilir.
Bu protokol için ilgili teknik sorunlar yanı sıra bile mükemmel bağlı bir örnek larva ve saç hücreleri öncesinde ve görüntüleme her deney sırasında sağlıklı değilse gereksizdir. Larva ve saç hücreleri sağlıklı olduğundan emin olmak için larva enkaz chorions (yumurta kabukları), atık ve mikroorganizmalar gibi ücretsizdir E3 arabelleği korunur önemlidir. Sonradan içini kaplamak saç hücreleri yüzeysel konumunu görüntüleme için avantajlı olmasına rağmen E3 arabellek faul bu konuma onları hücre hasarına karşı daha savunmasız yapar. Temiz, sulu çevre genç larvalar (2-4 dpf) için özellikle önemlidir veya dik bir yüzme sürdüremez mutantlar getirin ve öncelikle Petri kabına dibinde yalan. Bu durumlarda, sonradan içini kaplamak saç hücreleri ve saç demetleri çevreleyen koruyucu cupula kolayca açığa çıktığını düşündüğünüz. Hatta sağlıklı larvalar ve her deneme seyri boyunca saç hücreleri ile başlatırken larva bir kalp atışı ve hızlı kan akışı olduğundan emin olmak önemlidir. Kan akımı yavaşlar veya durur, saç hücreleri sağlığını tehlikeye haline. Sağlıksız larva veya kaybı kan akımı içeren güvenliği aşılan hazırlıklar, saç hücreleri ölmek üzere çeşitli yolları tanımlanabilir: ilk karyopyknosis veya altında DIC optik; hücre içinde bir balon olarak tecelli nükleer yoğunlaşma görünümünü tarafından İkinci olarak, hücre büzülme ve hızla parçacıklar sitoplazma içinde hareket ettirerek varlığını tarafından; ve üçüncü, kinocilia ipuçları farklı yönlere35edebilir zaman. Saç demetleri bozulduğu zaman, yayvan kinocilia hareket etme birlikte çalışabilirliğe stimülasyon sırasında.
Bu hazırlık birkaç küçük sınırlamalar, bir hazırlık sadece 1-3 saat için oluşturulduktan sonra sağlam kalır varlık vardır. Daha küçük iğne veya beyin dilimli kullanma gibi değişiklikler larvaları hareketsiz durmak ve perfüzyon sistemi ekleme bu vivo içinde hazırlık ömrünü uzatabilir. Bu photobleaching başka bir kısıtlamadır ve fototoksisite denemeler Imaging tekrarlanan sonra oluşabilir. Bu zorluğu aşmak için bir heyecan verici bu iletişim kuralı için ışık sayfalık mikroskobu adapte yoludur. Işık sayfalık mikroskobu odak ışık, daha az photobleaching ve fototoksisite36için önde gelen dışında azaltmak için güçlü bir yoldur. Birlikte, nazik immobilizasyon ve daha az fotoğraf çekim görüntüleme her oturum uzatmak yardımcı olabilir. Artık bu görüntü oturumlarının süresi boyunca geliştirme ve saç-hücre Temizleme ve yeniden oluşturma tamamlandıktan sonra yaralanma temel süreçler eşlik eden işlev değişiklikleri incelemek için kullanılabilir. Işık sayfalık mikroskobu yanı sıra, bu iletişim kuralı diğer türleri confocal sistemleri (nokta-tarama, 2-foton ve iplik disk) nispeten basit widefield sistemleri28yanı sıra,34 adapte edilebilir, işaret etmek önemlidir . Genel olarak, çok yönlü bu protokol uyarlanmış ve birden çok görüntüleme sistemiyle kullanılabilecek değerli bir araç yapar.
