Modulazione da analisi di inibitore HDAC genoma di microRNA e mRNAs in B le cellule indotte a sottoporsi switch classe DNA ricombinazione e differenziazione delle cellule di Plasma

Segni epigenetici o fattori, quali la metilazione del DNA, modificazioni post-traduzionali degli istoni e RNA non codificanti (compresi i microRNA), modulano la funzione delle cellule alterando gene expression¹. Modificazioni epigenetiche regolano la funzione dei linfociti B, come ricombinazione di immunoglobulina classe-interruttore del DNA (CSR), ipermutazione somatica (SHM) e differenziazione di cellule B memoria o le cellule di plasma, quindi modulando l’anticorpo e autoanticorpi le risposte^2,3. CSR e SHM criticamente richiedono indotta da attivazione citidina deaminasi (aiuti, codificato come Aicda), che è altamente indotta in cellule di B in risposta a T-dipendente e di antigeni T-indipendenti⁴. Cellule di B di classe-acceso/hypermutated ulteriormente differenziano in cellule di plasma, che secernono grandi quantità di anticorpi in modo criticamente dipendente da proteina di maturazione dei linfociti B-indotta 1 (Blimp1, codificato come Prdm1)⁵. I cambiamenti epigenetici anormali in cellule di B possono provocare risposte aberranti anticorpo/autoanticorpi, che possono portare alla risposta allergica o autoimmunità^1,4. Comprendere i fattori epigenetici come, ad esempio Mirna, modulano intrinseco delle cellule B espressione genica non è solo importante per lo sviluppo di vaccini, ma è anche essenziale per rivelare i meccanismi delle potenziali risposte anormali dell’anticorpo/autoanticorpi.

Deacetilazione e acetilazione dell’istone sono modifiche dei residui di lisina su proteine istoniche in genere catalizzate da istone acetiltransferasi (HAT) e istone deacetilasi (HDAC). Queste modifiche portano all’accessibilità crescente o decrescente della cromatina e ulteriormente consentono o impediscono il legame di fattori di trascrizione o proteine a DNA e l’alterazione del gene espressione^{5,6, 7 , 8}. gli inibitori HDAC (HDI) sono una classe di composti che interferiscono con la funzione di HDAC. Qui, abbiamo usato HDI (VPA) per affrontare il regolamento di HDAC sul profilo di espressione genica intrinseco delle cellule B e sul suo meccanismo.

Mirna sono piccole, non-codificazione RNAs circa 18 a 22 di nucleotidi di lunghezza generati attraverso diverse fasi. geni ospitanti miRNA sono trascritti e formano tornante microRNA primario (pri-miRNA). Sono esportati nel citoplasma, dove pri-miRNA sono ulteriormente trasformati in precursore Mirna (pre-miRNA). Infine, Mirna maturi si formano attraverso la scissione dei pre-miRNA. Mirna riconoscono le sequenze complementari all’interno della regione non tradotta 3′ della loro destinazione mRNAs^6,7. Attraverso silenziamento post-trascrizionale, Mirna regolano l’attività cellulare, quali proliferazione, differenziamento e apoptosi^10,11. Poiché più miRNA possono avere come bersaglio mRNA della stessa, e un singolo miRNA potenzialmente può avere come bersaglio mRNA multipli, è importante avere una vista nel contesto del profilo di espressione di miRNA a comprendere il valore dell’individuo e l’effetto collettivo di Mirna. i miRNA sono stati indicati per essere coinvolti in sviluppo della B-cellula e differenziazione periferica, così come B-differenziamento fase-specifici, risposta anticorpale e autoimmunità^1,4,9. Nel 3′ UTR di Aicda e Prdm1, ci sono diversi siti previsti o convalidati evolutivamente conservati che possono essere la destinazione di Mirna⁸.

Modulazione epigenetica, tra cui modifica post-trascrizione dell’istone e Mirna, visualizzare un modello di regolamento fase-specifici delle cellule e cellula-tipo di gene espressione⁹. Qui, descriviamo i metodi per definire la modulazione HDI-mediata di miRNA ed espressione di mRNA, CSR e differenziazione delle cellule di plasma. Questi includono protocolli per indurre le cellule di B per subire la CSR e la differenziazione delle cellule di plasma; per il trattamento delle cellule di B con HDI; e per l’analisi di espressione di miRNA e mRNA da qRT-PCR, miRNA-seq e mRNA-seq^{10,11,12,8,13}.