Создание и применение ссылку для облегчения обсуждения и классификации белков в различные группы

Белок название должно отражать характеристики и отношения с другими белками. К сожалению имена обычно назначаются во время обнаружения и, по мере исследования, понимание более широкого контекста может измениться. Это может привести к несколько имен, если белок самостоятельно был идентифицирован по более чем одной лаборатории, изменения в номенклатуре или характеристики, считается окончательным, назначая имя и на имя дифференцировать больше не достаточно белка от других.

Беспозвоночных дефензинов обеспечивают хороший пример дегенерации в номенклатуры и классификации. Первый беспозвоночных дефензинов поступили от насекомых, и название «насекомое дефенсина» было предложено основаны на предполагаемых гомологии млекопитающих дефензинов^1,2. Дефенсина термин используется до сих пор, несмотря на то, что это теперь ясно, что беспозвоночных и млекопитающих дефензинов не разделяют общий предок^3,4. В зависимости от вида беспозвоночных «дефенсина» могут иметь шесть или восемь которым (которые формируют три или четыре дисульфидными облигаций) и целый ряд антимикробной мероприятий. Чтобы осложнить ситуацию, белки с теми же характеристиками как дефензинов не всегда называют «дефензинов,» например, недавно выявленных cremycins от Caenorhabditis remanei⁵. Кроме того беспозвоночных большой дефензинов чаще эволюционно связаны с позвоночных β-дефензинов чем других беспозвоночных дефензинов⁶. Несмотря на это исследователи иногда полагаться на имя «дефенсина», при определении, какие последовательности должны быть включены в анализ.

Структурные исследования показали сходство между насекомых дефензинов и Скорпион токсинов⁷, и CS-αβ раза впоследствии был создан как структурное характерной насекомых дефензинов⁸. Этот раз определяет надсемейства (CS-αβ) токсин как Скорпион в классификации структурных белков (ГКНП) базы данных⁹, который в настоящее время включает в себя пять семей: насекомых дефензинов, короткоцепные Скорпион токсинов, длинноцепочечных Скорпион токсинов, МГД-1 (от моллюсков) и завод дефензинов. Этот надсемейства ассоциируется с недавно описан СНГ дефензинов⁴ и надсемейства 3.30.30.10 Кэт/ген 3D базы данных^10,11. Исследования из целого ряда таксона беспозвоночных, растений и грибов показать, что имена белков, которые содержат этот раз хвоща номер или шаблон склеивание, антимикробной активности или эволюционной истории¹²четко не связаны.

Отсутствие последовательности и четких критериев сделать это сложно назвать и классифицировать недавно выявленные последовательности в этом надсемейства. Основным препятствием для сравнения белков в этом надсемейства — что которым нумеруются в отношении каждой индивидуальной последовательности (первый цистеина в каждой последовательности-C1), с никоим образом с учетом структурной роли. Это означает, что только последовательности с тем же числом, по которым можно сравнить. Существует мало сохранения последовательности помимо которым, образуя CS-αβ раза, что затрудняет рядов и филогенетический анализ. Путем разработки системы нумерации, которая определяет приоритеты структурные особенности, надсемейства последовательности может быть более легко по сравнению и выровнены. Сохранение функций, а также определения подгруппы, могут быть визуализированы быстро, и новой последовательности могут быть более легко помещены в соответствующий контекст.

Этот документ использует программное обеспечение электронной таблицы (например, Excel) для создания ссылка номерной системе для CS-αβ надсемейства. Он показывает, как это разъясняется сравнений между последовательностями и применяет его к новой последовательности CS-αβ определены от тихоходок. CS-αβ надсемейства используя в качестве примера, протокол был написан для обеспечения руководства при использовании последовательности интерес; Однако он не предназначен конкретно для этого надсемейства или хвоща богатых последовательностей. Этот метод, вероятно, будет наиболее полезным для групп белков, которые исследовали независимо в различных таксонов и/или имеют мало общего гомологии последовательности, с дискретной характеристиками, которые не могут быть легко признаны молекулярный анализ программного обеспечения. Этот метод требует некоторых априорных решения относительно важных особенностей, поэтому он будет иметь ограниченную полезность если не важные функции были определены. Основная цель заключается в том, чтобы показать, как простой визуализации последовательности отношений может быть достигнуто. Это может затем использоваться для информирования выравнивание последовательностей и анализа, но если выравнивание и анализ являются основными целями, штрих-код метода будет подходящей альтернативой, которая имеет больше возможностей для автоматизации¹³. Текущий метод отображает особенности каждого пептида в линейной форме, поэтому он не будет полезным для прямой визуализации 3D структуры.