Uyarlanmış ve birçok görüntüleme sistemleri ile kullanılan bu iletişim kuralı iken, bu protokol bölümlerini ayrıca uyarlanmış ve (1) yanı sıra GCaMP6s ve (2) için görüntü aktivite diğer duyu hücreleri ve nöronlar larva zebra balığı içinde diğer göstergeler ile kullanılan. Örneğin, bir önceki çalışmada, bu protokol sitozolik kalsiyum (RGECO1), vezikül füzyon (SypHy), membran voltaj (Bongwoori) ve membran algılamak için sonradan içini kaplamak saç hücreleri içinde birden çok genetik olarak kodlanmış gösterge kullanarak görüntü etkinliğini için kullanılan kalsiyum (jRCaMP1a-caax ve GCaMP6s-caax) ve membran kalsiyum (GCaMP6s-caax)5algılamak için sonradan içini kaplamak afferent süreçleri içinde. Bu göstergeler kullanarak bizim deneyimlere dayanarak, bu protokol için Tg(myo6b:GCaMP6s-caax) açıklanan transgenik çizgi sonradan içini kaplamak neuromasts etkinliğinde görüntüleme için mükemmel bir başlangıç sunuyor. Yukarıda listelenen tüm göstergelerin GCaMP6s en duyarlı ve photostable olduğunu bulduk. İki ayrı ölçüm yapmak için kullanılabilir çünkü bu özelliklere ek olarak, biz Tg(myo6b:GCaMP6s-caax) transgenik satırı vurgulayın: saç hücreli mechanosensation ve tek bir transgenik satır içinde presynaptic kalsiyum.
Bu makalede özetlenen tekniği nasıl kalsiyum görüntülemede zebra balığı sonradan içini kaplamak-ebilmek var olmak güçlü bir yöntem nasıl doğal ortamlarındaki saç hücreleri çalışması çalışma için gösterir. Bu çalışmalar memelilerin hangi saç hücreye işlev şu anda ex vivo explants incelenmiştir için tamamlayıcı bir yaklaşımdır. Ayrıca, zebra balığı modeli memeli saç hücreleri etkinliğini incelemek uygulanabilir genetik olarak kodlanmış göstergeleri etkinliğini test etmek için bir platform olarak kullanılacak devam edebilirsiniz.
The authors have nothing to disclose.
Bu eser NIH/NIDCD intramural araştırma fonları 1ZIADC000085-01 tarafından da (adı) destek verdi. Fiji makro yazma konusunda ona yardım için şeker Wong kabul etmek istiyoruz. Ayrıca Doris Wu ve şeker Wong protokolü ile yararlı öneriler için teşekkür etmek istiyorum.
Section 1 | |||
α-Bungarotoxin | R&D Systems | 2133 | For paralyzing larvae prior to imaging |
Phenol red Solution 0.5% | Sigma-Aldrich | P0290 | For visualization of α-bungarotoxin solution during heart injection |
Ethyl 3-aminobenzoate methanesulfonate (MESAB, MS-222, tricaine) | Sigma-Aldrich | A5040 | For anesthetizing larvae |
Section 2 | |||
Imaging chamber | Siskiyou | PC-R | Platform to mount larvae for imaging |
No. 1.5 Coverslips square, 22*22 mm | VWR | 48366-227 | To seal imaging chamber |
High vacuum silicone grease | Fischer Scientific | 14-635-5D | For affixing of coverslip to imaging chamber |
Silicone encapsulant clear 0.5 g kit | Ellsworth Adhesives | Dow Corning Sylgard, 184 SIL ELAST KIT 0.5KG | To fill imaging chamber to create a surface to pin fish |
Oven | Techne | HB-1D | For drying silicone encapsulant |
Stereomicroscope | Carl Zeiss Microscopy | Stemi 2000 with transmitted light illumination | For illuminating wire, forceps and scissors to make pins |
Fine forceps | Fine Science Tools | Dumont #5 (0.05 x 0.02 mm) Item No. 11295-10 | For making pins |
Fine scissors | Cole-Palmer | 5.5", EW-10818-00 | For cutting tunsgten wire to make pins |
Tungsten wire, 0.035 mm | Goodfellow | W005131 | For head pins to immobilize larvae |
Tungsten wire, 0.025 mm | ThermoFischer Scientific | AA10405-H4 | For tail pins to immobilize larvae |
Section 3 | |||
Micropipette guller | Sutter Instrument Company | P-97 | For pulling capillary glass for fluid-jet and heart injection needles |
Borosilicate glass capillaries w/ filament | Sutter Instrument Company | BF 150-86-10 | Glass to be pulled into α-bungarotoxin injection needles for heart injection |
Borosilicate glass capillaries w/o filament | Sutter Instrument Company | B 150-86-10 | Glass to be pulled into fluid-jet needles to stimulate hair cells |
Pipette polisher | Narishige | MF-830 microforge | To polish fluid-jet pipette tips to smooth jagged breaks |
