HDAC 抑制剂介导的 B 细胞 rna 和基因的基因组分析--诱导进行类开关 DNA 重组和血浆细胞分化

表观遗传标记或因素, 如 DNA 甲基化, 组蛋白后修饰, 编码 rna (包括 rna), 通过改变基因表达¹调节细胞功能。表观遗传修饰调节 b 淋巴细胞功能, 如免疫球蛋白类-开关 DNA 重组 (CSR), 体细胞变异 (SHM), 并分化为记忆 b 细胞或血浆细胞, 从而调节抗体和自我抗体响应^2,3。CSR 和 SHM 的关键要求激活诱导的胞脱氨酶 (援助, 编码为Aicda), 这是高度诱导 B 细胞响应 t 依赖性和 t 独立抗原⁴。类交换/hypermutated b 细胞进一步分化成血浆细胞, 其中分泌大量的抗体在时尚严重依赖于 B 淋巴细胞诱导成熟蛋白 1 (Blimp1, 编码为Prdm1)⁵。B 细胞异常的表观遗传变化可能导致异常的抗体/自身抗体应答, 这会导致过敏反应或自身免疫^1,4。了解后生因素, 如 rna, 调节 B 细胞内在基因表达不仅对疫苗的发展很重要, 而且对于揭示潜在的异常抗体/自身免疫反应的机制也是必不可少的。

组蛋白乙酰化和脱乙酰度是由组蛋白乙酰 (HAT) 和组蛋白乙酰 (HDAC) 催化的蛋白组蛋白的赖氨酸残留修饰。这些修改导致染色质的增加或减少的可及性, 并进一步允许或阻止转录因子或蛋白质与 DNA 的结合和基因表达的改变^5,6,7,8. HDAC 抑制剂 (HDI) 是一类干扰 HDACs 功能的化合物。在这里, 我们使用 HDI (VPA) 来解决 HDAC 对 B 细胞固有基因表达谱的调节及其机制。

rna 是小的, 编码 rna 大约18到22核苷酸长度是通过几个阶段产生的。miRNA 寄主基因转录和形成发夹主 rna (pri-rna)。它们被出口到细胞质中, 其中 rna 被进一步加工成前体 rna (pre-miRNAs)。最后, 成熟的 rna 是通过 pre-miRNAs 的裂解形成的。rna 识别在其目标基因的 3 “未翻译区域” 中的互补序列^6,7。通过后沉默, rna 调节细胞活动, 如增殖, 分化, 和凋亡^10,11。由于多个 rna 可以针对同一 mRNA, 而一个单一的 miRNA 可能针对多个基因, 因此重要的是要有一个上下文视图的 miRNA 表达式配置文件, 以了解个人的价值和 rna 的集体效应。rna 已被证明参与 b 细胞的发育和外周分化, 以及 b 细胞阶段特异性分化, 抗体应答, 和自身免疫^1,4,9。在 3 “UTR Aicda和Prdm1中, 有几个经过验证或预测的进化保守站点, 可通过 rna⁸进行攻击。

后生调制, 包括组蛋白后修饰和 rna, 显示一个细胞类型和细胞阶段特异的基因表达调控模式⁹。在这里, 我们描述的方法, 以确定人的 HDI 介导的 miRNA 和 mRNA 表达, 社会责任, 和血浆细胞分化。其中包括诱导 B 细胞接受 CSR 和细胞分化的协议;用 HDI 治疗 B 细胞;并通过 qRT PCR、miRNA-seq 和 mrna-seq^{10、11、12、813}来分析 miRNA 和 mrna 的表达。