Genomweite Analyse von HDAC-Inhibitor-vermittelten Modulation der Micro-RNAs und mRNAs in B Zellen induziert unterziehen Class-Schalter DNA-Rekombination und Plasma-Zell-Differenzierung

Epigenetischen Markierungen oder Faktoren, z. B. DNA-Methylierung und Histon posttranslationale Modifikationen nicht-kodierende RNAs (unter anderem Micro-RNAs) modulieren Zellfunktion durch Veränderung der gen-Expression-¹. Epigenetische Modifikationen regulieren die Funktion von B-Lymphozyten, z. B. Immunglobulin Class-Schalter DNA Rekombination (CSR) und somatische Hypermutation (SHM) Differenzierung zu B-Gedächtniszellen oder Plasmazellen, damit Modulation der Antikörper und Autoantikörper Antworten^2,3. CSR und SHM erfordern kritisch Aktivierung-induzierte Cytidin Deaminase (AID, kodiert als Aicda), die hoch in B-Zellen als Reaktion auf T-abhängigen und T-unabhängige Antigene⁴induziert wird. Klasse-geschaltet/Hypermutated B-Zellen weiter differenzieren zu Plasmazellen, die große Mengen von Antikörpern in einer Art und Weise kritisch abhängig von B-Lymphozyten-induzierte Reifung Protein sezernieren 1 (Blimp1, als Prdm1codiert)⁵. Abnorme epigenetische Veränderungen in den B-Zellen führen aberranten Antikörper/Autoantikörper Antworten, was zu allergischen Reaktion oder Autoimmunität^1,4führen kann. Verstehen, wie epigenetische Faktoren, wie z. B. MiRNAs, B-Zell-inneren modulieren Genexpression ist nicht nur wichtig für die Entwicklung von Impfstoffen, sondern ist auch wichtig, die Mechanismen der möglichen abnormalen Antikörper/Autoantikörper Antworten offenbaren.

Histon Acetylierung und Deacetylation sind Modifikationen der Lysin-Reste auf Histonproteine, die in der Regel durch Histon-Acetyltransferase (Hut) und Histon-Deacetylase (HDAC) katalysiert. Diese Änderungen führen zu zunehmender oder abnehmender Zugänglichkeit des Chromatins und weiter zulassen oder verhindern die Bindung von Transkriptionsfaktoren oder Proteinen, DNA und die Veränderung des Gens Ausdruck^{5,6, 7 , 8}. HDAC-Inhibitoren (HDI) sind eine Klasse von Verbindungen, die die Funktion der HDACs stören. Hier haben wir HDI (VPA) die Verordnung von HDAC auf die intrinsische Genexpressionsprofil von B-Zellen und ihr Mechanismus.

MiRNAs sind kleine, nicht-kodierende RNAs ca. 18 bis 22 Nukleotide in der Länge, die in mehreren Phasen generiert werden. MiRNA Host Gene transkribiert werden und bilden Haarnadel primäre Micro-RNAs (Pri-MiRNAs). Sie werden in den Zytoplasma exportiert wo Pri-MiRNAs in Vorläufer MiRNAs (Pre-MiRNAs) weiterverarbeitet werden. Schließlich sind Reifen MiRNAs durch die Spaltung von Pre-MiRNAs gebildet. MiRNAs erkennen die komplementäre Sequenzen innerhalb der 3′ untranslatierten Region ihre Ziel mRNAs^6,7. Durch posttranskriptionelle zum Schweigen zu bringen, regulieren MiRNAs zelluläre Aktivität, wie z. B. Proliferation, Differenzierung und Apoptose^10,11. Da mehrere MiRNAs die gleichen mRNA gezielt können und einem einzigen MiRNA kann potenziell mehrere mRNAs Ziel, ist es wichtig, eine im Kontext der MiRNA-Expressionsprofil zu verstehen, den Wert des einzelnen und die gemeinsame Wirkung von MiRNAs blicken. MiRNAs haben gezeigt, dass B-Zellentwicklung und peripheren Differenzierung als auch B-Zell-Stadium-spezifische Differenzierung, Antikörper-Reaktion und Autoimmunität^1,4,9beteiligt werden. In der 3′ UTR Aicda und Prdm1gibt es mehrere validierte oder vorhergesagten evolutionär konservierte Websites, die von MiRNAs⁸ausgerichtet werden können.

Epigenetische Modulation, einschließlich Histon Post-Transkription Modifikation und MiRNAs, eine Zelltyp und Zelle Stadium-spezifische Verordnung Muster gen Ausdruck⁹anzeigen Hier beschreiben wir Methoden um die HDI-vermittelten Modulation der MiRNA und mRNA Ausdruck, CSR und Plasma-Zell-Differenzierung zu definieren. Dazu gehören Protokolle zur Induktion B-Zellen zu CSR und Plasma-Zell-Differenzierung zu unterziehen; für die Behandlung von B-Zellen mit HDI; und für die Analyse von MiRNA und mRNA Expression von qRT-PCR, MiRNA-Seq und mRNA-Seq^{10,11,12,8,13}.