Ceramic tile | Sutter Instrument Company | NC9569052 | For scoring and evening breaking fluid-jet needles |
Sections 4 & 5 | |||
Fine forceps | Fine Science Tools | Dumont #5 (0.05 x 0.02 mm) Item No. 11295-10 | For pinning larvae |
Gel loading tips | Eppendorf | 5242956003 | For backfilling heart injection needles |
Stereomicroscope | Carl Zeiss Microscopy | Stemi 2000 with transmitted light illumination | For illuminating larvae during pinning and heart injection |
Glass capillary/needle holder | WPI | MPH315 | To hold fluid-jet needles |
Manual micromanipulator | Narishige | M-152 | For holding and positioning of needle holder to inject α-bungarotoxin |
Magnetic stand | Narishige | GJ-1 | For holding manual micromanipulator for α-bungarotoxin injection |
Pressure injector | Eppendorf | Femtojet 4x | To deliver α-bungarotoxin |
Sections 6, 7 & 8 | |||
Confocal microscope | Bruker | Swept field/Opterra confocal microscope | Fixed, upright microscope with DIC optics and 488nm laser with appropriate filters |
Microscope software | Bruker | Prairieview 5.3 | To coordinate and control the microscope, lasers, stage, piezo-z, cameras and fluid jet |
10X air objective | Nikon | MRH00101 | Low magnification for positioning of larvae and fluid jet |
60X water objective | Nikon | MRF07620 | Water immerison objective with high NA (1.0) and adequate working distance (2.0 mm) |
Piezo-Z objective scanner with controller/driver | Physik Intruments instruments/Bruker | 01144210/UM-Z-PZ | High-speed z-stack acquisition with 0.025um accuracy |
EMCCD camera | QImaging | Rolera EM-C2 EMCCD camera | Camera with small pixel size that can acquire up to 100 frames per s |
Circular chamber adapter | Siskiyou | PC-A | For holding and rotating imaging chamber on microscope stage |
Motorized Z-deck stage | Prior Scientific | ZDN12MP | Microscope stage that can hold and move sample and micromanipulator with fluid-jet needle together |
Z-deck stage insert adaptor | NIH Machine shop | custom | To fit the circular chamber adaptor onto the z-deck stage |
Fluid-jet apparatus | ALA scientific instruments | HSPC-1 High-speed pressure Clamp with PV-PUMP | For controlling and delivering the fluid-jet stimulus |
Masterflex Peroxide-cured silicone tubing (1 ft) | Cole-Palmer | Masterflex L/S 13, 96400-13 | For connecting the fluid-jet needle holder to pressure pump |
Motorized micromanipulator | Sutter Instrument Company | MP-225 | For holding and positioning of needle holder for fluid jet |
Micromanipulator controller | Sutter Instrument Company | MPC-200 | For controlling fluid-jet needle manipulator |
Gel loading tips | Eppendorf | 5242956003 | For backfilling fluid-jet needles |
Glass capillary/needle holder | WPI | MPH315 | To hold fluid-jet needles |
PSI manometer | Sper Scientific | 840081 | For measuring pressure clamp output |
Section 9 | |||
BAPTA, Tetrapotassium Salt, cell impermeant | ThermoFischer Scientific | B1204 | To cleave tips links, uncouple MET channels and block all evoked GCaMP6s signals |
Isradipine | Sigma-Aldrich | I6658 | To block signals dependent on the L-type calcium channels (CaV1.3) at the presynapse |
DMSO | Sigma-Aldrich | D8418 | Solvent for pharmacological compounds |
Section 10 | |||
Prism7 | Graphpad | Prism7 | Software to plot GCaMP6 intensity changes |
FIJI | Schindelin, et., al.34 | https://fiji.sc/ | Software to process images and create spatio-temporal signal maps |
Turboreg Plugin | Thévenaz et., al.29 | http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/turboreg/ | Plugin to register GCaMP6 image sequences in FIJI |
StackReg Plugin | Thévenaz et., al.29 | http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/ | Plugin to register GCaMP6 image sequences in FIJI |
Times Series Analyzer V3 Plugin | Balaji J 2007, Dept. of Neurobiology, UCLA | https://imagej.nih.gov/ij/plugins/time-series.html | Plugin to create multiple ROIs to measure GCaMP6 intensity changes |